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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 4w7j | ||||||
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タイトル | CRYSTAL STRUCTURE OF A DECOLORIZING PEROXIDASE (DYP) FROM AURICULARIA AURICULA-JUDAE | ||||||
![]() | Dye-decolorizing peroxidase | ||||||
![]() | OXIDOREDUCTASE / DECOLORIZING PEROXIDASE (DYP) / HEME | ||||||
機能・相同性 | ![]() dye decolorizing peroxidase / lactoperoxidase activity / peroxidase / peroxidase activity / heme binding / extracellular region / metal ion binding / cytosol 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Medrano, F.J. / Romero, A. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Catalytic surface radical in dye-decolorizing peroxidase: a computational, spectroscopic and site-directed mutagenesis study. 著者: Linde, D. / Pogni, R. / Canellas, M. / Lucas, F. / Guallar, V. / Baratto, M.C. / Sinicropi, A. / Saez-Jimenez, V. / Coscolin, C. / Romero, A. / Medrano, F.J. / Ruiz-Duenas, F.J. / Martinez, A.T. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 359.8 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 291.4 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 1.8 MB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 1.8 MB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 72.3 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 105.5 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 | ![]()
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3 | ![]()
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4 | ![]()
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単位格子 |
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Components on special symmetry positions |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 47107.305 Da / 分子数: 4 / 断片: UNP residues 62-509 / 変異: yes / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() 遺伝子: dyp1 / 発現宿主: ![]() ![]() #2: 化合物 | ChemComp-HEM / #3: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.19 Å3/Da / 溶媒含有率: 43.8 % |
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結晶化 | 温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 32.5% PEG 4000 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2013年7月5日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.98011 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.79→50 Å / Num. obs: 150630 / % possible obs: 97.1 % / 冗長度: 4.1 % / Net I/σ(I): 6.59 |
反射 シェル | 解像度: 1.79→1.89 Å / 冗長度: 3.5 % / Rmerge(I) obs: 0.995 / Mean I/σ(I) obs: 1.03 / % possible all: 90.3 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: 4AFV 解像度: 1.79→39.356 Å / SU ML: 0.23 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 28.86 / 立体化学のターゲット値: ML
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.79→39.356 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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