PDB-4uxu: Crystal Structure of the Extracellular Domain of the Human Alpha9...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4uxu

タイトル

Crystal Structure of the Extracellular Domain of the Human Alpha9 Nicotinic Acetylcholine Receptor In Complex with Methyllycaconitine

要素

NEURONAL ACETYLCHOLINE RECEPTOR SUBUNIT ALPHA-9

キーワード

TRANSPORT PROTEIN / TRANSPORT / NEURONAL TYPE NACHR / EXTRACELLULAR DOMAIN / METHYLLYCACONITINE / ANTAGONIST

機能・相同性

機能・相同性情報

Acetylcholine inhibits contraction of outer hair cells / Highly calcium permeable postsynaptic nicotinic acetylcholine receptors / detection of mechanical stimulus involved in sensory perception of sound / acetylcholine-gated channel complex / response to auditory stimulus / acetylcholine-gated monoatomic cation-selective channel activity / inner ear morphogenesis / membrane depolarization / transmembrane transporter complex / calcium channel activity ...
類似検索 - 分子機能

生物種

HOMO SAPIENS (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.71 Å

データ登録者

Zouridakis, M. / Giastas, P. / Zarkadas, E. / Tzartos, S.J.

引用

ジャーナル: Nat.Struct.Mol.Biol. / 年: 2014
タイトル: Crystal Structures of Free and Antagonist-Bound States of Human Alpha9 Nicotinic Receptor Extracellular Domain
著者: Zouridakis, M. / Giastas, P. / Zarkadas, E. / Chroni-Tzartou, D. / Bregestovski, P. / Tzartos, S.J.

履歴

登録	2014年8月27日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2014年10月1日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2014年10月8日	Group: Database references
改定 1.2	2014年10月15日	Group: Database references
改定 1.3	2014年11月19日	Group: Database references
改定 1.4	2020年7月29日	Group: Data collection / Derived calculations ...Data collection / Derived calculations / Other / Structure summary カテゴリ: chem_comp / entity ...chem_comp / entity / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_database_status / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site / struct_site_gen Item: _chem_comp.name / _chem_comp.type ..._chem_comp.name / _chem_comp.type / _entity.pdbx_description / _pdbx_database_status.status_code_sf / _pdbx_entity_nonpoly.name / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.pdbx_role / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id 解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 1.5	2024年1月10日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Refinement description / Structure summary カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.6	2024年11月6日	Group: Structure summary カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4uxu.cif.gz	201.4 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4uxu.ent.gz	161.6 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4uxu.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	4uxu_validation.pdf.gz	1.2 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	4uxu_full_validation.pdf.gz	1.3 MB	表示
XML形式データ	4uxu_validation.xml.gz	26 KB	表示
CIF形式データ	4uxu_validation.cif.gz	37.1 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ux/4uxu ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ux/4uxu	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	4d01SC 4uy2C C: 同じ文献を引用 (文献) S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	5v3w-d 5d4k-2 6s6a-2 4iul-d 3flo-4 6ctc-d 5w1l-1 2h5g-1 6b2y-d 4es5-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#191 - 2015年11月グルタミン酸開閉型塩化物イオン受容体 (Glutamate-gated Chloride Receptors) 類似性 (9) #71 - 2005年11月アセチルコリン受容体 (Acetylcholine Receptor) 類似性 (10)

登録構造単位

A: NEURONAL ACETYLCHOLINE RECEPTOR SUBUNIT ALPHA-9

B: NEURONAL ACETYLCHOLINE RECEPTOR SUBUNIT ALPHA-9

ヘテロ分子

54 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	63.434, 66.246, 75.191
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 102.76, 90.00
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

-
タンパク質 / 糖 , 2種, 6分子 AB

#1: タンパク質

NEURONAL ACETYLCHOLINE RECEPTOR SUBUNIT ALPHA-9 / NICOTINIC ACETYLCHOLINE RECEPTOR SUBUNIT ALPHA-9 / NACHR ALP HA-9 / HUMAN ALPHA9 NICOTINIC ...

分子量: 25307.029 Da / 分子数: 2 / 断片: EXTRACELLULAR DOMAIN, UNP RESIDUES 26-237 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現)

HOMO SAPIENS (ヒト) / プラスミド: PPICZAA / 発現宿主:

KOMAGATAELLA PASTORIS (菌類) / 株 (発現宿主): X33 / 参照: UniProt: Q9UGM1

#6: 糖

ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE / N-アセチル-β-D-グルコサミン

タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C₈H₁₅NO₆

識別子	タイプ	プログラム
DGlcpNAcb	CONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOL	GMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamine	COMMON NAME	GMML 1.0
b-D-GlcpNAc	IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOL	PDB-CARE 1.0
GlcNAc	SNFG CARBOHYDRATE SYMBOL	GMML 1.0

-
非ポリマー , 5種, 513分子

#2: 化合物	ChemComp-MLK / METHYLLYCACONITINE / メチルリカコニチン分子量: 682.800 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃₇H₅₀N₂O₁₀ / コメント: alkaloid*YM
#3: 化合物	ChemComp-EPE / 4-(2-HYDROXYETHYL)-1-PIPERAZINE ETHANESULFONIC ACID / HEPES / HEPES 分子量: 238.305 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₈H₁₈N₂O₄S / コメント: pH緩衝剤*YM
#4: 化合物	ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル分子量: 62.068 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆O₂
#5: 化合物	ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン分子量: 22.990 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#7: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 502 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

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詳細

Has protein modification	Y
配列の詳細	EXTRACELLULAR DOMAIN

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実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶	マシュー密度: 3.1 Å³/Da / 溶媒含有率: 61 % / 解説: NONE
結晶化	pH: 7.5 / 詳細: 0.1 M HEPES PH 7.5, 15% PEG 20000, 7.5% ETHANOL

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データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06DA / 波長: 1
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 2M / 検出器: PIXEL / 日付: 2013年5月25日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.71→41.6 Å / Num. obs: 63697 / % possible obs: 97.9 % / Observed criterion σ(I): 1.4 / 冗長度: 3.5 % / B_iso Wilson estimate: 18 Å² / R_merge(I) obs: 0.09 / Net I/σ(I): 6.9
反射シェル	解像度: 1.71→1.77 Å / 冗長度: 3.5 % / R_merge(I) obs: 0.84 / Mean I/σ(I) obs: 1.4 / % possible all: 94

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解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(PHENIX.REFINE)	精密化
XDS		データ削減
SCALA		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 4D01

4d01

解像度: 1.71→41.606 Å / SU ML: 0.22 / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 25.99 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2346	3232	5.1 %
R_work	0.206	-	-
obs	0.2112	63592	96.67 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso mean: 22.3 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.71→41.606 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3416	0	228	502	4146

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.007	3775
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.344	5197
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	16.898	1410
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.059	586
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.005	653

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.71-1.7355	0.3175	126	0.2927	2510	X-RAY DIFFRACTION	93
1.7355-1.7626	0.3307	143	0.2819	2544	X-RAY DIFFRACTION	94
1.7626-1.7915	0.3076	143	0.276	2549	X-RAY DIFFRACTION	94
1.7915-1.8224	0.341	120	0.2723	2574	X-RAY DIFFRACTION	95
1.8224-1.8556	0.2933	138	0.2536	2589	X-RAY DIFFRACTION	96
1.8556-1.8913	0.271	137	0.2459	2622	X-RAY DIFFRACTION	97
1.8913-1.9299	0.3046	125	0.2452	2665	X-RAY DIFFRACTION	98
1.9299-1.9718	0.2831	141	0.2371	2628	X-RAY DIFFRACTION	98
1.9718-2.0177	0.2623	178	0.2265	2634	X-RAY DIFFRACTION	98
2.0177-2.0682	0.2694	144	0.2211	2637	X-RAY DIFFRACTION	98
2.0682-2.1241	0.2784	158	0.2133	2633	X-RAY DIFFRACTION	97
2.1241-2.1866	0.237	131	0.2133	2656	X-RAY DIFFRACTION	98
2.1866-2.2571	0.2439	158	0.2105	2590	X-RAY DIFFRACTION	98
2.2571-2.3378	0.2758	133	0.2238	2674	X-RAY DIFFRACTION	97
2.3378-2.4314	0.2513	125	0.2202	2646	X-RAY DIFFRACTION	98
2.4314-2.5421	0.2334	139	0.2238	2654	X-RAY DIFFRACTION	97
2.5421-2.6761	0.2341	146	0.2188	2616	X-RAY DIFFRACTION	97
2.6761-2.8437	0.2814	114	0.2177	2676	X-RAY DIFFRACTION	98
2.8437-3.0632	0.2239	158	0.2121	2629	X-RAY DIFFRACTION	97
3.0632-3.3713	0.1978	139	0.1943	2635	X-RAY DIFFRACTION	96
3.3713-3.8589	0.1992	138	0.1877	2618	X-RAY DIFFRACTION	95
3.8589-4.8606	0.1771	133	0.1742	2635	X-RAY DIFFRACTION	96
4.8606-41.6179	0.2203	165	0.1888	2746	X-RAY DIFFRACTION	98

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	2.2604	-1.3176	-1.5524	2.0073	1.0679	2.4817	-0.1548	0.2043	-0.4121	0.1005	-0.1233	0.3645	0.328	-0.4947	0.2711	0.1932	-0.0196	-0.0093	0.2759	-0.0148	0.2555	-23.5198	1.1069	1.2594
2	1.1631	0.4806	-0.4814	0.5047	-0.0674	0.7492	-0.0203	-0.2637	-0.0363	0.0178	-0.0454	-0.045	0.0033	0.036	0.0627	0.217	0.0138	-0.0139	0.1793	-0.0135	0.2046	4.1081	8.0765	-1.3864
3	1.5637	-0.4662	-0.6099	0.5749	0.1406	0.9383	-0.1192	0.1776	-0.0789	-0.1099	-0.0092	0.2006	0.0163	-0.1814	0.126	0.2086	0.0109	-0.0301	0.2195	-0.0246	0.2209	-19.5388	7.1848	0.6708
4	2.3426	-1.3734	-1.2297	0.8349	0.7408	0.7237	-0.4552	-0.6857	0.1227	0.4477	0.3419	-0.0489	0.572	0.194	0.0191	0.3771	0.0638	-0.0103	0.3319	-0.0031	0.2399	3.9552	-0.0264	5.7192
5	1.3695	-0.1721	-0.1031	0.3979	0.1644	0.7818	-0.0338	-0.1589	0.133	0.0354	-0.0344	0.0099	-0.0099	-0.1489	0.0694	0.1712	0.0127	-0.0009	0.1529	0.0039	0.1691	-8.3969	8.6494	0.2349
6	0.6705	0.6151	-0.0088	0.9178	-0.192	0.2823	-0.0361	-0.0156	-0.1249	-0.0902	-0.0441	-0.1168	0.039	0.0414	0.0879	0.2597	0.0235	0.0274	0.1832	-0.0089	0.1714	7.9024	3.1138	-10.0417
7	0.8725	0.2087	-0.0357	0.7813	0.2597	0.9322	-0.0093	-0.0459	0.0488	-0.0514	-0.0104	-0.0794	0.0059	0.067	0.0572	0.2496	0.0085	0.0106	0.1388	0.0054	0.1576	7.6859	7.7628	-9.5755
8	0.7076	0.6139	1.3922	1.6054	1.2089	3.2571	-0.1177	0.0431	0.1621	-0.135	-0.1613	0.1877	-0.455	-0.5791	0.3109	0.2139	0.011	-0.0065	0.3017	-0.0305	0.2423	-12.409	-7.5669	-47.9673
9	1.3498	-0.5354	0.4981	0.5789	-0.3575	1.0695	-0.079	0.1243	-0.0713	0.0375	-0.0215	-0.0518	-0.0627	0.1359	0.1021	0.2809	-0.0154	0.027	0.1731	-0.0122	0.1822	11.397	-14.5736	-33.6619
10	1.4443	0.7247	0.4285	0.9966	0.4886	1.6828	-0.1182	-0.0489	-0.0849	-0.0872	-0.0991	0.1442	-0.0253	-0.3303	0.1922	0.2444	-0.0151	0.014	0.2309	-0.0385	0.2223	-9.1172	-13.6458	-45.7349
11	1.7987	1.4569	1.6991	1.1857	1.378	1.601	-0.1481	0.5579	-0.2091	-0.5284	0.4336	-0.236	-0.7547	0.4793	-0.2781	0.4452	-0.0716	0.0237	0.2922	-0.0257	0.255	14.0129	-6.5305	-40.333
12	1.9212	0.2081	0.4082	0.5334	0.3353	1.1015	0.0917	0.1781	-0.1975	0.0287	-0.0964	0.0079	0.0577	-0.0906	-0.0221	0.2808	-0.0149	0.016	0.171	-0.0148	0.1792	0.752	-15.0759	-40.2714
13	0.514	-0.5104	0.0588	0.7596	-0.286	0.5243	-0.0614	-0.0081	0.026	0.1013	-0.0199	-0.0753	-0.101	0.0656	0.0844	0.3099	-0.0151	0.0073	0.193	-0.0044	0.181	11.1239	-9.5989	-24.202
14	0.8213	-0.2486	-0.0656	0.93	0.4218	0.48	-0.0088	0.0373	-0.0751	0.0389	0.0033	-0.0247	-0.0422	0.0866	0.0286	0.3373	-0.0055	0.0271	0.1606	0.0048	0.1516	11.1201	-14.2732	-24.6816

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	CHAIN 'A' AND (RESID 3 THROUGH 30 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	CHAIN 'A' AND (RESID 31 THROUGH 63 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	CHAIN 'A' AND (RESID 64 THROUGH 94 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	CHAIN 'A' AND (RESID 95 THROUGH 108 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	CHAIN 'A' AND (RESID 109 THROUGH 129 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	CHAIN 'A' AND (RESID 130 THROUGH 162 )
7	X-RAY DIFFRACTION	7	CHAIN 'A' AND (RESID 163 THROUGH 212 )
8	X-RAY DIFFRACTION	8	CHAIN 'B' AND (RESID 3 THROUGH 30 )
9	X-RAY DIFFRACTION	9	CHAIN 'B' AND (RESID 31 THROUGH 63 )
10	X-RAY DIFFRACTION	10	CHAIN 'B' AND (RESID 64 THROUGH 94 )
11	X-RAY DIFFRACTION	11	CHAIN 'B' AND (RESID 95 THROUGH 108 )
12	X-RAY DIFFRACTION	12	CHAIN 'B' AND (RESID 109 THROUGH 129 )
13	X-RAY DIFFRACTION	13	CHAIN 'B' AND (RESID 130 THROUGH 162 )
14	X-RAY DIFFRACTION	14	CHAIN 'B' AND (RESID 163 THROUGH 212 )

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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