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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 4v9p | |||||||||
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タイトル | Control of ribosomal subunit rotation by elongation factor G | |||||||||
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![]() | ribosome/antibiotic / Protein biosynthesis / ribosome / RNA / EF-G / elongation / factor / GTP / GDPCP / viomycin / tRNA / tranlocation / exit / peptidyl / 50S / 70S / 23S / ribosomal subunit / ribosome-antibiotic complex | |||||||||
機能・相同性 | ![]() ribosome disassembly / translational elongation / guanosine tetraphosphate binding / stringent response / mRNA base-pairing translational repressor activity / ornithine decarboxylase inhibitor activity / transcription antitermination factor activity, RNA binding / misfolded RNA binding / Group I intron splicing / RNA folding ...ribosome disassembly / translational elongation / guanosine tetraphosphate binding / stringent response / mRNA base-pairing translational repressor activity / ornithine decarboxylase inhibitor activity / transcription antitermination factor activity, RNA binding / misfolded RNA binding / Group I intron splicing / RNA folding / transcriptional attenuation / endoribonuclease inhibitor activity / RNA-binding transcription regulator activity / positive regulation of ribosome biogenesis / negative regulation of cytoplasmic translation / translation elongation factor activity / translational termination / four-way junction DNA binding / DnaA-L2 complex / translation repressor activity / negative regulation of translational initiation / negative regulation of DNA-templated DNA replication initiation / regulation of mRNA stability / ribosome assembly / mRNA regulatory element binding translation repressor activity / positive regulation of RNA splicing / assembly of large subunit precursor of preribosome / transcription elongation factor complex / DNA endonuclease activity / regulation of DNA-templated transcription elongation / cytosolic ribosome assembly / transcription antitermination / response to reactive oxygen species / regulation of cell growth / DNA-templated transcription termination / maintenance of translational fidelity / 加水分解酵素; 酸無水物に作用; GTPに作用・細胞または細胞小器官の運動に関与 / response to radiation / ribosomal large subunit assembly / mRNA 5'-UTR binding / large ribosomal subunit / ribosome biogenesis / ribosome binding / regulation of translation / ribosomal small subunit biogenesis / ribosomal small subunit assembly / small ribosomal subunit / small ribosomal subunit rRNA binding / transferase activity / 5S rRNA binding / large ribosomal subunit rRNA binding / cytosolic small ribosomal subunit / cytosolic large ribosomal subunit / tRNA binding / molecular adaptor activity / cytoplasmic translation / rRNA binding / negative regulation of translation / ribosome / structural constituent of ribosome / translation / response to antibiotic / GTPase activity / negative regulation of DNA-templated transcription / mRNA binding / GTP binding / DNA binding / RNA binding / zinc ion binding / membrane / cytoplasm / cytosol 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | ![]() ![]() ![]() | |||||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | |||||||||
![]() | Pulk, A. / Cate, J.H.D. | |||||||||
![]() | ![]() タイトル: Control of ribosomal subunit rotation by elongation factor G. 著者: Pulk, A. / Cate, J.H. | |||||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 14.5 MB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 表示 | ![]() | |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 3.5 MB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 5.4 MB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 1.4 MB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 2.1 MB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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単位格子 |
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要素
-RNA鎖 , 3種, 12分子 AACAEAGAABCBEBGBBADAFAHA
#1: RNA鎖 | 分子量: 941612.375 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() ![]() #2: RNA鎖 | 分子量: 38790.090 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() ![]() #33: RNA鎖 | 分子量: 499690.031 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() ![]() |
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+50S ribosomal protein ... , 30種, 118分子 ACCCECGCADCDEDGDAECEEEGEAFCFEFGFAGCGEGGGAHCHEHGHAICIEIGIAJCJ...
-30S ribosomal protein ... , 20種, 80分子 BBDBFBHBBCDCFCHCBDDDFDHDBEDEFEHEBFDFFFHFBGDGFGHGBHDHFHHHBIDI...
#34: タンパク質 | 分子量: 26781.670 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() ![]() #35: タンパク質 | 分子量: 26031.316 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() ![]() #36: タンパク質 | 分子量: 23514.199 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() ![]() #37: タンパク質 | 分子量: 17629.398 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() ![]() #38: タンパク質 | 分子量: 15727.512 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() ![]() #39: タンパク質 | 分子量: 20055.156 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() ![]() #40: タンパク質 | 分子量: 14146.557 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() ![]() #41: タンパク質 | 分子量: 14886.270 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() ![]() #42: タンパク質 | 分子量: 11755.597 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() ![]() #43: タンパク質 | 分子量: 13870.975 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() ![]() #44: タンパク質 | 分子量: 13768.157 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() ![]() #45: タンパク質 | 分子量: 13128.467 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() ![]() #46: タンパク質 | 分子量: 11606.560 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() ![]() #47: タンパク質 | 分子量: 10290.816 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() ![]() #48: タンパク質 | 分子量: 9207.572 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() ![]() #49: タンパク質 | 分子量: 9724.491 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() ![]() #50: タンパク質 | 分子量: 9005.472 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() ![]() #51: タンパク質 | 分子量: 10455.355 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() ![]() #52: タンパク質 | 分子量: 9708.464 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() ![]() #53: タンパク質 | 分子量: 8524.039 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() ![]() |
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-タンパク質 / タンパク質・ペプチド , 2種, 7分子 BVDVFVHVBWDWFW
#54: タンパク質 | 分子量: 77676.227 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() ![]() #55: タンパク質・ペプチド | |
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-非ポリマー , 4種, 4224分子 ![](data/chem/img/MG.gif)
![](data/chem/img/ZN.gif)
![](data/chem/img/GCP.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
![](data/chem/img/ZN.gif)
![](data/chem/img/GCP.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
#56: 化合物 | ChemComp-MG / #57: 化合物 | ChemComp-ZN / #58: 化合物 | ChemComp-GCP / #59: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 |
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結晶化 |
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-データ収集
回折 |
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放射光源 |
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検出器 |
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放射 |
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放射波長 | 波長: 1.1 Å / 相対比: 1 | |||||||||||||||
反射 | 解像度: 2.9→70 Å / Num. obs: 1984536 / % possible obs: 89.6 % / Observed criterion σ(F): 0.58 / Observed criterion σ(I): 0.58 |
-位相決定
位相決定 | 手法: ![]() |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 詳細: Zero B values occur for some waters due to scaling from the use of bulk solvent correction in the refinement
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原子変位パラメータ | Biso max: 145.92 Å2 / Biso mean: 32.7421 Å2 / Biso min: 0 Å2 | ||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.9→70 Å
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