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- PDB-4v9f: The re-refined crystal structure of the Haloarcula marismortui la... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4v9f
タイトルThe re-refined crystal structure of the Haloarcula marismortui large ribosomal subunit at 2.4 Angstrom resolution: more complete structure of the L7/L12 and L1 stalk, L5 and LX proteins
要素
  • (50S ribosomal protein ...) x 31
  • 23S Ribosomal RNA
  • 5S Ribosomal RNA
キーワードRIBOSOME / 50S ribosomal subunit / ribonucleoprotein / ribosomal protein / RNA binding / tRNA binding / metal binding
機能・相同性
機能・相同性情報


ribonuclease P activity / tRNA 5'-leader removal / box C/D methylation guide snoRNP complex / maturation of LSU-rRNA / maturation of LSU-rRNA from tricistronic rRNA transcript (SSU-rRNA, 5.8S rRNA, LSU-rRNA) / ribosomal large subunit biogenesis / maturation of SSU-rRNA / mRNA splicing, via spliceosome / 5S rRNA binding / large ribosomal subunit rRNA binding ...ribonuclease P activity / tRNA 5'-leader removal / box C/D methylation guide snoRNP complex / maturation of LSU-rRNA / maturation of LSU-rRNA from tricistronic rRNA transcript (SSU-rRNA, 5.8S rRNA, LSU-rRNA) / ribosomal large subunit biogenesis / maturation of SSU-rRNA / mRNA splicing, via spliceosome / 5S rRNA binding / large ribosomal subunit rRNA binding / cytosolic large ribosomal subunit / cytoplasmic translation / tRNA binding / rRNA binding / negative regulation of translation / ribosome / structural constituent of ribosome / ribonucleoprotein complex / translation / DNA repair / nucleotide binding / mRNA binding / DNA binding / zinc ion binding
類似検索 - 分子機能
Ribosomal protein L19e, domain 2 / Ribosomal protein L19e, domain 3 / 50S ribosomal protein L10, archaea / Ribosomal protein L19e, archaeal / Ribosomal protein L15e, archaeal / Ribosomal protein L30, archaeal / Ribosomal protein L6P, archaea / Ribosomal protein L14P, archaeal / Ribosomal protein L21e, archaeal / Ribosomal protein L18e, archaea ...Ribosomal protein L19e, domain 2 / Ribosomal protein L19e, domain 3 / 50S ribosomal protein L10, archaea / Ribosomal protein L19e, archaeal / Ribosomal protein L15e, archaeal / Ribosomal protein L30, archaeal / Ribosomal protein L6P, archaea / Ribosomal protein L14P, archaeal / Ribosomal protein L21e, archaeal / Ribosomal protein L18e, archaea / Ribosomal protein L10e, archaea / Ribosomal protein L32e, archaeal / Ribosomal protein L3, archaeal / Ribosomal protein L4, archaea / Ribosomal protein L5, archaeal / Ribosomal protein L7Ae, archaea / Ribosomal protein L24e / DNA repair Rad51/transcription factor NusA, alpha-helical / : / Helix-hairpin-helix domain / Ribosomal protein L2, archaeal-type / Ribosomal L15/L27a, N-terminal / : / Ribosomal protein L23 / 50S ribosomal protein L10, insertion domain superfamily / 60S ribosomal protein L10P, insertion domain / Insertion domain in 60S ribosomal protein L10P / metallochaperone-like domain / TRASH domain / : / Ribosomal protein L44e signature. / Helix-hairpin-helix DNA-binding motif, class 1 / Helix-hairpin-helix DNA-binding motif class 1 / Ribosomal protein L10e, conserved site / Ribosomal protein L10e signature. / Ribosomal protein L10e / Ribosomal protein L24e, conserved site / Ribosomal protein L24e signature. / Ribosomal protein L44e / Ribosomal protein L19/L19e conserved site / Ribosomal protein L44 / Ribosomal protein L19e signature. / 50S ribosomal protein L18Ae/60S ribosomal protein L20 and L18a / Ribosomal protein 50S-L18Ae/60S-L20/60S-L18A / Ribosomal proteins 50S-L18Ae/60S-L20/60S-L18A / Ribosomal protein L39e, conserved site / Ribosomal protein L39e signature. / Ribosomal protein L18/L18-A/B/e, conserved site / Ribosomal protein L18e signature. / 60S ribosomal protein L19 / Ribosomal protein L13, eukaryotic/archaeal / Ribosomal protein L18e / Ribosomal protein L37ae / Ribosomal L37ae protein family / Ribosomal protein L31e, conserved site / Ribosomal protein L31e signature. / Ribosomal_L19e / Ribosomal protein L19/L19e / Ribosomal protein L19/L19e, domain 1 / Ribosomal protein L19/L19e superfamily / Ribosomal protein L19e / Ribosomal protein L39e / Ribosomal protein L39e domain superfamily / Ribosomal L39 protein / Ribosomal protein L5 eukaryotic/L18 archaeal / Ribosomal large subunit proteins 60S L5, and 50S L18 / Ribosomal protein L32e, conserved site / Ribosomal protein L32e signature. / Ribosomal protein L6, conserved site-2 / Ribosomal protein L6 signature 2. / Ribosomal protein L4/L1e, eukaryotic/archaeal, conserved site / Ribosomal protein L1e signature. / Ribosomal protein L15e, conserved site / Ribosomal protein L15e signature. / Ribosomal protein L31e / Ribosomal protein L31e domain superfamily / Ribosomal protein L31e / Ribosomal_L31e / Ribosomal protein L21e / Ribosomal protein L21e, conserved site / Ribosomal protein L21 superfamily / Ribosomal protein L21e / Ribosomal protein L21e signature. / Ribosomal protein L22/L17, eukaryotic/archaeal / Ribosomal protein L4, eukaryotic and archaeal type / Ribosomal protein L3, domain 3, archaeal type superfamily / Ribosomal protein L3, archaeal/eukaryotic type / Ribosomal protein L37e, conserved site / Ribosomal protein L37e signature. / Ribosomal protein L24e-related / Ribosomal protein L24e/L24 superfamily / Ribosomal protein L24e / Ribosomal protein L37e / Ribosomal protein L37e / Ribosomal_L15e / Ribosomal protein L15e / Ribosomal protein L15e core domain superfamily / Ribosomal L15 / Ribosomal protein L32e / Ribosomal protein L37ae/L37e
類似検索 - ドメイン・相同性
ACETIC ACID / : / : / RNA / RNA (> 10) / RNA (> 100) / RNA (> 1000) / Large ribosomal subunit protein uL22 / Large ribosomal subunit protein uL29 / Large ribosomal subunit protein uL24 ...ACETIC ACID / : / : / RNA / RNA (> 10) / RNA (> 100) / RNA (> 1000) / Large ribosomal subunit protein uL22 / Large ribosomal subunit protein uL29 / Large ribosomal subunit protein uL24 / Large ribosomal subunit protein uL23 / Large ribosomal subunit protein eL18 / Large ribosomal subunit protein eL21 / Large ribosomal subunit protein uL4 / Large ribosomal subunit protein eL32 / Large ribosomal subunit protein uL15 / Large ribosomal subunit protein eL8 / Large ribosomal subunit protein eL24 / Large ribosomal subunit protein eL19 / Large ribosomal subunit protein uL30 / Large ribosomal subunit protein uL11 / Large ribosomal subunit protein uL18 / Large ribosomal subunit protein uL5 / 50S ribosomal protein L18Ae / Large ribosomal subunit protein uL6 / Large ribosomal subunit protein uL10 / Large ribosomal subunit protein eL31 / Large ribosomal subunit protein uL2 / Large ribosomal subunit protein uL3 / Large ribosomal subunit protein uL14 / Large ribosomal subunit protein eL39 / Large ribosomal subunit protein uL13 / Large ribosomal subunit protein eL37 / Large ribosomal subunit protein eL42 / Large ribosomal subunit protein uL16 / Large ribosomal subunit protein eL15 / Large ribosomal subunit protein eL43
類似検索 - 構成要素
生物種Haloarcula marismortui (好塩性)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.404 Å
データ登録者Gabdulkhakov, A.
引用ジャーナル: Science / 年: 2000
タイトル: The complete atomic structure of the large ribosomal subunit at 2.4 A resolution.
著者: Ban, N. / Nissen, P. / Hansen, J. / Moore, P.B. / Steitz, T.A.
履歴
登録2012年11月2日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02014年7月9日Provider: repository / タイプ: Initial release
置き換え2014年12月10日ID: 4HUB, 4I4M
改定 1.12014年12月10日Group: Other
改定 1.22017年6月28日Group: Database references / カテゴリ: struct_ref_seq
Item: _struct_ref_seq.db_align_beg / _struct_ref_seq.db_align_end ..._struct_ref_seq.db_align_beg / _struct_ref_seq.db_align_end / _struct_ref_seq.pdbx_auth_seq_align_beg / _struct_ref_seq.seq_align_beg
改定 1.32019年7月17日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: software / struct_conn / struct_ref_seq
Item: _software.classification / _software.name ..._software.classification / _software.name / _software.version / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ref_seq.db_align_beg / _struct_ref_seq.db_align_end
改定 1.42023年9月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id
Remark 0THIS ENTRY 4HUB REFLECTS AN ALTERNATIVE MODELING OF THE ORIGINAL STRUCTURAL DATA (R1FFKSF) ...THIS ENTRY 4HUB REFLECTS AN ALTERNATIVE MODELING OF THE ORIGINAL STRUCTURAL DATA (R1FFKSF) DETERMINED BY AUTHORS OF THE PDB ENTRY 1FFK: N.BAN, P.NISSEN, J.HANSEN, P.B.MOORE, T.A.STEITZ

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
0: 23S Ribosomal RNA
9: 5S Ribosomal RNA
A: 50S ribosomal protein L2P
B: 50S ribosomal protein L3P
C: 50S ribosomal protein L4P
D: 50S ribosomal protein L5P
E: 50S ribosomal protein L6P
F: 50S ribosomal protein L7Ae
G: 50S ribosomal protein L10E
H: 50S ribosomal protein L10e
I: 50S ribosomal protein L11P
J: 50S ribosomal protein L13P
K: 50S ribosomal protein L14P
L: 50S ribosomal protein L15P
M: 50S ribosomal protein L15e
N: 50S ribosomal protein L18P
O: 50S ribosomal protein L18e
P: 50S ribosomal protein L19e
Q: 50S ribosomal protein L21e
R: 50S ribosomal protein L22P
S: 50S ribosomal protein L23P
T: 50S ribosomal protein L24P
U: 50S ribosomal protein L24e
V: 50S ribosomal protein L29P
W: 50S ribosomal protein L30P
X: 50S ribosomal protein L31e
Y: 50S ribosomal protein L32e
Z: 50S ribosomal protein L37Ae
1: 50S ribosomal protein L37e
2: 50S ribosomal protein L39e
3: 50S ribosomal protein L44e
4: 50S ribosomal protein L12
5: 50S ribosomal protein L12
6: 50S ribosomal protein LX
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)1,486,403299
ポリマ－1,479,11234
非ポリマー7,291265
水139,5267745
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)211.660, 299.670, 573.770
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number20
Space group name H-MC2221

-
要素

-
RNA鎖 , 2種, 2分子 09

#1: RNA鎖 23S Ribosomal RNA


分子量: 942258.938 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Haloarcula marismortui (好塩性) / 株: ATCC 43049 / DSM 3752 / JCM 8966 / VKM B-1809
#2: RNA鎖 5S Ribosomal RNA


分子量: 39303.402 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Haloarcula marismortui (好塩性) / 株: ATCC 43049 / DSM 3752 / JCM 8966 / VKM B-1809

+
50S ribosomal protein ... , 31種, 32分子 ABCDEFGHIJKLMNOPQRSTUVWXYZ123456

#3: タンパク質 50S ribosomal protein L2P / Hl4 / Hmal2


分子量: 25354.688 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Haloarcula marismortui (好塩性) / 株: ATCC 43049 / DSM 3752 / JCM 8966 / VKM B-1809 / 参照: UniProt: P20276
#4: タンパク質 50S ribosomal protein L3P / Hl1 / Hmal3


分子量: 37396.395 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Haloarcula marismortui (好塩性) / 株: ATCC 43049 / DSM 3752 / JCM 8966 / VKM B-1809 / 参照: UniProt: P20279
#5: タンパク質 50S ribosomal protein L4P / Hl6 / Hmal4


分子量: 26457.068 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Haloarcula marismortui (好塩性) / 株: ATCC 43049 / DSM 3752 / JCM 8966 / VKM B-1809 / 参照: UniProt: P12735
#6: タンパク質 50S ribosomal protein L5P / Hl13 / Hmal5


分子量: 19551.693 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Haloarcula marismortui (好塩性) / 株: ATCC 43049 / DSM 3752 / JCM 8966 / VKM B-1809 / 参照: UniProt: P14124
#7: タンパク質 50S ribosomal protein L6P / Hl10 / Hmal6


分子量: 19961.719 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Haloarcula marismortui (好塩性) / 株: ATCC 43049 / DSM 3752 / JCM 8966 / VKM B-1809 / 参照: UniProt: P14135
#8: タンパク質 50S ribosomal protein L7Ae / Hs6


分子量: 12791.941 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Haloarcula marismortui (好塩性) / 株: ATCC 43049 / DSM 3752 / JCM 8966 / VKM B-1809 / 参照: UniProt: P12743
#9: タンパク質 50S ribosomal protein L10E / Ribosomal protein L10 / Acidic ribosomal protein P0 homolog / HMal10 / L10E


分子量: 26454.523 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Haloarcula marismortui (好塩性) / 株: ATCC 43049 / DSM 3752 / JCM 8966 / VKM B-1809 / 参照: UniProt: P15825
#10: タンパク質 50S ribosomal protein L10e


分子量: 19942.734 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Haloarcula marismortui (好塩性) / 株: ATCC 43049 / DSM 3752 / JCM 8966 / VKM B-1809 / 参照: UniProt: P60617
#11: タンパク質 50S ribosomal protein L11P / Hmal11


分子量: 17097.547 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Haloarcula marismortui (好塩性) / 株: ATCC 43049 / DSM 3752 / JCM 8966 / VKM B-1809 / 参照: UniProt: P14122
#12: タンパク質 50S ribosomal protein L13P / Hmal13


分子量: 16249.214 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Haloarcula marismortui (好塩性) / 株: ATCC 43049 / DSM 3752 / JCM 8966 / VKM B-1809 / 参照: UniProt: P29198
#13: タンパク質 50S ribosomal protein L14P / Hl27 / Hmal14


分子量: 14216.233 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Haloarcula marismortui (好塩性) / 株: ATCC 43049 / DSM 3752 / JCM 8966 / VKM B-1809 / 参照: UniProt: P22450
#14: タンパク質 50S ribosomal protein L15P / Hl9 / Hmal15


分子量: 18005.367 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Haloarcula marismortui (好塩性) / 株: ATCC 43049 / DSM 3752 / JCM 8966 / VKM B-1809 / 参照: UniProt: P12737
#15: タンパク質 50S ribosomal protein L15e / 50S ribosomal protein LC12


分子量: 22404.301 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Haloarcula marismortui (好塩性) / 株: ATCC 43049 / DSM 3752 / JCM 8966 / VKM B-1809 / 参照: UniProt: P60618
#16: タンパク質 50S ribosomal protein L18P / Hl12 / Hmal18


分子量: 20640.939 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Haloarcula marismortui (好塩性) / 株: ATCC 43049 / DSM 3752 / JCM 8966 / VKM B-1809 / 参照: UniProt: P14123
#17: タンパク質 50S ribosomal protein L18e / Hl29 / L19


分子量: 12438.915 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Haloarcula marismortui (好塩性) / 株: ATCC 43049 / DSM 3752 / JCM 8966 / VKM B-1809 / 参照: UniProt: P12733
#18: タンパク質 50S ribosomal protein L19e / Hl24 / Hmal19


分子量: 16796.514 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Haloarcula marismortui (好塩性) / 株: ATCC 43049 / DSM 3752 / JCM 8966 / VKM B-1809 / 参照: UniProt: P14119
#19: タンパク質 50S ribosomal protein L21e / Hl31


分子量: 10567.801 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Haloarcula marismortui (好塩性) / 株: ATCC 43049 / DSM 3752 / JCM 8966 / VKM B-1809 / 参照: UniProt: P12734
#20: タンパク質 50S ribosomal protein L22P / Hl23 / Hmal22


分子量: 16966.945 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Haloarcula marismortui (好塩性) / 株: ATCC 43049 / DSM 3752 / JCM 8966 / VKM B-1809 / 参照: UniProt: P10970
#21: タンパク質 50S ribosomal protein L23P / Hl25 / Hmal23 / L21


分子量: 9612.537 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Haloarcula marismortui (好塩性) / 株: ATCC 43049 / DSM 3752 / JCM 8966 / VKM B-1809 / 参照: UniProt: P12732
#22: タンパク質 50S ribosomal protein L24P / Hl15 / Hl16 / Hmal24


分子量: 13670.955 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Haloarcula marismortui (好塩性) / 株: ATCC 43049 / DSM 3752 / JCM 8966 / VKM B-1809 / 参照: UniProt: P10972
#23: タンパク質 50S ribosomal protein L24e / Hl21/Hl22


分子量: 7364.915 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Haloarcula marismortui (好塩性) / 株: ATCC 43049 / DSM 3752 / JCM 8966 / VKM B-1809 / 参照: UniProt: P14116
#24: タンパク質 50S ribosomal protein L29P / Hl33 / Hmal29


分子量: 7889.863 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Haloarcula marismortui (好塩性) / 株: ATCC 43049 / DSM 3752 / JCM 8966 / VKM B-1809 / 参照: UniProt: P10971
#25: タンパク質 50S ribosomal protein L30P / Hl16 / Hl20 / Hmal30


分子量: 17062.885 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Haloarcula marismortui (好塩性) / 株: ATCC 43049 / DSM 3752 / JCM 8966 / VKM B-1809 / 参照: UniProt: P14121
#26: タンパク質 50S ribosomal protein L31e / Hl30 / L34


分子量: 10384.613 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Haloarcula marismortui (好塩性) / 株: ATCC 43049 / DSM 3752 / JCM 8966 / VKM B-1809 / 参照: UniProt: P18138
#27: タンパク質 50S ribosomal protein L32e / Hl5


分子量: 26455.727 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Haloarcula marismortui (好塩性) / 株: ATCC 43049 / DSM 3752 / JCM 8966 / VKM B-1809 / 参照: UniProt: P12736
#28: タンパク質 50S ribosomal protein L37Ae


分子量: 10189.221 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Haloarcula marismortui (好塩性) / 株: ATCC 43049 / DSM 3752 / JCM 8966 / VKM B-1809 / 参照: UniProt: P60619
#29: タンパク質 50S ribosomal protein L37e / L35e


分子量: 6330.203 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Haloarcula marismortui (好塩性) / 株: ATCC 43049 / DSM 3752 / JCM 8966 / VKM B-1809 / 参照: UniProt: P32410
#30: タンパク質・ペプチド 50S ribosomal protein L39e / Hl39e / Hl46e


分子量: 6133.090 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Haloarcula marismortui (好塩性) / 株: ATCC 43049 / DSM 3752 / JCM 8966 / VKM B-1809 / 参照: UniProt: P22452
#31: タンパク質 50S ribosomal protein L44e / HLA / La


分子量: 10815.245 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Haloarcula marismortui (好塩性) / 株: ATCC 43049 / DSM 3752 / JCM 8966 / VKM B-1809 / 参照: UniProt: P32411
#32: タンパク質 50S ribosomal protein L12 / Hmal12


分子量: 5975.357 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Haloarcula marismortui (好塩性) / 株: ATCC 43049 / DSM 3752 / JCM 8966 / VKM B-1809
#33: タンパク質 50S ribosomal protein LX / HL32


分子量: 6394.935 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Haloarcula marismortui (好塩性) / 株: ATCC 43049 / DSM 3752 / JCM 8966 / VKM B-1809 / 参照: UniProt: P14125

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非ポリマー , 7種, 8010分子

#34: 化合物...
ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 138 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#35: 化合物 ChemComp-K / POTASSIUM ION / カリウムカチオン


分子量: 39.098 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: K
#36: 化合物...
ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 85 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#37: 化合物...
ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 30 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#38: 化合物
ChemComp-ACY / ACETIC ACID / 酢酸


分子量: 60.052 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H4O2
#39: 化合物
ChemComp-CD / CADMIUM ION


分子量: 112.411 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cd
#40: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 7745 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

配列の詳細THE SEQUENCES OF CHAINS 4 AND 5 AND THE C-TERMINAL DOMAIN OF CHAIN G ARE UNKNOWN.

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.08 Å3/Da / 溶媒含有率: 60.11 % / 解説: AUTHOR USED THE SF DATA FROM ENTRY 1FFK.

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データ収集

放射散乱光タイプ: x-ray
放射波長相対比: 1

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(phenix.refine: 1.8.1_1168)精密化
CNS精密化
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
CNS位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1FFK

1ffk


解像度: 2.404→85.478 Å / SU ML: 0.29 / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 22.68 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2062 6672 1 %RANDOM
Rwork0.1656 ---
all0.167 666777 --
obs0.166 666777 95.49 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.404→85.478 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数32583 62785 277 0 95645
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.006103848
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.078154926
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d13.82747849
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.05719570
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0069101
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.404-2.43080.31941910.27715697X-RAY DIFFRACTION69
2.4308-2.45940.3151620.256916850X-RAY DIFFRACTION73
2.4594-2.48940.31091860.250217611X-RAY DIFFRACTION77
2.4894-2.52090.27191870.249418432X-RAY DIFFRACTION80
2.5209-2.55410.29632040.248919386X-RAY DIFFRACTION85
2.5541-2.58910.31052170.248220385X-RAY DIFFRACTION89
2.5891-2.62610.31532280.246321533X-RAY DIFFRACTION94
2.6261-2.66530.31182250.239122653X-RAY DIFFRACTION99
2.6653-2.7070.26882210.23422944X-RAY DIFFRACTION100
2.707-2.75130.28972430.233722969X-RAY DIFFRACTION100
2.7513-2.79880.29512280.225522924X-RAY DIFFRACTION100
2.7988-2.84970.24072300.224122954X-RAY DIFFRACTION100
2.8497-2.90450.29842050.218123001X-RAY DIFFRACTION100
2.9045-2.96380.26342120.214322986X-RAY DIFFRACTION100
2.9638-3.02820.26192220.207422957X-RAY DIFFRACTION100
3.0282-3.09870.23222430.196522938X-RAY DIFFRACTION100
3.0987-3.17620.21472460.18322929X-RAY DIFFRACTION100
3.1762-3.2620.22032320.175623001X-RAY DIFFRACTION100
3.262-3.3580.21862210.166822988X-RAY DIFFRACTION100
3.358-3.46640.21292200.161223041X-RAY DIFFRACTION100
3.4664-3.59030.20332500.151822975X-RAY DIFFRACTION100
3.5903-3.73410.17992200.140523062X-RAY DIFFRACTION100
3.7341-3.9040.16062230.134323077X-RAY DIFFRACTION100
3.904-4.10980.17252180.128422997X-RAY DIFFRACTION100
4.1098-4.36730.16522640.126323150X-RAY DIFFRACTION100
4.3673-4.70450.16222200.121923168X-RAY DIFFRACTION100
4.7045-5.17790.14632520.119623071X-RAY DIFFRACTION100
5.1779-5.9270.15382440.122323266X-RAY DIFFRACTION100
5.927-7.46670.18622150.140623371X-RAY DIFFRACTION100
7.4667-85.53170.18222430.167323789X-RAY DIFFRACTION100

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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