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- PDB-4w85: Crystal structure of XEG5A, a GH5 xyloglucan-specific endo-beta-1... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4w85
タイトルCrystal structure of XEG5A, a GH5 xyloglucan-specific endo-beta-1,4-glucanase from ruminal metagenomic library, in complex with glucose
要素Xyloglucan-specific endo-beta-1,4-glucanase
キーワードHYDROLASE / glycoside hydrolase / cell wall degrading enzyme / GH5 family
機能・相同性
機能・相同性情報


xyloglucan-specific endo-beta-1,4-glucanase / xyloglucan-specific endo-beta-1,4-glucanase activity / glucan catabolic process / beta-glucosidase activity / cell surface / extracellular region
類似検索 - 分子機能
: / Glycoside hydrolase, family 5, conserved site / Glycosyl hydrolases family 5 signature. / Glycoside hydrolase, family 5 / Cellulase (glycosyl hydrolase family 5) / Glycosidases / Prokaryotic membrane lipoprotein lipid attachment site profile. / Glycoside hydrolase superfamily / TIM Barrel / Alpha-Beta Barrel / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
beta-D-glucopyranose / Xyloglucan-specific endo-beta-1,4-glucanase
類似検索 - 構成要素
生物種uncultured bacterium (環境試料)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.92 Å
データ登録者Santos, C.R. / Cordeiro, R.L. / Wong, D.W.S. / Murakami, M.T.
資金援助 ブラジル, 1件
組織認可番号国
Sao Paulo Research Foundation (FAPESP)2013/13309-0, 2014/07135-1 ブラジル
引用ジャーナル: Biochemistry / 年: 2015
タイトル: Structural Basis for Xyloglucan Specificity and alpha-d-Xylp(1 6)-d-Glcp Recognition at the -1 Subsite within the GH5 Family.
著者: Dos Santos, C.R. / Cordeiro, R.L. / Wong, D.W. / Murakami, M.T.
履歴
登録2014年8月22日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02015年3月11日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12015年3月25日Group: Database references
改定 1.22017年11月22日Group: Database references / Derived calculations ...Database references / Derived calculations / Other / Refinement description / Source and taxonomy / Structure summary
カテゴリ: citation / entity ...citation / entity / entity_src_gen / pdbx_database_status / pdbx_struct_oper_list / software
Item: _citation.journal_id_CSD / _entity.pdbx_description ..._citation.journal_id_CSD / _entity.pdbx_description / _entity_src_gen.pdbx_alt_source_flag / _pdbx_database_status.pdb_format_compatible / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation / _software.classification
改定 1.32019年4月17日Group: Author supporting evidence / Data collection / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.42020年1月1日Group: Author supporting evidence / Data collection / カテゴリ: chem_comp / pdbx_audit_support
Item: _chem_comp.type / _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.52020年7月29日Group: Data collection / Derived calculations ...Data collection / Derived calculations / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / entity ...chem_comp / entity / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_struct_conn_angle / refine_hist / struct_conn / struct_site / struct_site_gen
Item: _chem_comp.name / _chem_comp.type ..._chem_comp.name / _chem_comp.type / _entity.pdbx_description / _pdbx_entity_nonpoly.name / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _refine_hist.number_atoms_total / _refine_hist.pdbx_number_atoms_nucleic_acid / _refine_hist.pdbx_number_atoms_protein / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 1.62023年12月27日Group: Data collection / Database references / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Xyloglucan-specific endo-beta-1,4-glucanase
B: Xyloglucan-specific endo-beta-1,4-glucanase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)76,6456
ポリマ－76,2372
非ポリマー4094
水7,530418
1
A: Xyloglucan-specific endo-beta-1,4-glucanase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)38,3233
ポリマ－38,1181
非ポリマー2042
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: Xyloglucan-specific endo-beta-1,4-glucanase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)38,3233
ポリマ－38,1181
非ポリマー2042
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)97.604, 97.604, 96.241
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number144
Space group name H-MP31

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要素

#1: タンパク質 Xyloglucan-specific endo-beta-1,4-glucanase


分子量: 38118.262 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: cow's rumen / 由来: (組換発現) uncultured bacterium (環境試料) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: D2K7Z0, xyloglucan-specific endo-beta-1,4-glucanase
#2: 糖 ChemComp-BGC / beta-D-glucopyranose / beta-D-glucose / D-glucose / glucose / β-D-グルコピラノ-ス


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 180.156 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H12O6
識別子タイププログラム
DGlcpbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
b-D-glucopyranoseCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-GlcpIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
#3: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 418 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.48 Å3/Da / 溶媒含有率: 64.61 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: PEG3350, PEG400, magnesium chloride

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: LNLS / ビームライン: W01B-MX2 / 波長: 1.459 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2014年1月1日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.459 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.92→50 Å / Num. obs: 75371 / % possible obs: 96 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 10.7 % / Biso Wilson estimate: 37.178 Å2 / Rmerge F obs: 0.998 / Rmerge(I) obs: 0.152 / Rrim(I) all: 0.16 / Χ2: 0.902 / Net I/σ(I): 12.81 / Num. measured all: 806168
反射 シェル

Diffraction-ID: 1 / Rejects: _

解像度 (Å)最高解像度 (Å)Rmerge F obsNum. measured obsNum. possibleNum. unique obsRrim(I) all% possible allRmerge(I) obsMean I/σ(I) obs
1.92-2.030.5539377312725106141.81683.4
2.03-2.170.8212956811951115791.07796.91.0282.96
2.17-2.350.92312206511066107920.66897.50.6384.85
2.35-2.570.96611329710234100490.44898.20.4287.16
2.57-2.870.98698677924891190.27998.60.26610.68
2.87-3.320.99684687815680860.14199.10.13418.27
3.32-4.060.99869769688768700.07199.80.06829.71
4.06-5.720.99959716531853170.0591000.05639.33
5.720.99934616295129450.05799.80.05445.38

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.7.0032精密化
XDSデータスケーリング
PDB_EXTRACT3.15データ抽出
MOLREP位相決定
XSCALEデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: the native structure of XEG5A

解像度: 1.92→48.85 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.96 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.942 / SU B: 2.868 / SU ML: 0.081 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.123 / ESU R Free: 0.122 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2164 3799 5 %RANDOM
Rwork0.1788 71581 --
obs0.1806 71581 95.94 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 88.19 Å2 / Biso mean: 29.653 Å2 / Biso min: 17.42 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.08 Å20.08 Å2-0 Å2
2--0.08 Å2-0 Å2
3----0.28 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.92→48.85 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5374 0 26 418 5818
Biso mean--52.49 33.8 -
残基数----678
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0190.0195537
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.025052
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.7881.9287549
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.866311607
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.4395676
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg34.43525.231281
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg12.67415870
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg15.1711522
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1110.2821
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.010.026404
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.021314
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it2.4022.8122710
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other2.3872.8112709
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it2.8794.2023384
LS精密化 シェル解像度: 1.918→1.968 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.35 206 -
Rwork0.347 4063 -
all-4269 -
obs--73.54 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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