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万見
- PDB-4uu6: CRYSTAL STRUCTURE OF THE PDZ DOMAIN OF PALS1 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4uu6
タイトルCRYSTAL STRUCTURE OF THE PDZ DOMAIN OF PALS1
要素MAGUK P55 SUBFAMILY MEMBER 5
キーワードSTRUCTURAL PROTEIN
機能・相同性
機能・相同性情報


protein localization to myelin sheath abaxonal region / SARS-CoV-1 targets PDZ proteins in cell-cell junction / establishment or maintenance of polarity of embryonic epithelium / myelin assembly / morphogenesis of an epithelial sheet / Tight junction interactions / SARS-CoV-2 targets PDZ proteins in cell-cell junction / regulation of transforming growth factor beta receptor signaling pathway / myelin sheath adaxonal region / lateral loop ...protein localization to myelin sheath abaxonal region / SARS-CoV-1 targets PDZ proteins in cell-cell junction / establishment or maintenance of polarity of embryonic epithelium / myelin assembly / morphogenesis of an epithelial sheet / Tight junction interactions / SARS-CoV-2 targets PDZ proteins in cell-cell junction / regulation of transforming growth factor beta receptor signaling pathway / myelin sheath adaxonal region / lateral loop / Schmidt-Lanterman incisure / establishment or maintenance of epithelial cell apical/basal polarity / peripheral nervous system myelin maintenance / apical junction complex / generation of neurons / central nervous system neuron development / bicellular tight junction / endoplasmic reticulum-Golgi intermediate compartment membrane / protein localization to plasma membrane / adherens junction / cerebral cortex development / gene expression / perikaryon / apical plasma membrane / protein domain specific binding / axon / Golgi apparatus / protein-containing complex / extracellular exosome / ATP binding / identical protein binding / plasma membrane / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
L27-N / MPP5, SH3 domain / L27_N / L27 domain, C-terminal / L27 domain / : / domain in receptor targeting proteins Lin-2 and Lin-7 / L27 domain / L27 domain profile. / L27 domain superfamily ...L27-N / MPP5, SH3 domain / L27_N / L27 domain, C-terminal / L27 domain / : / domain in receptor targeting proteins Lin-2 and Lin-7 / L27 domain / L27 domain profile. / L27 domain superfamily / Guanylate kinase, conserved site / Guanylate kinase-like signature. / Guanylate kinase-like domain profile. / Guanylate kinase-like domain / Variant SH3 domain / Guanylate kinase/L-type calcium channel beta subunit / Guanylate kinase / Guanylate kinase homologues. / PDZ domain / Pdz3 Domain / PDZ domain / PDZ domain profile. / Domain present in PSD-95, Dlg, and ZO-1/2. / PDZ domain / PDZ superfamily / Src homology 3 domains / SH3-like domain superfamily / Src homology 3 (SH3) domain profile. / SH3 domain / Roll / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
ACETATE ION / Protein PALS1
類似検索 - 構成要素
生物種HOMO SAPIENS (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.8 Å
データ登録者Ivanova, M.E. / Purkiss, A.G. / McDonald, N.Q.
引用ジャーナル: Acta Crystallogr. D Biol. Crystallogr. / 年: 2015
タイトル: Structures of the human Pals1 PDZ domain with and without ligand suggest gated access of Crb to the PDZ peptide-binding groove.
著者: Ivanova, M.E. / Fletcher, G.C. / O'Reilly, N. / Purkiss, A.G. / Thompson, B.J. / McDonald, N.Q.
履歴
登録2014年7月24日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02015年1月14日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12015年3月11日Group: Database references
改定 1.22015年3月25日Group: Database references
改定 1.32018年2月28日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.page_last / _citation.title / _citation_author.name
改定 1.42024年5月8日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: MAGUK P55 SUBFAMILY MEMBER 5
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)9,8374
ポリマ－9,6501
非ポリマー1873
水57632
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)44.140, 44.140, 89.550
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number96
Space group name H-MP43212

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要素

#1: タンパク質 MAGUK P55 SUBFAMILY MEMBER 5 / PALS1


分子量: 9650.056 Da / 分子数: 1 / 断片: PDZ DOMAIN, RESIDUES 251-335 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) HOMO SAPIENS (ヒト) / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q8N3R9
#2: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#3: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#4: 化合物 ChemComp-ACT / ACETATE ION / 酢酸イオン


分子量: 59.044 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H3O2
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 32 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
配列の詳細RESIDUES 251-335

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.41 Å3/Da / 溶媒含有率: 49.07 %
解説: MOLECULAR REPLACEMENT SEARCH MODEL BASED ON THE PREVIOUSLY SOLVED STRUCTURE ALSO TO BE SUBMITTED
結晶化pH: 7.5
詳細: 0.085M TRIS (PH 8), 0.17M NA ACETATE, 19% (V/V) GLYCEROL, 25.9% (W/V) PEG 4000

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I04-1 / 波長: 0.92
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 2M / 検出器: PIXEL / 日付: 2013年10月25日 / 詳細: MIRRORS
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.92 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.8→39.6 Å / Num. obs: 8722 / % possible obs: 99.7 % / Observed criterion σ(I): 1.3 / 冗長度: 6.8 % / Biso Wilson estimate: 32.21 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.06 / Net I/σ(I): 5.7
反射 シェル解像度: 1.8→1.85 Å / 冗長度: 6.9 % / Rmerge(I) obs: 1.36 / Mean I/σ(I) obs: 1.3 / % possible all: 99.2

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(PHENIX.REFINE)精密化
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.8→39.592 Å / SU ML: 0.16 / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 30.29 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2208 412 4.7 %
Rwork0.1982 --
obs0.1993 8721 99.66 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 1.5993 Å2 / ksol: 1.2618 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 43.17 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.8→39.592 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数633 0 11 32 676
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.005646
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.872869
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d11.432240
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.031106
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.003113
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.8001-2.06050.33121460.25052669X-RAY DIFFRACTION100
2.0605-2.5960.281390.23932746X-RAY DIFFRACTION100
2.596-39.60120.18811270.17842894X-RAY DIFFRACTION100
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 19.5045 Å / Origin y: -3.1564 Å / Origin z: -6.3629 Å
111213212223313233
T0.3855 Å20.0026 Å20.0193 Å2-0.3928 Å2-0.0052 Å2--0.1156 Å2
L2.1197 °20.1417 °2-0.466 °2-1.8557 °20.2883 °2--6.3729 °2
S-0.0546 Å °0.026 Å °-0.0312 Å °0.0016 Å °0.1016 Å °-0.0137 Å °0.0162 Å °-0.039 Å °-0.0502 Å °
精密化 TLSグループSelection details: CHAIN A AND (RESID 251 THROUGH 335 )

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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