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- PDB-4uxl: Structure of Human ROS1 Kinase Domain in Complex with PF-06463922 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4uxl
タイトルStructure of Human ROS1 Kinase Domain in Complex with PF-06463922
要素PROTO-ONCOGENE TYROSINE-PROTEIN KINASE ROS
キーワードTRANSFERASE / INHIBITOR / ROS
機能・相同性
機能・相同性情報


columnar/cuboidal epithelial cell development / regulation of TOR signaling / cell surface receptor protein tyrosine kinase signaling pathway / transmembrane receptor protein tyrosine kinase activity / regulation of ERK1 and ERK2 cascade / regulation of cell growth / receptor protein-tyrosine kinase / protein tyrosine kinase activity / spermatogenesis / protein phosphatase binding ...columnar/cuboidal epithelial cell development / regulation of TOR signaling / cell surface receptor protein tyrosine kinase signaling pathway / transmembrane receptor protein tyrosine kinase activity / regulation of ERK1 and ERK2 cascade / regulation of cell growth / receptor protein-tyrosine kinase / protein tyrosine kinase activity / spermatogenesis / protein phosphatase binding / cell differentiation / receptor complex / protein phosphorylation / ATP binding / membrane / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
LDLR class B repeat / Low-density lipoprotein-receptor YWTD domain / Tyrosine-protein kinase, receptor class II, conserved site / Receptor tyrosine kinase class II signature. / Six-bladed beta-propeller, TolB-like / : / Fibronectin type III domain / Fibronectin type 3 domain / Fibronectin type-III domain profile. / Fibronectin type III ...LDLR class B repeat / Low-density lipoprotein-receptor YWTD domain / Tyrosine-protein kinase, receptor class II, conserved site / Receptor tyrosine kinase class II signature. / Six-bladed beta-propeller, TolB-like / : / Fibronectin type III domain / Fibronectin type 3 domain / Fibronectin type-III domain profile. / Fibronectin type III / Fibronectin type III superfamily / Tyrosine-protein kinase, catalytic domain / Tyrosine kinase, catalytic domain / Tyrosine protein kinases specific active-site signature. / Tyrosine-protein kinase, active site / Serine-threonine/tyrosine-protein kinase, catalytic domain / Protein tyrosine and serine/threonine kinase / Transferase(Phosphotransferase) domain 1 / Transferase(Phosphotransferase); domain 1 / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Protein kinase, ATP binding site / Protein kinases ATP-binding region signature. / Immunoglobulin-like fold / Protein kinase domain profile. / Protein kinase domain / Protein kinase-like domain superfamily / 2-Layer Sandwich / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-5P8 / Proto-oncogene tyrosine-protein kinase ROS
類似検索 - 構成要素
生物種HOMO SAPIENS (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.4 Å
データ登録者McTigue, M. / Deng, Y. / Liu, W. / Brooun, A. / Stewart, A.
引用ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2015
タイトル: Pf-06463922 is a Potent and Selective Next-Generation Ros1/Alk Inhibitor Capable of Blocking Crizotinib-Resistant Ros1 Mutations.
著者: Zou, H.Y. / Li, Q. / Engstrom, L.D. / West, M. / Appleman, V. / Wong, K.A. / Mctigue, M. / Deng, Y. / Liu, W. / Brooun, A. / Timofeevski, S. / Mcdonnell, S.R.P. / Jiang, P. / Falk, M.D. / ...著者: Zou, H.Y. / Li, Q. / Engstrom, L.D. / West, M. / Appleman, V. / Wong, K.A. / Mctigue, M. / Deng, Y. / Liu, W. / Brooun, A. / Timofeevski, S. / Mcdonnell, S.R.P. / Jiang, P. / Falk, M.D. / Lappin, P.B. / Affolter, T. / Nichols, T. / Hu, W. / Lam, J. / Johnson, T.W. / Smeal, T. / Charest, A. / Fantin, V.R.
履歴
登録2014年8月25日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02015年3月11日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12015年3月18日Group: Database references
改定 1.22015年4月15日Group: Database references
改定 1.32019年4月24日Group: Data collection / Other / Source and taxonomy
カテゴリ: entity_src_gen / pdbx_database_proc / pdbx_database_status
Item: _entity_src_gen.pdbx_host_org_cell_line / _pdbx_database_status.recvd_author_approval
改定 1.42019年5月8日Group: Data collection / Experimental preparation
カテゴリ: database_PDB_rev / database_PDB_rev_record / exptl_crystal_grow
Item: _exptl_crystal_grow.method / _exptl_crystal_grow.temp
改定 1.52024年1月10日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model / software / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _software.name / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: PROTO-ONCOGENE TYROSINE-PROTEIN KINASE ROS
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)37,4212
ポリマ－37,0141
非ポリマー4061
水2,450136
1
A: PROTO-ONCOGENE TYROSINE-PROTEIN KINASE ROS
ヘテロ分子

A: PROTO-ONCOGENE TYROSINE-PROTEIN KINASE ROS
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)74,8424
ポリマ－74,0292
非ポリマー8132
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation4_655-x+1,-y,z1
Buried area3830 Å2
ΔGint-20.3 kcal/mol
Surface area26520 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)105.844, 105.844, 49.843
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number172
Space group name H-MP64

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要素

#1: タンパク質 PROTO-ONCOGENE TYROSINE-PROTEIN KINASE ROS / PROTO-ONCOGENE C-ROS / PROTO-ONCOGENE C-ROS-1 / RECEPTOR TYROSINE KINASE C-ROS ONCOGENE 1 / C-ROS ...PROTO-ONCOGENE C-ROS / PROTO-ONCOGENE C-ROS-1 / RECEPTOR TYROSINE KINASE C-ROS ONCOGENE 1 / C-ROS RECEPTOR TYROSINE KINASE


分子量: 37014.488 Da / 分子数: 1 / 断片: KINASE DOMAIN, UNP RESIDUES 1934-2232 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) HOMO SAPIENS (ヒト) / プラスミド: PFASTBAC / 細胞株 (発現宿主): Sf21
発現宿主: SPODOPTERA FRUGIPERDA (ツマジロクサヨトウ)
参照: UniProt: P08922, receptor protein-tyrosine kinase
#2: 化合物 ChemComp-5P8 / (10R)-7-amino-12-fluoro-2,10,16-trimethyl-15-oxo-10,15,16,17-tetrahydro-2H-8,4-(metheno)pyrazolo[4,3-h][2,5,11]benzoxadiazacyclotetradecine-3-carbonitrile / PF-06463922


分子量: 406.413 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C21H19FN6O2 / コメント: 薬剤, 抗がん剤, 阻害剤*YM
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 136 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
非ポリマーの詳細(10R)-7-AMINO-12-FLUORO-2,10,16-TRIMETHYL-15-OXO-10,15,16, 17-TETRAHYDRO-2H-8,4-(METHENO) ...(10R)-7-AMINO-12-FLUORO-2,10,16-TRIMETHYL-15-OXO-10,15,16, 17-TETRAHYDRO-2H-8,4-(METHENO)PYRAZOLO(4,3-H)(2,5, 11)BENZOXADIAZACYCLOTETRADECINE-3-CARBONITRILE) (UNL): HET IS THE SAME AS 5P8 IN ENTRY 4CLJ

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.7 Å3/Da / 溶媒含有率: 55 % / 解説: NONE
結晶化温度: 286 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.6
詳細: CRYSTALS WERE OBTAINED BY THE HANGING DROP VAPOR DIFFUSION METHOD AT 13 DEGREES C BY MIXING 1.5 MICROLITERS OF SOLUTION CONTAINING A 1:3 MOLAR RATIO OF PHOSPHORYLATED ROS1 KD (12.2MG/ML) TO ...詳細: CRYSTALS WERE OBTAINED BY THE HANGING DROP VAPOR DIFFUSION METHOD AT 13 DEGREES C BY MIXING 1.5 MICROLITERS OF SOLUTION CONTAINING A 1:3 MOLAR RATIO OF PHOSPHORYLATED ROS1 KD (12.2MG/ML) TO PF-06463922 AND 1.5 MICROLITERS OF RESERVOIR SOLUTION CONTAINING 25% (W/V) PEG 3350, 0.6M POTASSIUM THIOCYANATE AND 0.1M SODIUM CITRATE TRIBASIC DIHYDRATE, PH5.6. CRYSTALS WERE FLASH-FROZEN IN LIQUID NITROGEN AFTER TRANSFER TO 2 MICROLITERS OF RESERVOIR SOLUTION CONTAINING 25% (V/V) GLYCEROL AS A CRYOPROTECTANT.

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データ収集

回折平均測定温度: 87 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 17-ID / 波長: 1
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2012年4月19日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.21→91.66 Å / Num. obs: 15684 / % possible obs: 97.1 % / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 6.7 % / Biso Wilson estimate: 41.4 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.04 / Net I/σ(I): 27
反射 シェル解像度: 2.21→2.33 Å / 冗長度: 4.4 % / Rmerge(I) obs: 0.42 / Mean I/σ(I) obs: 2.8 / % possible all: 62.1

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
CNS2005精密化
autoPROCデータ削減
SCALAデータスケーリング
CNX位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 3ZBF

3zbf


解像度: 2.4→91.66 Å / Rfactor Rfree error: 0.014 / Data cutoff high absF: 1439110.98 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.281 379 3 %RANDOM
Rwork0.211 ---
obs0.211 12648 100 %-
溶媒の処理溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 55.3806 Å2 / ksol: 0.360053 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 50.4 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--5.98 Å22.43 Å20 Å2
2---5.98 Å20 Å2
3---11.97 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.38 Å0.27 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.28 Å0.17 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.4→91.66 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2310 0 30 136 2476
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.006
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg0.9
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d21.8
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d0.62
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it1.661.5
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it2.822
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it2.132
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it3.112.5
Refine LS restraints NCSNCS model details: NONE
LS精密化 シェル解像度: 2.4→2.55 Å / Rfactor Rfree error: 0.046 / Total num. of bins used: 6
Rfactor反射数%反射
Rfree0.37 65 3.1 %
Rwork0.241 2024 -
obs--100 %
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1PROTEIN_REP.PARAMPROTEIN.TOP
X-RAY DIFFRACTION2DNA-RNA_REP.PARAMDNA-RNA.TOP
X-RAY DIFFRACTION3WATER_REP.PARAMWATER.TOP
X-RAY DIFFRACTION4ION.PARAMION.TOP
X-RAY DIFFRACTION5UNL.PARAMUNL.TOP

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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