PDB-4ur1: Crystal structure of the PCE reductive dehalogenase from S. multi...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4ur1

タイトル

Crystal structure of the PCE reductive dehalogenase from S. multivorans in complex with dibromoethene

要素

TETRACHLOROETHENE REDUCTIVE DEHALOGENASE CATALYTIC SUBUNIT PCEA

キーワード

OXIDOREDUCTASE

機能・相同性

機能・相同性情報

4 iron, 4 sulfur cluster binding / metal ion binding / identical protein binding
類似検索 - 分子機能

生物種

SULFUROSPIRILLUM MULTIVORANS (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

単波長異常分散 / 解像度: 1.649 Å

データ登録者

Bommer, M. / Kunze, C. / Fesseler, J. / Schubert, T. / Diekert, G. / Dobbek, H.

引用

ジャーナル: Science / 年: 2014
タイトル: Structural Basis for Organohalide Respiration.
著者: Bommer, M. / Kunze, C. / Fesseler, J. / Schubert, T. / Diekert, G. / Dobbek, H.

履歴

登録	2014年6月25日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2014年10月15日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2014年11月5日	Group: Database references
改定 1.2	2017年7月12日	Group: Refinement description / カテゴリ: software / Item: _software.name
改定 1.3	2019年3月6日	Group: Data collection / Experimental preparation / カテゴリ: exptl_crystal_grow / Item: _exptl_crystal_grow.method
改定 1.4	2024年5月8日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4ur1.cif.gz	391.2 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4ur1.ent.gz	320.2 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4ur1.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	4ur1_validation.pdf.gz	1.4 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	4ur1_full_validation.pdf.gz	1.4 MB	表示
XML形式データ	4ur1_validation.xml.gz	42 KB	表示
CIF形式データ	4ur1_validation.cif.gz	63.3 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ur/4ur1 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ur/4ur1	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	4uquC 4ur0C 4ur2C 4ur3C C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	4ur3-1 4ur3-3 5m92-d 4ur2-d 4ur0-d 4uqu-d 5m8x-d 5maa-d 4ur3-2 5ma2-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

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「今月の分子」の関連する項目	#220 - 2018年4月脱ハロゲン酵素 (Dehalogenases) 類似性 (12) #111 - 2009年3月ヒドロゲナーゼ (Hydrogenase) 類似性 (6) #144 - 2011年12月複合体I (Complex I) 類似性 (4) #244 - 2020年4月光合成超複合体 (Photosynthetic Supercomplexes) 類似性 (4) #154 - 2012年10月クエン酸回路 (Citric Acid Cycle) 類似性 (4) #22 - 2001年10月光化学系I (Photosystem I) 類似性 (4) #66 - 2005年6月カロテノイド酸素添加酵素 (Carotenoid Oxygenase) 類似性 (4) #241 - 2020年1月 20年の分子を振り返って (Twenty Years of Molecules) 類似性 (4)

PDBのページ

PDBj /

wwPDB /

NCBI

「今月の分子」の関連する項目

#220 - 2018年4月
脱ハロゲン酵素 (Dehalogenases)
類似性 (12)
#111 - 2009年3月
ヒドロゲナーゼ (Hydrogenase)
類似性 (6)
#144 - 2011年12月
複合体I (Complex I)
類似性 (4)
#244 - 2020年4月
光合成超複合体 (Photosynthetic Supercomplexes)
類似性 (4)
#154 - 2012年10月
クエン酸回路 (Citric Acid Cycle)
類似性 (4)
#22 - 2001年10月
光化学系I (Photosystem I)
類似性 (4)
#66 - 2005年6月
カロテノイド酸素添加酵素 (Carotenoid Oxygenase)
類似性 (4)
#241 - 2020年1月
20年の分子を振り返って (Twenty Years of Molecules)
類似性 (4)

登録構造単位

A: TETRACHLOROETHENE REDUCTIVE DEHALOGENASE CATALYTIC SUBUNIT PCEA

B: TETRACHLOROETHENE REDUCTIVE DEHALOGENASE CATALYTIC SUBUNIT PCEA

ヘテロ分子

110 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	73.703, 73.703, 185.264
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	76
Space group name H-M	P4₁

非結晶学的対称性 (NCS)

NCS oper: (Code: given
Matrix: (-0.5135, 0.0015, 0.8581), (-0.0012, -1, 0.001), (0.8581, -0.0005, 0.5135)
ベクター: 7.9966, -68.6946, -4.5503)

-
タンパク質 , 1種, 2分子 AB

#1: タンパク質	TETRACHLOROETHENE REDUCTIVE DEHALOGENASE CATALYTIC SUBUNIT PCEA / PCE REDUCTIVE DEHALOGENASE CATALYTIC SUBUNIT PCEA 分子量: 52164.387 Da / 分子数: 2 / 断片: RESIDUES 38-501 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: GERMAN COLLECTION OF MICROORGANISMS (DSM) 12446 由来: (天然) SULFUROSPIRILLUM MULTIVORANS (バクテリア) 参照: UniProt: W6EQP0, EC: 1.97.1.8

-
非ポリマー , 6種, 839分子

#2: 化合物	ChemComp-SF4 / IRON/SULFUR CLUSTER 分子量: 351.640 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Fe₄S₄
#3: 化合物	ChemComp-BVQ / NORPSEUDO-B12 分子量: 1305.267 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₅₇H₈₂CoN₁₆O₁₄P
#4: 化合物	ChemComp-CB0 / CIS-DIBROMOETHENE / (Z)-1,2-ジブロモエテン分子量: 185.845 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₂Br₂
#5: 化合物	ChemComp-BEN / BENZAMIDINE / ベンズアミジン分子量: 120.152 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₇H₈N₂
#6: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル分子量: 92.094 Da / 分子数: 10 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#7: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 818 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
詳細

配列の詳細	THE DATA BASE ENTRY CONTAINS A SIGNAL PEPTIDE (AA 1-37) NOT PRESENT IN THE MATURE PEPTIDE

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.53 Å³/Da / 溶媒含有率: 51.3 % / 解説: NONE
結晶化	手法: 蒸気拡散法 / pH: 8 詳細: VAPOUR DIFFUSION UNDER ANAEROBIC CONDITIONS (95% N2 / 5% H2), 50 MM TRIS-HCL PH 8.0, 15% PEG 3350, 0.2 M NAMALONATE, 2% BENZAMIDINE

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: PETRA III, DESY / ビームライン: P11 / 波長: 0.9184
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2013年12月13日 / 詳細: MIRRORS
放射	モノクロメーター: SI-111 CRYSTAL / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9184 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.65→47.3 Å / Num. obs: 118228 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 27.5 % / B_iso Wilson estimate: 21.84 Å² / R_merge(I) obs: 0.1 / Net I/σ(I): 30
反射シェル	解像度: 1.65→1.71 Å / 冗長度: 26.2 % / R_merge(I) obs: 1.5 / Mean I/σ(I) obs: 2.4 / % possible all: 98.8

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(PHENIX.REFINE)	精密化
XDS		データ削減
XDS		データスケーリング
PHENIX		位相決定

精密化

構造決定の手法:

単波長異常分散
開始モデル: NONE

解像度: 1.649→47.335 Å / SU ML: 0.16 / σ(F): 1.37 / 位相誤差: 15.26 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.1573	5911	5 %
R_work	0.1342	-	-
obs	0.1353	118227	99.84 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso mean: 29.6 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.649→47.335 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	7001	0	305	818	8124

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.008	7625
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.163	10424
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	13.648	2845
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.048	1090
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.006	1385

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.6487-1.6675	0.2809	373	0.2638	7060	X-RAY DIFFRACTION	95
1.6675-1.6871	0.2477	394	0.2409	7512	X-RAY DIFFRACTION	100
1.6871-1.7077	0.258	391	0.2218	7477	X-RAY DIFFRACTION	100
1.7077-1.7293	0.2274	386	0.2149	7347	X-RAY DIFFRACTION	100
1.7293-1.752	0.2375	396	0.2092	7557	X-RAY DIFFRACTION	100
1.752-1.776	0.209	382	0.1887	7317	X-RAY DIFFRACTION	100
1.776-1.8014	0.2122	402	0.1813	7582	X-RAY DIFFRACTION	100
1.8014-1.8283	0.1966	390	0.1735	7424	X-RAY DIFFRACTION	100
1.8283-1.8569	0.1956	388	0.1685	7365	X-RAY DIFFRACTION	100
1.8569-1.8873	0.1862	398	0.1606	7510	X-RAY DIFFRACTION	100
1.8873-1.9198	0.182	389	0.1509	7420	X-RAY DIFFRACTION	100
1.9198-1.9548	0.1679	393	0.1503	7462	X-RAY DIFFRACTION	100
1.9548-1.9924	0.1904	393	0.1465	7480	X-RAY DIFFRACTION	100
1.9924-2.033	0.1918	393	0.1436	7418	X-RAY DIFFRACTION	100
2.033-2.0772	0.1736	389	0.1335	7438	X-RAY DIFFRACTION	100
2.0772-2.1256	0.1557	392	0.1277	7464	X-RAY DIFFRACTION	100
2.1256-2.1787	0.1793	392	0.1293	7428	X-RAY DIFFRACTION	100
2.1787-2.2376	0.1541	396	0.127	7484	X-RAY DIFFRACTION	100
2.2376-2.3035	0.144	393	0.1248	7451	X-RAY DIFFRACTION	100
2.3035-2.3778	0.1529	386	0.1273	7421	X-RAY DIFFRACTION	100
2.3778-2.4628	0.1542	394	0.1304	7465	X-RAY DIFFRACTION	100
2.4628-2.5614	0.1724	391	0.1275	7439	X-RAY DIFFRACTION	100
2.5614-2.6779	0.1575	392	0.1301	7406	X-RAY DIFFRACTION	100
2.6779-2.8191	0.1492	393	0.1285	7485	X-RAY DIFFRACTION	100
2.8191-2.9957	0.1524	389	0.1312	7428	X-RAY DIFFRACTION	100
2.9957-3.227	0.1458	393	0.1328	7438	X-RAY DIFFRACTION	100
3.227-3.5516	0.1464	390	0.1246	7452	X-RAY DIFFRACTION	100
3.5516-4.0653	0.1346	391	0.1146	7449	X-RAY DIFFRACTION	100
4.0653-5.1209	0.1334	395	0.1096	7423	X-RAY DIFFRACTION	100
5.1209-47.3546	0.1277	393	0.1256	7455	X-RAY DIFFRACTION	100

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.7814	0.2454	0.8529	1.4099	-0.2626	4.3475	0.0672	-0.1752	0.0379	0.1137	-0.0249	0.0753	-0.0262	-0.265	-0.0524	0.1439	-0.0184	0.0087	0.1851	-0.0517	0.1845	-13.854	-18.4224	5.4336
2	0.4707	0.0171	0.1012	0.6533	0.1948	0.6909	-0.0205	0.049	0.05	-0.0903	0.0039	0.0361	-0.0758	-0.0631	0.0068	0.2189	-0.0042	-0.0363	0.1795	-0.0142	0.1863	-7.7876	-23.5924	-16.1511
3	2.6472	0.3774	-0.0451	1.0021	-0.2355	1.4269	-0.0179	0.0775	0.0565	-0.1293	0.0096	0.1619	-0.0418	-0.2557	0.009	0.2125	0.0298	-0.046	0.1281	-0.0499	0.199	-16.6976	-23.1777	-16.095
4	0.368	0.013	0.0217	0.3808	0.068	0.8285	-0.0069	-0.0616	0.0672	-0.002	-0.0226	0.0447	-0.1659	-0.0693	0.026	0.2192	0.0109	-0.0342	0.1776	-0.0215	0.1856	-8.1185	-17.0124	-3.3511
5	0.3794	0.0172	-0.1926	0.7696	0.2223	1.1387	-0.0186	-0.1175	0.0188	0.146	0.0374	-0.1036	-0.0746	0.0674	-0.0265	0.2106	-0.0136	-0.0496	0.1983	-0.0153	0.1963	1.3334	-20.6796	1.0876
6	2.9995	1.0729	-0.0081	1.4354	-0.0334	1.7059	-0.0576	0.0188	-0.0853	0.0071	0.0939	-0.2967	0.267	0.2111	-0.0292	0.293	0.0814	-0.0364	0.1308	-0.0309	0.2636	9.5419	-55.6837	-18.7045
7	1.1125	0.2024	-0.2549	1.8556	1.2281	1.5702	0.0082	-0.0846	-0.1255	0.1916	-0.0647	0.1489	0.4471	-0.2131	0.0736	0.3019	-0.0725	-0.045	0.1926	0.0152	0.2016	-15.0084	-54.5896	-9.0087
8	0.4446	0.0877	0.1081	0.8802	0.2475	0.8204	0.0025	0.0768	-0.0345	-0.132	0.0731	-0.1605	-0.0031	0.0857	-0.0716	0.2381	-0.0124	0.0006	0.2084	-0.0334	0.2215	7.4062	-35.6031	-25.049
9	2.4604	1.2107	-0.8273	2.1203	0.1831	2.0847	-0.1398	0.3436	-0.0582	-0.2807	0.1933	0.0029	0.1006	-0.1761	-0.0366	0.3591	-0.0304	-0.026	0.2346	-0.0162	0.1904	-0.5389	-46.0198	-36.5101
10	2.5896	1.3276	-1.5203	1.5705	-0.6093	3.2028	0.0997	-0.1869	-0.1076	0.0955	-0.045	-0.1854	0.049	0.3007	-0.0234	0.1812	0.053	-0.0453	0.0854	-0.0235	0.2118	6.5186	-45.5087	-16.5811
11	0.5907	0.2754	0.1223	1.1123	0.0373	0.8927	0.0531	-0.0134	-0.1925	0.0359	0.0365	-0.2377	0.2938	0.1542	-0.0608	0.2599	0.0442	-0.0607	0.154	-0.0343	0.2403	8.9034	-51.5395	-15.3723
12	6.2006	1.4976	-0.4613	2.6532	0.1294	1.5145	0.1478	-1.121	-0.1106	0.5264	-0.0963	-0.6635	-0.0463	0.5688	-0.0839	0.5324	-0.0338	-0.1964	0.4816	-0.0001	0.3992	12.7026	-52.5702	1.3982
13	0.7763	0.061	-0.0165	0.8129	0.0434	0.7914	0.056	-0.0807	-0.0692	0.1697	0.0164	-0.1343	0.1785	0.0978	-0.0621	0.2831	0.0086	-0.0719	0.2005	0.001	0.2379	5.7546	-45.3409	-5.4824

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	CHAIN 'A' AND (RESID 5 THROUGH 39 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	CHAIN 'A' AND (RESID 40 THROUGH 180 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	CHAIN 'A' AND (RESID 181 THROUGH 239 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	CHAIN 'A' AND (RESID 240 THROUGH 408 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	CHAIN 'A' AND (RESID 409 THROUGH 468 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	CHAIN 'B' AND (RESID 9 THROUGH 56 )
7	X-RAY DIFFRACTION	7	CHAIN 'B' AND (RESID 57 THROUGH 102 )
8	X-RAY DIFFRACTION	8	CHAIN 'B' AND (RESID 103 THROUGH 180 )
9	X-RAY DIFFRACTION	9	CHAIN 'B' AND (RESID 181 THROUGH 211 )
10	X-RAY DIFFRACTION	10	CHAIN 'B' AND (RESID 212 THROUGH 239 )
11	X-RAY DIFFRACTION	11	CHAIN 'B' AND (RESID 240 THROUGH 383 )
12	X-RAY DIFFRACTION	12	CHAIN 'B' AND (RESID 384 THROUGH 435 )
13	X-RAY DIFFRACTION	13	CHAIN 'B' AND (RESID 436 THROUGH 466 )

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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