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- PDB-4usx: The Structure of the C-terminal YadA-like domain of BPSL2063 from... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4usx
タイトルThe Structure of the C-terminal YadA-like domain of BPSL2063 from Burkholderia pseudomallei
要素TRIMERIC AUTOTRANSPORTER ADHESIN
キーワードTRANSPORT PROTEIN / YADA-LIKE HEAD DOMAIN
機能・相同性
機能・相同性情報


: / cell outer membrane / membrane => GO:0016020 / cell surface
類似検索 - 分子機能
Trimeric autotransporter adhesin YadA-like, head domain / YadA head domain repeat (2 copies) / Serralysin-like metalloprotease, C-terminal / 2 Solenoid / Alkaline Protease, subunit P, domain 1 / Trimeric autotransporter adhesin YadA-like, stalk domain / Coiled stalk of trimeric autotransporter adhesin / ESPR domain / Extended Signal Peptide of Type V secretion system / Trimeric autotransporter adhesin YadA-like, C-terminal membrane anchor domain ...Trimeric autotransporter adhesin YadA-like, head domain / YadA head domain repeat (2 copies) / Serralysin-like metalloprotease, C-terminal / 2 Solenoid / Alkaline Protease, subunit P, domain 1 / Trimeric autotransporter adhesin YadA-like, stalk domain / Coiled stalk of trimeric autotransporter adhesin / ESPR domain / Extended Signal Peptide of Type V secretion system / Trimeric autotransporter adhesin YadA-like, C-terminal membrane anchor domain / YadA-like membrane anchor domain / Serralysin-like metalloprotease, C-terminal / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Putative membrane protein
類似検索 - 構成要素
生物種BURKHOLDERIA PSEUDOMALLEI K96243 (類鼻疽菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.8 Å
データ登録者Perletti, L. / Gourlay, L.J. / Peano, C. / Pietrelli, A. / DeBellis, G. / Deantonio, C. / Santoro, C. / Sblattero, D. / Bolognesi, M.
引用ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.D / 年: 2015
タイトル: Selecting Soluble/Foldable Protein Domains Through Single-Gene or Genomic Orf Filtering: Structure of the Head Domain of Burkholderia Pseudomallei Antigen Bpsl2063.
著者: Gourlay, L.J. / Peano, C. / Deantonio, C. / Perletti, L. / Pietrelli, A. / Villa, R. / Matterazzo, E. / Lassaux, P. / Santoro, C. / Puccio, S. / Sblattero, D. / Bolognesi, M.
履歴
登録2014年7月16日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02015年7月22日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12015年11月11日Group: Database references
改定 1.22024年1月10日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: TRIMERIC AUTOTRANSPORTER ADHESIN
B: TRIMERIC AUTOTRANSPORTER ADHESIN
C: TRIMERIC AUTOTRANSPORTER ADHESIN
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)107,68710
ポリマ－107,5173
非ポリマー1707
水8,071448
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area25480 Å2
ΔGint-233 kcal/mol
Surface area21890 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)63.115, 58.852, 74.407
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 104.65, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
非結晶学的対称性 (NCS)NCS oper:
IDCodeMatrixベクター
1given(0.4774, 0.4752, 0.7391), (-0.5648, -0.4784, 0.6724), (0.6731, -0.7385, 0.04)1.9125, -1.116, 31.0281
2given(0.4665, -0.5555, 0.6884), (0.4647, -0.5083, -0.7251), (0.7526, 0.6581, 0.021)1.6088, 1.4848, 31.6326

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要素

#1: タンパク質 TRIMERIC AUTOTRANSPORTER ADHESIN


分子量: 35838.844 Da / 分子数: 3
断片: YADA-LIKE COLLAGEN BINDING DOMAIN, UNP RESIDUES 657-992
由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) BURKHOLDERIA PSEUDOMALLEI K96243 (類鼻疽菌)
プラスミド: PET21B / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI BL21(DE3) (大腸菌) / Variant (発現宿主): STAR / 参照: UniProt: Q63TA4
#2: 化合物
ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 448 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.18 Å3/Da / 溶媒含有率: 43.74 % / 解説: NONE
結晶化pH: 4
詳細: PACT PREMIER (MOLECULAR DIMENSIONS) CONDITION D1 (0.1M MALIC ACID, MES AND TRIS (MMT) BUFFER PH 4.0, 25% PEG1500. CRYSTALS WERE CRYOCOOLED IN MOTHER LIQUOR CONTAINING 40% PEG1500

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID23-2 / 波長: 0.8729
検出器タイプ: ADSC CCD / 検出器: CCD / 日付: 2013年11月27日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.8729 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.8→40 Å / Num. obs: 48598 / % possible obs: 99 % / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 4.6 % / Biso Wilson estimate: 15.35 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.08 / Net I/σ(I): 14.8
反射 シェル解像度: 1.8→1.9 Å / 冗長度: 3.6 % / Rmerge(I) obs: 0.42 / Mean I/σ(I) obs: 2.9 / % possible all: 93.3

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(PHENIX.REFINE)精密化
XDSデータ削減
SCALAデータスケーリング
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 3LAA

3laa


解像度: 1.8→39.69 Å / SU ML: 0.18 / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 21.47 / 立体化学のターゲット値: ML
詳細: PROTEOLYSIS OCCURRED DURING RESULTING IN THE LOSS OF APPROX 136 C-TERMINAL RESIDUES
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2042 2460 5.1 %
Rwork0.1685 --
obs0.1703 48564 98.92 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.8→39.69 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4285 0 7 448 4740
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0074344
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.0225955
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d11.8171446
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.044737
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.005803
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.8001-1.83470.29091080.24942267X-RAY DIFFRACTION88
1.8347-1.87210.26561360.23332427X-RAY DIFFRACTION94
1.8721-1.91280.2881390.21672545X-RAY DIFFRACTION99
1.9128-1.95730.24241350.19552599X-RAY DIFFRACTION100
1.9573-2.00630.23991240.18372531X-RAY DIFFRACTION100
2.0063-2.06050.23161220.17942626X-RAY DIFFRACTION100
2.0605-2.12110.18771300.16292553X-RAY DIFFRACTION100
2.1211-2.18960.19331400.16522605X-RAY DIFFRACTION100
2.1896-2.26790.2111250.15352582X-RAY DIFFRACTION100
2.2679-2.35860.18411440.152570X-RAY DIFFRACTION100
2.3586-2.4660.18891480.15912574X-RAY DIFFRACTION100
2.466-2.5960.24491440.1722558X-RAY DIFFRACTION100
2.596-2.75860.19711540.16822585X-RAY DIFFRACTION100
2.7586-2.97150.20911220.1762637X-RAY DIFFRACTION100
2.9715-3.27040.22121280.17462585X-RAY DIFFRACTION100
3.2704-3.74330.21011650.16272589X-RAY DIFFRACTION100
3.7433-4.7150.15981490.142608X-RAY DIFFRACTION100
4.715-39.69930.16971470.15912663X-RAY DIFFRACTION100

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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