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- PDB-4w65: Crystal Structure of Glycosyl hydrolase family protein from Mycob... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4w65
タイトルCrystal Structure of Glycosyl hydrolase family protein from Mycobacterium fortuitum
要素Glycosyl hydrolase family protein
キーワードHYDROLASE (加水分解酵素) / SSGCID / Glycosyl hydrolase family protein / Structural Genomics (構造ゲノミクス) / Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease
機能・相同性
機能・相同性情報


hydrolase activity, hydrolyzing O-glycosyl compounds / carbohydrate metabolic process / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Glycosyl hydrolases family 16 / Glycoside hydrolase family 16 / Glycosyl hydrolases family 16 (GH16) domain profile. / Twin arginine translocation (Tat) signal profile. / Twin-arginine translocation pathway, signal sequence / Jelly Rolls - #200 / Concanavalin A-like lectin/glucanase domain superfamily / Jelly Rolls / サンドイッチ / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Glycosyl hydrolase family protein
類似検索 - 構成要素
生物種Mycobacterium fortuitum subsp. fortuitum DSM 46621 (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.38 Å
データ登録者Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease (SSGCID)
引用ジャーナル: TO BE PUBLISHED
タイトル: Crystal Structure of Glycosyl hydrolase family protein (Rv0315 ortholog) from Mycobacterium fortuitum
著者: Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease (SSGCID) / Davies, D.R. / Dranow, D.M. / Lorimer, D. / Edwards, T.E.
履歴
登録2014年8月20日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02014年9月3日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12014年10月22日Group: Database references
改定 1.22023年9月27日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Refinement description / Source and taxonomy / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / entity_src_gen / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_prerelease_seq / pdbx_struct_oper_list / refine_hist / struct_keywords
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _entity_src_gen.pdbx_alt_source_flag / _pdbx_database_status.pdb_format_compatible / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation / _struct_keywords.text

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Glycosyl hydrolase family protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)30,9776
ポリマ－30,6881
非ポリマー2885
水4,504250
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)45.990, 57.840, 89.280
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 Glycosyl hydrolase family protein


分子量: 30688.178 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Mycobacterium fortuitum subsp. fortuitum DSM 46621 (バクテリア)
遺伝子: MFORT_18233 / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: K0UYS3, セルラーゼ
#2: 化合物 ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#3: 化合物
ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル / エチレングリコール


分子量: 62.068 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#4: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 250 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.93 Å3/Da / 溶媒含有率: 36.42 %
結晶化温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: EBS INTERNAL TRACKING NUMBER 500 MM NACL, 2 MM DTT, 0.025% SODIUM AZIDE, 5% GLYCEROL, 0.4 LISO4; 20% EG ADDED AS CRYOPROTECTANT, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, TEMPERATURE 289K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 21-ID-F / 波長: 0.9787 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2014年7月16日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9787 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.38→50 Å / Num. obs: 48609 / % possible obs: 97.7 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 7.3 % / Biso Wilson estimate: 18.63 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.046 / Net I/σ(I): 26.91
反射 シェル解像度: 1.38→1.42 Å / Rmerge(I) obs: 0.485 / Mean I/σ(I) obs: 4.3 / % possible all: 96

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
BALBES位相決定
PHENIX(PHENIX.REFINE: DEV_1769)精密化
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3RQ0

3rq0


解像度: 1.38→35.998 Å / SU ML: 0.1 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 0 / 位相誤差: 15.86 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.1718 2328 4.93 %
Rwork0.1529 --
obs0.1538 47222 94.96 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 16.73 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.38→35.998 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1802 0 17 250 2069
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0091919
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.1142618
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d11.946647
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.079258
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.006341
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.38-1.40820.2321310.20862355X-RAY DIFFRACTION87
1.4082-1.43880.21711250.20612405X-RAY DIFFRACTION87
1.4388-1.47230.19691140.19352456X-RAY DIFFRACTION90
1.4723-1.50910.23981360.18612506X-RAY DIFFRACTION91
1.5091-1.54990.2061280.182504X-RAY DIFFRACTION92
1.5499-1.59550.19291440.16152592X-RAY DIFFRACTION94
1.5955-1.6470.17251250.16082629X-RAY DIFFRACTION95
1.647-1.70580.19441470.15472611X-RAY DIFFRACTION95
1.7058-1.77410.18411250.14762652X-RAY DIFFRACTION96
1.7741-1.85490.1711530.15232667X-RAY DIFFRACTION97
1.8549-1.95270.17241300.14222706X-RAY DIFFRACTION98
1.9527-2.0750.16351590.1352717X-RAY DIFFRACTION98
2.075-2.23520.16171420.14032727X-RAY DIFFRACTION98
2.2352-2.46010.18151230.15192781X-RAY DIFFRACTION99
2.4601-2.81590.17331410.16062790X-RAY DIFFRACTION99
2.8159-3.54730.17981440.14642847X-RAY DIFFRACTION99
3.5473-36.00980.13631610.14412949X-RAY DIFFRACTION99
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
13.14021.1434-0.22421.7934-0.43441.84890.01320.00230.35660.0808-0.01060.2485-0.1214-0.01780.01270.11640.02650.02240.08820.02010.1548-1.17782.8326-5.6879
21.8044-2.4465-0.86793.30791.17530.4140.24380.41910.0455-0.5793-0.1684-0.1543-0.246-0.0756-0.11050.1720.00150.02440.2141-0.00110.14634.8069-11.5962-22.0445
31.04440.0349-0.15310.93030.23750.9302-0.01150.13440.01930.0373-0.00130.10250.0566-0.05710.0280.07010.0059-0.00120.07280.01250.05842.51-10.8896-11.3428
41.6460.4896-0.17542.3310.07420.8839-0.03930.2226-0.0307-0.13350.0597-0.11870.04460.0541-0.00360.08110.0108-0.00170.1119-0.00060.075414.027-11.8977-12.5204
53.09111.2713-2.09262.9092-2.94645.0812-0.24340.3288-0.0344-0.37710.0093-0.26940.41750.04190.22150.1316-0.01350.00150.1298-0.01480.11621.5347-9.1271-12.5253
61.711-0.2005-1.13030.8812-0.74062.41030.0458-0.05470.19740.053-0.0473-0.1255-0.16680.2256-0.00440.0924-0.024-0.01110.08670.00470.094221.62080.2693-4.288
71.26160.0579-0.23160.76670.05580.72410.00570.14250.1060.00850.0092-0.0055-0.01460.0413-0.00790.06310.0108-0.00760.08680.02320.050411.2791-6.7181-12.1305
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 49 through 69 )
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 70 through 83 )
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 84 through 144 )
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 145 through 177 )
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'A' and (resid 178 through 200 )
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'A' and (resid 201 through 233 )
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'A' and (resid 234 through 279 )

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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