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- PDB-4utb: Crystal structure of dengue 2 virus envelope glycoprotein in comp... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4utb
タイトルCrystal structure of dengue 2 virus envelope glycoprotein in complex with the Fab fragment of the broadly neutralizing human antibody EDE2 A11
要素
  • (BROADLY NEUTRALIZING HUMAN ANTIBODY EDE2 ...) x 2
  • ENVELOPE GLYCOPROTEIN E
キーワードIMMUNE SYSTEM/VIRAL PROTEIN / IMMUNE SYSTEM-VIRAL PROTEIN COMPLEX / VIRAL PROTEIN / MEMBRANE FUSION / CLASS 2 FUSION PROTEIN / DENGUE VIRUS / BROADLY NEUTRALIZING ANTIBODY / IMMUNE SYSTEM / FAB FRAGMENT
機能・相同性
機能・相同性情報


symbiont-mediated suppression of host JAK-STAT cascade via inhibition of host TYK2 activity / host cell mitochondrion / symbiont-mediated suppression of host JAK-STAT cascade via inhibition of STAT2 activity / symbiont-mediated suppression of host cytoplasmic pattern recognition receptor signaling pathway via inhibition of MAVS activity / ribonucleoside triphosphate phosphatase activity / viral capsid / double-stranded RNA binding / channel activity / monoatomic ion transmembrane transport / clathrin-dependent endocytosis of virus by host cell ...symbiont-mediated suppression of host JAK-STAT cascade via inhibition of host TYK2 activity / host cell mitochondrion / symbiont-mediated suppression of host JAK-STAT cascade via inhibition of STAT2 activity / symbiont-mediated suppression of host cytoplasmic pattern recognition receptor signaling pathway via inhibition of MAVS activity / ribonucleoside triphosphate phosphatase activity / viral capsid / double-stranded RNA binding / channel activity / monoatomic ion transmembrane transport / clathrin-dependent endocytosis of virus by host cell / methyltransferase cap1 activity / mRNA 5'-cap (guanine-N7-)-methyltransferase activity / RNA helicase activity / protein dimerization activity / host cell endoplasmic reticulum membrane / symbiont-mediated suppression of host type I interferon-mediated signaling pathway / symbiont-mediated activation of host autophagy / serine-type endopeptidase activity / viral RNA genome replication / RNA-directed RNA polymerase activity / fusion of virus membrane with host endosome membrane / viral envelope / virion attachment to host cell / host cell nucleus / virion membrane / structural molecule activity / proteolysis / extracellular region / ATP binding / metal ion binding / membrane
類似検索 - 分子機能
Viral Envelope Glycoprotein, domain 2 / Viral Envelope Glycoprotein; domain 3 / Viral Envelope Glycoprotein, domain 3 / Tick-borne Encephalitis virus Glycoprotein, domain 1 / Viral Envelope Glycoprotein; domain 2 / Tick-borne Encephalitis virus Glycoprotein; domain 1 / Immunoglobulin-like - #350 / Flavivirus non-structural protein NS2B / Flavivirus capsid protein C superfamily / Genome polyprotein, Flavivirus ...Viral Envelope Glycoprotein, domain 2 / Viral Envelope Glycoprotein; domain 3 / Viral Envelope Glycoprotein, domain 3 / Tick-borne Encephalitis virus Glycoprotein, domain 1 / Viral Envelope Glycoprotein; domain 2 / Tick-borne Encephalitis virus Glycoprotein; domain 1 / Immunoglobulin-like - #350 / Flavivirus non-structural protein NS2B / Flavivirus capsid protein C superfamily / Genome polyprotein, Flavivirus / : / Flavivirus non-structural protein NS4A / Flavivirus non-structural protein NS2B / Flavivirus non-structural protein NS4B / mRNA cap 0/1 methyltransferase / Flavivirus non-structural protein NS4B / Flavivirus non-structural protein NS4A / Flavivirus NS2B domain profile. / mRNA cap 0 and cap 1 methyltransferase (EC 2.1.1.56 and EC 2.1.1.57) domain profile. / Flavivirus non-structural protein NS2A / Flavivirus non-structural protein NS2A / Flavivirus NS3, petidase S7 / Peptidase S7, Flavivirus NS3 serine protease / Flavivirus NS3 protease (NS3pro) domain profile. / RNA-directed RNA polymerase, thumb domain, Flavivirus / Flavivirus RNA-directed RNA polymerase, thumb domain / RNA-directed RNA polymerase, flavivirus / Flavivirus RNA-directed RNA polymerase, fingers and palm domains / Flavivirus capsid protein C / Flavivirus capsid protein C / Flavivirus non-structural Protein NS1 / Flavivirus non-structural protein NS1 / Envelope glycoprotein M, flavivirus / Envelope glycoprotein M superfamily, flavivirus / Flavivirus envelope glycoprotein M / Flavivirus polyprotein propeptide / Flavivirus polyprotein propeptide superfamily / Flavivirus polyprotein propeptide / Flavivirus envelope glycoprotein E, stem/anchor domain / : / Flavivirus NS3 helicase, C-terminal helical domain / Flavivirus envelope glycoprotein E, Stem/Anchor domain / Flavivirus envelope glycoprotein E, Stem/Anchor domain superfamily / Flavivirus glycoprotein E, immunoglobulin-like domain / Flavivirus glycoprotein, immunoglobulin-like domain / Flavivirus glycoprotein central and dimerisation domain / Flavivirus glycoprotein, central and dimerisation domains / Flaviviral glycoprotein E, central domain, subdomain 1 / Flaviviral glycoprotein E, central domain, subdomain 2 / Ribosomal RNA methyltransferase, FtsJ domain / FtsJ-like methyltransferase / Flavivirus/Alphavirus glycoprotein, immunoglobulin-like domain superfamily / Flavivirus glycoprotein, central and dimerisation domain superfamily / Flaviviral glycoprotein E, dimerisation domain / DEAD box, Flavivirus / Flavivirus DEAD domain / helicase superfamily c-terminal domain / Immunoglobulin E-set / Superfamilies 1 and 2 helicase C-terminal domain profile. / Superfamilies 1 and 2 helicase ATP-binding type-1 domain profile. / DEAD-like helicases superfamily / Helicase, C-terminal / Helicase superfamily 1/2, ATP-binding domain / RNA-directed RNA polymerase, catalytic domain / RdRp of positive ssRNA viruses catalytic domain profile. / S-adenosyl-L-methionine-dependent methyltransferase superfamily / Peptidase S1, PA clan, chymotrypsin-like fold / Peptidase S1, PA clan / DNA/RNA polymerase superfamily / Immunoglobulins / Immunoglobulin-like / Sandwich / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase / 2-Layer Sandwich / Mainly Beta / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Polyprotein / Genome polyprotein
類似検索 - 構成要素
生物種DENGUE VIRUS 2 (デング熱ウイルス)
HOMO SAPIENS (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.85 Å
データ登録者Rouvinski, A. / Guardado-Calvo, P. / Barba-Spaeth, G. / Duquerroy, S. / Vaney, M.C. / Rey, F.A.
引用
ジャーナル: Nature / 年: 2015
タイトル: Recognition Determinants of Broadly Neutralizing Human Antibodies Against Dengue Viruses.
著者: Rouvinski, A. / Guardado-Calvo, P. / Barba-Spaeth, G. / Duquerroy, S. / Vaney, M. / Kikuti, C.M. / Sanchez, M.E.N. / Dejnirattisai, W. / Wongwiwat, W. / Haouz, A. / Girard-Blanc, C. / Petres, ...著者: Rouvinski, A. / Guardado-Calvo, P. / Barba-Spaeth, G. / Duquerroy, S. / Vaney, M. / Kikuti, C.M. / Sanchez, M.E.N. / Dejnirattisai, W. / Wongwiwat, W. / Haouz, A. / Girard-Blanc, C. / Petres, S. / Shepard, W.E. / Despres, P. / Arenzana-Seisdedos, F. / Dussart, P. / Mongkolsapaya, J. / Screaton, G.R. / Rey, F.A.
#1: ジャーナル: Nat Immunol / 年: 2015
タイトル: A new class of highly potent, broadly neutralizing antibodies isolated from viremic patients infected with dengue virus.
著者: Wanwisa Dejnirattisai / Wiyada Wongwiwat / Sunpetchuda Supasa / Xiaokang Zhang / Xinghong Dai / Alexander Rouvinski / Amonrat Jumnainsong / Carolyn Edwards / Nguyen Than Ha Quyen / Thaneeya ...著者: Wanwisa Dejnirattisai / Wiyada Wongwiwat / Sunpetchuda Supasa / Xiaokang Zhang / Xinghong Dai / Alexander Rouvinski / Amonrat Jumnainsong / Carolyn Edwards / Nguyen Than Ha Quyen / Thaneeya Duangchinda / Jonathan M Grimes / Wen-Yang Tsai / Chih-Yun Lai / Wei-Kung Wang / Prida Malasit / Jeremy Farrar / Cameron P Simmons / Z Hong Zhou / Felix A Rey / Juthathip Mongkolsapaya / Gavin R Screaton /
要旨: Dengue is a rapidly emerging, mosquito-borne viral infection, with an estimated 400 million infections occurring annually. To gain insight into dengue immunity, we characterized 145 human monoclonal ...Dengue is a rapidly emerging, mosquito-borne viral infection, with an estimated 400 million infections occurring annually. To gain insight into dengue immunity, we characterized 145 human monoclonal antibodies (mAbs) and identified a previously unknown epitope, the envelope dimer epitope (EDE), that bridges two envelope protein subunits that make up the 90 repeating dimers on the mature virion. The mAbs to EDE were broadly reactive across the dengue serocomplex and fully neutralized virus produced in either insect cells or primary human cells, with 50% neutralization in the low picomolar range. Our results provide a path to a subunit vaccine against dengue virus and have implications for the design and monitoring of future vaccine trials in which the induction of antibody to the EDE should be prioritized.
履歴
登録2014年7月18日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02015年1月28日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12015年4月8日Group: Database references
改定 2.02020年7月29日Group: Atomic model / Data collection ...Atomic model / Data collection / Derived calculations / Other / Structure summary
カテゴリ: atom_site / chem_comp ...atom_site / chem_comp / entity / pdbx_branch_scheme / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_database_status / pdbx_entity_branch / pdbx_entity_branch_descriptor / pdbx_entity_branch_link / pdbx_entity_branch_list / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_struct_assembly_gen / struct_asym / struct_conn / struct_site / struct_site_gen
Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.auth_comp_id / _atom_site.auth_seq_id / _atom_site.label_asym_id / _atom_site.label_atom_id / _atom_site.label_comp_id / _atom_site.label_entity_id / _atom_site.type_symbol / _chem_comp.name / _chem_comp.type / _pdbx_database_status.status_code_sf / _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.pdbx_role / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 2.12024年1月10日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 2.22024年10月16日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: ENVELOPE GLYCOPROTEIN E
B: ENVELOPE GLYCOPROTEIN E
H: BROADLY NEUTRALIZING HUMAN ANTIBODY EDE2 A11
I: BROADLY NEUTRALIZING HUMAN ANTIBODY EDE2 A11
L: BROADLY NEUTRALIZING HUMAN ANTIBODY EDE2 A11
M: BROADLY NEUTRALIZING HUMAN ANTIBODY EDE2 A11
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)203,51112
ポリマ－200,5596
非ポリマー2,9526
水543
1
B: ENVELOPE GLYCOPROTEIN E
I: BROADLY NEUTRALIZING HUMAN ANTIBODY EDE2 A11
M: BROADLY NEUTRALIZING HUMAN ANTIBODY EDE2 A11
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)101,6546
ポリマ－100,2803
非ポリマー1,3743
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PQS
2
A: ENVELOPE GLYCOPROTEIN E
H: BROADLY NEUTRALIZING HUMAN ANTIBODY EDE2 A11
L: BROADLY NEUTRALIZING HUMAN ANTIBODY EDE2 A11
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)101,8576
ポリマ－100,2803
非ポリマー1,5773
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PQS
単位格子
Length a, b, c (Å)58.779, 181.850, 204.823
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
非結晶学的対称性 (NCS)NCS oper:
IDCodeMatrixベクター
1given(-0.999, 0.049, -0.004), (0.049, 0.995, 0.089), (0.009, 0.088, -0.996)24.887, -0.979, 24.652
2given(-0.997, 0.078, -0.004), (0.078, 0.997, -0.019), (0.002, -0.019, -1)22.499, 3.496, 31.912
3given(-0.998, 0.054, -0.03), (0.054, 0.998, -0.014), (0.029, -0.016, -0.999)26.028, 3.61, 31.065

-
要素

-
タンパク質 , 1種, 2分子 AB

#1: タンパク質 ENVELOPE GLYCOPROTEIN E


分子量: 46816.547 Da / 分子数: 2 / 断片: SOLUBLE ECTODOMAIN, RESIDUES 281-671 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) DENGUE VIRUS 2 (デング熱ウイルス)
株: FGA-02 / プラスミド: PMT/BIP/V5-HIS / 細胞株 (発現宿主): SCHNEIDER 2
発現宿主: DROSOPHILA MELANOGASTER (キイロショウジョウバエ)
参照: UniProt: Q68Y26, UniProt: A0A0B4SHY9*PLUS

-
抗体 , 2種, 4分子 HILM

#2: 抗体 BROADLY NEUTRALIZING HUMAN ANTIBODY EDE2 A11


分子量: 30355.521 Da / 分子数: 2 / 断片: FAB FRAGMENT HEAVY CHAIN, RESIDUES 1-263 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) HOMO SAPIENS (ヒト) / 解説: SEE SECONDARY REFERENCE / Cell: B LYMPHOCYTE / 細胞株 (発現宿主): SCHNEIDER 2
発現宿主: DROSOPHILA MELANOGASTER (キイロショウジョウバエ)
#3: 抗体 BROADLY NEUTRALIZING HUMAN ANTIBODY EDE2 A11


分子量: 23107.664 Da / 分子数: 2 / 断片: FAB FRAGMENT LIGHT CHAIN, RESIDUES -1-213 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) HOMO SAPIENS (ヒト) / 解説: SEE SECONDARY REFERENCE / Cell: B LYMPHOCYTE / 細胞株 (発現宿主): SCHNEIDER 2
発現宿主: DROSOPHILA MELANOGASTER (キイロショウジョウバエ)

-
糖 , 3種, 4分子

#4: 多糖 alpha-D-mannopyranose-(1-3)-[alpha-D-mannopyranose-(1-6)]beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2- ...alpha-D-mannopyranose-(1-3)-[alpha-D-mannopyranose-(1-6)]beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-[alpha-L-fucopyranose-(1-6)]2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 1056.964 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DManpa1-3[DManpa1-6]DManpb1-4DGlcpNAcb1-4[LFucpa1-6]DGlcpNAcb1-Glycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/4,6,5/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O][a1122h-1b_1-5][a1122h-1a_1-5][a1221m-1a_1-5]/1-1-2-3-3-4/a4-b1_a6-f1_b4-c1_c3-d1_c6-e1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-Manp]{[(3+1)][a-D-Manp]{}[(6+1)][a-D-Manp]{}}}[(6+1)][a-L-Fucp]{}}}LINUCSPDB-CARE
#5: 多糖 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 424.401 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-Glycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/1,2,1/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O]/1-1/a4-b1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{}}}LINUCSPDB-CARE
#6: 糖 ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE / N-アセチル-β-D-グルコサミン


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C8H15NO6
識別子タイププログラム
DGlcpNAcbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamineCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-GlcpNAcIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcNAcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0

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非ポリマー , 2種, 5分子

#7: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#8: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

Has protein modificationY
配列の詳細THE RESIDUES AFTER W391 DERIVE FROM THE VECTOR. THE RESIDUES ARE NUMBERED FROM 1392. RESIDUES 1392 ...THE RESIDUES AFTER W391 DERIVE FROM THE VECTOR. THE RESIDUES ARE NUMBERED FROM 1392. RESIDUES 1392 TO 1394 COMPLETE THE G STRAND OF ENVELOPE GLYCOPROTEIN DOMAIN III

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.82 Å3/Da / 溶媒含有率: 0.56 % / 解説: NONE
結晶化詳細: 100MM HEPES PH 7.5 10% (W/V) PEG 6,000 5% (V/V) MPD

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID29 / 波長: 1.000002
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2013年5月11日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.000002 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.85→50 Å / Num. obs: 21168 / % possible obs: 98.3 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 4.83 % / Biso Wilson estimate: 68.58 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.27 / Net I/σ(I): 5.8
反射 シェル解像度: 3.85→4.22 Å / 冗長度: 4.4 % / Rmerge(I) obs: 0.92 / Mean I/σ(I) obs: 1.4 / % possible all: 98.3

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
BUSTER2.11.4精密化
XDSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 3H0T

3h0t


解像度: 3.85→20 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.859 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.8411 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / SU Rfree Blow DPI: 0.759
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2567 1070 5.09 %RANDOM
Rwork0.2297 ---
obs0.2311 21007 97.88 %-
原子変位パラメータBiso mean: 129.32 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--11.3483 Å20 Å20 Å2
2---26.0736 Å20 Å2
3---37.4219 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.987 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.85→20 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数12517 0 194 3 12714
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数Restraint functionWeight
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d0.00813024HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg1.1817722HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d4435SINUSOIDAL2
X-RAY DIFFRACTIONt_incorr_chiral_ct
X-RAY DIFFRACTIONt_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes280HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes1862HARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_it13024HARMONIC20
X-RAY DIFFRACTIONt_nbd
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion3.04
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion21.63
X-RAY DIFFRACTIONt_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion1781SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_sum_occupancies
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_distance
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact13963SEMIHARMONIC4
LS精密化 シェル解像度: 3.85→4.04 Å / Total num. of bins used: 11
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2993 129 4.76 %
Rwork0.2587 2582 -
all0.2606 2711 -
obs--97.88 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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