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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 4v2l | ||||||
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タイトル | Crystallographic structure of thioredoxin from Litopenaeus vannamei: Radiation damage effect at 3.4 MGy, focused in disulfide bonds. | ||||||
![]() | THIOREDOXIN | ||||||
![]() | OXIDOREDUCTASE / THIOREDOXIN / SHRIMP / LITOPENAEUS VANNAMIE / RADIATION DAMAGE / DISULFIDE BOND | ||||||
機能・相同性 | ![]() | ||||||
生物種 | ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Campos-Acevedo, A.A. / Rudino-Pinera, E. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Crystallographic Studies Evidencing the High Energy Tolerance to Disrupting the Interface Disulfide Bond of Thioredoxin 1 from White Leg Shrimp Litopenaeus Vannamei. 著者: Campos-Acevedo, A.A. / Rudino-Pinera, E. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 61.6 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 46.4 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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単位格子 |
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Components on special symmetry positions |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 11958.710 Da / 分子数: 2 / 変異: YES / 由来タイプ: 組換発現 詳細: RESIDUE 11 IS SER IN UNIPROT DEPOSIT B1PWB9, IN THIS STRUCTURE A PHE IS CLEARLY VISIBLE ON POSITION 11. 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() #2: 化合物 | #3: 化合物 | ChemComp-SO4 / | #4: 化合物 | ChemComp-ACT / | #5: 水 | ChemComp-HOH / | 配列の詳細 | A SERINE IS PRESENT IN RESIDUE 11 FROM UNIPROT DEPOSIT B1PWB9, IN OUR STRUCTURE RESIDUE 11 IS A PHENYLALAN | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.31 Å3/Da / 溶媒含有率: 46.81 % / 解説: NONE |
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結晶化 | pH: 4.6 詳細: 2.0 M AMMONIUM SULPHATE, 0.1 M SODIUM ACETATE, PH 4.6 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2012年5月23日 / 詳細: MIRRORS |
放射 | モノクロメーター: SI 111 / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.9686 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.65→28.59 Å / Num. obs: 26586 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 3.3 % / Biso Wilson estimate: 24.97 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.04 / Net I/σ(I): 15.9 |
反射 シェル | 解像度: 1.65→1.72 Å / 冗長度: 3.3 % / Rmerge(I) obs: 0.43 / Mean I/σ(I) obs: 2.4 / % possible all: 99.8 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: PDB ENTRY 3ZZX 解像度: 1.65→27.782 Å / SU ML: 0.2 / σ(F): 1.37 / 位相誤差: 22.4 / 立体化学のターゲット値: ML
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 31.6 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.65→27.782 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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