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- PDB-4v8q: Complex of SmpB, a tmRNA fragment and EF-Tu-GDP-Kirromycin with t... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4v8q
タイトルComplex of SmpB, a tmRNA fragment and EF-Tu-GDP-Kirromycin with the 70S ribosome
要素
  • (30S RIBOSOMAL PROTEIN ...) x 20
  • (50S RIBOSOMAL PROTEIN ...) x 31
  • 16S ribosomal RNA
  • 23S ribosomal RNA
  • 5S ribosomal RNA
  • E-SITE or P-SITE TRNA FMET
  • ELONGATION FACTOR TU
  • MRNA
  • SMALL PROTEIN B SMPB
  • TMRNA DELA
キーワードRIBOSOME / TMRNA / SMPB / EF-TU
機能・相同性
機能・相同性情報


trans-translation / protein-synthesizing GTPase / translation elongation factor activity / large ribosomal subunit / regulation of translation / transferase activity / ribosomal small subunit biogenesis / ribosomal small subunit assembly / small ribosomal subunit / 5S rRNA binding ...trans-translation / protein-synthesizing GTPase / translation elongation factor activity / large ribosomal subunit / regulation of translation / transferase activity / ribosomal small subunit biogenesis / ribosomal small subunit assembly / small ribosomal subunit / 5S rRNA binding / small ribosomal subunit rRNA binding / ribosomal large subunit assembly / large ribosomal subunit rRNA binding / cytosolic small ribosomal subunit / cytosolic large ribosomal subunit / cytoplasmic translation / tRNA binding / negative regulation of translation / rRNA binding / structural constituent of ribosome / ribosome / translation / ribonucleoprotein complex / mRNA binding / GTPase activity / GTP binding / RNA binding / zinc ion binding / metal ion binding / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
SsrA-binding protein / SsrA-binding protein, conserved site / Small protein B / SmpB protein / SsrA-binding protein. / Translation elongation factor EFTu/EF1A, C-terminal / Translation elongation factor EFTu/EF1A, bacterial/organelle / Elongation factor Tu, domain 2 / Elongation factor Tu (EF-Tu), GTP-binding domain / : ...SsrA-binding protein / SsrA-binding protein, conserved site / Small protein B / SmpB protein / SsrA-binding protein. / Translation elongation factor EFTu/EF1A, C-terminal / Translation elongation factor EFTu/EF1A, bacterial/organelle / Elongation factor Tu, domain 2 / Elongation factor Tu (EF-Tu), GTP-binding domain / : / Elongation factor Tu C-terminal domain / 30S ribosomal protein Thx / 30S ribosomal protein Thx / 30S ribosomal protein / Ribosomal protein L1, bacterial-type / Translation elongation factor EF1A/initiation factor IF2gamma, C-terminal / Ribosomal protein L25, long-form / Ribosomal protein L25, beta domain / Ribosomal protein L25, C-terminal / Ribosomal protein TL5, C-terminal domain / Tr-type G domain, conserved site / : / Translational (tr)-type guanine nucleotide-binding (G) domain signature. / Ribosomal protein S14, type Z / Ribosomal protein L1, conserved site / Ribosomal protein L1 signature. / Ribosomal protein L1 / Translation elongation factor EFTu-like, domain 2 / Ribosomal protein L1, 3-layer alpha/beta-sandwich / Elongation factor Tu domain 2 / Ribosomal protein L1-like / Ribosomal protein L1/ribosomal biogenesis protein / Ribosomal protein L1p/L10e family / Ribosomal protein L31 type A / Translational (tr)-type GTP-binding domain / Elongation factor Tu GTP binding domain / Translational (tr)-type guanine nucleotide-binding (G) domain profile. / Ribosomal protein L31 signature. / Ribosomal protein L31 / Ribosomal protein L31 superfamily / Ribosomal protein L31 / Ribosomal L25p family / Ribosomal protein L25 / Ribosomal protein L36 signature. / Ribosomal protein L32p, bacterial type / Ribosomal protein L25/Gln-tRNA synthetase, N-terminal / Ribosomal protein L25/Gln-tRNA synthetase, anti-codon-binding domain superfamily / : / Ribosomal protein L33, conserved site / Ribosomal protein L33 signature. / Ribosomal protein L35, conserved site / Ribosomal protein L35 signature. / Ribosomal protein L28 / Ribosomal protein L35, non-mitochondrial / Ribosomal protein L18, bacterial-type / : / Ribosomal protein L6, bacterial-type / Ribosomal protein S19, bacterial-type / Ribosomal protein S3, bacterial-type / Ribosomal protein S13, bacterial-type / Ribosomal protein S14/S29 / Ribosomal protein S6, conserved site / Ribosomal protein S6 signature. / Ribosomal protein S7, bacterial/organellar-type / Ribosomal protein S11, bacterial-type / Ribosomal protein L5, bacterial-type / Ribosomal protein S20 / Ribosomal protein S20 superfamily / Ribosomal protein S20 / Ribosomal protein L36 / Ribosomal protein L36 superfamily / Ribosomal protein L36 / Ribosomal protein S4, bacterial-type / Ribosomal protein L19, conserved site / Ribosomal protein L19 signature. / 30S ribosomal protein S17 / Ribosomal protein L27, conserved site / Ribosomal protein L27 signature. / Ribosomal protein S5, bacterial-type / Ribosomal protein S6, plastid/chloroplast / Ribosomal protein L20 signature. / Ribosomal protein L22, bacterial/chloroplast-type / Ribosomal protein L14P, bacterial-type / Ribosomal protein L34, conserved site / Ribosomal protein L34 signature. / Ribosomal protein S2, bacteria/mitochondria/plastid / Ribosomal protein L2, bacterial/organellar-type / Ribosomal protein L35 / Ribosomal protein L35 superfamily / Ribosomal protein L35 / Ribosomal protein L33 / Ribosomal protein L33 / Ribosomal protein L18 / Ribosomal L18 of archaea, bacteria, mitoch. and chloroplast / Ribosomal L28 family / Ribosomal protein L33 superfamily / Ribosomal protein S9, bacterial/plastid / Ribosomal protein L16 / Ribosomal protein L28/L24 / Ribosomal protein S18, conserved site
類似検索 - ドメイン・相同性
GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE / KIRROMYCIN / : / RNA / RNA (> 10) / RNA (> 100) / RNA (> 1000) / Small ribosomal subunit protein uS8 / Small ribosomal subunit protein uS14 / Small ribosomal subunit protein uS17 ...GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE / KIRROMYCIN / : / RNA / RNA (> 10) / RNA (> 100) / RNA (> 1000) / Small ribosomal subunit protein uS8 / Small ribosomal subunit protein uS14 / Small ribosomal subunit protein uS17 / Large ribosomal subunit protein uL6 / Small ribosomal subunit protein uS7 / Large ribosomal subunit protein bL33 / Large ribosomal subunit protein uL2 / Large ribosomal subunit protein uL13 / Large ribosomal subunit protein uL16 / Large ribosomal subunit protein bL19 / Large ribosomal subunit protein bL20 / Large ribosomal subunit protein bL21 / Large ribosomal subunit protein bL27 / Large ribosomal subunit protein bL28 / Large ribosomal subunit protein bL32 / Large ribosomal subunit protein bL34 / Small ribosomal subunit protein uS2 / Small ribosomal subunit protein uS3 / Small ribosomal subunit protein uS4 / Small ribosomal subunit protein uS9 / Small ribosomal subunit protein uS11 / Small ribosomal subunit protein uS13 / Small ribosomal subunit protein bS20 / Small ribosomal subunit protein uS12 / Elongation factor Tu-A / Small ribosomal subunit protein uS10 / Large ribosomal subunit protein uL3 / Large ribosomal subunit protein uL4 / Large ribosomal subunit protein uL23 / Small ribosomal subunit protein uS19 / Large ribosomal subunit protein uL22 / Large ribosomal subunit protein uL29 / 30S ribosomal protein S17 / Large ribosomal subunit protein uL14 / Large ribosomal subunit protein uL24 / Large ribosomal subunit protein uL5 / 30S ribosomal protein S14 type Z / 30S ribosomal protein S8 / 50S ribosomal protein L6 / Large ribosomal subunit protein uL18 / Small ribosomal subunit protein uS5 / Large ribosomal subunit protein uL30 / Large ribosomal subunit protein uL15 / Large ribosomal subunit protein bL36 / Large ribosomal subunit protein bL25 / Small ribosomal subunit protein bTHX / Small ribosomal subunit protein uS15 / Large ribosomal subunit protein bL31 / Small ribosomal subunit protein bS16 / Large ribosomal subunit protein bL35 / Large ribosomal subunit protein uL1 / Small ribosomal subunit protein bS6 / Small ribosomal subunit protein bS18 / SsrA-binding protein / Large ribosomal subunit protein bL17
類似検索 - 構成要素
生物種Thermus thermophilus HB8 (バクテリア)
Escherichia coli K-12 (大腸菌)
Escherichia coli (大腸菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.1 Å
データ登録者Neubauer, C. / Gillet, R. / Kelley, A.C. / Ramakrishnan, V.
引用ジャーナル: Science / 年: 2012
タイトル: Decoding in the absence of a codon by tmRNA and SmpB in the ribosome.
著者: Neubauer, C. / Gillet, R. / Kelley, A.C. / Ramakrishnan, V.
履歴
登録2011年12月10日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02014年7月9日Provider: repository / タイプ: Initial release
置き換え2014年12月10日ID: 4ABR, 4ABS
改定 1.12014年12月10日Group: Other
改定 2.02018年3月7日Group: Advisory / Atomic model ...Advisory / Atomic model / Database references / Source and taxonomy / Structure summary
カテゴリ: atom_site / citation ...atom_site / citation / database_PDB_caveat / entity / entity_src_gen / entity_src_nat / pdbx_entity_src_syn / pdbx_validate_polymer_linkage / struct
Item: _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI ..._citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.title / _entity.pdbx_description / _entity.src_method / _struct.title
改定 2.12019年10月9日Group: Data collection / Derived calculations / Source and taxonomy
カテゴリ: entity_src_nat / struct_conn / Item: _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag
改定 2.22019年10月30日Group: Advisory / Data collection / Derived calculations
カテゴリ: pdbx_struct_conn_angle / pdbx_validate_close_contact ...pdbx_struct_conn_angle / pdbx_validate_close_contact / pdbx_validate_polymer_linkage / struct_conn / struct_conn_type
Item: _struct_conn_type.id
改定 2.32024年1月10日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn / struct_conn_type
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_conn_type.id
改定 2.42024年11月20日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Remark 700 SHEET DETERMINATION METHOD: DSSP THE SHEETS PRESENTED AS "EA" IN EACH CHAIN ON SHEET RECORDS BELOW ... SHEET DETERMINATION METHOD: DSSP THE SHEETS PRESENTED AS "EA" IN EACH CHAIN ON SHEET RECORDS BELOW IS ACTUALLY AN 6-STRANDED BARREL THIS IS REPRESENTED BY A 7-STRANDED SHEET IN WHICH THE FIRST AND LAST STRANDS ARE IDENTICAL. THE SHEETS PRESENTED AS "OA" IN EACH CHAIN ON SHEET RECORDS BELOW IS ACTUALLY AN 5-STRANDED BARREL THIS IS REPRESENTED BY A 6-STRANDED SHEET IN WHICH THE FIRST AND LAST STRANDS ARE IDENTICAL.

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A0: 50S RIBOSOMAL PROTEIN L27
A1: 50S RIBOSOMAL PROTEIN L28
A2: 50S RIBOSOMAL PROTEIN L29
A3: 50S RIBOSOMAL PROTEIN L30
A4: 50S RIBOSOMAL PROTEIN L31
A5: 50S RIBOSOMAL PROTEIN L32
A6: 50S RIBOSOMAL PROTEIN L33
A7: 50S RIBOSOMAL PROTEIN L34
A8: 50S RIBOSOMAL PROTEIN L35
A9: 50S RIBOSOMAL PROTEIN L36
AA: 23S ribosomal RNA
AB: 5S ribosomal RNA
AC: 50S RIBOSOMAL PROTEIN L1
AD: 50S RIBOSOMAL PROTEIN L2
AE: 50S RIBOSOMAL PROTEIN L3
AF: 50S RIBOSOMAL PROTEIN L4
AG: 50S RIBOSOMAL PROTEIN L5
AH: 50S RIBOSOMAL PROTEIN L6
AJ: 50S RIBOSOMAL PROTEIN L10
AK: 50S RIBOSOMAL PROTEIN L11
AN: 50S RIBOSOMAL PROTEIN L13
AO: 50S RIBOSOMAL PROTEIN L14
AP: 50S RIBOSOMAL PROTEIN L15
AQ: 50S RIBOSOMAL PROTEIN L16
AR: 50S RIBOSOMAL PROTEIN L17
AS: 50S RIBOSOMAL PROTEIN L18
AT: 50S RIBOSOMAL PROTEIN L19
AU: 50S RIBOSOMAL PROTEIN L20
AV: 50S RIBOSOMAL PROTEIN L21
AW: 50S RIBOSOMAL PROTEIN L22
AX: 50S RIBOSOMAL PROTEIN L23
AY: 50S RIBOSOMAL PROTEIN L24
AZ: 50S RIBOSOMAL PROTEIN L25
B2: SMALL PROTEIN B SMPB
BA: 16S ribosomal RNA
BB: 30S RIBOSOMAL PROTEIN S2
BC: 30S RIBOSOMAL PROTEIN S3
BD: 30S RIBOSOMAL PROTEIN S4
BE: 30S RIBOSOMAL PROTEIN S5
BF: 30S RIBOSOMAL PROTEIN S6
BG: 30S RIBOSOMAL PROTEIN S7
BH: 30S RIBOSOMAL PROTEIN S8
BI: 30S RIBOSOMAL PROTEIN S9
BJ: 30S RIBOSOMAL PROTEIN S10
BK: 30S RIBOSOMAL PROTEIN S11
BL: 30S RIBOSOMAL PROTEIN S12
BM: 30S RIBOSOMAL PROTEIN S13
BN: 30S RIBOSOMAL PROTEIN S14
BO: 30S RIBOSOMAL PROTEIN S15
BP: 30S RIBOSOMAL PROTEIN S16
BQ: 30S RIBOSOMAL PROTEIN S17
BR: 30S RIBOSOMAL PROTEIN S18
BS: 30S RIBOSOMAL PROTEIN S19
BT: 30S RIBOSOMAL PROTEIN S20
BU: 30S RIBOSOMAL PROTEIN THX
BV: E-SITE or P-SITE TRNA FMET
BW: E-SITE or P-SITE TRNA FMET
BX: MRNA
BY: TMRNA DELA
BZ: ELONGATION FACTOR TU
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)2,348,30067
ポリマ－2,346,81560
非ポリマー1,4857
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)202.170, 290.760, 250.650
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 97.63, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

-
要素

+
50S RIBOSOMAL PROTEIN ... , 31種, 31分子 A0A1A2A3A4A5A6A7A8A9ACADAEAFAGAHAJAKANAOAPAQARASATAUAVAWAXAYAZ

#1: タンパク質 50S RIBOSOMAL PROTEIN L27


分子量: 9529.074 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Thermus thermophilus HB8 (バクテリア) / 株: HB8 - MRC - MSAW1 / 参照: UniProt: P60493
#2: タンパク質 50S RIBOSOMAL PROTEIN L28


分子量: 11004.160 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Thermus thermophilus HB8 (バクテリア) / 株: HB8 - MRC - MSAW1 / 参照: UniProt: P60494
#3: タンパク質 50S RIBOSOMAL PROTEIN L29


分子量: 8670.258 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Thermus thermophilus HB8 (バクテリア) / 株: HB8 - MRC - MSAW1 / 参照: UniProt: Q5SHP6
#4: タンパク質 50S RIBOSOMAL PROTEIN L30


分子量: 6799.126 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Thermus thermophilus HB8 (バクテリア) / 株: HB8 - MRC - MSAW1 / 参照: UniProt: Q5SHQ6
#5: タンパク質 50S RIBOSOMAL PROTEIN L31


分子量: 8300.543 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Thermus thermophilus HB8 (バクテリア) / 株: HB8 - MRC - MSAW1 / 参照: UniProt: Q5SJE1
#6: タンパク質 50S RIBOSOMAL PROTEIN L32


分子量: 6722.050 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Thermus thermophilus HB8 (バクテリア) / 株: HB8 - MRC - MSAW1 / 参照: UniProt: P80339
#7: タンパク質 50S RIBOSOMAL PROTEIN L33


分子量: 6632.896 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Thermus thermophilus HB8 (バクテリア) / 株: HB8 - MRC - MSAW1 / 参照: UniProt: P35871
#8: タンパク質・ペプチド 50S RIBOSOMAL PROTEIN L34


分子量: 6132.449 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Thermus thermophilus HB8 (バクテリア) / 株: HB8 - MRC - MSAW1 / 参照: UniProt: P80340
#9: タンパク質 50S RIBOSOMAL PROTEIN L35


分子量: 7506.178 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Thermus thermophilus HB8 (バクテリア) / 株: HB8 - MRC - MSAW1 / 参照: UniProt: Q5SKU1
#10: タンパク質・ペプチド 50S RIBOSOMAL PROTEIN L36


分子量: 4435.411 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Thermus thermophilus HB8 (バクテリア) / 株: HB8 - MRC - MSAW1 / 参照: UniProt: Q5SHR2
#13: タンパク質 50S RIBOSOMAL PROTEIN L1


分子量: 24885.738 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Thermus thermophilus HB8 (バクテリア) / 株: HB8 - MRC - MSAW1 / 参照: UniProt: Q5SLP7
#14: タンパク質 50S RIBOSOMAL PROTEIN L2


分子量: 30532.551 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Thermus thermophilus HB8 (バクテリア) / 株: HB8 - MRC - MSAW1 / 参照: UniProt: P60405
#15: タンパク質 50S RIBOSOMAL PROTEIN L3


分子量: 22450.213 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Thermus thermophilus HB8 (バクテリア) / 株: HB8 - MRC - MSAW1 / 参照: UniProt: Q5SHN8
#16: タンパク質 50S RIBOSOMAL PROTEIN L4


分子量: 23271.914 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Thermus thermophilus HB8 (バクテリア) / 株: HB8 - MRC - MSAW1 / 参照: UniProt: Q5SHN9
#17: タンパク質 50S RIBOSOMAL PROTEIN L5


分子量: 21061.596 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Thermus thermophilus HB8 (バクテリア) / 株: HB8 - MRC - MSAW1 / 参照: UniProt: Q5SHQ0
#18: タンパク質 50S RIBOSOMAL PROTEIN L6


分子量: 19568.926 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Thermus thermophilus HB8 (バクテリア) / 株: HB8 - MRC - MSAW1 / 参照: UniProt: Q5SHQ3, UniProt: P0DOY8*PLUS
#19: タンパク質 50S RIBOSOMAL PROTEIN L10


分子量: 11081.651 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: RESIDUES 4-133 ARE BUILT AS POLY-ALA / 由来: (天然) Thermus thermophilus HB8 (バクテリア) / 株: HB8 - MRC - MSAW1
#20: タンパク質 50S RIBOSOMAL PROTEIN L11


分子量: 11932.701 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: BUILT AS POLY-ALA / 由来: (天然) Thermus thermophilus HB8 (バクテリア) / 株: HB8 - MRC - MSAW1
#21: タンパク質 50S RIBOSOMAL PROTEIN L13


分子量: 15927.903 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Thermus thermophilus HB8 (バクテリア) / 株: HB8 - MRC - MSAW1 / 参照: UniProt: P60488
#22: タンパク質 50S RIBOSOMAL PROTEIN L14


分子量: 13323.612 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Thermus thermophilus HB8 (バクテリア) / 株: HB8 - MRC - MSAW1 / 参照: UniProt: Q5SHP8
#23: タンパク質 50S RIBOSOMAL PROTEIN L15


分子量: 16319.142 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Thermus thermophilus HB8 (バクテリア) / 株: HB8 - MRC - MSAW1 / 参照: UniProt: Q5SHQ7
#24: タンパク質 50S RIBOSOMAL PROTEIN L16


分子量: 15993.909 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Thermus thermophilus HB8 (バクテリア) / 株: HB8 - MRC - MSAW1 / 参照: UniProt: P60489
#25: タンパク質 50S RIBOSOMAL PROTEIN L17


分子量: 13750.148 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Thermus thermophilus HB8 (バクテリア) / 株: HB8 - MRC - MSAW1 / 参照: UniProt: Q9Z9H5
#26: タンパク質 50S RIBOSOMAL PROTEIN L18


分子量: 12639.845 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Thermus thermophilus HB8 (バクテリア) / 株: HB8 - MRC - MSAW1 / 参照: UniProt: Q5SHQ4
#27: タンパク質 50S RIBOSOMAL PROTEIN L19


分子量: 17188.830 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Thermus thermophilus HB8 (バクテリア) / 株: HB8 - MRC - MSAW1 / 参照: UniProt: P60490
#28: タンパク質 50S RIBOSOMAL PROTEIN L20


分子量: 13779.275 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Thermus thermophilus HB8 (バクテリア) / 株: HB8 - MRC - MSAW1 / 参照: UniProt: P60491
#29: タンパク質 50S RIBOSOMAL PROTEIN L21


分子量: 11069.153 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Thermus thermophilus HB8 (バクテリア) / 株: HB8 - MRC - MSAW1 / 参照: UniProt: P60492
#30: タンパク質 50S RIBOSOMAL PROTEIN L22


分子量: 12808.055 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Thermus thermophilus HB8 (バクテリア) / 株: HB8 - MRC - MSAW1 / 参照: UniProt: Q5SHP3
#31: タンパク質 50S RIBOSOMAL PROTEIN L23


分子量: 10759.808 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Thermus thermophilus HB8 (バクテリア) / 株: HB8 - MRC - MSAW1 / 参照: UniProt: Q5SHP0
#32: タンパク質 50S RIBOSOMAL PROTEIN L24


分子量: 12085.611 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Thermus thermophilus HB8 (バクテリア) / 株: HB8 - MRC - MSAW1 / 参照: UniProt: Q5SHP9
#33: タンパク質 50S RIBOSOMAL PROTEIN L25


分子量: 23238.572 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Thermus thermophilus HB8 (バクテリア) / 株: HB8 - MRC - MSAW1 / 参照: UniProt: Q5SHZ1

-
RNA鎖 , 6種, 7分子 AAABBABVBWBXBY

#11: RNA鎖 23S ribosomal RNA


分子量: 947999.562 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
詳細: CHAIN A (23S RNA) HAS E.COLI RESIDUE NUMBERING, BASED ON A STRUCTURAL ALIGNMENT WITH THE CORRESPONDING E. COLI STRUCTURE IN 2AW4
由来: (天然) Thermus thermophilus HB8 (バクテリア) / 株: HB8 - MRC - MSAW1 / 参照: GenBank: 55979969
#12: RNA鎖 5S ribosomal RNA


分子量: 39540.617 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Thermus thermophilus HB8 (バクテリア) / 株: HB8 - MRC - MSAW1 / 参照: GenBank: 55979969
#35: RNA鎖 16S ribosomal RNA


分子量: 493966.312 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
詳細: CHAIN A (16S RNA) HAS E.COLI NUMBERING, BASED ON A STRUCTURAL ALIGNMENT WITH THE CORRESPONDING E.COLI STRUCTURE IN 2AVY.
由来: (天然) Thermus thermophilus HB8 (バクテリア) / 株: HB8 - MRC - MSAW1 / 参照: GenBank: 55979969
#56: RNA鎖 E-SITE or P-SITE TRNA FMET


分子量: 24802.785 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli K-12 (大腸菌) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
#57: RNA鎖 MRNA


分子量: 6228.810 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成
詳細: SEQUENCE GGCAAGGAGGUAA AAUGU A ONLY THE AAUGU SEQUENCE NEAR THE 3-END WAS ORDERED.
由来: (合成) Escherichia coli (大腸菌)
#58: RNA鎖 TMRNA DELA


分子量: 28819.168 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成
詳細: The construct was based on the T. thermophilus SSRA gene sequence, containing residues 1-37 and 302-349 linked via a UUCG loop, and included four point mutations (G21A, C317U, G323U, C337A) ...詳細: The construct was based on the T. thermophilus SSRA gene sequence, containing residues 1-37 and 302-349 linked via a UUCG loop, and included four point mutations (G21A, C317U, G323U, C337A) to ensure homogenous folding. Transcribed in vitro using T7 RNA polymerase
由来: (合成) Thermus thermophilus HB8 (バクテリア)

-
タンパク質 , 2種, 2分子 B2BZ

#34: タンパク質 SMALL PROTEIN B SMPB


分子量: 16785.490 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: PURIFIED USING RECOMBINANT TECHNIQUES
由来: (組換発現) Thermus thermophilus HB8 (バクテリア)
発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / Variant (発現宿主): Rosetta / 参照: UniProt: Q8RR57
#59: タンパク質 ELONGATION FACTOR TU


分子量: 44728.953 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: PURIFIED USING RECOMBINANT TECHNIQUES
由来: (組換発現) Thermus thermophilus HB8 (バクテリア)
発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q5SHN6

-
30S RIBOSOMAL PROTEIN ... , 20種, 20分子 BBBCBDBEBFBGBHBIBJBKBLBMBNBOBPBQBRBSBTBU

#36: タンパク質 30S RIBOSOMAL PROTEIN S2


分子量: 29317.703 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Thermus thermophilus HB8 (バクテリア) / 株: HB8 - MRC - MSAW1 / 参照: UniProt: P80371
#37: タンパク質 30S RIBOSOMAL PROTEIN S3


分子量: 26751.076 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Thermus thermophilus HB8 (バクテリア) / 株: HB8 - MRC - MSAW1 / 参照: UniProt: P80372
#38: タンパク質 30S RIBOSOMAL PROTEIN S4


分子量: 24373.447 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Thermus thermophilus HB8 (バクテリア) / 株: HB8 - MRC - MSAW1 / 参照: UniProt: P80373
#39: タンパク質 30S RIBOSOMAL PROTEIN S5


分子量: 17583.416 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Thermus thermophilus HB8 (バクテリア) / 株: HB8 - MRC - MSAW1 / 参照: UniProt: Q5SHQ5
#40: タンパク質 30S RIBOSOMAL PROTEIN S6


分子量: 11988.753 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Thermus thermophilus HB8 (バクテリア) / 株: HB8 - MRC - MSAW1 / 参照: UniProt: Q5SLP8
#41: タンパク質 30S RIBOSOMAL PROTEIN S7


分子量: 18050.973 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Thermus thermophilus HB8 (バクテリア) / 株: HB8 - MRC - MSAW1 / 参照: UniProt: P17291
#42: タンパク質 30S RIBOSOMAL PROTEIN S8


分子量: 15868.570 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Thermus thermophilus HB8 (バクテリア) / 株: HB8 - MRC - MSAW1 / 参照: UniProt: Q5SHQ2, UniProt: A0A0M9AFS9*PLUS
#43: タンパク質 30S RIBOSOMAL PROTEIN S9


分子量: 14429.661 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Thermus thermophilus HB8 (バクテリア) / 株: HB8 - MRC - MSAW1 / 参照: UniProt: P80374
#44: タンパク質 30S RIBOSOMAL PROTEIN S10


分子量: 11954.968 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Thermus thermophilus HB8 (バクテリア) / 株: HB8 - MRC - MSAW1 / 参照: UniProt: Q5SHN7
#45: タンパク質 30S RIBOSOMAL PROTEIN S11


分子量: 13737.868 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Thermus thermophilus HB8 (バクテリア) / 株: HB8 - MRC - MSAW1 / 参照: UniProt: P80376
#46: タンパク質 30S RIBOSOMAL PROTEIN S12


分子量: 14920.754 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Thermus thermophilus HB8 (バクテリア) / 株: HB8 - MRC - MSAW1 / 参照: UniProt: Q5SHN3
#47: タンパク質 30S RIBOSOMAL PROTEIN S13


分子量: 14338.861 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Thermus thermophilus HB8 (バクテリア) / 株: HB8 - MRC - MSAW1 / 参照: UniProt: P80377
#48: タンパク質 30S RIBOSOMAL PROTEIN S14


分子量: 7158.725 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Thermus thermophilus HB8 (バクテリア) / 株: HB8 - MRC - MSAW1 / 参照: UniProt: Q5SHQ1, UniProt: A0A0N0BLP2*PLUS
#49: タンパク質 30S RIBOSOMAL PROTEIN S15


分子量: 10578.407 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Thermus thermophilus HB8 (バクテリア) / 株: HB8 - MRC - MSAW1 / 参照: UniProt: Q5SJ76
#50: タンパク質 30S RIBOSOMAL PROTEIN S16


分子量: 10409.983 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Thermus thermophilus HB8 (バクテリア) / 株: HB8 - MRC - MSAW1 / 参照: UniProt: Q5SJH3
#51: タンパク質 30S RIBOSOMAL PROTEIN S17


分子量: 12325.655 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Thermus thermophilus HB8 (バクテリア) / 株: HB8 - MRC - MSAW1 / 参照: UniProt: Q5SHP7, UniProt: A0A0N0BLS5*PLUS
#52: タンパク質 30S RIBOSOMAL PROTEIN S18


分子量: 10258.299 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Thermus thermophilus HB8 (バクテリア) / 株: HB8 - MRC - MSAW1 / 参照: UniProt: Q5SLQ0
#53: タンパク質 30S RIBOSOMAL PROTEIN S19


分子量: 10605.464 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Thermus thermophilus HB8 (バクテリア) / 株: HB8 - MRC - MSAW1 / 参照: UniProt: Q5SHP2
#54: タンパク質 30S RIBOSOMAL PROTEIN S20


分子量: 11736.143 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Thermus thermophilus HB8 (バクテリア) / 株: HB8 - MRC - MSAW1 / 参照: UniProt: P80380
#55: タンパク質・ペプチド 30S RIBOSOMAL PROTEIN THX


分子量: 3350.030 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Thermus thermophilus HB8 (バクテリア) / 株: HB8 - MRC - MSAW1 / 参照: UniProt: Q5SIH3

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非ポリマー , 4種, 7分子

#60: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#61: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#62: 化合物 ChemComp-KIR / KIRROMYCIN / MOCIMYCIN / DELVOMYCIN / MYC-8003


分子量: 796.943 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C43H60N2O12
#63: 化合物 ChemComp-GDP / GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE / GDP


タイプ: RNA linking / 分子量: 443.201 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H15N5O11P2 / コメント: GDP, エネルギー貯蔵分子*YM

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詳細

Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 3

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.11 Å3/Da / 溶媒含有率: 60.47 % / 解説: NONE
結晶化pH: 6.5 / 詳細: 100 MM MES PH 6.5, 20 MM KCL, 8% (W/V) PEG20K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06SA / 波長: 0.99998
検出器タイプ: PSI PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2011年8月27日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.99998 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.1→50 Å / Num. obs: 503945 / % possible obs: 97.9 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 8.1 % / Rmerge(I) obs: 0.24 / Net I/σ(I): 8.8
反射 シェル解像度: 3.1→3.2 Å / 冗長度: 2.8 % / Rmerge(I) obs: 0.7 / Mean I/σ(I) obs: 1.48 / % possible all: 92.6

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHASERモデル構築
CNS1.2精密化
XDSデータ削減
XDSデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 2Y11

2y11
PDB 未公開エントリ


解像度: 3.1→50 Å / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 詳細: BULK SOLVENT MODELING METHOD USED FLAT MODEL
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.27 24443 4.7 %INHERITED FROM 2XQD
Rwork0.23 ---
obs0.23 503945 97.9 %-
原子変位パラメータBiso mean: 58.9 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--7.393 Å20 Å2-8.607 Å2
2---4.704 Å20 Å2
3---12.098 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.464 Å0.4 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.6403 Å0.6307 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.1→50 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数28796 65030 0 0 93826
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.007
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.41
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it
LS精密化 シェル解像度: 3.1→3.21 Å / Total num. of bins used: 10
Rfactor反射数%反射
Rfree0.345 1810 4.1 %
Rwork0.331 43406 -
obs--87.7 %

+
万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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