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- PDB-4uri: Crystal structure of chitinase-like agglutinin RobpsCRA from Robi... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4uri
タイトルCrystal structure of chitinase-like agglutinin RobpsCRA from Robinia pseudoacacia
要素CHITINASE-RELATED AGGLUTININ
キーワードHYDROLASE / CHITINASE-LIKE PROTEIN / GLYCOSIDE HYDROLASE FAMILY GH18 / PLANT LECTIN / AGGLUTININ
機能・相同性
機能・相同性情報


chitin binding / carbohydrate metabolic process
類似検索 - 分子機能
Chitinase A; domain 3 - #10 / Chitinase insertion domain superfamily / Chitinase II / Glyco_18 / Glycoside hydrolase family 18, catalytic domain / Glycosyl hydrolases family 18 / Chitinase A; domain 3 / Glycosidases / Glycoside hydrolase superfamily / TIM Barrel ...Chitinase A; domain 3 - #10 / Chitinase insertion domain superfamily / Chitinase II / Glyco_18 / Glycoside hydrolase family 18, catalytic domain / Glycosyl hydrolases family 18 / Chitinase A; domain 3 / Glycosidases / Glycoside hydrolase superfamily / TIM Barrel / Roll / Alpha-Beta Barrel / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chitinase-related agglutinin
類似検索 - 構成要素
生物種ROBINIA PSEUDOACACIA (ニセアカシア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.85 Å
データ登録者Sulzenbacher, G. / Roig-Zamboni, V. / Peumans, W.J. / Henrissat, B. / van Damme, E.J.M. / Bourne, Y.
引用ジャーナル: J.Struct.Biol. / 年: 2015
タイトル: Structural Basis for Carbohydrate Binding Properties of a Plant Chitinase-Like Agglutinin with Conserved Catalytic Machinery.
著者: Sulzenbacher, G. / Roig-Zamboni, V. / Peumans, W.J. / Henrissat, B. / Van Damme, E.J. / Bourne, Y.
履歴
登録2014年6月30日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02015年3月11日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12015年5月13日Group: Database references
改定 1.22024年1月10日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn / struct_sheet / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_sheet.number_strands / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
Remark 700 SHEET DETERMINATION METHOD: DSSP THE SHEETS PRESENTED AS "AA" IN EACH CHAIN ON SHEET RECORDS BELOW ... SHEET DETERMINATION METHOD: DSSP THE SHEETS PRESENTED AS "AA" IN EACH CHAIN ON SHEET RECORDS BELOW IS ACTUALLY AN 8-STRANDED BARREL THIS IS REPRESENTED BY A 9-STRANDED SHEET IN WHICH THE FIRST AND LAST STRANDS ARE IDENTICAL. THE SHEETS PRESENTED AS "BA" IN EACH CHAIN ON SHEET RECORDS BELOW IS ACTUALLY AN 8-STRANDED BARREL THIS IS REPRESENTED BY A 9-STRANDED SHEET IN WHICH THE FIRST AND LAST STRANDS ARE IDENTICAL.

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: CHITINASE-RELATED AGGLUTININ
B: CHITINASE-RELATED AGGLUTININ
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)74,49013
ポリマ－73,6422
非ポリマー84911
水5,603311
1
A: CHITINASE-RELATED AGGLUTININ
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)37,2808
ポリマ－36,8211
非ポリマー4597
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: CHITINASE-RELATED AGGLUTININ
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)37,2115
ポリマ－36,8211
非ポリマー3904
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)43.100, 53.221, 71.271
Angle α, β, γ (deg.)106.01, 94.12, 107.59
Int Tables number1
Space group name H-MP1
非結晶学的対称性 (NCS)NCS oper: (Code: given
Matrix: (0.9998, 0.01444, -0.01351), (0.01396, -0.99928, -0.03521), (-0.01401, 0.03501, -0.99929)
ベクター: 21.60734, 10.42658, 28.90985)

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要素

#1: タンパク質 CHITINASE-RELATED AGGLUTININ / CHITINASE-LIKE AGGLUTININ / ROBPSCRA


分子量: 36820.789 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ROBINIA PSEUDOACACIA (ニセアカシア) / 組織: BARK / 参照: UniProt: A1YZD2
#2: 化合物
ChemComp-MPD / (4S)-2-METHYL-2,4-PENTANEDIOL / (S)-2-メチル-2,4-ペンタンジオ-ル


分子量: 118.174 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H14O2 / コメント: 沈殿剤*YM
#3: 化合物 ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#4: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 311 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
配列の詳細THE AUTHORS OF ENTRY A1YZD2 HAVE PUBLISHED AN UPDDATED SEQUENCE IN: PLANT PHYSIOL. 2007 JUN;144(2): ...THE AUTHORS OF ENTRY A1YZD2 HAVE PUBLISHED AN UPDDATED SEQUENCE IN: PLANT PHYSIOL. 2007 JUN;144(2):662-72. EPUB 2006 NOV 10. A NOVEL FAMILY OF LECTINS EVOLUTIONARILY RELATED TO CLASS V CHITINASES: AN EXAMPLE OF NEOFUNCTIONALIZATION IN LEGUMES. VAN DAMME EJ1, CULERRIER R, BARRE A, ALVAREZ R, ROUGE P, PEUMANS WJ.

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.05 Å3/Da / 溶媒含有率: 40 % / 解説: NONE
結晶化pH: 6.2 / 詳細: 35,8% (V/V) MPD, 0.1 M NA/K2 PHOSPHATE PH 7.0

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: BM14 / 波長: 0.97872
検出器タイプ: MARRESEARCH MAR25 / 検出器: CCD / 日付: 2009年2月20日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97872 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.85→67 Å / Num. obs: 47466 / % possible obs: 97.3 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 4.3 % / Biso Wilson estimate: 19.4 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.07 / Net I/σ(I): 15.5
反射 シェル解像度: 1.85→1.95 Å / 冗長度: 3.5 % / Rmerge(I) obs: 0.42 / Mean I/σ(I) obs: 3.5 / % possible all: 96.1

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.7.0029精密化
MOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: MODEL GENERATED BY PHYRE SERVER BASED ON PDB ENTRY 1NWU

1nwu


解像度: 1.85→34.48 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.969 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.951 / SU B: 5.934 / SU ML: 0.087 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.14 / ESU R Free: 0.126 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. U VALUES WITH TLS ADDED
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.18731 2398 5.1 %RANDOM
Rwork0.14838 ---
obs0.15038 45067 97.18 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 22.891 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0 Å2-0.08 Å2-0.89 Å2
2---0.38 Å2-1.86 Å2
3---1.13 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.85→34.48 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5210 0 53 311 5574
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0120.025448
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0030.024954
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.4211.9397444
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.813311383
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.1245689
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg35.88423.77244
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg12.78315795
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg19.4791526
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.090.2800
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0070.0216296
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.021342
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2470.21424
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other0.1740.24780
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.1870.22714
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other0.0850.23099
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1550.2142
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other00.21
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.3510.278
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other0.2770.288
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.2370.212
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 1.85→1.898 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.291 150 -
Rwork0.235 3235 -
obs--93.9 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.6170.54550.31031.26050.67070.5998-0.04770.0444-0.0376-0.0664-0.03530.0352-0.03650.01680.0830.01080.00420.0070.02270.00760.035-24.43880.479530.269
20.5893-0.5102-0.44921.41780.92810.6612-0.02480.01510.06050.11040.0258-0.01930.07020.0257-0.0010.02470.0075-0.00150.01490.0220.0413-3.23598.5899-1.03
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A1 - 336
2X-RAY DIFFRACTION2B1 - 337

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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