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- PDB-4v9g: RC-LH1-PufX dimer complex from Rhodobacter sphaeroides -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4v9g
タイトルRC-LH1-PufX dimer complex from Rhodobacter sphaeroides
要素
  • (Light-harvesting protein B-875 ...) x 2
  • (Reaction center protein ...Photosynthetic reaction centre) x 3
  • Intrinsic membrane protein PufX
キーワードPHOTOSYNTHESIS (光合成) / antenna complex LH1 / Reaction Centre / chromophores / Photosynthetic Complexes / Photosynthetic Light Capture and electron transfer / Photosynthetic Chromophores / membrane spherical vesicles / PufX / quinol (ヒドロキノン) / quinone (キノン)
機能・相同性
機能・相同性情報


organelle inner membrane / plasma membrane-derived chromatophore membrane / plasma membrane light-harvesting complex / bacteriochlorophyll binding / photosynthesis, light reaction / electron transporter, transferring electrons within the cyclic electron transport pathway of photosynthesis activity / photosynthetic electron transport in photosystem II / 光合成 / metal ion binding / 細胞膜
類似検索 - 分子機能
Intrinsic membrane protein family, PufX / Intrinsic membrane protein PufX / Antenna complex, beta subunit, conserved site / Antenna complexes beta subunits signature. / Antenna complex, alpha subunit / Antenna complex, beta domain superfamily / Antenna complex, alpha subunit conserved site / Antenna complexes alpha subunits signature. / Light-harvesting protein B beta chain / Antenna complex, alpha/beta subunit ...Intrinsic membrane protein family, PufX / Intrinsic membrane protein PufX / Antenna complex, beta subunit, conserved site / Antenna complexes beta subunits signature. / Antenna complex, alpha subunit / Antenna complex, beta domain superfamily / Antenna complex, alpha subunit conserved site / Antenna complexes alpha subunits signature. / Light-harvesting protein B beta chain / Antenna complex, alpha/beta subunit / Light-harvesting complex / Antenna complex alpha/beta subunit / Photosynthetic reaction centre, H subunit / Bacterial photosynthetic reaction centre, H-chain, C-terminal / Photosynthetic reaction centre, M subunit / Photosynthetic reaction centre, H subunit, N-terminal / Photosynthetic reaction centre, H subunit, N-terminal domain superfamily / Photosynthetic reaction centre, H-chain N-terminal region / PRC-barrel domain / PRC-barrel domain / Photosynthetic reaction centre, L subunit / PRC-barrel-like superfamily / Photosynthetic reaction centre, L/M / Photosystem II protein D1/D2 superfamily / Photosynthetic reaction centre protein / Photosynthetic reaction center proteins signature.
類似検索 - ドメイン・相同性
バクテリオクロロフィル / BACTERIOPHEOPHYTIN A / : / リン酸塩 / SPHEROIDENE / UBIQUINONE-10 / Light-harvesting protein B-875 alpha chain / Reaction center protein H chain / Reaction center protein L chain / Reaction center protein M chain ...バクテリオクロロフィル / BACTERIOPHEOPHYTIN A / : / リン酸塩 / SPHEROIDENE / UBIQUINONE-10 / Light-harvesting protein B-875 alpha chain / Reaction center protein H chain / Reaction center protein L chain / Reaction center protein M chain / Intrinsic membrane protein PufX / Light-harvesting protein B-875 beta chain
類似検索 - 構成要素
生物種Rhodobacter sphaeroides (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 7.78 Å
データ登録者Qian, P. / Papiz, M.Z. / Jackson, P.J. / Brindley, A.A. / Ng, I.W. / Olsen, J.D. / Dickman, M.J. / Bullough, P.A. / Hunter, C.N.
引用ジャーナル: Biochemistry / 年: 2013
タイトル: Three-Dimensional Structure of the Rhodobacter sphaeroides RC-LH1-PufX Complex: Dimerization and Quinone Channels Promoted by PufX.
著者: Qian, P. / Papiz, M.Z. / Jackson, P.J. / Brindley, A.A. / Ng, I.W. / Olsen, J.D. / Dickman, M.J. / Bullough, P.A. / Hunter, C.N.
履歴
登録2013年2月21日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02014年7月9日Provider: repository / タイプ: Initial release
置き換え2014年12月10日ID: 4JC9, 4JCB
改定 1.12014年12月10日Group: Other
改定 1.22024年2月28日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A5: Light-harvesting protein B-875 alpha chain
AT: Light-harvesting protein B-875 alpha chain
AV: Light-harvesting protein B-875 alpha chain
AX: Light-harvesting protein B-875 alpha chain
A3: Light-harvesting protein B-875 alpha chain
A7: Light-harvesting protein B-875 alpha chain
AD: Light-harvesting protein B-875 alpha chain
AF: Light-harvesting protein B-875 alpha chain
A1: Light-harvesting protein B-875 alpha chain
AJ: Light-harvesting protein B-875 alpha chain
A2: Light-harvesting protein B-875 alpha chain
AN: Light-harvesting protein B-875 alpha chain
AP: Light-harvesting protein B-875 alpha chain
AZ: Light-harvesting protein B-875 alpha chain
AB: Intrinsic membrane protein PufX
AS: Light-harvesting protein B-875 beta chain
A9: Light-harvesting protein B-875 beta chain
AO: Light-harvesting protein B-875 beta chain
AQ: Light-harvesting protein B-875 beta chain
A6: Light-harvesting protein B-875 beta chain
AU: Light-harvesting protein B-875 beta chain
AW: Light-harvesting protein B-875 beta chain
AY: Light-harvesting protein B-875 beta chain
A4: Light-harvesting protein B-875 beta chain
A8: Light-harvesting protein B-875 beta chain
AE: Light-harvesting protein B-875 beta chain
AG: Light-harvesting protein B-875 beta chain
AI: Light-harvesting protein B-875 beta chain
AK: Light-harvesting protein B-875 beta chain
AH: Reaction center protein H chain
AL: Reaction center protein L chain
AM: Reaction center protein M chain
B5: Light-harvesting protein B-875 alpha chain
BT: Light-harvesting protein B-875 alpha chain
BV: Light-harvesting protein B-875 alpha chain
BX: Light-harvesting protein B-875 alpha chain
B3: Light-harvesting protein B-875 alpha chain
B7: Light-harvesting protein B-875 alpha chain
BD: Light-harvesting protein B-875 alpha chain
BF: Light-harvesting protein B-875 alpha chain
B1: Light-harvesting protein B-875 alpha chain
BJ: Light-harvesting protein B-875 alpha chain
B2: Light-harvesting protein B-875 alpha chain
BN: Light-harvesting protein B-875 alpha chain
BP: Light-harvesting protein B-875 alpha chain
BZ: Light-harvesting protein B-875 alpha chain
BB: Intrinsic membrane protein PufX
BS: Light-harvesting protein B-875 beta chain
B9: Light-harvesting protein B-875 beta chain
BO: Light-harvesting protein B-875 beta chain
BQ: Light-harvesting protein B-875 beta chain
B6: Light-harvesting protein B-875 beta chain
BU: Light-harvesting protein B-875 beta chain
BW: Light-harvesting protein B-875 beta chain
BY: Light-harvesting protein B-875 beta chain
B4: Light-harvesting protein B-875 beta chain
B8: Light-harvesting protein B-875 beta chain
BE: Light-harvesting protein B-875 beta chain
BG: Light-harvesting protein B-875 beta chain
BI: Light-harvesting protein B-875 beta chain
BK: Light-harvesting protein B-875 beta chain
BH: Reaction center protein H chain
BL: Reaction center protein L chain
BM: Reaction center protein M chain
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)619,063140
ポリマ－553,70964
非ポリマー65,35476
水0
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)78.077, 415.075, 129.818
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 105.75, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

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Light-harvesting protein B-875 ... , 2種, 56分子 A5ATAVAXA3A7ADAFA1AJA2ANAPAZB5BTBVBXB3B7BDBFB1BJB2BNBPBZASA9...

#1: タンパク質 ...
Light-harvesting protein B-875 alpha chain / Antenna pigment protein alpha chain / LH-1


分子量: 6816.169 Da / 分子数: 28 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: Photosynthetic membranes / 由来: (天然) Rhodobacter sphaeroides (バクテリア) / 参照: UniProt: P0C0X9
#3: タンパク質・ペプチド ...
Light-harvesting protein B-875 beta chain / Antenna pigment protein beta chain / LH-3A


分子量: 5592.361 Da / 分子数: 28 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: Photosynthetic membranes / 由来: (天然) Rhodobacter sphaeroides (バクテリア) / 参照: UniProt: Q3J1A3

-
タンパク質 , 1種, 2分子 ABBB

#2: タンパク質 Intrinsic membrane protein PufX


分子量: 9061.646 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: Photosynthetic membranes / 由来: (天然) Rhodobacter sphaeroides (バクテリア) / 参照: UniProt: P13402

-
Reaction center protein ... , 3種, 6分子 AHBHALBLAMBM

#4: タンパク質 Reaction center protein H chain / Photosynthetic reaction centre / Photosynthetic reaction center H subunit


分子量: 28066.322 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: Photosynthetic membranes / 由来: (天然) Rhodobacter sphaeroides (バクテリア) / 参照: UniProt: P0C0Y7
#5: タンパク質 Reaction center protein L chain / Photosynthetic reaction centre / Photosynthetic reaction center L subunit


分子量: 31477.584 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: Photosynthetic membranes / 由来: (天然) Rhodobacter sphaeroides (バクテリア) / 参照: UniProt: P0C0Y8
#6: タンパク質 Reaction center protein M chain / Photosynthetic reaction centre / Photosynthetic reaction center M subunit


分子量: 34529.738 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: Photosynthetic membranes / 由来: (天然) Rhodobacter sphaeroides (バクテリア) / 参照: UniProt: P0C0Y9

-
非ポリマー , 6種, 76分子

#7: 化合物...
ChemComp-BCL / BACTERIOCHLOROPHYLL A / バクテリオクロロフィル


分子量: 911.504 Da / 分子数: 64 / 由来タイプ: 合成 / 式: C55H74MgN4O6
#8: 化合物
ChemComp-BPH / BACTERIOPHEOPHYTIN A / バクテリオフェオフィチン / フェオフィチン


分子量: 889.215 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C55H76N4O6
#9: 化合物 ChemComp-U10 / UBIQUINONE-10 / Coenzyme Q10 / 2-(3,7,11,15,19,23,27,31,35,39-デカメチルテトラコンタ-2,6,10,14,18,22,(以下略) / ユビキノン


分子量: 863.343 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C59H90O4
#10: 化合物 ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION / ホスファ-ト / リン酸塩


分子量: 94.971 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO4
#11: 化合物 ChemComp-FE2 / FE (II) ION


分子量: 55.845 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Fe
#12: 化合物 ChemComp-SPO / SPHEROIDENE / (13Z)-3,4-ジデヒドロ-1,2,7′,8′-テトラヒドロ-1-メトキシ-ψ,ψ-カロテン


分子量: 568.914 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C41H60O

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詳細

配列の詳細THE ISOLATED SAMPLE DOES NOT HAVE THE SAME NUMBER OF AMINO ACID RESIDUES CODED IN DNA FOR PROTEIN ...THE ISOLATED SAMPLE DOES NOT HAVE THE SAME NUMBER OF AMINO ACID RESIDUES CODED IN DNA FOR PROTEIN PUFX (CHAIN B). PUFX HAS 82 AMINO ACID RESIDUES BASED ON ITS DNA SEQUENCE. IT HAS BEEN SHOWN TO BE POSTRANSLATIONALLY MODIFIED AND THE LAST 12 RESIDUES ARE ABSENT (RATCLIFFE ET AL (2011), BIOCHIMICA ET BIOPHYSICA ACTA,1807,95-107).

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.66 Å3/Da / 溶媒含有率: 66.36 %
結晶化温度: 292 K / pH: 10.5
詳細: The core dimer complex was concentrated to an optical density of ~100 at 875 nm and washed in (0.42%) n-nonyl- -D maltopyranoside to exchange the purification detergent, n-dodecyl- -D- ...詳細: The core dimer complex was concentrated to an optical density of ~100 at 875 nm and washed in (0.42%) n-nonyl- -D maltopyranoside to exchange the purification detergent, n-dodecyl- -D-maltopyranoside. Crystals grew in 14.00% PEG400, 0.10 M N-cyclohexyl-3-aminopropanesulfonic acid (CAPS) pH 10.5, and 1.0% spermidine., VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 292K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SRS / ビームライン: PX9.6 / 波長: 0.912
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD
詳細: SI(111) SINGLE CRYSTAL MONOCHROMATOR AND VERTICALLY FOCUSSING SI CRYSTAL MIRROR
放射モノクロメーター: SI(111) SINGLE CRYSTAL / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.912 Å / 相対比: 1
Reflection twin
Crystal-IDIDOperatorDomain-IDFraction
11H, K, L10.883
11-H, -K, H+L20.117
反射解像度: 7.78→20.39 Å / Num. obs: 6831 / % possible obs: 82 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 2.9 % / Rmerge(I) obs: 0.093 / Net I/σ(I): 5.6
反射 シェル解像度: 7.78→8.4 Å / 冗長度: 2.9 % / Rmerge(I) obs: 0.905 / Mean I/σ(I) obs: 1 / % possible all: 80

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
GDAデータ収集
PHASER位相決定
REFMAC5.7.0029精密化
MOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: MODEL OBTAINED BY FITTING 2D CRYO- ELECTRONMYCROSCOPY IMAGES

解像度: 7.78→20.39 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.898 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.893 / SU B: 300.261 / SU ML: 2.374 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R Free: 1.207 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN USED IF PRESENT IN THE INPUT
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.25767 311 4.9 %RANDOM
Rwork0.22793 ---
obs0.22939 5997 73.65 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 250.037 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--138.15 Å2-0 Å2-153.97 Å2
2--76.04 Å20 Å2
3---62.11 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 7.78→20.39 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数17267 0 1826 0 19093
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0130.0239880
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg2.632.05755546
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg8.76254240
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg33.25722.5571502
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg24.091155284
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg16.22415152
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0830.25720
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0080.02131474
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 7.78→7.95 Å / Total num. of bins used: 20

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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