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- PDB-4w4u: Structure of yeast SAGA DUBm with Sgf73 Y57A mutant at 2.8 angstr... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4w4u
タイトルStructure of yeast SAGA DUBm with Sgf73 Y57A mutant at 2.8 angstroms resolution
要素
  • (SAGA-associated factor ...) x 2
  • Transcription and mRNA export factor SUS1
  • Ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase
キーワードtranscription/hydrolase / Multi-Protein Complex / Hydrolase-transcription complex / transcription-hydrolase complex
機能・相同性
機能・相同性情報


RITS complex assembly / DUBm complex / regulation of nucleocytoplasmic transport / transcription export complex 2 / SLIK (SAGA-like) complex / regulation of protein localization to chromatin / SAGA complex / DNA binding, bending / protein deubiquitination / positive regulation of RNA polymerase II transcription preinitiation complex assembly ...RITS complex assembly / DUBm complex / regulation of nucleocytoplasmic transport / transcription export complex 2 / SLIK (SAGA-like) complex / regulation of protein localization to chromatin / SAGA complex / DNA binding, bending / protein deubiquitination / positive regulation of RNA polymerase II transcription preinitiation complex assembly / mRNA export from nucleus / nuclear pore / enzyme activator activity / transcription elongation by RNA polymerase II / P-body / protein transport / chromatin organization / protein-containing complex assembly / ubiquitinyl hydrolase 1 / cysteine-type deubiquitinase activity / transcription coactivator activity / chromatin remodeling / regulation of transcription by RNA polymerase II / structural molecule activity / proteolysis / zinc ion binding / nucleoplasm / nucleus / cytosol
類似検索 - 分子機能
Yeast SAGA-associated factor 11, N-terminal domain / SAGA-associated factor 11 N-terminal domain / ENY2/SUS1 / SAGA complex, Sgf11 subunit / SAGA-associated factor 73, zinc finger domain / Sgf11 (transcriptional regulation protein) / Zinc finger domain / Transcription factor, enhancer of yellow 2 / Transcription factor EnY2 superfamily / Transcription factor e(y)2 ...Yeast SAGA-associated factor 11, N-terminal domain / SAGA-associated factor 11 N-terminal domain / ENY2/SUS1 / SAGA complex, Sgf11 subunit / SAGA-associated factor 73, zinc finger domain / Sgf11 (transcriptional regulation protein) / Zinc finger domain / Transcription factor, enhancer of yellow 2 / Transcription factor EnY2 superfamily / Transcription factor e(y)2 / SAGA-associated factor 73 / SCA7 domain / SCA7, zinc-binding domain / SCA7 domain profile. / Helix Hairpins - #210 / : / Ubiquitin Carboxyl-terminal Hydrolase-like zinc finger / Zinc finger, UBP-type / Zn-finger in ubiquitin-hydrolases and other protein / Zinc finger UBP-type profile. / Ubiquitin specific protease (USP) domain signature 2. / Ubiquitin specific protease (USP) domain signature 1. / Ubiquitin specific protease, conserved site / Serum Albumin; Chain A, Domain 1 / Peptidase C19, ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase / Ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase / Ubiquitin specific protease domain / Ubiquitin specific protease (USP) domain profile. / Cysteine proteinases / Cathepsin B; Chain A / Zinc/RING finger domain, C3HC4 (zinc finger) / Herpes Virus-1 / Papain-like cysteine peptidase superfamily / Helix Hairpins / Zinc finger, RING/FYVE/PHD-type / Alpha-Beta Complex / 2-Layer Sandwich / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
SAGA-associated factor 11 / Ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase / Transcription and mRNA export factor SUS1 / SAGA-associated factor 73
類似検索 - 構成要素
生物種Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.8 Å
データ登録者Wolberger, C. / Yan, M.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)GM-095822 米国
引用ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2015
タイトル: Uncovering the role of Sgf73 in maintaining SAGA deubiquitinating module structure and activity.
著者: Yan, M. / Wolberger, C.
履歴
登録2014年8月15日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02015年7月1日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 2.02017年9月13日Group: Atomic model / Author supporting evidence ...Atomic model / Author supporting evidence / Database references / Derived calculations / Other / Source and taxonomy
カテゴリ: atom_site_anisotrop / citation ...atom_site_anisotrop / citation / entity_src_gen / pdbx_audit_support / pdbx_database_status / pdbx_struct_oper_list
Item: _atom_site_anisotrop.pdbx_PDB_model_num / _atom_site_anisotrop.pdbx_label_asym_id ..._atom_site_anisotrop.pdbx_PDB_model_num / _atom_site_anisotrop.pdbx_label_asym_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_label_atom_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_label_comp_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_label_seq_id / _citation.journal_id_CSD / _entity_src_gen.pdbx_alt_source_flag / _pdbx_audit_support.funding_organization / _pdbx_database_status.pdb_format_compatible / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation
改定 2.12017年11月22日Group: Refinement description / カテゴリ: software / Item: _software.classification
改定 2.22019年12月25日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 2.32023年9月27日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / refine_hist / struct_ncs_dom_lim
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _refine_hist.number_atoms_solvent / _refine_hist.number_atoms_total / _refine_hist.pdbx_number_atoms_ligand / _refine_hist.pdbx_number_atoms_nucleic_acid / _refine_hist.pdbx_number_atoms_protein / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase
B: Transcription and mRNA export factor SUS1
C: SAGA-associated factor 11
E: SAGA-associated factor 73
D: Ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase
F: Transcription and mRNA export factor SUS1
G: SAGA-associated factor 11
H: SAGA-associated factor 73
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)175,16621
ポリマ－174,3168
非ポリマー85013
水95553
1
A: Ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase
B: Transcription and mRNA export factor SUS1
C: SAGA-associated factor 11
E: SAGA-associated factor 73
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)87,61611
ポリマ－87,1584
非ポリマー4587
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area15820 Å2
ΔGint-126 kcal/mol
Surface area31140 Å2
手法PISA
2
D: Ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase
F: Transcription and mRNA export factor SUS1
G: SAGA-associated factor 11
H: SAGA-associated factor 73
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)87,55010
ポリマ－87,1584
非ポリマー3926
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area14820 Å2
ΔGint-120 kcal/mol
Surface area28800 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)80.739, 67.273, 137.145
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 106.84, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21D
12B
22F
13C
23G
14E
24H

NCSドメイン領域:

Component-ID: _ / Refine code: _

Dom-IDEns-IDBeg auth comp-IDBeg label comp-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11METMETASNASNAA1 - 4716 - 476
21METMETASNASNDE1 - 4716 - 476
12METMETTHRTHRBB3 - 953 - 95
22METMETTHRTHRFF3 - 953 - 95
13THRTHRARGARGCC5 - 465 - 46
23THRTHRARGARGGG5 - 465 - 46
14GLYGLYLEULEUED4 - 944 - 94
24GLYGLYLEULEUHH4 - 944 - 94

NCSアンサンブル:
ID
1
2
3
4

-
要素

-
タンパク質 , 2種, 4分子 ADBF

#1: タンパク質 Ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase


分子量: 54033.633 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
株: CEN.PK113-7D / 遺伝子: CENPK1137D_262 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: N1P0J5, ubiquitinyl hydrolase 1
#2: タンパク質 Transcription and mRNA export factor SUS1


分子量: 11094.497 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
株: CEN.PK113-7D / 遺伝子: SUS1, CENPK1137D_4659 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: N1P8F5

-
SAGA-associated factor ... , 2種, 4分子 CGEH

#3: タンパク質 SAGA-associated factor 11


分子量: 11297.625 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
株: CEN.PK113-7D / 遺伝子: SGF11, CENPK1137D_1654 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: N1NXA6
#4: タンパク質 SAGA-associated factor 73 / 73 kDa SAGA-associated factor / SAGA histone acetyltransferase complex 73 kDa subunit


分子量: 10732.178 Da / 分子数: 2 / Mutation: Y57A / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
株: ATCC 204508 / S288c / 遺伝子: SGF73, YGL066W / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P53165

-
非ポリマー , 2種, 66分子

#5: 化合物
ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 13 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 53 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.04 Å3/Da / 溶媒含有率: 39.79 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.5 / 詳細: 100mM Bis Tris,18% PEG3350, 100mM Ammonium Sulfate / PH範囲: 5.5-6.5

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 23-ID-D / 波長: 1.034 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2013年5月18日
放射モノクロメーター: Double crystal cryo-cooled Si / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.034 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.8→47.02 Å / Num. obs: 34989 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 3.8 % / Net I/σ(I): 23.2

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.7.0029精密化
Blu-Iceデータ収集
Cootモデル構築
HKL-2000データスケーリング
PHENIX精密化
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3MHS

3mhs


解像度: 2.8→47.02 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.955 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.918 / SU B: 32.348 / SU ML: 0.291 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R Free: 0.387 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.24067 1755 5 %RANDOM
Rwork0.182 ---
obs0.18496 33234 99.7 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 51.258 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--1.35 Å20 Å22.64 Å2
2---3.58 Å20 Å2
3---3.49 Å2
精密化ステップサイクル: 1 / 解像度: 2.8→47.02 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数10484 0 13 53 10550
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0110.01910774
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0030.0210328
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.3711.95914507
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.933.00323809
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.02951306
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg38.20225.478502
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg16.87152016
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg17.5311536
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0740.21638
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0060.0212008
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0040.022414
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
Refine LS restraints NCS

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / タイプ: interatomic distance / Weight position: 0.05

Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Rms dev position (Å)
11A241830.09
12D241830.09
21B52980.11
22F52980.11
31C21600.13
32G21600.13
41E38650.07
42H38650.07
LS精密化 シェル解像度: 2.799→2.872 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.34 119 -
Rwork0.266 2376 -
obs--98 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.6427-0.0858-0.5560.48630.1192.3422-0.04040.15060.0368-0.04810.06460.14130.214-0.1247-0.02420.3657-0.0945-0.10530.37550.13270.089-21.212672.1727-4.3314
20.41490.9072-0.22292.50220.46372.4966-0.014-0.0090.0076-0.17880.1739-0.01990.14940.2967-0.160.29110.0023-0.02960.42340.07640.0361-12.094784.993818.3382
30.4647-0.3246-0.46880.32980.5741.3441-0.0447-0.2245-0.00720.09830.0615-0.04230.32030.2827-0.01680.59760.0958-0.04360.42050.13030.0618-12.403367.347212.6939
40.5261-0.1537-0.71161.82560.76871.2834-0.12390.11940.0136-0.07090.15490.1990.0934-0.2496-0.0310.2591-0.0459-0.06580.39350.13450.0794-28.707680.0638.9507
51.0323-0.1508-0.04850.80860.21511.1347-0.03430.03210.1866-0.1088-0.02260.1198-0.2170.04290.05680.20670.0136-0.07250.1434-0.03270.07933.266175.156161.1028
60.34730.4259-0.07323.0492-0.6012.2672-0.0006-0.05070.1315-0.1408-0.07480.090.1754-0.08050.07540.07870.024-0.0020.1606-0.01920.0883-12.269659.055674.3233
71.39391.4946-0.34532.405-1.20161.0598-0.1926-0.14050.0609-0.16580.247-0.03510.0497-0.3712-0.05450.24430.0302-0.01770.222-0.06350.2078-12.943468.058877.0965
80.61280.59180.04581.3543-0.26211.0937-0.0324-0.17180.11330.01440.09770.12230.07470.2939-0.06540.19190.0686-0.05760.3172-0.05710.03776.082168.444574.7345
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1A1 - 471
2X-RAY DIFFRACTION1A501 - 506
3X-RAY DIFFRACTION1A601 - 608
4X-RAY DIFFRACTION2B1 - 96
5X-RAY DIFFRACTION2B101 - 105
6X-RAY DIFFRACTION3C5 - 63
7X-RAY DIFFRACTION4E2 - 95
8X-RAY DIFFRACTION4E101
9X-RAY DIFFRACTION4E201 - 203
10X-RAY DIFFRACTION5D1 - 471
11X-RAY DIFFRACTION5D501 - 505
12X-RAY DIFFRACTION5D601 - 625
13X-RAY DIFFRACTION6F3 - 96
14X-RAY DIFFRACTION6F101 - 104
15X-RAY DIFFRACTION7G1 - 47
16X-RAY DIFFRACTION7G101 - 102
17X-RAY DIFFRACTION8H4 - 96
18X-RAY DIFFRACTION8H101
19X-RAY DIFFRACTION8H201 - 206'?

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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