PDB-4v36: The structure of L-PGS from Bacillus licheniformis

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4v36

タイトル

The structure of L-PGS from Bacillus licheniformis

要素

LYSYL-TRNA-DEPENDENT L-YSYL-PHOSPHATIDYLGYCEROL SYNTHASE

キーワード

TRANSFERASE / T-RNA DEPENDENT AMINOACYLATION / BACTERIAL RESISTANCE PROTEINS / L-PGS / LIPID HOMEOSTASIS / YFIX / PHENIX. MR_ROSETTA / LYSINE AMIDE

機能・相同性

機能・相同性情報

lysyltransferase / phosphatidylglycerol lysyltransferase activity / lipid metabolic process / response to antibiotic / plasma membrane
類似検索 - 分子機能

生物種

BACILLUS LICHENIFORMIS (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.1 Å

データ登録者

Krausze, J. / Hebecker, S. / Heinz, D.W. / Moser, J.

引用

ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2015
タイトル: Structures of Two Bacterial Resistance Factors Mediating tRNA-Dependent Aminoacylation of Phosphatidylglycerol with Lysine or Alanine.
著者: Hebecker, S. / Krausze, J. / Hasenkampf, T. / Schneider, J. / Groenewold, M. / Reichelt, J. / Jahn, D. / Heinz, D.W. / Moser, J.

履歴

登録	2014年10月16日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2015年8月19日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2015年8月26日	Group: Database references
改定 1.2	2015年9月9日	Group: Database references
改定 1.3	2024年5月8日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4v36.cif.gz	272.6 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4v36.ent.gz	222 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4v36.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	4v36_validation.pdf.gz	466.6 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	4v36_full_validation.pdf.gz	470 KB	表示
XML形式データ	4v36_validation.xml.gz	25.5 KB	表示
CIF形式データ	4v36_validation.cif.gz	35.2 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/v3/4v36 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/v3/4v36	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	4v34C 4v35C C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	4bbf-3 3q5h-1 6osp-2 3vuc-1 4l3p-d 6q4k-d 4zpe-d 6q4c-d 6dkw-1 3rm6-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#146 - 2012年2月アミノグリコシド系抗生物質 (Aminoglycoside Antibiotics) 類似性 (1) #97 - 2008年1月概日体内時計タンパク質 (Circadian Clock Proteins) 類似性 (1)

登録構造単位

A: LYSYL-TRNA-DEPENDENT L-YSYL-PHOSPHATIDYLGYCEROL SYNTHASE

B: LYSYL-TRNA-DEPENDENT L-YSYL-PHOSPHATIDYLGYCEROL SYNTHASE

ヘテロ分子

78 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: LYSYL-TRNA-DEPENDENT L-YSYL-PHOSPHATIDYLGYCEROL SYNTHASE

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
39.1 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: LYSYL-TRNA-DEPENDENT L-YSYL-PHOSPHATIDYLGYCEROL SYNTHASE

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
38.9 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	46.890, 66.260, 71.150
Angle α, β, γ (deg.)	112.43, 94.07, 98.94
Int Tables number	1
Space group name H-M	P1

非結晶学的対称性 (NCS)

NCS oper: (Code: given
Matrix: (-0.57419, 0.67697, 0.46045), (0.76312, 0.64626, 0.00147), (-0.29658, 0.35222, -0.88768)
ベクター: -19.71729, -35.50731, 27.16199)

#1: タンパク質	LYSYL-TRNA-DEPENDENT L-YSYL-PHOSPHATIDYLGYCEROL SYNTHASE 分子量: 38809.480 Da / 分子数: 2 / 断片: SOLUBLE DOMAIN, UNP RESIDUES 519-850 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) BACILLUS LICHENIFORMIS (バクテリア) 株: DSM13 / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) 参照: UniProt: E5W5M1, UniProt: Q65MA9*PLUS, lysyltransferase
#2: 化合物	ChemComp-LYN / 2,6-DIAMINO-HEXANOIC ACID AMIDE タイプ: L-peptide linking / 分子量: 146.211 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₆H₁₆N₃O
#3: 化合物	ChemComp-TRS / 2-AMINO-2-HYDROXYMETHYL-PROPANE-1,3-DIOL / TRIS BUFFER / トリス(ヒドロキシメチル)メチルアンモニウム分子量: 122.143 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₄H₁₂NO₃ / コメント: pH緩衝剤*YM
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 192 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.58 Å³/Da / 溶媒含有率: 52.4 % / 解説: NONE
結晶化	pH: 4.2 詳細: 0.2 M NACL; 0.1 M PHOSPHATE-CITRATE PH 4.2; 10%(W/V) GLYCEROL; 0.5 MM L-LYSINE AMIDE; PRIOR TO CRYO-COOLING, 30% (V/V) WERE ADDED AS A CRYOPROTECTANT

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: PETRA III, DESY / ビームライン: P11 / 波長: 1.033184
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2013年6月25日 / 詳細: SI-111 AND SI-113 REFLECTION
放射	モノクロメーター: DOUBLE CRYSTAL / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.033184 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.1→37.34 Å / Num. obs: 36408 / % possible obs: 80.6 % / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 3.5 % / B_iso Wilson estimate: 27.47 Å² / R_merge(I) obs: 0.1 / Net I/σ(I): 8.7
反射シェル	解像度: 2.1→2.18 Å / 冗長度: 3.5 % / R_merge(I) obs: 0.6 / Mean I/σ(I) obs: 2.1 / % possible all: 19

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(PHENIX.REFINE)	精密化
XDS		データ削減
XDS		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 2.1→37.337 Å / SU ML: 0.31 / σ(F): 1.97 / 位相誤差: 29.13 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2477	1820	5 %
R_work	0.1972	-	-
obs	0.1998	36401	80.57 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso mean: 36 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.1→37.337 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	5170	0	26	192	5388

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.002	5378
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.541	7230
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	10.628	2010
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.02	733
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.003	937

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.1001-2.1569	0.3452	28	0.2873	592	X-RAY DIFFRACTION	18
2.1569-2.2203	0.3628	51	0.2636	949	X-RAY DIFFRACTION	29
2.2203-2.292	0.3467	89	0.2665	1450	X-RAY DIFFRACTION	45
2.292-2.3739	0.3154	123	0.2644	2522	X-RAY DIFFRACTION	76
2.3739-2.4689	0.309	162	0.2599	3208	X-RAY DIFFRACTION	96
2.4689-2.5812	0.3091	171	0.2563	3184	X-RAY DIFFRACTION	97
2.5812-2.7173	0.296	156	0.2481	3229	X-RAY DIFFRACTION	98
2.7173-2.8875	0.2694	184	0.2346	3230	X-RAY DIFFRACTION	98
2.8875-3.1103	0.2969	188	0.2213	3216	X-RAY DIFFRACTION	98
3.1103-3.4231	0.265	169	0.197	3231	X-RAY DIFFRACTION	98
3.4231-3.918	0.2053	175	0.1709	3275	X-RAY DIFFRACTION	98
3.918-4.9345	0.2008	159	0.1397	3217	X-RAY DIFFRACTION	98
4.9345-37.3424	0.18	165	0.1641	3278	X-RAY DIFFRACTION	99

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.4546	-0.8226	-0.016	0.5151	0.0856	0.3962	0.0463	0.4087	-0.5822	-0.2736	-0.0636	0.2536	0.0383	-0.2013	0.0115	0.2482	0.0031	-0.0466	0.2655	-0.0916	0.1652	27.8398	56.2777	7.922
2	0.3319	0.2143	0.0344	0.3202	0.1759	0.3154	0.0434	-0.2803	-0.0964	0.0608	-0.0773	0.0465	0.096	0.0364	-0.0131	0.1163	-0.022	-0.0093	0.1354	0.0278	0.0937	22.1146	57.3673	34.5258
3	0.986	-0.1869	-0.3798	0.2189	-0.032	0.2001	-0.022	-0.1319	-0.3471	0.0701	-0.1003	0.0127	0.0865	0.0453	-0.168	0.2084	-0.0308	0.0073	0.1372	0.0165	0.0633	20.8796	53.5928	34.8774
4	0.03	-0.0288	-0.0754	0.0498	0.1132	0.2149	-0.2627	0.0737	-0.1362	0.0025	0.1615	-0.0629	0.1658	0.0484	-0.028	0.1508	0.0069	-0.0405	0.2488	0.0154	0.3115	39.8056	55.3811	28.8775
5	0.067	0.0329	-0.0095	0.0506	0.0141	0.0257	0.0193	-0.0005	-0.1084	0.0212	-0.0888	-0.1517	0.1258	0.1455	-0.0007	0.1554	0.015	0.0197	0.1608	-0.0021	0.1839	39.4389	62.1711	16.8329
6	0.2144	0.0536	0.1137	0.1637	-0.1252	0.2481	0.2495	-0.1615	0.076	0.2849	-0.1434	0.0712	-0.0795	0.0008	0.0543	0.1895	-0.0346	0.0262	0.1926	-0.0605	0.1849	8.3336	19.8668	33.0342
7	0.6691	0.0797	0.0061	0.9515	-0.1872	0.3904	0.0433	0.13	0.1851	-0.036	-0.0937	0.0666	-0.0717	0.0451	-0.1515	0.0785	0.0131	0.0034	0.0982	0.0049	0.1002	17.5007	20.5353	14.0447
8	0.0935	0.0138	0.0769	0.213	-0.0248	0.0497	0.1139	0.1246	0.0326	-0.1231	-0.076	-0.0039	0.0787	0.0974	0.0001	0.1236	0.0172	0.0018	0.1661	0.0388	0.1132	21.2095	15.8869	8.1777
9	0.0542	0.0202	0.023	0.0107	0.0117	-0.0005	0.0068	0.0151	0.169	-0.2689	-0.0479	0.1381	-0.1314	-0.0995	0.0472	0.2117	0.0286	-0.0556	0.1753	0.0705	0.229	10.4281	26.742	7.3617
10	0.1618	0.181	-0.1157	0.2002	-0.1245	0.0928	0.1291	-0.0435	0.4162	0.1318	-0.0359	0.2804	-0.3595	-0.0124	0.2426	0.2357	0.0353	0.109	-0.0205	-0.1103	0.523	6.2056	34.3695	22.4188

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	CHAIN 'A' AND (RESID 523 THROUGH 625 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	CHAIN 'A' AND (RESID 626 THROUGH 715 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	CHAIN 'A' AND (RESID 716 THROUGH 766 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	CHAIN 'A' AND (RESID 767 THROUGH 819 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	CHAIN 'A' AND (RESID 820 THROUGH 850 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	CHAIN 'B' AND (RESID 523 THROUGH 602 )
7	X-RAY DIFFRACTION	7	CHAIN 'B' AND (RESID 603 THROUGH 715 )
8	X-RAY DIFFRACTION	8	CHAIN 'B' AND (RESID 716 THROUGH 765 )
9	X-RAY DIFFRACTION	9	CHAIN 'B' AND (RESID 766 THROUGH 819 )
10	X-RAY DIFFRACTION	10	CHAIN 'B' AND (RESID 820 THROUGH 848 )

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

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