PDB-4uvq: PatG Domain of Unknown Function

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4uvq

タイトル

PatG Domain of Unknown Function

要素

THIAZOLINE OXIDASE/SUBTILISIN-LIKE PROTEASE

キーワード

HYDROLASE / PATELLAMIDES / CYANOBACTINS / PROCHLORON.

機能・相同性

機能・相同性情報

oxidoreductase activity / serine-type endopeptidase activity / proteolysis / metal ion binding
類似検索 - 分子機能

生物種

PROCHLORON SP. (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

単波長異常分散 / 解像度: 1.724 Å

データ登録者

Mann, G. / Koehnke, J. / Bent, A.F. / Graham, R. / Schwarz-Linek, U. / Naismith, J.H.

引用

ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.F / 年: 2014
タイトル: The Structure of the Cyanobactin Domain of Unknown Function from Patg in the Patellamide Gene Cluster
著者: Mann, G. / Koehnke, J. / Bent, A.F. / Graham, R. / Schwarz-Linek, U. / Naismith, J.H.

履歴

登録	2014年8月7日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2014年9月17日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2014年12月10日	Group: Database references
改定 1.2	2014年12月17日	Group: Database references
改定 1.3	2024年11月6日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Structure summary カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr1_symmetry / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_symmetry / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4uvq.cif.gz	169.1 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4uvq.ent.gz	138.9 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4uvq.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	4uvq_validation.pdf.gz	430.6 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	4uvq_full_validation.pdf.gz	431.9 KB	表示
XML形式データ	4uvq_validation.xml.gz	16.6 KB	表示
CIF形式データ	4uvq_validation.cif.gz	23.2 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/uv/4uvq ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/uv/4uvq	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	4ed6-d 5l1i-d 5f9l-d 5dlg-d 5jum-d 5kg0-d 6plc-d 5dqg-d 4yr3-d 6d0z-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#184 - 2015年4月グルカゴン (Glucagon) 類似性 (6) #142 - 2011年10月 PDBの先駆者たち (PDB Pioneers) 類似性 (6)

登録構造単位

A: THIAZOLINE OXIDASE/SUBTILISIN-LIKE PROTEASE

ヘテロ分子

31.4 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: THIAZOLINE OXIDASE/SUBTILISIN-LIKE PROTEASE

ヘテロ分子

A: THIAZOLINE OXIDASE/SUBTILISIN-LIKE PROTEASE

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
62.8 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	64.110, 95.190, 40.160
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	18
Space group name H-M	P2₁2₁2

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-2181- HOH
2	1	A-2183- HOH
3	1	A-2186- HOH

#1: タンパク質	THIAZOLINE OXIDASE/SUBTILISIN-LIKE PROTEASE 分子量: 31321.184 Da / 分子数: 1 / 断片: DOMAIN OF UNKNOWN FUNCTION, RESIDUES 913-1185 / 変異: YES / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) PROCHLORON SP. (バクテリア) / 解説: DAVIES REEF / プラスミド: PHISTEV / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q52QJ1
#2: 化合物	ChemComp-ZN / ZINC ION 分子量: 65.409 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 269 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 1.98 Å³/Da / 溶媒含有率: 37.88 % / 解説: NONE
結晶化	詳細: 0.04 M POTASSIUM PHOSPHATE, 16 % (W/V) PEG 8000, AND 20 % (V/V) GLYCEROL

-
データ収集

回折	平均測定温度: 93 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I02 / 波長: 0.97
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2012年12月15日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.97 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.72→53.17 Å / Num. obs: 26646 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(I): 3.4 / 冗長度: 14 % / R_merge(I) obs: 0.14 / Net I/σ(I): 12.1
反射シェル	解像度: 1.72→1.77 Å / 冗長度: 11.3 % / R_merge(I) obs: 0.9 / Mean I/σ(I) obs: 3.4 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(PHENIX.REFINE)	精密化
XDS		データ削減
SCALEPACK		データスケーリング
PHENIX	AUTOSOL	位相決定

精密化

構造決定の手法:

単波長異常分散
開始モデル: NONE

解像度: 1.724→53.175 Å / SU ML: 0.17 / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 20.78 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.1995	1345	5.1 %
R_work	0.1751	-	-
obs	0.1764	25301	99.91 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso mean: 26 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.724→53.175 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2109	0	1	269	2379

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.009	2184
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.932	2967
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	12.82	799
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.032	328
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.004	393

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.7243-1.786	0.2947	119	0.2393	2503	X-RAY DIFFRACTION	100
1.786-1.8575	0.2835	125	0.2135	2467	X-RAY DIFFRACTION	100
1.8575-1.942	0.2326	139	0.1931	2515	X-RAY DIFFRACTION	100
1.942-2.0444	0.2124	132	0.1814	2478	X-RAY DIFFRACTION	100
2.0444-2.1725	0.1898	133	0.1671	2490	X-RAY DIFFRACTION	100
2.1725-2.3402	0.1776	133	0.1569	2522	X-RAY DIFFRACTION	100
2.3402-2.5757	0.2216	143	0.1667	2513	X-RAY DIFFRACTION	100
2.5757-2.9484	0.2133	132	0.1755	2541	X-RAY DIFFRACTION	100
2.9484-3.7146	0.1874	139	0.1662	2576	X-RAY DIFFRACTION	100
3.7146-53.1998	0.1735	150	0.1725	2697	X-RAY DIFFRACTION	100

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	2.4364	1.4073	0.0668	2.4336	-0.5893	0.6974	0.0533	0.258	-0.1842	-0.0708	-0.0011	0.0619	0.0551	-0.0418	-0.0179	0.1199	0.0217	-0.0492	0.1374	-0.0196	0.1054	37.7121	27.9605	24.8496
2	1.2589	-0.3485	1.6106	2.1474	0.6779	5.2574	0.2082	-0.2445	-0.7137	0.2055	-0.078	0.4218	0.4768	-0.2838	-0.1843	0.227	-0.0504	-0.0754	0.2263	0.0141	0.4381	26.5206	12.3487	32.7975
3	2.6314	0.3028	0.4998	4.7002	-0.8451	3.1276	0.199	-0.1917	-0.3492	0.1105	-0.1013	0.1043	0.3307	0.0836	-0.0738	0.1272	-0.014	-0.0295	0.1337	-0.0024	0.185	34.907	19.2365	33.8777
4	5.204	-0.7831	2.0755	3.9538	-1.0232	4.6441	0.1982	0.5009	-0.4053	-0.54	-0.2884	0.0908	0.3027	0.3991	0.0288	0.2146	0.0126	0.0071	0.1924	0.0075	0.1484	41.2007	25.1729	23.7909
5	1.2976	0.1692	-0.2329	1.3802	-0.0154	1.8242	0.0432	-0.0066	-0.0722	-0.0198	0.0384	-0.0339	0.0294	0.1428	-0.0582	0.1267	0.0187	-0.0244	0.1168	0.0004	0.1399	40.0633	27.6372	30.7579
6	0.9199	1.4813	1.878	2.8687	3.5436	4.5334	0.2534	0.0798	0.1727	1.0944	-0.1039	-0.2441	-0.2387	0.7423	-0.3973	0.4542	-0.1292	-0.1201	0.2769	-0.0593	0.1837	44.6925	47.6199	50.376
7	2.435	0.3523	1.3571	3.0989	0.7934	5.6016	-0.053	-0.2493	0.0381	0.3193	-0.1279	-0.0571	-0.2576	-0.1879	-0.0531	0.1499	-0.0146	-0.0016	0.1438	0.0034	0.1635	37.4417	48.5641	41.2216
8	4.1757	0.008	-0.9945	3.2377	0.6615	4.7	0.0682	0.2526	0.1208	-0.1075	-0.1658	-0.1275	0.131	0.0611	-0.0356	0.119	0.0126	0.0091	0.0787	0.0076	0.1216	43.3925	42.2712	26.8984
9	1.8427	-0.9467	-1.8166	3.8859	1.6066	3.204	0.1212	-0.0033	0.0506	-0.3016	0.1191	-0.4928	-0.1215	0.1886	-0.2322	0.1403	-0.0307	0.0165	0.1817	-0.0371	0.2199	48.9501	52.7837	30.5886
10	1.3148	-0.9684	-0.6348	3.6223	2.1522	4.0258	0.0211	-0.0601	0.257	-0.1046	0.0198	-0.1042	-0.2958	-0.0713	-0.1701	0.1476	-0.0026	-0.012	0.2003	0.0034	0.2091	43.9134	60.5629	34.9871
11	0.0453	-0.0323	-0.1822	5.9711	3.4915	2.3335	-0.1246	-0.1368	0.0586	-0.0058	0.4632	-0.5023	-0.1076	0.327	-0.3148	0.1606	0.0042	-0.0034	0.2183	-0.0445	0.2021	52.5862	50.2049	29.6763

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	CHAIN A AND (RESID 10 THROUGH 26 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	CHAIN A AND (RESID 27 THROUGH 42 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	CHAIN A AND (RESID 43 THROUGH 68 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	CHAIN A AND (RESID 69 THROUGH 80 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	CHAIN A AND (RESID 81 THROUGH 142 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	CHAIN A AND (RESID 143 THROUGH 160 )
7	X-RAY DIFFRACTION	7	CHAIN A AND (RESID 161 THROUGH 179 )
8	X-RAY DIFFRACTION	8	CHAIN A AND (RESID 180 THROUGH 200 )
9	X-RAY DIFFRACTION	9	CHAIN A AND (RESID 201 THROUGH 231 )
10	X-RAY DIFFRACTION	10	CHAIN A AND (RESID 232 THROUGH 248 )
11	X-RAY DIFFRACTION	11	CHAIN A AND (RESID 249 THROUGH 274 )

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

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