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万見
- PDB-4ux3: cohesin Smc3-HD:Scc1-N complex from yeast -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4ux3
タイトルcohesin Smc3-HD:Scc1-N complex from yeast
要素
  • MITOTIC CHROMOSOME DETERMINANT-RELATED PROTEIN
  • STRUCTURAL MAINTENANCE OF CHROMOSOMES PROTEIN 3
キーワードPROTEIN BINDING / COHESIN / MITOSIS / CHROMOSOME SEGREGATION / KLEISIN / SMC
機能・相同性
機能・相同性情報


Establishment of Sister Chromatid Cohesion / Resolution of Sister Chromatid Cohesion / meiotic cohesin complex / establishment of meiotic sister chromatid cohesion / cohesin complex / mitotic cohesin complex / synaptonemal complex assembly / SUMOylation of DNA damage response and repair proteins / meiotic sister chromatid cohesion / replication-born double-strand break repair via sister chromatid exchange ...Establishment of Sister Chromatid Cohesion / Resolution of Sister Chromatid Cohesion / meiotic cohesin complex / establishment of meiotic sister chromatid cohesion / cohesin complex / mitotic cohesin complex / synaptonemal complex assembly / SUMOylation of DNA damage response and repair proteins / meiotic sister chromatid cohesion / replication-born double-strand break repair via sister chromatid exchange / establishment of mitotic sister chromatid cohesion / mitotic chromosome condensation / reciprocal meiotic recombination / sister chromatid cohesion / mitotic sister chromatid cohesion / protein acetylation / chromosome, centromeric region / condensed nuclear chromosome / G2/M transition of mitotic cell cycle / double-strand break repair / double-stranded DNA binding / cell division / DNA damage response / chromatin binding / apoptotic process / protein kinase binding / ATP hydrolysis activity / mitochondrion / ATP binding / identical protein binding / nucleus
類似検索 - 分子機能
Structural maintenance of chromosomes 3, ABC domain, eukaryotic / Rad21/Rec8-like protein, C-terminal, eukaryotic / Rad21/Rec8-like protein, N-terminal / Rad21/Rec8-like protein / Conserved region of Rad21 / Rec8 like protein / N terminus of Rad21 / Rec8 like protein / ScpA-like, C-terminal / Structural maintenance of chromosomes protein / SMCs flexible hinge / SMCs flexible hinge superfamily ...Structural maintenance of chromosomes 3, ABC domain, eukaryotic / Rad21/Rec8-like protein, C-terminal, eukaryotic / Rad21/Rec8-like protein, N-terminal / Rad21/Rec8-like protein / Conserved region of Rad21 / Rec8 like protein / N terminus of Rad21 / Rec8 like protein / ScpA-like, C-terminal / Structural maintenance of chromosomes protein / SMCs flexible hinge / SMCs flexible hinge superfamily / SMC proteins Flexible Hinge Domain / SMC proteins Flexible Hinge Domain / RecF/RecN/SMC, N-terminal / RecF/RecN/SMC N terminal domain / Winged helix DNA-binding domain superfamily / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase
類似検索 - ドメイン・相同性
PHOSPHOTHIOPHOSPHORIC ACID-ADENYLATE ESTER / Mitotic chromosome determinant-related protein / Structural maintenance of chromosomes protein 3 / Sister chromatid cohesion protein 1
類似検索 - 構成要素
生物種SACCHAROMYCES CEREVISIAE (パン酵母)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.3 Å
データ登録者Gligoris, T.G. / Nasmyth, K. / Lowe, J.
引用ジャーナル: Science / 年: 2014
タイトル: Closing the Cohesin Ring: Structure and Function of its Smc3-Kleisin Interface.
著者: Gligoris, T.G. / Scheinost, J.C. / Burmann, F. / Petela, N. / Chan, K. / Uluocak, P. / Beckouet, F. / Gruber, S. / Nasmyth, K. / Lowe, J.
履歴
登録2014年8月18日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02014年12月3日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年1月10日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: STRUCTURAL MAINTENANCE OF CHROMOSOMES PROTEIN 3
B: MITOTIC CHROMOSOME DETERMINANT-RELATED PROTEIN
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)76,1094
ポリマ－75,5612
非ポリマー5482
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4170 Å2
ΔGint-45.5 kcal/mol
Surface area29330 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)73.151, 94.801, 284.768
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number23
Space group name H-MI222

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要素

#1: タンパク質 STRUCTURAL MAINTENANCE OF CHROMOSOMES PROTEIN 3 / DA-BOX PROTEIN SMC3 / SMC3


分子量: 62072.840 Da / 分子数: 1
断片: HEAD DOMAIN WITH COILED COIL SEGMENT, RESIDUES 2-261 AND RESIDUES 970-1230
由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) SACCHAROMYCES CEREVISIAE (パン酵母)
発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 参照: UniProt: P47037
#2: タンパク質 MITOTIC CHROMOSOME DETERMINANT-RELATED PROTEIN / SCC1


分子量: 13488.373 Da / 分子数: 1 / 断片: N-TERMINAL DOMAIN, RESIDUES 1-155 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) SACCHAROMYCES CEREVISIAE (パン酵母)
発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 参照: UniProt: A6ZXW3, UniProt: Q12158*PLUS
#3: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#4: 化合物 ChemComp-AGS / PHOSPHOTHIOPHOSPHORIC ACID-ADENYLATE ESTER / ATP-GAMMA-S / ADENOSINE 5'-(3-THIOTRIPHOSPHATE) / ADENOSINE 5'-(GAMMA-THIOTRIPHOSPHATE) / ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE MONOTHIOPHOSPHATE / ATP-γ-S


分子量: 523.247 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H16N5O12P3S
コメント: ATP-gamma-S, エネルギー貯蔵分子類似体*YM

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 5

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.27 Å3/Da / 溶媒含有率: 60 % / 解説: NONE

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I24 / 波長: 0.97957
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97957 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.3→30 Å / Num. obs: 15350 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 25.6 % / Rmerge(I) obs: 0.11 / Net I/σ(I): 17.7
反射 シェル解像度: 3.3→3.48 Å / 冗長度: 26.6 % / Rmerge(I) obs: 1.5 / Mean I/σ(I) obs: 2.2 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0073精密化
XDSデータ削減
SCALAデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1XEX

1xex


解像度: 3.3→30 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.946 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.924 / SU B: 106.2 / SU ML: 0.781 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R Free: 0.585
立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD WITH PHASES
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.32861 765 5 %RANDOM
Rwork0.27382 ---
obs0.27663 14583 99.75 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 182.117 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--8.86 Å20 Å20 Å2
2--23.84 Å20 Å2
3----14.98 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.3→30 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4066 0 32 0 4098
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0110.0194141
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.7781.9735555
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg9.5015501
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg33.08525.196204
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg14.51615827
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg13.3621528
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1150.2632
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0070.023016
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it6.39710.5262022
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it10.50815.7772517
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it8.12911.5622114
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 3.3→3.385 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.479 41 -
Rwork0.409 1060 -
obs--99.91 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
17.16242.4270.38531.8189-1.29443.2059-0.07340.0049-1.2524-0.03820.1631-0.12580.5731-0.6353-0.08981.0418-0.20130.18190.1645-0.09381.1849-154.4551-69.5404608.1413
20.1766-0.19730.27030.9959-2.55517.11630.0276-0.16690.02590.24840.11830.0361-0.4397-0.0788-0.1460.8131-0.0317-0.02450.62050.05270.602-142.4483-70.9251675.5709
32.31451.77-5.85482.0942-6.340721.4471-0.0312-0.3778-0.22350.1124-0.2384-0.09420.00870.68440.26960.75980.0377-0.04170.59580.00250.8253-136.3445-66.17646.1177
43.78870.58970.75442.5546-0.68372.3376-0.07630.9292-0.6485-0.35770.0049-0.21170.1090.56760.07140.90070.06270.1510.5233-0.18080.6918-137.6146-56.9588600.7049
523.3344.7911-4.309324.049214.070410.496-0.1283-0.685-0.8493.0152-0.94221.28651.9696-0.40691.07041.2205-0.1727-0.02421.46070.17650.7939-146.6703-61.1634582.8941
64.2479-1.4248-0.87340.48020.29840.2234-0.11170.7291-1.53810.0607-0.22380.48840.08880.05920.33551.5971-0.02980.01071.1992-0.11491.149-142.9199-76.8798642.0604
73.86350.7217-3.29672.9994-1.513413.0811-0.39920.5027-0.5519-0.4655-0.0441-0.43980.63970.10570.44330.835-0.0504-0.08870.43860.06490.8262-140.639-70.8218645.0033
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A2 - 156
2X-RAY DIFFRACTION2A157 - 988
3X-RAY DIFFRACTION3A989 - 1062
4X-RAY DIFFRACTION4A1063 - 1213
5X-RAY DIFFRACTION5A1214 - 1222
6X-RAY DIFFRACTION6B25 - 43
7X-RAY DIFFRACTION7B44 - 102

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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