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- PDB-4v7n: Glycocyamine kinase, beta-beta homodimer from marine worm Namalyc... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4v7n
タイトルGlycocyamine kinase, beta-beta homodimer from marine worm Namalycastis sp., with transition state analog Mg(II)-ADP-NO3-glycocyamine.
要素Glycocyamine kinase beta chain
キーワードTRANSFERASE / phosphagen kinase / glycocyamine kinase / transition state analog / Kinase
機能・相同性
機能・相同性情報


phosphocreatine biosynthetic process / creatine kinase activity / : / ATP binding
類似検索 - 分子機能
ATP:guanido phosphotransferase, N-terminal / ATP:guanido phosphotransferase, N-terminal domain superfamily / ATP:guanido phosphotransferase, N-terminal domain / Phosphagen kinase N-terminal domain profile. / ATP:guanido phosphotransferase / ATP:guanido phosphotransferase, catalytic domain / ATP:guanido phosphotransferase, C-terminal catalytic domain / Phosphagen kinase C-terminal domain profile. / Glutamine synthetase/guanido kinase, catalytic domain
類似検索 - ドメイン・相同性
ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE / GUANIDINO ACETATE / NITRATE ION / Glycocyamine kinase beta chain
類似検索 - 構成要素
生物種Namalycastis sp. ST01 (無脊椎動物)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.3 Å
データ登録者Lim, K. / Pullalarevu, S. / Herzberg, O.
引用
ジャーナル: Biochemistry / 年: 2010
タイトル: Structural basis for the mechanism and substrate specificity of glycocyamine kinase, a phosphagen kinase family member.
著者: Lim, K. / Pullalarevu, S. / Surabian, K.T. / Howard, A. / Suzuki, T. / Moult, J. / Herzberg, O.
#1: ジャーナル: COMP.BIOCHEM.PHYSIOL. B: BIOCHEM.MOL.BIOL. / 年: 2005
タイトル: Isolation, characterization, and cDNA-derived amino acid sequence of glycocyamine kinase from the tropical marine worm Namalycastis sp.
著者: Mizuta, C. / Tanaka, K. / Suzuki, T.
履歴
登録2009年12月15日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02014年7月9日Provider: repository / タイプ: Initial release
置き換え2014年12月10日ID: 3L2F, 3L2G
改定 1.12014年12月10日Group: Other
改定 1.22017年11月22日Group: Refinement description / カテゴリ: software / Item: _software.name
改定 1.32023年9月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
AA: Glycocyamine kinase beta chain
AB: Glycocyamine kinase beta chain
AC: Glycocyamine kinase beta chain
AD: Glycocyamine kinase beta chain
AE: Glycocyamine kinase beta chain
AF: Glycocyamine kinase beta chain
AG: Glycocyamine kinase beta chain
AH: Glycocyamine kinase beta chain
AI: Glycocyamine kinase beta chain
AJ: Glycocyamine kinase beta chain
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AL: Glycocyamine kinase beta chain
AM: Glycocyamine kinase beta chain
AN: Glycocyamine kinase beta chain
AO: Glycocyamine kinase beta chain
AP: Glycocyamine kinase beta chain
AQ: Glycocyamine kinase beta chain
AR: Glycocyamine kinase beta chain
BA: Glycocyamine kinase beta chain
BB: Glycocyamine kinase beta chain
BC: Glycocyamine kinase beta chain
BD: Glycocyamine kinase beta chain
BE: Glycocyamine kinase beta chain
BF: Glycocyamine kinase beta chain
BG: Glycocyamine kinase beta chain
BH: Glycocyamine kinase beta chain
BI: Glycocyamine kinase beta chain
BJ: Glycocyamine kinase beta chain
BK: Glycocyamine kinase beta chain
BL: Glycocyamine kinase beta chain
BM: Glycocyamine kinase beta chain
BN: Glycocyamine kinase beta chain
BO: Glycocyamine kinase beta chain
BP: Glycocyamine kinase beta chain
BQ: Glycocyamine kinase beta chain
BR: Glycocyamine kinase beta chain
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)1,610,603180
ポリマ－1,587,90136
非ポリマー22,702144
水86,0044774
1
AA: Glycocyamine kinase beta chain
AB: Glycocyamine kinase beta chain
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)89,47810
ポリマ－88,2172
非ポリマー1,2618
水362
タイプ名称対称操作数
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2
AC: Glycocyamine kinase beta chain
AD: Glycocyamine kinase beta chain
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)89,47810
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水362
タイプ名称対称操作数
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3
AE: Glycocyamine kinase beta chain
AF: Glycocyamine kinase beta chain
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)89,47810
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水362
タイプ名称対称操作数
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AH: Glycocyamine kinase beta chain
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)89,47810
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水362
タイプ名称対称操作数
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ヘテロ分子


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合計 (水以外)89,47810
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ヘテロ分子


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ヘテロ分子


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ヘテロ分子


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ヘテロ分子


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ヘテロ分子


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ヘテロ分子


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ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
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BJ: Glycocyamine kinase beta chain
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
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水362
タイプ名称対称操作数
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BK: Glycocyamine kinase beta chain
BL: Glycocyamine kinase beta chain
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)89,47810
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非ポリマー1,2618
水362
タイプ名称対称操作数
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16
BM: Glycocyamine kinase beta chain
BN: Glycocyamine kinase beta chain
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)89,47810
ポリマ－88,2172
非ポリマー1,2618
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
17
BO: Glycocyamine kinase beta chain
BP: Glycocyamine kinase beta chain
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)89,47810
ポリマ－88,2172
非ポリマー1,2618
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
18
BQ: Glycocyamine kinase beta chain
BR: Glycocyamine kinase beta chain
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)89,47810
ポリマ－88,2172
非ポリマー1,2618
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)243.11, 114.27, 259.90
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.25, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

-
要素

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タンパク質 , 1種, 36分子 AAABACADAEAFAGAHAIAJAKALAMANAOAPAQARBABBBCBDBEBFBGBHBIBJBKBL...

#1: タンパク質 ...
Glycocyamine kinase beta chain


分子量: 44108.363 Da / 分子数: 36 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Namalycastis sp. ST01 (無脊椎動物)
遺伝子: GK-beta, GK_beta / プラスミド: pGK_beta221 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21star(DE3) / 参照: UniProt: Q6AW42, EC: 2.7.3.1

-
非ポリマー , 5種, 4918分子

#2: 化合物...
ChemComp-NMG / GUANIDINO ACETATE / N-[AMINO(IMINO)METHYL]GLYCINE


分子量: 117.107 Da / 分子数: 36 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H7N3O2
#3: 化合物...
ChemComp-ADP / ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE


分子量: 427.201 Da / 分子数: 36 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H15N5O10P2 / コメント: ADP, エネルギー貯蔵分子*YM
#4: 化合物...
ChemComp-MG / MAGNESIUM ION


分子量: 24.305 Da / 分子数: 36 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#5: 化合物...
ChemComp-NO3 / NITRATE ION


分子量: 62.005 Da / 分子数: 36 / 由来タイプ: 合成 / 式: NO3
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 4774 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.27 Å3/Da / 溶媒含有率: 45.9 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8
詳細: 22.5% polyethylene glycol monomethyl ether (PMME) 2000, 0.1M calcium acetate, 0.1M Tris HCl, pH 8, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 22-ID / 波長: 1 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2007年11月1日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.3→50 Å / Num. obs: 610182 / % possible obs: 96.9 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 3.1 % / Rmerge(I) obs: 0.094 / Net I/σ(I): 13.8
反射 シェル解像度: 2.3→2.38 Å / 冗長度: 2.3 % / Rmerge(I) obs: 0.403 / Mean I/σ(I) obs: 3.1 / % possible all: 81.2

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解析

ソフトウェア
名称分類
MAR345dtbデータ収集
PHASER位相決定
PHENIX精密化
X-GENデータ削減
X-GENデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB entries 1u6r and 1vrp

1u6r

1vrp


解像度: 2.3→20 Å / Isotropic thermal model: isotropic / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
詳細: Used twinning refinement with twin operator (-h,-k,l) in Phenix program. Estimated twin fraction was 0.31.
Rfactor反射数Selection details
Rfree0.263 29437 random
Rwork0.197 --
obs-586126 -
原子変位パラメータBiso mean: 28 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.3→20 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数53544 0 720 2411 56675
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.009
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_deg1.3
LS精密化 シェル解像度: 2.3→2.38 Å / Rfactor Rfree: 0.344 / Rfactor Rwork: 0.273

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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