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- PDB-4w5b: Crystal structure analysis of cruzain with Fragment 1 (N-(1H-benz... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4w5b
タイトルCrystal structure analysis of cruzain with Fragment 1 (N-(1H-benzimidazol-2-yl)-1,3-dimethyl-pyrazole-4-carboxamide)
要素Cruzipain
キーワードHYDROLASE/HYDROLASE Inhibitor / Cysteine protease / cruzain / fragments-based drug discovery / mutagenesis / SPR / HYDROLASE-HYDROLASE Inhibitor complex
機能・相同性
機能・相同性情報


cruzipain / cysteine-type endopeptidase activity / proteolysis
類似検索 - 分子機能
Domain of unknown function DUF3586 / Protein of unknown function (DUF3586) / Cathepsin propeptide inhibitor domain (I29) / Cathepsin propeptide inhibitor domain (I29) / Cathepsin propeptide inhibitor domain (I29) / Papain-like cysteine endopeptidase / Cysteine peptidase, asparagine active site / Eukaryotic thiol (cysteine) proteases asparagine active site. / Cysteine peptidase, histidine active site / Eukaryotic thiol (cysteine) proteases histidine active site. ...Domain of unknown function DUF3586 / Protein of unknown function (DUF3586) / Cathepsin propeptide inhibitor domain (I29) / Cathepsin propeptide inhibitor domain (I29) / Cathepsin propeptide inhibitor domain (I29) / Papain-like cysteine endopeptidase / Cysteine peptidase, asparagine active site / Eukaryotic thiol (cysteine) proteases asparagine active site. / Cysteine peptidase, histidine active site / Eukaryotic thiol (cysteine) proteases histidine active site. / : / Peptidase C1A, papain C-terminal / Papain family cysteine protease / Papain family cysteine protease / Cysteine proteinases / Cysteine peptidase, cysteine active site / Eukaryotic thiol (cysteine) proteases cysteine active site. / Cathepsin B; Chain A / Papain-like cysteine peptidase superfamily / Alpha-Beta Complex / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-3H5 / Cruzipain
類似検索 - 構成要素
生物種Trypanosoma cruzi (トリパノソーマ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.701 Å
データ登録者Tochowicz, A. / McKerrow, J.H. / Craik, C.S.
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Applying Fragments Based- Drug Design to identify multiple binding modes on cysteine protease.
著者: Tochowicz, A. / Lee, G.M. / Arkin, M.R. / Neitz, J. / McKerrow, J.H. / Craik, C.S.
履歴
登録2014年8月17日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02015年3月4日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年11月22日Group: Derived calculations / Refinement description / Source and taxonomy
カテゴリ: entity_src_gen / pdbx_struct_oper_list / software
Item: _entity_src_gen.pdbx_alt_source_flag / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation / _software.classification
改定 1.22023年9月27日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id
改定 1.32024年11月20日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Cruzipain
B: Cruzipain
C: Cruzipain
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)68,8636
ポリマ－68,0973
非ポリマー7663
水1,58588
1
A: Cruzipain
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)22,9542
ポリマ－22,6991
非ポリマー2551
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: Cruzipain
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)22,9542
ポリマ－22,6991
非ポリマー2551
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
3
C: Cruzipain
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)22,9542
ポリマ－22,6991
非ポリマー2551
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)137.100, 137.100, 109.800
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number96
Space group name H-MP43212
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11chain A
21chain B
31chain C

NCSドメイン領域:

Component-ID: 1 / Ens-ID: 1 / Beg auth comp-ID: ALA / Beg label comp-ID: ALA / End auth comp-ID: GLY / End label comp-ID: GLY / Auth seq-ID: 1 - 215 / Label seq-ID: 1 - 215

Dom-IDSelection detailsAuth asym-IDLabel asym-ID
1chain AAA
2chain BBB
3chain CCC

-
要素

#1: タンパク質 Cruzipain / Cruzaine / Major cysteine proteinase


分子量: 22699.068 Da / 分子数: 3 / 断片: UNP residues 123-337 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Trypanosoma cruzi (トリパノソーマ)
発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P25779, cruzipain
#2: 化合物 ChemComp-3H5 / N-(1H-benzimidazol-2-yl)-1,3-dimethyl-1H-pyrazole-4-carboxamide


分子量: 255.275 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C13H13N5O
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 88 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.79 Å3/Da / 溶媒含有率: 67.53 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: 0.1 M Tris pH 8.0 and 1.6 M of Na/K Tartrate / PH範囲: 7.5-8.0 / Temp details: 8

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 8.3.1 / 波長: 1.115 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2013年2月10日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.115 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.7→30 Å / Num. all: 29319 / Num. obs: 29249 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 8.8 % / Biso Wilson estimate: 29.26 Å2 / Net I/σ(I): 14
反射 シェル冗長度: 8.7 % / Mean I/σ(I) obs: 2.5 / % possible all: 99.1

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
MOSFLMデータ削減
PDB_EXTRACT3.15データ抽出
XSCALEデータスケーリング
PHENIXdev_1738精密化
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3KKU

3kku


解像度: 2.701→29.527 Å / SU ML: 0.33 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 2 / 位相誤差: 26.72 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2544 1170 4 %
Rwork0.2123 28060 -
obs0.214 29230 99.86 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 153.17 Å2 / Biso mean: 40.4351 Å2 / Biso min: 15.62 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.701→29.527 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4776 0 57 88 4921
Biso mean--64.83 34.65 -
残基数----645
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0094972
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.1916797
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.053742
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.007881
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d13.6681658
Refine LS restraints NCS
Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Refine-IDRmsタイプ
11A2870X-RAY DIFFRACTION4.548TORSIONAL
12B2870X-RAY DIFFRACTION4.548TORSIONAL
13C2870X-RAY DIFFRACTION4.548TORSIONAL
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 8

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
2.701-2.82390.30831420.25213423356599
2.8239-2.97260.30671450.244434603605100
2.9726-3.15870.31651440.230234473591100
3.1587-3.40220.29051440.222834683612100
3.4022-3.7440.25461450.201234813626100
3.744-4.28430.21661470.186135323679100
4.2843-5.39240.2041470.190235303677100
5.3924-29.5290.24591560.222637193875100
精密化 TLS手法: refined / Origin x: -12.7842 Å / Origin y: -42.1558 Å / Origin z: -23.3323 Å
111213212223313233
T0.5019 Å20.1689 Å20.012 Å2-0.3479 Å20.0124 Å2--0.297 Å2
L0.0318 °2-0.1243 °20.0529 °2-0.2513 °20.1529 °2--0.0965 °2
S-0.0159 Å °0.0349 Å °0.0292 Å °-0.0441 Å °0.038 Å °-0.0384 Å °-0.4504 Å °-0.1929 Å °-0.0076 Å °
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1allA1 - 215
2X-RAY DIFFRACTION1allB1 - 215
3X-RAY DIFFRACTION1allC1 - 215
4X-RAY DIFFRACTION1allG1
5X-RAY DIFFRACTION1allG2
6X-RAY DIFFRACTION1allG3
7X-RAY DIFFRACTION1allH1 - 88

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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