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万見
- PDB-4ut6: Crystal structure of dengue 2 virus envelope glycoprotein in comp... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4ut6
タイトルCrystal structure of dengue 2 virus envelope glycoprotein in complex with the Fab fragment of the broadly neutralizing human antibody EDE2 B7
要素
  • (BROADLY NEUTRALIZING HUMAN ANTIBODY ...) x 2
  • ENVELOPE GLYCOPROTEIN E
キーワードVIRAL PROTEIN / MEMBRANE FUSION / CLASS 2 FUSION PROTEIN / DENGUE ANTIBODY NEUTRALIZATION / IMMUNE SYSTEM / IMMUNE SYSTEM-VIRAL PROTEIN COMPLEX
機能・相同性
機能・相同性情報


clathrin-dependent endocytosis of virus by host cell / protein dimerization activity / host cell endoplasmic reticulum membrane / fusion of virus membrane with host endosome membrane / viral envelope / virion attachment to host cell / virion membrane / extracellular region / membrane
類似検索 - 分子機能
Viral Envelope Glycoprotein, domain 2 / Viral Envelope Glycoprotein; domain 3 / Viral Envelope Glycoprotein, domain 3 / Tick-borne Encephalitis virus Glycoprotein, domain 1 / Viral Envelope Glycoprotein; domain 2 / Tick-borne Encephalitis virus Glycoprotein; domain 1 / Immunoglobulin-like - #350 / Envelope glycoprotein M, flavivirus / Envelope glycoprotein M superfamily, flavivirus / Flavivirus envelope glycoprotein M ...Viral Envelope Glycoprotein, domain 2 / Viral Envelope Glycoprotein; domain 3 / Viral Envelope Glycoprotein, domain 3 / Tick-borne Encephalitis virus Glycoprotein, domain 1 / Viral Envelope Glycoprotein; domain 2 / Tick-borne Encephalitis virus Glycoprotein; domain 1 / Immunoglobulin-like - #350 / Envelope glycoprotein M, flavivirus / Envelope glycoprotein M superfamily, flavivirus / Flavivirus envelope glycoprotein M / Flavivirus polyprotein propeptide / Flavivirus polyprotein propeptide superfamily / Flavivirus polyprotein propeptide / Flavivirus glycoprotein E, immunoglobulin-like domain / Flavivirus glycoprotein, immunoglobulin-like domain / Flavivirus glycoprotein central and dimerisation domain / Flavivirus glycoprotein, central and dimerisation domains / Flaviviral glycoprotein E, central domain, subdomain 1 / Flaviviral glycoprotein E, central domain, subdomain 2 / Flavivirus/Alphavirus glycoprotein, immunoglobulin-like domain superfamily / Flavivirus glycoprotein, central and dimerisation domain superfamily / Flaviviral glycoprotein E, dimerisation domain / Immunoglobulin E-set / Immunoglobulins / Immunoglobulin-like / Sandwich / 2-Layer Sandwich / Mainly Beta / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種DENGUE VIRUS 2 (デング熱ウイルス)
HOMO SAPIENS (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.2 Å
データ登録者Rouvinski, A. / Guardado-Calvo, P. / Barba-Spaeth, G. / Duquerroy, S. / Vaney, M.C. / Rey, F.A.
引用
ジャーナル: Nature / 年: 2015
タイトル: Recognition Determinants of Broadly Neutralizing Human Antibodies Against Dengue Viruses.
著者: Rouvinski, A. / Guardado-Calvo, P. / Barba-Spaeth, G. / Duquerroy, S. / Vaney, M. / Kikuti, C.M. / Sanchez, M.E.N. / Dejnirattisai, W. / Wongwiwat, W. / Haouz, A. / Girard-Blanc, C. / Petres, ...著者: Rouvinski, A. / Guardado-Calvo, P. / Barba-Spaeth, G. / Duquerroy, S. / Vaney, M. / Kikuti, C.M. / Sanchez, M.E.N. / Dejnirattisai, W. / Wongwiwat, W. / Haouz, A. / Girard-Blanc, C. / Petres, S. / Shepard, W.E. / Despres, P. / Arenzana-Seisdedos, F. / Dussart, P. / Mongkolsapaya, J. / Screaton, G.R. / Rey, F.A.
#1: ジャーナル: Nat Immunol / 年: 2015
タイトル: A new class of highly potent, broadly neutralizing antibodies isolated from viremic patients infected with dengue virus.
著者: Wanwisa Dejnirattisai / Wiyada Wongwiwat / Sunpetchuda Supasa / Xiaokang Zhang / Xinghong Dai / Alexander Rouvinski / Amonrat Jumnainsong / Carolyn Edwards / Nguyen Than Ha Quyen / Thaneeya ...著者: Wanwisa Dejnirattisai / Wiyada Wongwiwat / Sunpetchuda Supasa / Xiaokang Zhang / Xinghong Dai / Alexander Rouvinski / Amonrat Jumnainsong / Carolyn Edwards / Nguyen Than Ha Quyen / Thaneeya Duangchinda / Jonathan M Grimes / Wen-Yang Tsai / Chih-Yun Lai / Wei-Kung Wang / Prida Malasit / Jeremy Farrar / Cameron P Simmons / Z Hong Zhou / Felix A Rey / Juthathip Mongkolsapaya / Gavin R Screaton /
要旨: Dengue is a rapidly emerging, mosquito-borne viral infection, with an estimated 400 million infections occurring annually. To gain insight into dengue immunity, we characterized 145 human monoclonal ...Dengue is a rapidly emerging, mosquito-borne viral infection, with an estimated 400 million infections occurring annually. To gain insight into dengue immunity, we characterized 145 human monoclonal antibodies (mAbs) and identified a previously unknown epitope, the envelope dimer epitope (EDE), that bridges two envelope protein subunits that make up the 90 repeating dimers on the mature virion. The mAbs to EDE were broadly reactive across the dengue serocomplex and fully neutralized virus produced in either insect cells or primary human cells, with 50% neutralization in the low picomolar range. Our results provide a path to a subunit vaccine against dengue virus and have implications for the design and monitoring of future vaccine trials in which the induction of antibody to the EDE should be prioritized.
履歴
登録2014年7月18日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02015年1月28日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12015年4月8日Group: Database references
改定 2.02020年7月29日Group: Atomic model / Data collection ...Atomic model / Data collection / Derived calculations / Other / Structure summary
カテゴリ: atom_site / atom_site_anisotrop ...atom_site / atom_site_anisotrop / chem_comp / entity / pdbx_branch_scheme / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_database_status / pdbx_entity_branch / pdbx_entity_branch_descriptor / pdbx_entity_branch_link / pdbx_entity_branch_list / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_struct_assembly_gen / struct_asym / struct_conn / struct_site / struct_site_gen
Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.auth_comp_id / _atom_site.auth_seq_id / _atom_site.label_asym_id / _atom_site.label_atom_id / _atom_site.label_comp_id / _atom_site.label_entity_id / _atom_site.type_symbol / _atom_site_anisotrop.U[1][1] / _atom_site_anisotrop.U[1][2] / _atom_site_anisotrop.U[1][3] / _atom_site_anisotrop.U[2][2] / _atom_site_anisotrop.U[2][3] / _atom_site_anisotrop.U[3][3] / _atom_site_anisotrop.pdbx_auth_asym_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_auth_atom_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_auth_comp_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_auth_seq_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_label_asym_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_label_atom_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_label_comp_id / _atom_site_anisotrop.type_symbol / _chem_comp.name / _chem_comp.type / _pdbx_database_status.status_code_sf / _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.pdbx_role / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 2.12024年1月10日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 2.22024年10月23日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: ENVELOPE GLYCOPROTEIN E
B: ENVELOPE GLYCOPROTEIN E
H: BROADLY NEUTRALIZING HUMAN ANTIBODY EDE2 B7
I: BROADLY NEUTRALIZING HUMAN ANTIBODY EDE2 B7
L: BROADLY NEUTRALIZING HUMAN ANTIBODY EDE2
M: BROADLY NEUTRALIZING HUMAN ANTIBODY EDE2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)202,42310
ポリマ－199,8666
非ポリマー2,5564
水46826
1
A: ENVELOPE GLYCOPROTEIN E
H: BROADLY NEUTRALIZING HUMAN ANTIBODY EDE2 B7
L: BROADLY NEUTRALIZING HUMAN ANTIBODY EDE2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)101,2115
ポリマ－99,9333
非ポリマー1,2782
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3860 Å2
ΔGint-23.4 kcal/mol
Surface area35740 Å2
手法PQS
2
B: ENVELOPE GLYCOPROTEIN E
I: BROADLY NEUTRALIZING HUMAN ANTIBODY EDE2 B7
M: BROADLY NEUTRALIZING HUMAN ANTIBODY EDE2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)101,2115
ポリマ－99,9333
非ポリマー1,2782
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3930 Å2
ΔGint-22.1 kcal/mol
Surface area35790 Å2
手法PQS
単位格子
Length a, b, c (Å)101.277, 58.980, 191.573
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 96.20, 90.00
Int Tables number3
Space group name H-MP121
非結晶学的対称性 (NCS)NCS oper:
IDCodeMatrixベクター
1given(0.697, 0.003, -0.717), (0.003, -1, -0.001), (-0.717, -0.001, -0.697)170.37415, 153.76939, 403.86893
2given(0.694, -0.72), (-0.005, -1, -0.006), (-0.72, 0.008, -0.694)171.08249, 154.43083, 402.21948
3given(0.69, -0.004, -0.724), (-0.013, -1, -0.006), (-0.724, 0.014, -0.69)172.18765, 154.49973, 400.86954

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要素

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抗体 , 2種, 4分子 HILM

#2: 抗体 BROADLY NEUTRALIZING HUMAN ANTIBODY EDE2 B7


分子量: 30161.291 Da / 分子数: 2 / 断片: FAB FRAGMENT, HEAVY CHAIN, RESIDUES 1-263 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) HOMO SAPIENS (ヒト) / 解説: SEE SECONDARY REFERENCE / Cell: B-LYMPHOCYTE / 細胞株 (発現宿主): SCHNEIDER 2
発現宿主: DROSOPHILA MELANOGASTER (キイロショウジョウバエ)
#3: 抗体 BROADLY NEUTRALIZING HUMAN ANTIBODY EDE2


分子量: 22955.410 Da / 分子数: 2 / 断片: FAB FRAGMENT, LIGHT CHAIN, RESIDUES -1-213 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) HOMO SAPIENS (ヒト) / 解説: SEE SECONDARY REFERENCE / Cell: B-LYMPHOCYTE / 細胞株 (発現宿主): SCHNEIDER 2
発現宿主: DROSOPHILA MELANOGASTER (キイロショウジョウバエ)

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タンパク質 / 非ポリマー , 2種, 28分子 AB

#1: タンパク質 ENVELOPE GLYCOPROTEIN E / E PROTEIN


分子量: 46816.547 Da / 分子数: 2 / 断片: SOLUBLE ECTODOMAIN, RESIDUES 281-671 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) DENGUE VIRUS 2 (デング熱ウイルス)
株: FGA-02 / プラスミド: PMT/BIP/V5-HIS / 細胞株 (発現宿主): SCHNEIDER 2
発現宿主: DROSOPHILA MELANOGASTER (キイロショウジョウバエ)
参照: UniProt: A0A0B4SHY9*PLUS
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 26 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
糖 , 2種, 4分子

#4: 多糖 alpha-D-mannopyranose-(1-3)-[alpha-D-mannopyranose-(1-6)]beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2- ...alpha-D-mannopyranose-(1-3)-[alpha-D-mannopyranose-(1-6)]beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-[alpha-L-fucopyranose-(1-6)]2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 1056.964 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DManpa1-3[DManpa1-6]DManpb1-4DGlcpNAcb1-4[LFucpa1-6]DGlcpNAcb1-Glycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/4,6,5/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O][a1122h-1b_1-5][a1122h-1a_1-5][a1221m-1a_1-5]/1-1-2-3-3-4/a4-b1_a6-f1_b4-c1_c3-d1_c6-e1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-Manp]{[(3+1)][a-D-Manp]{}[(6+1)][a-D-Manp]{}}}[(6+1)][a-L-Fucp]{}}}LINUCSPDB-CARE
#5: 糖 ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE / N-アセチル-β-D-グルコサミン


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C8H15NO6
識別子タイププログラム
DGlcpNAcbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamineCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-GlcpNAcIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcNAcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0

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詳細

Has protein modificationY
配列の詳細GENBANK CODE KM087965 THE RESIDUES AFTER W391 DERIVE FROM THE VECTOR. THE RESIDUES ARE NUMBERED ...GENBANK CODE KM087965 THE RESIDUES AFTER W391 DERIVE FROM THE VECTOR. THE RESIDUES ARE NUMBERED FROM 1392. RESIDUES 1392 TO 1394 COMPLETE THE G STRAND OF ENVELOPE GLYCOPROTEIN DOMAIN III THE CONSTANT DOMAIN OF THE FAB IS DISORDER IN THE STRUCTURE THE CONSTANT DOMAIN OF THE FAB IS DISORDER IN THE STRUCTURE

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.84 Å3/Da / 溶媒含有率: 55 % / 解説: NONE
結晶化詳細: 100MM TRIS PH 8.5, 16% (W/V) PEG 400, 200MM MGCL2, CRYOPROTECTED IN 22%(V/V) GLYCEROL

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID29 / 波長: 0.976251
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2013年9月7日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.976251 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.2→30 Å / Num. obs: 37500 / % possible obs: 99.3 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 3.6 % / Biso Wilson estimate: 79.17 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.11 / Net I/σ(I): 9.2
反射 シェル解像度: 3.2→3.34 Å / 冗長度: 3.6 % / Rmerge(I) obs: 0.64 / Mean I/σ(I) obs: 1.6 / % possible all: 99

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
BUSTER2.11.4精密化
XDSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRIES 1OKE, 3KDM AND 3H0T

1oke

3kdm

3h0t


解像度: 3.2→20 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.8768 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.8328 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / SU Rfree Blow DPI: 0.401
詳細: IDEAL-DIST CONTACT TERM CONTACT SETUP. ALL ATOMS HAVE CCP4 ATOM TYPE FROM LIBRARY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.25 1984 5.34 %RANDOM
Rwork0.212 ---
obs0.214 37165 98.63 %-
原子変位パラメータBiso mean: 92.81 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--28.7491 Å20 Å212.7579 Å2
2--19.5693 Å20 Å2
3---9.1799 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.696 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.2→20 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数9673 0 170 26 9869
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数Restraint functionWeight
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d0.00810090HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg1.1313686HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d3512SINUSOIDAL2
X-RAY DIFFRACTIONt_incorr_chiral_ct
X-RAY DIFFRACTIONt_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes228HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes1450HARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_it10090HARMONIC20
X-RAY DIFFRACTIONt_nbd
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion2.47
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion21.85
X-RAY DIFFRACTIONt_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion1363SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_sum_occupancies
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_distance
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact10961SEMIHARMONIC4
LS精密化 シェル解像度: 3.2→3.29 Å / Total num. of bins used: 19
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2493 149 5.45 %
Rwork0.2254 2586 -
all0.2267 2735 -
obs--98.63 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.6234-0.38450.9580.5269-0.85091.852-0.0051-0.02690.0333-0.309-0.0107-0.2526-0.07160.07470.01580.24730.041-0.0258-0.304-0.02860.0406-26.486458.8179256.3097
20.1925-0.13060.18280.5989-0.73451.82580.12220.02-0.0684-0.50860.0737-0.06340.065-0.0666-0.19590.3341-0.0006-0.1257-0.304-0.02560.0618-31.517794.3128244.3332
37.40590.0392-1.89831.3692-0.03570.8224-0.1422-0.5998-0.3567-0.0238-0.281-0.44010.39350.48230.42310.31980.1347-0.03910.00760.1675-0.3198-12.767285.1163211.0254
46.9431-0.7815-2.50312.50630.11882.6060.13630.57310.5047-0.2761-0.281-0.4368-0.123-0.23590.1447-0.27960.0544-0.12780.18170.1588-0.018910.37568.1966265.7046
53.690.69472.94052.76710.83234.04850.066-0.5478-0.49670.59980.3006-0.48230.58650.1717-0.3667-0.13880.0897-0.1725-0.02350.04220.015-4.388149.791297.9589
61.5528-0.95312.29784.82330.24256.5807-0.03560.59910.4234-0.58240.27140.3221-0.5239-0.4757-0.23580.32950.0678-0.0832-0.24510.0586-0.3295-46.2424103.496199.4082
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1{ A|1 - A|295 A|501 - A|567 }
2X-RAY DIFFRACTION2{ B|1 - B|295 B|501 - B|567 }
3X-RAY DIFFRACTION3{ H|2 - H|111 L|4 - L|106 }
4X-RAY DIFFRACTION4{ I|2 - I|111 M|4 - M|107 }
5X-RAY DIFFRACTION5{ A|296 - A|1394 }
6X-RAY DIFFRACTION6{ B|296 - B|1394 }

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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