PDB-4uzr: Crystal Structure of Pyrococcus horikoshii Ph1500

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4uzr

タイトル

Crystal Structure of Pyrococcus horikoshii Ph1500

要素

PUTATIVE UNCHARACTERIZED PROTEIN PH1500

キーワード

UNKNOWN FUNCTION / BETA-PROPELLER / 12-BLADED / HEXAMER / DODECAMER / BETA-CLAM

機能・相同性

: / Domain of unknown function (DUF6849) / CDC48, domain 2 / Cell division protein 48 (CDC48), domain 2 / Cell division protein 48 (CDC48) domain 2 / CDC48 domain 2-like superfamily / CDC48 domain-containing protein

機能・相同性情報

生物種

PYROCOCCUS HORIKOSHII (古細菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.652 Å

データ登録者

Hartmann, M.D. / Ammelburg, M. / Djuranovic, S. / Lupas, A.N.

引用

ジャーナル: To be Published
タイトル: Crystal Structure of Pyrococcus Horikoshii Ph1500
著者: Ammelburg, M. / Schiff, J. / Hartmann, M.D. / Varnay, I. / Djuranovic, S. / Truffault, V. / Martin, J. / Coles, M. / Lupas, A.N.

履歴

登録	2014年9月8日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2015年10月7日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2019年5月8日	Group: Data collection / Experimental preparation / Other カテゴリ: database_PDB_rev / database_PDB_rev_record ...database_PDB_rev / database_PDB_rev_record / exptl_crystal_grow / pdbx_database_proc / pdbx_database_status Item: _exptl_crystal_grow.method / _exptl_crystal_grow.temp / _pdbx_database_status.recvd_author_approval
改定 1.2	2024年5月8日	Group: Data collection / Database references / Other カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4uzr.cif.gz	338.6 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4uzr.ent.gz	281.7 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4uzr.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	4uzr_validation.pdf.gz	455.4 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	4uzr_full_validation.pdf.gz	458.9 KB	表示
XML形式データ	4uzr_validation.xml.gz	28.1 KB	表示
CIF形式データ	4uzr_validation.cif.gz	37.8 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/uz/4uzr ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/uz/4uzr	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	3pfi-2 6zhy-d 8595 1ejx-1 10633 10636 4bc3-d 6938 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#80 - 2006年8月 AAA+プロテアーゼ (AAA+ Proteases) 類似性 (4) #167 - 2013年11月 SNAREタンパク質 (SNARE Proteins) 類似性 (4)

登録構造単位

A: PUTATIVE UNCHARACTERIZED PROTEIN PH1500

B: PUTATIVE UNCHARACTERIZED PROTEIN PH1500

C: PUTATIVE UNCHARACTERIZED PROTEIN PH1500

D: PUTATIVE UNCHARACTERIZED PROTEIN PH1500

E: PUTATIVE UNCHARACTERIZED PROTEIN PH1500

F: PUTATIVE UNCHARACTERIZED PROTEIN PH1500

98 kDa, 6 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: PUTATIVE UNCHARACTERIZED PROTEIN PH1500

B: PUTATIVE UNCHARACTERIZED PROTEIN PH1500

C: PUTATIVE UNCHARACTERIZED PROTEIN PH1500

D: PUTATIVE UNCHARACTERIZED PROTEIN PH1500

E: PUTATIVE UNCHARACTERIZED PROTEIN PH1500

F: PUTATIVE UNCHARACTERIZED PROTEIN PH1500

A: PUTATIVE UNCHARACTERIZED PROTEIN PH1500

B: PUTATIVE UNCHARACTERIZED PROTEIN PH1500

C: PUTATIVE UNCHARACTERIZED PROTEIN PH1500

D: PUTATIVE UNCHARACTERIZED PROTEIN PH1500

E: PUTATIVE UNCHARACTERIZED PROTEIN PH1500

F: PUTATIVE UNCHARACTERIZED PROTEIN PH1500

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
196 kDa, 12 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	62.779, 184.169, 172.142
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	20
Space group name H-M	C222₁

#1: タンパク質	PUTATIVE UNCHARACTERIZED PROTEIN PH1500 分子量: 16330.283 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) PYROCOCCUS HORIKOSHII (古細菌) / 株: JCM 9974 / DSM 12428 / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 参照: UniProt: O59169

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.6 Å³/Da / 溶媒含有率: 52 % / 解説: NONE
結晶化	温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法詳細: SITTING DROP, 295 K, 30 %(V/V) PEG 400, 200 MM SODIUM CITRATE, 100 MM TRIS PH 8.5

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X10SA / 波長: 1
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2012年11月29日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.65→39.1 Å / Num. obs: 28988 / % possible obs: 98.5 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 4.38 % / B_iso Wilson estimate: 70.41 Å² / R_merge(I) obs: 0.07 / Net I/σ(I): 14.8
反射シェル	解像度: 2.65→2.81 Å / 冗長度: 4.46 % / R_merge(I) obs: 0.76 / Mean I/σ(I) obs: 2.13 / % possible all: 97.5

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(PHENIX.REFINE)	精密化
XDS		データ削減
XDS		データスケーリング
MOLREP		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 2.652→38.988 Å / SU ML: 0.38 / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 31.06 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2518	1428	4.9 %
R_work	0.1996	-	-
obs	0.2022	28970	98.45 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.652→38.988 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	6526	0	0	0	6526

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.003	6604
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.8	9009
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	14.159	2465
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.042	1188
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.004	1127

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.652-2.7467	0.374	137	0.3174	2661	X-RAY DIFFRACTION	96
2.7467-2.8567	0.3961	131	0.3002	2756	X-RAY DIFFRACTION	99
2.8567-2.9866	0.361	139	0.2903	2733	X-RAY DIFFRACTION	99
2.9866-3.144	0.3375	148	0.2695	2739	X-RAY DIFFRACTION	99
3.144-3.3409	0.3361	142	0.256	2737	X-RAY DIFFRACTION	100
3.3409-3.5987	0.2715	146	0.213	2741	X-RAY DIFFRACTION	99
3.5987-3.9605	0.2677	141	0.2074	2746	X-RAY DIFFRACTION	99
3.9605-4.5329	0.2277	144	0.1663	2747	X-RAY DIFFRACTION	98
4.5329-5.7081	0.196	147	0.1543	2791	X-RAY DIFFRACTION	98
5.7081-38.9921	0.2033	153	0.1769	2891	X-RAY DIFFRACTION	98

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	8.5611	-6.2267	-1.9481	8.0988	1.3725	7.348	0.0925	0.4392	-0.5501	-0.0456	-0.547	-0.0545	2.0613	0.4098	0.4796	0.9536	0.149	0.1114	0.564	-0.0325	0.6021	0.6965	25.3232	58.271
2	3.518	1.3276	-0.8366	7.3262	-2.4216	9.474	-0.0209	-0.1235	-0.0016	-0.3886	-0.4158	-0.2581	0.2217	0.5054	0.3817	0.483	0.0774	-0.0203	0.4684	-0.0414	0.4181	15.6528	44.9411	33.3573
3	7.3875	1.0094	2.2693	6.8175	0.0144	5.385	-0.0795	-0.2814	-0.0905	0.7171	0.0517	-0.7109	-0.1816	0.1033	0.033	0.659	0.0206	-0.0328	0.4219	-0.0912	0.4384	1.9947	97.9279	70.5068
4	5.6918	1.2393	-1.142	5.5945	0.0709	7.7631	0.0142	-0.0878	0.269	0.5041	-0.1165	-0.4324	0.4443	0.6358	0.0886	0.4706	0.1078	-0.0579	0.4222	0.0294	0.3911	12.8779	65.978	66.7514
5	9.4271	2.3374	-0.7535	8.3709	-0.4315	6.2339	0.1249	0.3503	0.13	-0.5328	-0.086	-0.6018	-0.4597	0.5138	-0.0576	0.6797	-0.0065	-0.042	0.3395	0.063	0.3038	5.3889	72.2098	1.1816
6	3.6037	-2.8107	-2.0965	7.3177	-0.5813	7.2291	0.27	0.1192	0.3202	-0.4997	0.2038	-0.6443	-0.5807	0.6448	-0.3046	0.5371	-0.1082	0.0065	0.3539	-0.0059	0.4458	15.2104	84.4802	31.1644
7	5.0043	-0.8423	0.1391	5.8368	0.8003	5.7441	-0.1996	-0.4684	-0.3057	1.1208	-0.0397	-0.2758	0.1844	0.0709	0.2648	0.4811	-0.014	-0.0558	0.3412	0.0006	0.351	0.2436	52.2838	85.6666
8	0.9335	-2.9915	-3.4481	7.5983	8.3853	8.6686	-0.4969	-0.2142	-0.2037	1.3115	0.2721	-0.1249	1.462	0.1398	0.1938	0.757	0.1043	0.0552	0.547	0.0776	0.4619	13.4866	45.7174	55.8616
9	3.7891	-1.1229	-2.543	6.177	-0.5994	7.7792	0.1869	0.1166	0.4213	-0.1187	0.1739	-0.1023	-1.5279	-0.0567	-0.2168	0.7109	-0.0908	0.0325	0.3591	0.0609	0.3934	2.3627	107.9334	32.8939
10	1.7097	-1.3334	-2.5568	7.7587	-3.6068	7.3031	0.0883	-0.0276	0.0028	0.4317	-0.2307	-0.2494	-0.6989	0.5117	0.114	0.4698	-0.0739	-0.1108	0.3737	0.0671	0.4798	14.1489	85.0602	54.6621
11	4.7906	1.1702	-0.521	4.3194	-3.211	7.4642	-0.0532	0.4064	-0.4439	-0.8945	-0.2198	-0.1156	1.442	0.1046	0.2355	0.7444	0.0688	0.0803	0.2955	-0.0227	0.4504	5.0551	34.5474	10.2871
12	1.1715	0.7036	-0.9931	2.6169	0.5738	4.0043	0.1741	0.2066	-0.326	-1.055	0.2468	-0.448	-0.0691	0.2734	-0.371	0.73	0.0224	-0.0413	0.4869	-0.0707	0.6325	16.6159	64.5242	21.517

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	(CHAIN A AND RESSEQ 1:76)
2	X-RAY DIFFRACTION	2	(CHAIN A AND RESSEQ 77:148)
3	X-RAY DIFFRACTION	3	(CHAIN B AND RESSEQ 1:76)
4	X-RAY DIFFRACTION	4	(CHAIN B AND RESSEQ 77:148)
5	X-RAY DIFFRACTION	5	(CHAIN C AND RESSEQ 1:76)
6	X-RAY DIFFRACTION	6	(CHAIN C AND RESSEQ 77:148)
7	X-RAY DIFFRACTION	7	(CHAIN D AND RESSEQ 1:76)
8	X-RAY DIFFRACTION	8	(CHAIN D AND RESSEQ 77:148)
9	X-RAY DIFFRACTION	9	(CHAIN E AND RESSEQ 1:76)
10	X-RAY DIFFRACTION	10	(CHAIN E AND RESSEQ 77:148)
11	X-RAY DIFFRACTION	11	(CHAIN F AND RESSEQ 1:76)
12	X-RAY DIFFRACTION	12	(CHAIN F AND RESSEQ 77:148)

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

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