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- PDB-4v1h: Crystal structure of a mycobacterial ATP synthase rotor ring in c... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4v1h
タイトルCrystal structure of a mycobacterial ATP synthase rotor ring in complex with Iodo-Bedaquiline
要素F0F1 ATP SYNTHASE SUBUNIT C
キーワードHYDROLASE / F1FO-ATP SYNTHASE ROTOR / MEMBRANE PROTEIN STRUCTURE
機能・相同性F1F0 ATP synthase subunit C / F1FO ATP Synthase / Up-down Bundle / Mainly Alpha / IODO-BEDAQUILINE / :
機能・相同性情報
生物種MYCOBACTERIUM PHLEI (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.8 Å
データ登録者Preiss, L. / Yildiz, O. / Meier, T.
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: Structure of the Mycobacterial ATP Synthase Fo Rotor Ring in Complex with Iodo-Bedaquiline
著者: Preiss, L. / Langer, J.D. / Yildiz, O. / Koul, A. / Meier, T.
履歴
登録2014年9月26日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02016年1月20日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年1月10日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: F0F1 ATP SYNTHASE SUBUNIT C
B: F0F1 ATP SYNTHASE SUBUNIT C
C: F0F1 ATP SYNTHASE SUBUNIT C
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)27,8077
ポリマ－25,8363
非ポリマー1,9714
水1,33374
1
A: F0F1 ATP SYNTHASE SUBUNIT C
B: F0F1 ATP SYNTHASE SUBUNIT C
C: F0F1 ATP SYNTHASE SUBUNIT C
ヘテロ分子

A: F0F1 ATP SYNTHASE SUBUNIT C
B: F0F1 ATP SYNTHASE SUBUNIT C
C: F0F1 ATP SYNTHASE SUBUNIT C
ヘテロ分子

A: F0F1 ATP SYNTHASE SUBUNIT C
B: F0F1 ATP SYNTHASE SUBUNIT C
C: F0F1 ATP SYNTHASE SUBUNIT C
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)83,42021
ポリマ－77,5089
非ポリマー5,91212
水1629
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation3_675-x+y+1,-x+2,z1
crystal symmetry operation2_765-y+2,x-y+1,z1
Buried area32610 Å2
ΔGint-339.6 kcal/mol
Surface area22710 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)74.690, 74.690, 166.330
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number146
Space group name H-MH3

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要素

#1: タンパク質 F0F1 ATP SYNTHASE SUBUNIT C / ATP SYNTHASE C-RING


分子量: 8612.009 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) MYCOBACTERIUM PHLEI (バクテリア) / 参照: UniProt: I0RTF3, H+-transporting two-sector ATPase
#2: 化合物 ChemComp-IBQ / IODO-BEDAQUILINE


分子量: 602.505 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C32H31IN2O2
#3: 化合物 ChemComp-TAM / TRIS(HYDROXYETHYL)AMINOMETHANE / 3-アミノ-3-(2-ヒドロキシエチル)-1,5-ペンタンジオ-ル


分子量: 163.215 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C7H17NO3 / コメント: pH緩衝剤*YM
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 74 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.46 Å3/Da / 溶媒含有率: 64.41 % / 解説: NONE
結晶化pH: 8 / 詳細: pH 8

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X10SA / 波長: 1
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2014年5月10日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.8→37 Å / Num. obs: 31081 / % possible obs: 96.9 % / Observed criterion σ(I): 1.97 / 冗長度: 3.38 % / Biso Wilson estimate: 25 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.15 / Net I/σ(I): 9.25
反射 シェル解像度: 1.8→1.9 Å / 冗長度: 3.37 % / Rmerge(I) obs: 1.13 / Mean I/σ(I) obs: 1.97 / % possible all: 98

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(PHENIX.REFINE)精密化
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 4V1F

4v1f


解像度: 1.8→37.345 Å / SU ML: 0.32 / σ(F): 1.93 / 位相誤差: 26.33 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2177 1991 6.4 %
Rwork0.191 --
obs0.1928 31055 96.85 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.8→37.345 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1797 0 74 74 1945
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0191909
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.612593
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d15.673634
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.095292
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.009335
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.8-1.8450.40441460.37222077X-RAY DIFFRACTION98
1.845-1.89490.34571410.34062126X-RAY DIFFRACTION98
1.8949-1.95060.38461410.33232070X-RAY DIFFRACTION97
1.9506-2.01360.391390.31152083X-RAY DIFFRACTION97
2.0136-2.08560.31041440.27982062X-RAY DIFFRACTION97
2.0856-2.1690.30611440.27962036X-RAY DIFFRACTION96
2.169-2.26780.24551380.21892056X-RAY DIFFRACTION95
2.2678-2.38730.1941370.18142013X-RAY DIFFRACTION95
2.3873-2.53680.19591420.14582107X-RAY DIFFRACTION98
2.5368-2.73270.15071470.13192093X-RAY DIFFRACTION99
2.7327-3.00750.16171400.13742138X-RAY DIFFRACTION99
3.0075-3.44250.17971450.14662099X-RAY DIFFRACTION98
3.4425-4.33610.20741440.15982075X-RAY DIFFRACTION96
4.3361-37.3530.19751430.2022029X-RAY DIFFRACTION95
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 49.31 Å / Origin y: 71.128 Å / Origin z: 33.1493 Å
111213212223313233
T0.1362 Å2-0.0281 Å20.0195 Å2-0.1791 Å20.0165 Å2--0.1896 Å2
L0.6255 °2-0.0745 °20.2357 °2-0.7412 °20.1866 °2--1.3098 °2
S0.011 Å °0.0728 Å °0.0665 Å °-0.1063 Å °-0.013 Å °-0.1303 Å °-0.1427 Å °0.2609 Å °0.002 Å °
精密化 TLSグループSelection details: ALL

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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