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- PDB-4uuy: Structural Identification of the Vps18 beta-propeller reveals a c... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4uuy
タイトルStructural Identification of the Vps18 beta-propeller reveals a critical role in the HOPS complex stability and function.
要素VACUOLAR MEMBRANE PROTEIN PEP3
キーワードTRANSPORT PROTEIN / HOPS / MEMBRANE FUSION / VACUOLE / ENDOSOME
機能・相同性
機能・相同性情報


organelle fusion / CORVET complex / HOPS complex / regulation of SNARE complex assembly / vesicle tethering / regulation of vacuole fusion, non-autophagic / vacuole fusion, non-autophagic / Golgi to endosome transport / endosome organization / vacuole organization ...organelle fusion / CORVET complex / HOPS complex / regulation of SNARE complex assembly / vesicle tethering / regulation of vacuole fusion, non-autophagic / vacuole fusion, non-autophagic / Golgi to endosome transport / endosome organization / vacuole organization / late endosome to vacuole transport / vesicle docking involved in exocytosis / fungal-type vacuole membrane / intracellular protein transport / protein-macromolecule adaptor activity / early endosome membrane / endosome / metal ion binding / cytosol
類似検索 - 分子機能
Pep3/Vps18/deep orange / Pep3/Vps18/deep orange beta-propeller domain / Clathrin heavy chain repeat homology / Clathrin, heavy chain/VPS, 7-fold repeat / Clathrin heavy-chain (CHCR) repeat profile.
類似検索 - ドメイン・相同性
Vacuolar membrane protein PEP3
類似検索 - 構成要素
生物種SACCHAROMYCES CEREVISIAE (パン酵母)
手法X線回折 / シンクロトロン / OTHER / 解像度: 2.14 Å
データ登録者Behrmann, H. / Gohlke, U. / Heinemann, U.
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2014
タイトル: Structural Identification of the Vps18 Beta-Propeller Reveals a Critical Role in the Hops Complex Stability and Function.
著者: Behrmann, H. / Lurick, A. / Kuhlee, A. / Balderhaar, H.K. / Brocker, C. / Kummel, D. / Engelbrecht-Vandre, S. / Gohlke, U. / Raunser, S. / Heinemann, U. / Ungermann, C.
履歴
登録2014年8月1日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02014年10月29日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12014年12月17日Group: Database references
改定 1.22024年5月8日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: VACUOLAR MEMBRANE PROTEIN PEP3
B: VACUOLAR MEMBRANE PROTEIN PEP3
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)81,75713
ポリマ－80,8112
非ポリマー94711
水3,729207
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4850 Å2
ΔGint-87.7 kcal/mol
Surface area28300 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)56.250, 77.534, 84.508
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 98.91, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
非結晶学的対称性 (NCS)NCS oper: (Code: given
Matrix: (0.9491, 0.004047, 0.3151), (0.005142, -1, -0.002644), (0.3151, 0.00413, -0.9491)
ベクター: -5.48, 39.04, 32.92)

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要素

#1: タンパク質 VACUOLAR MEMBRANE PROTEIN PEP3 / CARBOXYPEPTIDASE Y-DEFICIENT PROTEIN 3 / VACUOLAR MORPHOGENESIS PROTEIN 8 / VACUOLAR PROTEIN ...CARBOXYPEPTIDASE Y-DEFICIENT PROTEIN 3 / VACUOLAR MORPHOGENESIS PROTEIN 8 / VACUOLAR PROTEIN SORTING-ASSOCIATED PROTEIN 18 / VACUOLAR PROTEIN-TARGETING PROTEIN 18 / VPS18


分子量: 40405.297 Da / 分子数: 2 / 断片: BETA-PROPELLER, RESIDUES 2-348 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) SACCHAROMYCES CEREVISIAE (パン酵母)
プラスミド: PQLINKH / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / Variant (発現宿主): ROSETTA2 / 参照: UniProt: P27801
#2: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#3: 化合物 ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#4: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 207 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
非ポリマーの詳細ETHYLENE GLYCOL (EDO): SOLVENT GLYCEROL (GOL): SOLVENT SULPHATE (SO4): SOLVENT
配列の詳細FRAGMENT AA2-348

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.26 Å3/Da / 溶媒含有率: 45.6 % / 解説: NONE
結晶化詳細: 25 % (W/V) PEG 3350, 0.2 M (NH4)2SO4, 0.1 M BIS-TRIS, PH 6.5

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: BESSY / ビームライン: 14.1 / 波長: 0.91841
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: CCD
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.91841 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.14→63.12 Å / Num. obs: 39106 / % possible obs: 99.8 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 4.2 % / Biso Wilson estimate: 27 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.11 / Net I/σ(I): 11.3

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0073精密化
XDSデータ削減
精密化構造決定の手法: OTHER
開始モデル: NONE

解像度: 2.14→43.31 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.943 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.913 / SU B: 12.945 / SU ML: 0.169 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.276 / ESU R Free: 0.21 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS WITH TLS ADDED
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.24445 2648 6.8 %RANDOM
Rwork0.20138 ---
obs0.20431 36420 98.77 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 33.035 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.89 Å20 Å20.09 Å2
2---0.96 Å20 Å2
3---0.04 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.14→43.31 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5197 0 54 207 5458
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0090.0195426
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0030.025311
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.3441.9637348
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.821312217
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.4095647
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg34.04224.816245
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg14.744151011
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg19.6851522
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0770.2857
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0050.025951
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0030.021243
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.3311.7622576
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other1.3271.7612575
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it2.3562.6263221
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.3262.0052850
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 2.143→2.199 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.311 175 -
Rwork0.287 2379 -
obs--88.4 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.88390.7341-0.0432.3807-0.33970.97250.00710.12380.1513-0.07390.06350.3265-0.1329-0.1194-0.07060.08850.00850.02980.0950.02880.08457.664536.90987.1405
21.02390.28670.08091.44450.25790.72260.02780.07890.0282-0.094-0.008-0.03660.0003-0.0069-0.01980.15170.01250.02570.09710.01420.06823.591822.44715.1077
36.01034.8848-1.876811.08850.15623.3858-0.21240.568-0.49690.06260.27450.81370.3065-0.8263-0.06220.0592-0.0223-0.00110.29620.01460.3682-5.5615.803829.7282
40.7734-0.0789-0.04661.3804-0.2090.81390.0519-0.0585-0.07670.1151-0.00550.05090.1066-0.0496-0.04650.2363-0.00570.00020.08350.01410.023315.215911.815333.7397
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A2 - 102
2X-RAY DIFFRACTION2A103 - 349
3X-RAY DIFFRACTION3B2 - 19
4X-RAY DIFFRACTION4B20 - 348

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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