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- PDB-4v2o: Structure of saposin B in complex with chloroquine -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4v2o
タイトルStructure of saposin B in complex with chloroquine
要素SAPOSIN-B
キーワードHYDROLASE ACTIVATOR / PROTEIN-LIGAND COMPLEX
機能・相同性
機能・相同性情報


positive regulation of beta-galactosidase activity / ganglioside GM1 transport to membrane / ganglioside GM2 binding / ganglioside GM3 binding / ganglioside GP1c binding / ganglioside GM1 binding / ganglioside GT1b binding / sphingolipid metabolic process / prostate gland growth / epithelial cell differentiation involved in prostate gland development ...positive regulation of beta-galactosidase activity / ganglioside GM1 transport to membrane / ganglioside GM2 binding / ganglioside GM3 binding / ganglioside GP1c binding / ganglioside GM1 binding / ganglioside GT1b binding / sphingolipid metabolic process / prostate gland growth / epithelial cell differentiation involved in prostate gland development / Glycosphingolipid catabolism / lysosomal transport / azurophil granule membrane / regulation of lipid metabolic process / enzyme activator activity / adenylate cyclase-inhibiting G protein-coupled receptor signaling pathway / Peptide ligand-binding receptors / lysosomal lumen / regulation of autophagy / phospholipid binding / late endosome / Platelet degranulation / G alpha (i) signalling events / scaffold protein binding / collagen-containing extracellular matrix / protease binding / lysosome / lysosomal membrane / intracellular membrane-bounded organelle / Neutrophil degranulation / protein homodimerization activity / extracellular space / extracellular exosome / extracellular region / identical protein binding / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Saposin, chordata / Saposin-like / NK-Lysin / Saposin A-type domain / Saposin / Saposin A-type domain / Saposin A-type domain profile. / Saposin/surfactant protein-B A-type DOMAIN / Saposin-like type B, region 1 / Saposin-like type B, region 1 ...Saposin, chordata / Saposin-like / NK-Lysin / Saposin A-type domain / Saposin / Saposin A-type domain / Saposin A-type domain profile. / Saposin/surfactant protein-B A-type DOMAIN / Saposin-like type B, region 1 / Saposin-like type B, region 1 / Saposin B type, region 2 / Saposin-like type B, region 2 / Saposin (B) Domains / Saposin B type domain / Saposin-like / Saposin B type domain profile. / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-CLQ / Prosaposin
類似検索 - 構成要素
生物種HOMO SAPIENS (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.13 Å
データ登録者Zubieta, C. / Lai, X. / Doyle, R.P.
引用ジャーナル: Chemmedchem / 年: 2016
タイトル: The Lysosomal Protein Saposin B Binds Chloroquine.
著者: Huta, B.P. / Mehlenbacher, M.R. / Nie, Y. / Lai, X. / Zubieta, C. / Bou-Abdallah, F. / Doyle, R.P.
履歴
登録2014年10月13日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02015年12月9日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12016年3月2日Group: Database references
改定 1.22024年1月10日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: SAPOSIN-B
B: SAPOSIN-B
C: SAPOSIN-B
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)27,9325
ポリマ－27,2923
非ポリマー6402
水2,666148
1
A: SAPOSIN-B
C: SAPOSIN-B
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)18,5153
ポリマ－18,1952
非ポリマー3201
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2360 Å2
ΔGint-22.7 kcal/mol
Surface area9960 Å2
手法PISA
2
B: SAPOSIN-B
ヘテロ分子

B: SAPOSIN-B
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)18,8354
ポリマ－18,1952
非ポリマー6402
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation5_677x-y+1,-y+2,-z+7/31
Buried area3390 Å2
ΔGint-25.4 kcal/mol
Surface area9750 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)75.299, 75.299, 94.716
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number154
Space group name H-MP3221
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11B-2016-

HOH

21B-2020-

HOH

31B-2042-

HOH

-
要素

#1: タンパク質 SAPOSIN-B / CEREBROSIDE SULFATE ACTIVATOR / CSACT / DISPERSIN / SPHINGOLIPID ACTIVATOR PROTEIN 1 / SAP-1 / ...CEREBROSIDE SULFATE ACTIVATOR / CSACT / DISPERSIN / SPHINGOLIPID ACTIVATOR PROTEIN 1 / SAP-1 / SULFATIDE/GM1 ACTIVATOR / SAPOSIN B


分子量: 9097.452 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) HOMO SAPIENS (ヒト) / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): SHUFFLE EXPRESS / 参照: UniProt: P07602
#2: 化合物 ChemComp-CLQ / N4-(7-CHLORO-QUINOLIN-4-YL)-N1,N1-DIETHYL-PENTANE-1,4-DIAMINE / CHLOROQUINE / (R)-クロロキン


分子量: 319.872 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C18H26ClN3 / コメント: 薬剤*YM
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 148 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.77 Å3/Da / 溶媒含有率: 50 % / 解説: NONE
結晶化pH: 6.5 / 詳細: 0.1M MES, PH 6.0, 30% PEG6000

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID29 / 波長: 0.99187
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2014年4月30日
放射モノクロメーター: SI(311) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.99187 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.13→38 Å / Num. obs: 17890 / % possible obs: 98.9 % / Observed criterion σ(I): 1.6 / 冗長度: 6.9 % / Biso Wilson estimate: 43.94 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.08 / Net I/σ(I): 14.4
反射 シェル解像度: 2.13→2.2 Å / 冗長度: 6.9 % / Rmerge(I) obs: 1 / Mean I/σ(I) obs: 1.6 / % possible all: 92.5

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
BUSTER2.10.0精密化
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1N69

1n69


解像度: 2.13→15 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.9187 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.8936 / SU R Cruickshank DPI: 0.224 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / SU R Blow DPI: 0.241 / SU Rfree Blow DPI: 0.188 / SU Rfree Cruickshank DPI: 0.182
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2538 908 5.13 %RANDOM
Rwork0.229 ---
obs0.2303 17711 99.59 %-
原子変位パラメータBiso mean: 65.52 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--7.2465 Å20 Å20 Å2
2---7.2465 Å20 Å2
3---14.4929 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.369 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.13→15 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1806 0 44 148 1998
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数Restraint functionWeight
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d0.0091926HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg1.082602HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d696SINUSOIDAL2
X-RAY DIFFRACTIONt_incorr_chiral_ct
X-RAY DIFFRACTIONt_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes59HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes269HARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_it1926HARMONIC20
X-RAY DIFFRACTIONt_nbd
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion2.13
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion16.85
X-RAY DIFFRACTIONt_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion264SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_sum_occupancies
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_distance
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact2362SEMIHARMONIC4
LS精密化 シェル解像度: 2.13→2.26 Å / Total num. of bins used: 9
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2313 148 5.29 %
Rwork0.2279 2648 -
all0.228 2796 -
obs--99.59 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
12.6038-0.0929-0.30433.2607-1.00594.8209-0.0675-0.42870.19750.08970.14950.0135-0.36-0.3492-0.0820.10290.0973-0.0220.0876-0.0655-0.01284.81684.3038109.524
23.96760.81720.8642.80051.27954.74930.0720.42020.0863-0.27370.0916-0.3922-0.40711.1666-0.16370.0417-0.04130.08690.39320.01930.01934.343569.9897106.363
32.5777-0.7454-1.09052.9414-1.74186.04110.01750.48350.2014-0.06380.39240.2729-0.2643-1.1597-0.40990.15570.0363-0.07180.2420.11350.0588-4.326682.6001100.582
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1{ A|1 - A|78 }
2X-RAY DIFFRACTION2{ B|-2 - B|78 }
3X-RAY DIFFRACTION3{ C|-2 - C|78 }

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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