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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 4uth | ||||||||||||
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タイトル | XenA - oxidized - Y183F variant | ||||||||||||
![]() | NADH:flavin oxidoreductase | ||||||||||||
![]() | OXIDOREDUCTASE | ||||||||||||
機能・相同性 | ![]() | ||||||||||||
生物種 | ![]() | ||||||||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||||||||
![]() | Werther, T. / Dobbek, H. | ||||||||||||
![]() | ![]() タイトル: Redox-dependent substrate-cofactor interactions in the Michaelis-complex of a flavin-dependent oxidoreductase 著者: Werther, T. / Wahlefeld, S. / Salewski, J. / Kuhlmann, U. / Zebger, I. / Hildebrandt, P. / Dobbek, H. #1: ![]() タイトル: Determinants of Substrate Binding and Protonation in the Flavoenzyme Xenobiotic Reductase A. 著者: Spiegelhauer, O. / Werther, T. / Mende, S. / Knauer, S.H. / Dobbek, H. | ||||||||||||
履歴 |
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Remark 700 | SHEET DETERMINATION METHOD: DSSP THE SHEETS PRESENTED AS "AB" IN EACH CHAIN ON SHEET RECORDS BELOW ... SHEET DETERMINATION METHOD: DSSP THE SHEETS PRESENTED AS "AB" IN EACH CHAIN ON SHEET RECORDS BELOW IS ACTUALLY AN 8-STRANDED BARREL THIS IS REPRESENTED BY A 9-STRANDED SHEET IN WHICH THE FIRST AND LAST STRANDS ARE IDENTICAL. |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 226.6 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 184.4 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 807.4 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 807.4 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 19 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 29.3 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 | ![]()
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単位格子 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 40093.223 Da / 分子数: 1 / 変異: YES / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() | ||||
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#2: 化合物 | ChemComp-FMN / | ||||
#3: 化合物 | #4: 水 | ChemComp-HOH / | 配列の詳細 | NO GENOMIC SEQUENCE DATA ARE AVAILABLE FOR THIS SPECIAL STRAIN. | |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.33 Å3/Da / 溶媒含有率: 47.18 % / 解説: NONE |
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-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.91841 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.25→29.24 Å / Num. obs: 103079 / % possible obs: 99.6 % / Observed criterion σ(I): 1.96 / 冗長度: 3.6 % / Biso Wilson estimate: 9.45 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.06 / Net I/σ(I): 14.01 |
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解析
ソフトウェア | 名称: PHENIX / バージョン: (PHENIX.REFINE) / 分類: 精密化 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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精密化 | 構造決定の手法: ![]()
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.25→29.241 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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