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- PDB-4ut1: The structure of the flagellar hook junction protein FlgK from Bu... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4ut1
タイトルThe structure of the flagellar hook junction protein FlgK from Burkholderia pseudomallei
要素FLAGELLAR HOOK-ASSOCIATED PROTEIN
キーワードMOTOR PROTEIN / ANTIGEN / EPITOPE DISCOVERY
機能・相同性Flagellar hook-associated protein 1 / bacterial-type flagellum hook / Flagellar basal-body/hook protein, C-terminal domain / Flagellar basal body rod FlgEFG protein C-terminal / bacterial-type flagellum assembly / structural molecule activity / extracellular region / Flagellar hook-associated protein 1
機能・相同性情報
生物種BURKHOLDERIA PSEUDOMALLEI K96243 (類鼻疽菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.8 Å
データ登録者Gourlay, L.J. / Lassaux, P. / Bolognesi, M.
引用ジャーナル: FEBS J. / 年: 2015
タイトル: From Crystal Structure to in Silico Epitope Discovery in Burkholderia Pseudomallei Flagellar Hook-Associated Protein Flgk.
著者: Gourlay, L.J. / Thomas, R.J. / Peri, C. / Conchillo-Sole, O. / Ferrer-Navarro, M. / Nithichanon, A. / Vila, J. / Daura, X. / Lertmemongkolchai, G. / Titball, R. / Colombo, G. / Bolognesi, M.
履歴
登録2014年7月17日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02015年2月11日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12015年2月18日Group: Database references
改定 1.22015年4月22日Group: Database references
改定 1.32024年5月8日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: FLAGELLAR HOOK-ASSOCIATED PROTEIN
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)69,74121
ポリマ－68,5001
非ポリマー1,24120
水4,648258
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)41.597, 113.005, 62.234
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 106.08, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質 FLAGELLAR HOOK-ASSOCIATED PROTEIN


分子量: 68499.656 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP RESIDUES 31-667 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) BURKHOLDERIA PSEUDOMALLEI K96243 (類鼻疽菌)
プラスミド: PET151/TOPO / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI BL21(DE3) (大腸菌) / Variant (発現宿主): STAR / 参照: UniProt: Q63YA8
#2: 化合物
ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 20 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 258 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.43 Å3/Da / 溶媒含有率: 49.3 % / 解説: NONE
結晶化pH: 7 / 詳細: 0.1M SUCCINIC ACID PH 7.0, 15% PEG 3350

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: BM14 / 波長: 0.97372
検出器日付: 2013年10月24日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97372 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.8→40 Å / Num. obs: 49944 / % possible obs: 97.8 % / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 3.6 % / Biso Wilson estimate: 16.15 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.12 / Net I/σ(I): 14.9
反射 シェル解像度: 1.8→1.9 Å / 冗長度: 3.5 % / Rmerge(I) obs: 0.66 / Mean I/σ(I) obs: 2.4 / % possible all: 96.8

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(PHENIX.REFINE)精密化
XDSデータ削減
SCALAデータスケーリング
BALBES位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.8→39.969 Å / SU ML: 0.21 / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 26.97 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.244 2537 5.1 %
Rwork0.1975 --
obs0.1999 49920 97.74 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.8→39.969 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3857 0 80 258 4195
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0063972
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.9275400
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d12.8721369
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.035664
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.005711
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.8-1.83470.37011230.31382604X-RAY DIFFRACTION97
1.8347-1.87210.3571500.292591X-RAY DIFFRACTION97
1.8721-1.91280.32731270.27522624X-RAY DIFFRACTION96
1.9128-1.95730.30911400.24822594X-RAY DIFFRACTION97
1.9573-2.00630.33811360.22932628X-RAY DIFFRACTION97
2.0063-2.06050.26031450.20652597X-RAY DIFFRACTION97
2.0605-2.12110.22351370.19672603X-RAY DIFFRACTION97
2.1211-2.18960.23411370.19472659X-RAY DIFFRACTION98
2.1896-2.26780.22771160.18672638X-RAY DIFFRACTION98
2.2678-2.35860.2511620.19212611X-RAY DIFFRACTION98
2.3586-2.4660.24281370.1942665X-RAY DIFFRACTION98
2.466-2.5960.23151460.19412636X-RAY DIFFRACTION98
2.596-2.75860.24381390.20662636X-RAY DIFFRACTION98
2.7586-2.97150.27421470.20152659X-RAY DIFFRACTION99
2.9715-3.27040.25721410.20572641X-RAY DIFFRACTION99
3.2704-3.74330.23371410.18832684X-RAY DIFFRACTION99
3.7433-4.7150.18931650.15382648X-RAY DIFFRACTION99
4.715-39.97860.20581480.16932665X-RAY DIFFRACTION97

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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