PDB-4usd: Human STK10 (LOK) with SB-633825

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4usd

タイトル

Human STK10 (LOK) with SB-633825

要素

SERINE/THREONINE-PROTEIN KINASE 10

キーワード

TRANSFERASE

機能・相同性

機能・相同性情報

lymphocyte aggregation / regulation of lymphocyte migration / RHOB GTPase cycle / RHOC GTPase cycle / RHOA GTPase cycle / specific granule membrane / protein autophosphorylation / protein phosphorylation / non-specific serine/threonine protein kinase / intracellular signal transduction ...
類似検索 - 分子機能

生物種

HOMO SAPIENS (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン / OTHER / 解像度: 3.05 Å

データ登録者

Elkins, J.M. / Salah, E. / Szklarz, M. / von Delft, F. / Canning, P. / Raynor, J. / Bountra, C. / Edwards, A.M. / Knapp, S.

引用

ジャーナル: Nat.Biotechnol. / 年: 2016
タイトル: Comprehensive Characterization of the Published Kinase Inhibitor Set.
著者: Elkins, J.M. / Fedele, V. / Szklarz, M. / Abdul Azeez, K.R. / Salah, E. / Mikolajczyk, J. / Romanov, S. / Sepetov, N. / Huang, X.P. / Roth, B.L. / Al Haj Zen, A. / Fourches, D. / Muratov, E. ...

履歴

登録	2014年7月7日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2015年7月22日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2015年11月4日	Group: Database references
改定 1.2	2016年1月20日	Group: Database references
改定 1.3	2018年1月24日	Group: Structure summary / カテゴリ: audit_author / Item: _audit_author.name
改定 1.4	2018年9月19日	Group: Data collection / カテゴリ: diffrn_radiation_wavelength / diffrn_source Item: _diffrn_radiation_wavelength.wavelength / _diffrn_source.pdbx_wavelength_list
改定 1.5	2024年5月8日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4usd.cif.gz	224.1 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4usd.ent.gz	182.8 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4usd.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	4usd_validation.pdf.gz	951.1 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	4usd_full_validation.pdf.gz	964.4 KB	表示
XML形式データ	4usd_validation.xml.gz	21.9 KB	表示
CIF形式データ	4usd_validation.cif.gz	28.6 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/us/4usd ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/us/4usd	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	4useC 4usfC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	6o95-1 3hdn-d 6mom-3 1j5p-d 4yp8-4 4xs2-3 6hm2-4 5m53-d 6hm6-d 6o94-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#35 - 2002年11月フェリチンとトランスフェリン (Ferritin and Transferrin) 類似性 (3)

登録構造単位

A: SERINE/THREONINE-PROTEIN KINASE 10

B: SERINE/THREONINE-PROTEIN KINASE 10

ヘテロ分子

69.6 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: SERINE/THREONINE-PROTEIN KINASE 10

ヘテロ分子

ソフトウェアが定義した集合体
34.8 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: SERINE/THREONINE-PROTEIN KINASE 10

ヘテロ分子

ソフトウェアが定義した集合体
34.8 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	46.720, 99.600, 151.770
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
1	1	A
2	1	B

NCSドメイン領域:

Dom-ID	Component-ID	Ens-ID	Refine code	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	1	1	1	A	1 - 500
2	1	1	1	B	1 - 500

NCS oper:

ID	Code	Matrix	ベクター
1	given	(1), (1), (1)
2	given	(0.993296, -0.11559, 0.001644), (-0.115546, -0.993159, -0.016845), (0.00358, 0.016542, -0.999857)	0.09324, 3.54366, 7.58915

#1: タンパク質	SERINE/THREONINE-PROTEIN KINASE 10 / LYMPHOCYTE-ORIENTED KINASE / STK10 分子量: 34298.605 Da / 分子数: 2 / 断片: KINASE DOMAIN, RESIDUES 18-317 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) HOMO SAPIENS (ヒト) / プラスミド: PNIC28-BSA4 / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) 参照: UniProt: O94804, non-specific serine/threonine protein kinase
#2: 化合物	ChemComp-R09 / 4-{5-(6-methoxynaphthalen-2-yl)-1-methyl-2-[2-methyl-4-(methylsulfonyl)phenyl]-1H-imidazol-4-yl}pyridine / SB-633825 分子量: 483.581 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₈H₂₅N₃O₃S

#1: タンパク質

SERINE/THREONINE-PROTEIN KINASE 10 / LYMPHOCYTE-ORIENTED KINASE / STK10

分子量: 34298.605 Da / 分子数: 2 / 断片: KINASE DOMAIN, RESIDUES 18-317 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現)

HOMO SAPIENS (ヒト) / プラスミド: PNIC28-BSA4 / 発現宿主:

ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)
参照: UniProt: O94804, non-specific serine/threonine protein kinase

#2: 化合物

ChemComp-R09 / 4-{5-(6-methoxynaphthalen-2-yl)-1-methyl-2-[2-methyl-4-(methylsulfonyl)phenyl]-1H-imidazol-4-yl}pyridine / SB-633825

分子量: 483.581 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₈H₂₅N₃O₃S

-
実験

実験	手法: X線回折

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.6 Å³/Da / 溶媒含有率: 52 % / 解説: NONE

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I04-1 / 波長: 0.9173 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PIXEL / 検出器: PIXEL / 日付: 2012年3月18日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9173 Å / 相対比: 1

-
解析

ソフトウェア

名称: REFMAC / バージョン: 5.8.0073 / 分類: 精密化

精密化

構造決定の手法: OTHER
開始モデル: NONE

解像度: 3.05→83.41 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.929 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.898 / SU B: 65.069 / SU ML: 0.509 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R Free: 0.539 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS.

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.28863	632	4.9 %	RANDOM
R_work	0.23447	-	-	-
obs	0.237	12247	91.04 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 81.98 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	2.78 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	-0.94 Å²	0 Å²
3-	-	-	-1.84 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 3.05→83.41 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	4104	0	70	0	4174

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.011	0.019	4269
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.002	0.02	4070
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.489	1.999	5818
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.831	3.003	9356
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.767	5	528
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	36.901	25.03	169
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	16.45	15	703
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	17.137	15	16
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.068	0.2	667
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.005	0.021	4724
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.002	0.02	876
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	2.073	3.834	2133
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	2.073	3.832	2132
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	3.572	5.735	2654
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	1.972	4.116	2136
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

Refine LS restraints NCS

数: 4097 / タイプ: tight thermal / Rms dev position: 3.68 Å / Weight position: 0.5

LS精密化シェル

解像度: 3.05→3.129 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.37	48	-
R_work	0.367	856	-
obs	-	-	87.01 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	15.116	-3.0985	1.1509	4.2503	2.6179	14.8913	-0.0121	1.1304	0.768	-0.9484	-0.2564	0.0874	-2.261	0.4766	0.2686	0.6574	-0.0363	-0.0023	0.1375	0.1315	0.2102	27.046	10.652	-11.953
2	3.2601	-4.854	2.0202	7.4686	-2.4985	9.9099	0.2674	0.2217	-0.355	-0.5404	-0.3597	0.8532	-0.3972	-1.1185	0.0923	0.5193	0.0271	-0.1998	0.5481	0.0116	0.4939	18.374	5.78	-13.958
3	4.9768	0.9825	1.3674	4.934	1.8495	7.7698	0.2064	0.85	0.1469	-0.1119	-0.1405	0.4696	0.584	0.0172	-0.0659	0.3514	0.0382	-0.0411	0.1808	-0.0206	0.0889	23.661	-10.942	-10.663
4	3.0288	0.765	1.0257	3.6221	1.1538	7.0509	0.1737	0.637	-0.442	0.0011	-0.0624	0.3316	1.4805	0.1179	-0.1112	0.6175	0.1282	-0.173	0.1964	-0.1577	0.287	23.175	-20.286	-17.712
5	13.0393	1.7639	4.0315	12.2683	3.5762	11.3944	0.6915	-1.5366	-0.4874	1.2623	-0.8278	0.4534	2.385	-0.2986	0.1363	0.606	-0.1169	0.087	0.2774	0.0878	0.2025	25.666	-10.575	19.6
6	5.7133	-1.7565	-0.3044	8.4145	1.0781	6.2682	-0.2234	-0.8084	-0.876	0.5621	-0.2374	2.12	1.4724	-0.97	0.4608	0.6367	-0.2395	0.2279	0.5778	-0.0669	0.5866	17.902	-4.756	21.539
7	5.4658	0.12	-1.8483	7.441	2.8981	12.0628	0.142	-0.6028	-0.1602	-0.1181	-0.4522	0.7876	-0.7696	-0.535	0.3101	0.1168	0.0176	-0.0086	0.1346	-0.027	0.0976	25.034	11.4	18.413
8	4.7529	0.3417	-1.8879	5.2626	0.5452	10.7995	0.4379	-0.6022	0.3191	0.0748	-0.3028	0.5738	-2.071	-0.1603	-0.1351	0.5167	-0.0615	0.0696	0.1801	-0.1303	0.1766	25.453	20.552	25.724

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	1 - 70
2	X-RAY DIFFRACTION	2	A	71 - 112
3	X-RAY DIFFRACTION	3	A	113 - 182
4	X-RAY DIFFRACTION	4	A	183 - 317
5	X-RAY DIFFRACTION	5	B	1 - 70
6	X-RAY DIFFRACTION	6	B	71 - 112
7	X-RAY DIFFRACTION	7	B	113 - 182
8	X-RAY DIFFRACTION	8	B	183 - 317

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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