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万見
- PDB-4w6e: Human Tankyrase 1 with small molecule inhibitor -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4w6e
タイトルHuman Tankyrase 1 with small molecule inhibitor
要素Tankyrase-1
キーワードTRANSFERASE/INHIBITOR / Tankyrase Inhibitor Small Molecule / TRANSFERASE-INHIBITOR complex
機能・相同性
機能・相同性情報


negative regulation of telomeric DNA binding / negative regulation of maintenance of mitotic sister chromatid cohesion, telomeric / regulation of telomere maintenance via telomerase / XAV939 stabilizes AXIN / NAD+ ADP-ribosyltransferase / negative regulation of telomere maintenance via telomere lengthening / protein auto-ADP-ribosylation / protein localization to chromosome, telomeric region / protein poly-ADP-ribosylation / 中心体マトリックス ...negative regulation of telomeric DNA binding / negative regulation of maintenance of mitotic sister chromatid cohesion, telomeric / regulation of telomere maintenance via telomerase / XAV939 stabilizes AXIN / NAD+ ADP-ribosyltransferase / negative regulation of telomere maintenance via telomere lengthening / protein auto-ADP-ribosylation / protein localization to chromosome, telomeric region / protein poly-ADP-ribosylation / 中心体マトリックス / mitotic spindle pole / NAD+-protein ADP-ribosyltransferase activity / positive regulation of telomere capping / 転移酵素; グリコシル基を移すもの; 五炭糖残基を移すもの / NAD+ ADP-ribosyltransferase activity / spindle assembly / mRNA transport / 核膜孔 / positive regulation of telomerase activity / positive regulation of telomere maintenance via telomerase / nucleotidyltransferase activity / mitotic spindle organization / TCF dependent signaling in response to WNT / Degradation of AXIN / peptidyl-threonine phosphorylation / Wntシグナル経路 / Regulation of PTEN stability and activity / protein polyubiquitination / positive regulation of canonical Wnt signaling pathway / protein transport / histone binding / peptidyl-serine phosphorylation / 核膜 / chromosome, telomeric region / nuclear body / Ub-specific processing proteases / 細胞分裂 / ゴルジ体 / ゴルジ体 / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / zinc ion binding / 核質 / 細胞核 / 細胞質基質 / 細胞質
類似検索 - 分子機能
Phosphoenolpyruvate Carboxykinase; domain 3 - #10 / Phosphoenolpyruvate Carboxykinase; domain 3 / Ankyrin repeats (many copies) / Poly(ADP-ribose) polymerase catalytic domain / Poly(ADP-ribose) polymerase, catalytic domain / PARP catalytic domain profile. / SAM domain (Sterile alpha motif) / SAM domain profile. / Sterile alpha motif. / Sterile alpha motif domain ...Phosphoenolpyruvate Carboxykinase; domain 3 - #10 / Phosphoenolpyruvate Carboxykinase; domain 3 / Ankyrin repeats (many copies) / Poly(ADP-ribose) polymerase catalytic domain / Poly(ADP-ribose) polymerase, catalytic domain / PARP catalytic domain profile. / SAM domain (Sterile alpha motif) / SAM domain profile. / Sterile alpha motif. / Sterile alpha motif domain / Sterile alpha motif/pointed domain superfamily / Ankyrin repeat / Ankyrin repeats (3 copies) / Ankyrin repeat profile. / Ankyrin repeat region circular profile. / ankyrin repeats / Ankyrin repeat / Ankyrin repeat-containing domain superfamily / Alpha-Beta Complex / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-3J5 / Poly [ADP-ribose] polymerase tankyrase-1
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 1.95 Å
データ登録者Kazmirski, S.L. / Johannes, J. / Boriack-Sjodin, P.A. / Howard, T.
引用ジャーナル: Acs Med.Chem.Lett. / 年: 2015
タイトル: Pyrimidinone nicotinamide mimetics as selective tankyrase and wnt pathway inhibitors suitable for in vivo pharmacology.
著者: Johannes, J.W. / Almeida, L. / Barlaam, B. / Boriack-Sjodin, P.A. / Casella, R. / Croft, R.A. / Dishington, A.P. / Gingipalli, L. / Gu, C. / Hawkins, J.L. / Holmes, J.L. / Howard, T. / Huang, ...著者: Johannes, J.W. / Almeida, L. / Barlaam, B. / Boriack-Sjodin, P.A. / Casella, R. / Croft, R.A. / Dishington, A.P. / Gingipalli, L. / Gu, C. / Hawkins, J.L. / Holmes, J.L. / Howard, T. / Huang, J. / Ioannidis, S. / Kazmirski, S. / Lamb, M.L. / McGuire, T.M. / Moore, J.E. / Ogg, D. / Patel, A. / Pike, K.G. / Pontz, T. / Robb, G.R. / Su, N. / Wang, H. / Wu, X. / Zhang, H.J. / Zhang, Y. / Zheng, X. / Wang, T.
履歴
登録2014年8月20日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02015年5月13日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年12月27日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Refinement description / Source and taxonomy / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / entity_src_gen / pdbx_database_status / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_oper_list / refine_hist / struct_keywords
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _entity_src_gen.pdbx_alt_source_flag / _pdbx_database_status.pdb_format_compatible / _pdbx_struct_assembly.oligomeric_details / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation / _refine_hist.number_atoms_solvent / _refine_hist.number_atoms_total / _refine_hist.pdbx_number_atoms_ligand / _refine_hist.pdbx_number_atoms_nucleic_acid / _struct_keywords.text

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Tankyrase-1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)24,7483
ポリマ－24,2281
非ポリマー5212
水4,071226
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)80.774, 81.847, 83.309
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number24
Space group name H-MI212121

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要素

#1: タンパク質 Tankyrase-1 / / TANK1 / ADP-ribosyltransferase diphtheria toxin-like 5 / ARTD5 / Poly [ADP-ribose] polymerase 5A / ...TANK1 / ADP-ribosyltransferase diphtheria toxin-like 5 / ARTD5 / Poly [ADP-ribose] polymerase 5A / TNKS-1 / TRF1-interacting ankyrin-related ADP-ribose polymerase / Tankyrase I


分子量: 24227.508 Da / 分子数: 1 / 断片: PARP DOMAIN / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: TNKS, PARP5A, PARPL, TIN1, TINF1, TNKS1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: O95271, NAD+ ADP-ribosyltransferase
#2: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#3: 化合物 ChemComp-3J5 / 2-(4-{6-[(3S)-3,4-dimethylpiperazin-1-yl]-4-methylpyridin-3-yl}phenyl)-8-(hydroxymethyl)quinazolin-4(3H)-one


分子量: 455.551 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C27H29N5O2
#4: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 226 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.86 Å3/Da / 溶媒含有率: 56.92 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5 / 詳細: 1.4 Sodium Formate, 0.1 Sodium Acetate pH 5

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データ収集

回折平均測定温度: 93 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU FR-E+ SUPERBRIGHT / 波長: 1.54 Å
検出器タイプ: RIGAKU SATURN 944+ / 検出器: CCD / 日付: 2012年4月20日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.54 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.95→58.38 Å / Num. obs: 20488 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 6.82 % / Biso Wilson estimate: 36.93 Å2 / Rsym value: 0.068 / Net I/σ(I): 11.2
反射 シェル解像度: 1.95→2.02 Å / 冗長度: 5.31 % / Rmerge(I) obs: 0.467 / Mean I/σ(I) obs: 2.4 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア名称: BUSTER / バージョン: 2.11.5 / 分類: 精密化
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.95→40.39 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.9482 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.9128 / SU R Cruickshank DPI: 0.156 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / SU R Blow DPI: 0.17 / SU Rfree Blow DPI: 0.159 / SU Rfree Cruickshank DPI: 0.153
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2541 1044 5.11 %RANDOM
Rwork0.2047 ---
obs0.2071 20430 99.71 %-
原子変位パラメータBiso mean: 40.85 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-6.0787 Å20 Å20 Å2
2---0.0817 Å20 Å2
3----5.997 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.262 Å
精密化ステップサイクル: 1 / 解像度: 1.95→40.39 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1689 0 35 226 1950
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数Restraint functionWeight
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d0.0091769HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg12381HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d619SINUSOIDAL2
X-RAY DIFFRACTIONt_incorr_chiral_ct
X-RAY DIFFRACTIONt_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes40HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes261HARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_it1769HARMONIC20
X-RAY DIFFRACTIONt_nbd1SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion3.79
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion16.71
X-RAY DIFFRACTIONt_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion215SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_sum_occupancies
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_distance
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact2132SEMIHARMONIC4
LS精密化 シェル解像度: 1.95→2.06 Å / Total num. of bins used: 10
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2185 149 5.09 %
Rwork0.2058 2777 -
all0.2065 2926 -
obs--99.71 %
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 17.4764 Å / Origin y: 14.0783 Å / Origin z: -19.37 Å
111213212223313233
T-0.0867 Å2-0.0107 Å20.0059 Å2--0.0701 Å2-0.0024 Å2---0.0427 Å2
L2.1592 °20.1495 °20.6585 °2-0.9717 °2-0.0594 °2--1.1953 °2
S-0.0964 Å °0.1835 Å °0.046 Å °0.0527 Å °0.0358 Å °0.0579 Å °-0.0263 Å °0.1824 Å °0.0606 Å °
精密化 TLSグループSelection details: { A|* }

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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