PDB-4utu: Structural and biochemical characterization of the N- acetylmanno...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4utu

タイトル

Structural and biochemical characterization of the N- acetylmannosamine-6-phosphate 2-epimerase from Clostridium perfringens

要素

N-ACETYLMANNOSAMINE-6-PHOSPHATE 2-EPIMERASE

キーワード

ISOMERASE / SUGAR 2-EPIMERASE / SIALIC ACID / SUGAR PHOSPHATE / ENZYME MECHANISM / CARBOHYDRATE / MUTAGENESIS / 1H NMR SPECTROSCOPY

機能・相同性

機能・相同性情報

N-acetylmannosamine catabolic process / N-acylglucosamine-6-phosphate 2-epimerase / N-acylmannosamine-6-phosphate 2-epimerase activity / N-acylglucosamine-6-phosphate 2-epimerase activity / N-acetylneuraminate catabolic process / carbohydrate metabolic process / cytosol
類似検索 - 分子機能

生物種

CLOSTRIDIUM PERFRINGENS STR. 13 (ウェルシュ菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.45 Å

データ登録者

Pelissier, M.C. / Sebban-Kreuzer, C. / Guerlesquin, F. / Brannigan, J.A. / Davies, G.J. / Bourne, Y. / Vincent, F.

引用

ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2014
タイトル: Structural and Functional Characterization of the Clostridium Perfringens N-Acetylmannosamine-6-Phosphate 2-Epimerase Essential for the Sialic Acid Salvage Pathway
著者: Pelissier, M.C. / Sebban-Kreuzer, C. / Guerlesquin, F. / Brannigan, J.A. / Davies, G.J. / Bourne, Y. / Vincent, F.

履歴

登録	2014年7月23日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2014年10月15日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2014年10月29日	Group: Database references
改定 1.2	2015年1月14日	Group: Database references
改定 1.3	2024年1月10日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

Remark 700

SHEET DETERMINATION METHOD: DSSP THE SHEETS PRESENTED AS "AA" IN EACH CHAIN ON SHEET RECORDS BELOW ...

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4utu.cif.gz	199 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4utu.ent.gz	161.6 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4utu.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	4utu_validation.pdf.gz	1 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	4utu_full_validation.pdf.gz	1.1 MB	表示
XML形式データ	4utu_validation.xml.gz	24 KB	表示
CIF形式データ	4utu_validation.cif.gz	36.2 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ut/4utu ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ut/4utu	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	4uttSC 4utwC S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	4utw-1 4utw-3 4utt-1 4utt-2 4m4q-2 4utt-3 2cvh-d 4m5u-2 4wcn-d 4ln7-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#228 - 2018年12月酵素の指向性進化 (Directed Evolution of Enzymes) 類似性 (1)

登録構造単位

A: N-ACETYLMANNOSAMINE-6-PHOSPHATE 2-EPIMERASE

B: N-ACETYLMANNOSAMINE-6-PHOSPHATE 2-EPIMERASE

ヘテロ分子

50.8 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	36.714, 82.147, 75.195
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 92.48, 90.00
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

#1: タンパク質	N-ACETYLMANNOSAMINE-6-PHOSPHATE 2-EPIMERASE / MANNAC-6-P EPIMERASE 分子量: 25055.730 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現詳細: N-ACETYLMANNOSAMINE-6-PHOSPHATE BOUND TO MOLECULE A AND B 由来: (組換発現) CLOSTRIDIUM PERFRINGENS STR. 13 (ウェルシュ菌) プラスミド: PET-YSBLIC / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / Variant (発現宿主): ROSETTA 参照: UniProt: Q8XNZ3, N-acylglucosamine-6-phosphate 2-epimerase
#2: 化合物	ChemComp-LRY / N-acetylmannosamine-6-phosphate / N-アセチル-D-マンノサミン6-りん酸分子量: 301.188 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₈H₁₆NO₉P
#3: 化合物	ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド分子量: 35.453 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 498 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.36 Å³/Da / 溶媒含有率: 47.92 % / 解説: NONE
結晶化	詳細: 0.1 M PROPIONIC ACID, CACODYLATE, BIS-TRIS PROPANE BUFFER PH 8.0 AND 25% (W/V) PEG 1500

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID23-1 / 波長: 0.9792
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9792 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.45→41.1 Å / Num. obs: 78204 / % possible obs: 99.3 % / Observed criterion σ(I): 4.3 / 冗長度: 7 % / R_merge(I) obs: 0.06 / Net I/σ(I): 18
反射シェル	解像度: 1.45→1.53 Å / 冗長度: 5.9 % / R_merge(I) obs: 0.46 / Mean I/σ(I) obs: 4.3 / % possible all: 95.8

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.2.0019	精密化
MOLREP		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 4UTT

4utt

解像度: 1.45→42 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.975 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.962 / SU B: 1.745 / SU ML: 0.038 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.054 / ESU R Free: 0.058 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. LYS 221 IS DISORDERED

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.16915	1565	2 %	RANDOM
R_work	0.14004	-	-	-
obs	0.14062	76612	99.21 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 18.602 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.42 Å²	0 Å²	0.49 Å²
2-	-	-0.07 Å²	0 Å²
3-	-	-	-0.31 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.45→42 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3502	0	40	498	4040

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.015	0.022	3737
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.002	0.02	2527
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.607	1.988	5081
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.981	3	6275
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	5.415	5	500
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	34.755	25.26	154
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	12.77	15	712
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	21.166	15	19
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.097	0.2	604
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.008	0.02	4143
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.003	0.02	662
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.226	0.2	729
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.202	0.2	2778
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.176	0.2	1824
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other	0.088	0.2	2002
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.151	0.2	359
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined	0.148	0.2	14
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other	0.225	0.2	40
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined	0.177	0.2	55
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.134	1.5	3082
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	0.273	1.5	958
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.346	2	3835
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	2.524	3	1508
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	3.559	4.5	1226
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

LS精密化シェル

解像度: 1.45→1.488 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.223	109	-
R_work	0.183	5222	-
obs	-	-	92.23 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	2.837	0.3279	1.308	0.9549	-0.2081	0.7439	0.0445	0.1706	-0.0239	-0.1752	-0.0963	-0.1376	0.2226	0.242	0.0518	0.0574	-0.0011	0.0079	0.1221	-0.0064	0.0894	-5.4684	-4.6872	35.4694
2	0.6411	-0.1028	-0.2556	0.94	-0.2591	1.3331	0.0262	0.0878	-0.0241	-0.1562	0.0363	0.084	0.1723	-0.0847	-0.0624	0.0196	-0.0095	-0.0298	-0.0137	-0.0021	0.0226	14.6256	-8.6382	37.6031
3	0.6179	-0.1623	-0.2804	1.0965	-0.0598	1.4556	0.1037	0.1248	0.1384	-0.1618	0.0133	0.0979	-0.1477	-0.0939	-0.1169	0.0284	0.014	-0.0051	-0.0047	0.0344	0.0608	14.169	7.0193	33.8941
4	1.6665	0.5593	0.7565	1.3845	2.3875	4.285	0.0861	-0.0135	0.1261	-0.1468	0.064	-0.0397	-0.3096	0.3004	-0.1501	0.0243	-0.0418	0.009	0.0313	-0.0241	0.038	28.3924	0.2305	53.5091
5	2.6649	-1.1833	0.4941	1.3036	0.795	1.4139	0.0389	-0.2201	-0.2923	0.0303	0.024	0.1279	0.1866	-0.373	-0.0629	0.0745	-0.0144	-0.0012	0.1378	0.0444	0.1212	45.5474	-15.8748	68.3628
6	0.7532	0.0587	-0.1518	0.7067	-0.1284	1.4659	0.0013	-0.1233	-0.0965	0.0386	0.0428	-0.0055	0.2134	0.2046	-0.0441	0.0181	0.0409	-0.0255	0.0418	0.001	0.0284	25.5467	-16.8992	64.7665
7	1.0576	-0.0054	-0.092	1.1127	-0.1721	1.5705	0.0545	-0.3569	-0.0412	0.2524	0.036	-0.0115	0.053	0.2246	-0.0905	0.0647	0.0202	-0.0228	0.1692	-0.002	0.0017	25.4666	-12.2005	80.905
8	0.6123	-0.1024	0.3709	0.3963	-0.3539	1.6211	0.0359	-0.1347	0.0961	0.1176	0.0337	0.0116	-0.2027	0.1184	-0.0696	0.0433	-0.0196	0.0171	0.0394	-0.0478	0.0417	22.7884	1.3014	67.8241

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	-8 - 4
2	X-RAY DIFFRACTION	2	A	5 - 92
3	X-RAY DIFFRACTION	3	A	93 - 207
4	X-RAY DIFFRACTION	4	A	208 - 220
5	X-RAY DIFFRACTION	5	B	-8 - 3
6	X-RAY DIFFRACTION	6	B	4 - 95
7	X-RAY DIFFRACTION	7	B	96 - 155
8	X-RAY DIFFRACTION	8	B	156 - 220

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

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