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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 4v6a | |||||||||
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タイトル | Structure of EF-P bound to the 70S ribosome. | |||||||||
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![]() | RIBOSOME / translation / elongation factor / initiation / L1-stalk | |||||||||
機能・相同性 | ![]() translation elongation factor activity / large ribosomal subunit / regulation of translation / ribosomal small subunit biogenesis / ribosomal small subunit assembly / small ribosomal subunit / small ribosomal subunit rRNA binding / transferase activity / 5S rRNA binding / large ribosomal subunit rRNA binding ...translation elongation factor activity / large ribosomal subunit / regulation of translation / ribosomal small subunit biogenesis / ribosomal small subunit assembly / small ribosomal subunit / small ribosomal subunit rRNA binding / transferase activity / 5S rRNA binding / large ribosomal subunit rRNA binding / cytosolic small ribosomal subunit / cytosolic large ribosomal subunit / tRNA binding / cytoplasmic translation / rRNA binding / negative regulation of translation / ribosome / structural constituent of ribosome / ribonucleoprotein complex / translation / mRNA binding / zinc ion binding / metal ion binding / cytoplasm / cytosol 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() | |||||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | |||||||||
![]() | Stanley, R.E. / Blaha, G. | |||||||||
![]() | ![]() タイトル: Formation of the first peptide bond: the structure of EF-P bound to the 70S ribosome. 著者: Blaha, G. / Stanley, R.E. / Steitz, T.A. | |||||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 7.2 MB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 表示 | ![]() | |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 1.8 MB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 4.1 MB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 937.3 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 1.3 MB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 | ![]()
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2 | ![]()
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単位格子 |
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要素
-RNA鎖 , 5種, 10分子 AACAAWCWAXCXBADABBDB
#1: RNA鎖 | 分子量: 489961.031 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() ![]() #23: RNA鎖 | 分子量: 24802.785 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() ![]() #24: RNA鎖 | 分子量: 1594.032 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: chemical synthesis #25: RNA鎖 | 分子量: 947895.375 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() ![]() #26: RNA鎖 | 分子量: 39494.535 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() ![]() |
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-30S ribosomal protein ... , 20種, 40分子 ABCBACCCADCDAECEAFCFAGCGAHCHAICIAJCJAKCKALCLAMCMANCNAOCOAPCP...
#2: タンパク質 | 分子量: 29317.703 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() ![]() #3: タンパク質 | 分子量: 26751.076 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() ![]() #4: タンパク質 | 分子量: 24373.447 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() ![]() #5: タンパク質 | 分子量: 17583.416 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() ![]() #6: タンパク質 | 分子量: 11988.753 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() ![]() #7: タンパク質 | 分子量: 18050.973 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() ![]() #8: タンパク質 | 分子量: 15868.570 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() ![]() #9: タンパク質 | 分子量: 14410.614 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() ![]() #10: タンパク質 | 分子量: 11954.968 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() ![]() #11: タンパク質 | 分子量: 13737.868 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() ![]() #12: タンパク質 | 分子量: 14637.384 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() ![]() #13: タンパク質 | 分子量: 14338.861 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() ![]() #14: タンパク質 | 分子量: 7158.725 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() ![]() #15: タンパク質 | 分子量: 10578.407 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() ![]() #16: タンパク質 | 分子量: 10409.983 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() ![]() #17: タンパク質 | 分子量: 12325.655 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() ![]() #18: タンパク質 | 分子量: 10258.299 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() ![]() #19: タンパク質 | 分子量: 10605.464 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() ![]() #20: タンパク質 | 分子量: 11736.143 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() ![]() #21: タンパク質・ペプチド | 分子量: 3350.030 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() ![]() |
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-タンパク質 , 1種, 2分子 AVCV
#22: タンパク質 | 分子量: 20247.010 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() ![]() 株: AT-62 / 遺伝子: efp, TTHA1125 / プラスミド: pET14b / 発現宿主: ![]() ![]() |
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+50S ribosomal protein ... , 30種, 60分子 BCDCBDDDBEDEBFDFBGDGBHDHBIDIBNDNBODOBPDPBQDQBRDRBSDSBTDTBUDU...
-非ポリマー , 2種, 1056分子 ![](data/chem/img/MG.gif)
![](data/chem/img/ZN.gif)
![](data/chem/img/ZN.gif)
#57: 化合物 | ChemComp-MG / #58: 化合物 | ChemComp-ZN / |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 3.26 Å3/Da / 溶媒含有率: 62.28 % |
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結晶化 | 温度: 292 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 7.6 詳細: 0.1-0.2 M Arginine-HCL, 0.1 M Tris pH 7.6, 2.5 % Peg 20K, 7-12% MPD, 0.5 mM BME, vapor diffusion, temperature 292K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2008年12月4日 |
放射 | モノクロメーター: Kohzu HLD8-24 monochromator / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.97949 Å / 相対比: 1 |
反射 | 最高解像度: 3.1 Å / Num. obs: 989777 / % possible obs: 92.2 % / Observed criterion σ(I): -3 / Biso Wilson estimate: 71.4 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.258 |
反射 シェル | 解像度: 3.1→3.18 Å / Rmerge(I) obs: 0.012 / Mean I/σ(I) obs: 0.8 / Num. measured obs: 93519 / Num. unique all: 1048227 / Num. unique obs: 38341 / % possible all: 49.6 |
-位相決定
位相決定 | 手法: ![]() |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: PDB Entries: 2j00, 2j01 最高解像度: 3.1 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.2 / FOM work R set: 0.752 / Isotropic thermal model: isotropic / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1 / σ(I): 1 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber / 詳細: weighted least square procedure
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原子変位パラメータ | Biso max: 205.18 Å2 / Biso mean: 71.935 Å2 / Biso min: 6.18 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 最高解像度: 3.1 Å
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拘束条件 |
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