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- PDB-4v46: Crystal structure of the BAFF-BAFF-R complex -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4v46
タイトルCrystal structure of the BAFF-BAFF-R complex
要素
  • Tumor necrosis factor ligand superfamily member 13B
  • Tumor necrosis factor receptor superfamily member 13C
キーワードCYTOKINE
機能・相同性
機能・相同性情報


B cell costimulation / positive regulation of germinal center formation / TNFs bind their physiological receptors / TNF receptor superfamily (TNFSF) members mediating non-canonical NF-kB pathway / transitional one stage B cell differentiation / tumor necrosis factor receptor binding / germinal center formation / skin development / B cell homeostasis / B cell proliferation ...B cell costimulation / positive regulation of germinal center formation / TNFs bind their physiological receptors / TNF receptor superfamily (TNFSF) members mediating non-canonical NF-kB pathway / transitional one stage B cell differentiation / tumor necrosis factor receptor binding / germinal center formation / skin development / B cell homeostasis / B cell proliferation / T cell proliferation / T cell costimulation / positive regulation of B cell proliferation / positive regulation of T cell proliferation / TNFR2 non-canonical NF-kB pathway / cytokine activity / tumor necrosis factor-mediated signaling pathway / signaling receptor activity / adaptive immune response / receptor ligand activity / signaling receptor binding / external side of plasma membrane / focal adhesion / intracellular membrane-bounded organelle / perinuclear region of cytoplasm / signal transduction / extracellular space / extracellular region / membrane / plasma membrane / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Tumour necrosis factor receptor 13C, TALL-1 binding domain / Tumour necrosis factor receptor 13C / BAFF-R, TALL-1 binding / Tumor necrosis factor receptor 13C/17 / : / TNF(Tumour Necrosis Factor) family / Tumour necrosis factor domain / Tumor necrosis factor (TNF) homology domain (THD) profile. / Tumour necrosis factor-like domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Tumor necrosis factor receptor superfamily member 13C / Tumor necrosis factor ligand superfamily member 13B
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.3 Å
データ登録者Kim, H.M. / Yu, K.S. / Lee, M.E. / Shin, D.R. / Kim, Y.S. / Paik, S.G. / Yoo, O.J. / Lee, H. / Lee, J.-O.
引用ジャーナル: NAT.STRUCT.BIOL. / 年: 2003
タイトル: Crystal structure of the BAFF-BAFF-R complex and its implications for receptor activation
著者: Kim, H.M. / Yu, K.S. / Lee, M.E. / Shin, D.R. / Kim, Y.S. / Paik, S.G. / Yoo, O.J. / Lee, H. / Lee, J.-O.
履歴
登録2003年3月23日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02014年7月9日Provider: repository / タイプ: Initial release
置き換え2014年12月10日ID: 1OTZ, 1P0T
改定 1.12014年12月10日Group: Other
改定 1.22024年10月9日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
AA: Tumor necrosis factor ligand superfamily member 13B
AB: Tumor necrosis factor ligand superfamily member 13B
AC: Tumor necrosis factor ligand superfamily member 13B
AD: Tumor necrosis factor ligand superfamily member 13B
AE: Tumor necrosis factor ligand superfamily member 13B
AF: Tumor necrosis factor ligand superfamily member 13B
AG: Tumor necrosis factor ligand superfamily member 13B
AH: Tumor necrosis factor ligand superfamily member 13B
AI: Tumor necrosis factor ligand superfamily member 13B
AJ: Tumor necrosis factor ligand superfamily member 13B
AK: Tumor necrosis factor ligand superfamily member 13B
AL: Tumor necrosis factor ligand superfamily member 13B
AM: Tumor necrosis factor ligand superfamily member 13B
AN: Tumor necrosis factor ligand superfamily member 13B
AO: Tumor necrosis factor ligand superfamily member 13B
AP: Tumor necrosis factor ligand superfamily member 13B
AQ: Tumor necrosis factor ligand superfamily member 13B
AR: Tumor necrosis factor ligand superfamily member 13B
AS: Tumor necrosis factor ligand superfamily member 13B
AT: Tumor necrosis factor ligand superfamily member 13B
AU: Tumor necrosis factor ligand superfamily member 13B
AV: Tumor necrosis factor ligand superfamily member 13B
AW: Tumor necrosis factor ligand superfamily member 13B
AX: Tumor necrosis factor ligand superfamily member 13B
AY: Tumor necrosis factor ligand superfamily member 13B
AZ: Tumor necrosis factor ligand superfamily member 13B
A0: Tumor necrosis factor ligand superfamily member 13B
A1: Tumor necrosis factor ligand superfamily member 13B
A2: Tumor necrosis factor ligand superfamily member 13B
A3: Tumor necrosis factor ligand superfamily member 13B
A4: Tumor necrosis factor ligand superfamily member 13B
A5: Tumor necrosis factor ligand superfamily member 13B
A6: Tumor necrosis factor ligand superfamily member 13B
A7: Tumor necrosis factor ligand superfamily member 13B
A8: Tumor necrosis factor ligand superfamily member 13B
A9: Tumor necrosis factor ligand superfamily member 13B
Aa: Tumor necrosis factor ligand superfamily member 13B
Ab: Tumor necrosis factor ligand superfamily member 13B
Ac: Tumor necrosis factor ligand superfamily member 13B
Ad: Tumor necrosis factor ligand superfamily member 13B
Ae: Tumor necrosis factor ligand superfamily member 13B
Af: Tumor necrosis factor ligand superfamily member 13B
Ag: Tumor necrosis factor ligand superfamily member 13B
Ah: Tumor necrosis factor ligand superfamily member 13B
Ai: Tumor necrosis factor ligand superfamily member 13B
Aj: Tumor necrosis factor ligand superfamily member 13B
Ak: Tumor necrosis factor ligand superfamily member 13B
Al: Tumor necrosis factor ligand superfamily member 13B
Am: Tumor necrosis factor ligand superfamily member 13B
An: Tumor necrosis factor ligand superfamily member 13B
Ao: Tumor necrosis factor ligand superfamily member 13B
Ap: Tumor necrosis factor ligand superfamily member 13B
Aq: Tumor necrosis factor ligand superfamily member 13B
Ar: Tumor necrosis factor ligand superfamily member 13B
As: Tumor necrosis factor ligand superfamily member 13B
At: Tumor necrosis factor ligand superfamily member 13B
Au: Tumor necrosis factor ligand superfamily member 13B
Av: Tumor necrosis factor ligand superfamily member 13B
Aw: Tumor necrosis factor ligand superfamily member 13B
Ax: Tumor necrosis factor ligand superfamily member 13B
BA: Tumor necrosis factor receptor superfamily member 13C
BB: Tumor necrosis factor receptor superfamily member 13C
BC: Tumor necrosis factor receptor superfamily member 13C
BD: Tumor necrosis factor receptor superfamily member 13C
BE: Tumor necrosis factor receptor superfamily member 13C
BF: Tumor necrosis factor receptor superfamily member 13C
BG: Tumor necrosis factor receptor superfamily member 13C
BH: Tumor necrosis factor receptor superfamily member 13C
BI: Tumor necrosis factor receptor superfamily member 13C
BJ: Tumor necrosis factor receptor superfamily member 13C
BK: Tumor necrosis factor receptor superfamily member 13C
BL: Tumor necrosis factor receptor superfamily member 13C
BM: Tumor necrosis factor receptor superfamily member 13C
BN: Tumor necrosis factor receptor superfamily member 13C
BO: Tumor necrosis factor receptor superfamily member 13C
BP: Tumor necrosis factor receptor superfamily member 13C
BQ: Tumor necrosis factor receptor superfamily member 13C
BR: Tumor necrosis factor receptor superfamily member 13C
BS: Tumor necrosis factor receptor superfamily member 13C
BT: Tumor necrosis factor receptor superfamily member 13C
BU: Tumor necrosis factor receptor superfamily member 13C
BV: Tumor necrosis factor receptor superfamily member 13C
BW: Tumor necrosis factor receptor superfamily member 13C
BX: Tumor necrosis factor receptor superfamily member 13C
BY: Tumor necrosis factor receptor superfamily member 13C
BZ: Tumor necrosis factor receptor superfamily member 13C
B0: Tumor necrosis factor receptor superfamily member 13C
B1: Tumor necrosis factor receptor superfamily member 13C
B2: Tumor necrosis factor receptor superfamily member 13C
B3: Tumor necrosis factor receptor superfamily member 13C
B4: Tumor necrosis factor receptor superfamily member 13C
B5: Tumor necrosis factor receptor superfamily member 13C
B6: Tumor necrosis factor receptor superfamily member 13C
B7: Tumor necrosis factor receptor superfamily member 13C
B8: Tumor necrosis factor receptor superfamily member 13C
B9: Tumor necrosis factor receptor superfamily member 13C
Ba: Tumor necrosis factor receptor superfamily member 13C
Bb: Tumor necrosis factor receptor superfamily member 13C
Bc: Tumor necrosis factor receptor superfamily member 13C
Bd: Tumor necrosis factor receptor superfamily member 13C
Be: Tumor necrosis factor receptor superfamily member 13C
Bf: Tumor necrosis factor receptor superfamily member 13C
Bg: Tumor necrosis factor receptor superfamily member 13C
Bh: Tumor necrosis factor receptor superfamily member 13C
Bi: Tumor necrosis factor receptor superfamily member 13C
Bj: Tumor necrosis factor receptor superfamily member 13C
Bk: Tumor necrosis factor receptor superfamily member 13C
Bl: Tumor necrosis factor receptor superfamily member 13C
Bm: Tumor necrosis factor receptor superfamily member 13C
Bn: Tumor necrosis factor receptor superfamily member 13C
Bo: Tumor necrosis factor receptor superfamily member 13C
Bp: Tumor necrosis factor receptor superfamily member 13C
Bq: Tumor necrosis factor receptor superfamily member 13C
Br: Tumor necrosis factor receptor superfamily member 13C
Bs: Tumor necrosis factor receptor superfamily member 13C
Bt: Tumor necrosis factor receptor superfamily member 13C
Bu: Tumor necrosis factor receptor superfamily member 13C
Bv: Tumor necrosis factor receptor superfamily member 13C
Bw: Tumor necrosis factor receptor superfamily member 13C
Bx: Tumor necrosis factor receptor superfamily member 13C
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)1,406,707160
ポリマ－1,405,735120
非ポリマー97240
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)175.5, 194.8, 274.4
Angle α, β, γ (deg.)90, 93.3, 90
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質 ...
Tumor necrosis factor ligand superfamily member 13B / B cell activation factor


分子量: 16701.051 Da / 分子数: 60 / 断片: residues 138-285 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト)
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
参照: UniProt: Q9Y275
#2: タンパク質 ...
Tumor necrosis factor receptor superfamily member 13C / BAFF-R / B cell-activating factor receptor


分子量: 6727.870 Da / 分子数: 60 / 断片: residues 1-63 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 細胞株 (発現宿主): Hi5
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
参照: UniProt: Q96RJ3
#3: 化合物...
ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 40 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 4.87 Å3/Da / 溶媒含有率: 74.57 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.5
詳細: sodium formate, pH 5.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SPring-8 / ビームライン: BL41XU / 波長: 1 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2003年1月28日
放射モノクロメーター: mirror / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.3→20 Å / Num. all: 1550665 / Num. obs: 1448322 / % possible obs: 93.4 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0
反射 シェル解像度: 3.3→3.4 Å / % possible all: 87.3

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-2000データ収集
SCALEPACKデータスケーリング
AMoRE位相決定
CNS1.1精密化
HKL-2000データ削減
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 3.3→19.95 Å / Rfactor Rfree error: 0.002 / Data cutoff high absF: 165101.27 / Data cutoff low absF: 0 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.226 12736 4.9 %random
Rwork0.218 ---
all-276280 --
obs-258046 93.4 %-
溶媒の処理溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 18.7187 Å2 / ksol: 0.285583 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 45.6 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--11.83 Å20 Å2-2.74 Å2
2--14.62 Å20 Å2
3----2.79 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.38 Å0.37 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.59 Å0.57 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.3→19.95 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数68580 0 40 0 68620
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.01
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.4
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d26.7
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d0.91
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it1.481.5
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it2.732
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it1.762
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it3.022.5
Refine LS restraints NCSNCS model details: CONSTR
LS精密化 シェル解像度: 3.3→3.51 Å / Rfactor Rfree error: 0.007 / Total num. of bins used: 6
Rfactor反射数%反射
Rfree0.301 2020 5 %
Rwork0.291 --
obs-38262 87.3 %
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1protein_rep.paramprotein.top
X-RAY DIFFRACTION2water_rep.paramwater.top
X-RAY DIFFRACTION3ion.paramion.top

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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