PDB-4ur0: Crystal structure of the PCE reductive dehalogenase from S. multi...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4ur0

タイトル

Crystal structure of the PCE reductive dehalogenase from S. multivorans in complex with trichloroethene

要素

TETRACHLOROETHENE REDUCTIVE DEHALOGENASE CATALYTIC SUBUNIT PCEA

キーワード

OXIDOREDUCTASE

機能・相同性

機能・相同性情報

4 iron, 4 sulfur cluster binding / metal ion binding / identical protein binding
類似検索 - 分子機能

生物種

SULFUROSPIRILLUM MULTIVORANS (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

単波長異常分散 / 解像度: 1.798 Å

データ登録者

Bommer, M. / Kunze, C. / Fesseler, J. / Schubert, T. / Diekert, G. / Dobbek, H.

引用

ジャーナル: Science / 年: 2014
タイトル: Structural Basis for Organohalide Respiration.
著者: Bommer, M. / Kunze, C. / Fesseler, J. / Schubert, T. / Diekert, G. / Dobbek, H.

履歴

登録	2014年6月25日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2014年10月15日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2014年11月5日	Group: Database references
改定 1.2	2017年7月12日	Group: Refinement description / カテゴリ: software / Item: _software.name
改定 1.3	2019年3月6日	Group: Data collection / Experimental preparation / カテゴリ: exptl_crystal_grow / Item: _exptl_crystal_grow.method
改定 1.4	2024年5月8日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4ur0.cif.gz	388.5 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4ur0.ent.gz	318.5 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4ur0.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	4ur0_validation.pdf.gz	1.4 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	4ur0_full_validation.pdf.gz	1.4 MB	表示
XML形式データ	4ur0_validation.xml.gz	41.9 KB	表示
CIF形式データ	4ur0_validation.cif.gz	62.9 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ur/4ur0 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ur/4ur0	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	4uquC 4ur1C 4ur2C 4ur3C C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	4ur3-3 4uqu-d 5m8w-d 4ur1-d 5m8x-d 4ur3-1 4ur2-d 5m8y-d 5obi-d 5m8z-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

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「今月の分子」の関連する項目	#220 - 2018年4月脱ハロゲン酵素 (Dehalogenases) 類似性 (14) #111 - 2009年3月ヒドロゲナーゼ (Hydrogenase) 類似性 (6) #144 - 2011年12月複合体I (Complex I) 類似性 (4) #244 - 2020年4月光合成超複合体 (Photosynthetic Supercomplexes) 類似性 (4) #154 - 2012年10月クエン酸回路 (Citric Acid Cycle) 類似性 (4) #22 - 2001年10月光化学系I (Photosystem I) 類似性 (4) #66 - 2005年6月カロテノイド酸素添加酵素 (Carotenoid Oxygenase) 類似性 (4) #241 - 2020年1月 20年の分子を振り返って (Twenty Years of Molecules) 類似性 (4)

PDBのページ

PDBj /

wwPDB /

NCBI

「今月の分子」の関連する項目

#220 - 2018年4月
脱ハロゲン酵素 (Dehalogenases)
類似性 (14)
#111 - 2009年3月
ヒドロゲナーゼ (Hydrogenase)
類似性 (6)
#144 - 2011年12月
複合体I (Complex I)
類似性 (4)
#244 - 2020年4月
光合成超複合体 (Photosynthetic Supercomplexes)
類似性 (4)
#154 - 2012年10月
クエン酸回路 (Citric Acid Cycle)
類似性 (4)
#22 - 2001年10月
光化学系I (Photosystem I)
類似性 (4)
#66 - 2005年6月
カロテノイド酸素添加酵素 (Carotenoid Oxygenase)
類似性 (4)
#241 - 2020年1月
20年の分子を振り返って (Twenty Years of Molecules)
類似性 (4)

登録構造単位

A: TETRACHLOROETHENE REDUCTIVE DEHALOGENASE CATALYTIC SUBUNIT PCEA

B: TETRACHLOROETHENE REDUCTIVE DEHALOGENASE CATALYTIC SUBUNIT PCEA

ヘテロ分子

109 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	73.956, 73.956, 185.421
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	76
Space group name H-M	P4₁

非結晶学的対称性 (NCS)

NCS oper: (Code: given
Matrix: (-0.5114, 0.0011, 0.8594), (-0.0012, -1, 0.0006), (0.8594, -0.0007, 0.5114)
ベクター: 7.9387, -69.0633, -4.5371)

-
タンパク質 , 1種, 2分子 AB

#1: タンパク質	TETRACHLOROETHENE REDUCTIVE DEHALOGENASE CATALYTIC SUBUNIT PCEA / PCE REDUCTIVE DEHALOGENASE CATALYTIC SUBUNIT PCEA 分子量: 52164.387 Da / 分子数: 2 / 断片: RESIDUES 38-501 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: GERMAN COLLECTION OF MICROORGANISMS (DSM) 12446 由来: (天然) SULFUROSPIRILLUM MULTIVORANS (バクテリア) 参照: UniProt: W6EQP0, EC: 1.97.1.8

-
非ポリマー , 6種, 824分子

#2: 化合物	ChemComp-SF4 / IRON/SULFUR CLUSTER 分子量: 351.640 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Fe₄S₄
#3: 化合物	ChemComp-BVQ / NORPSEUDO-B12 分子量: 1305.267 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₅₇H₈₂CoN₁₆O₁₄P
#4: 化合物	ChemComp-BEN / BENZAMIDINE / ベンズアミジン分子量: 120.152 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₇H₈N₂
#5: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル分子量: 92.094 Da / 分子数: 9 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#6: 化合物	ChemComp-TCV / 1,1,2-trichloroethene / トリクロロエチレン分子量: 131.388 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂HCl₃
#7: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 807 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
詳細

配列の詳細	THE DATA BASE ENTRY CONTAINS A SIGNAL PEPTIDE (AA 1-37) NOT PRESENT IN THE MATURE PEPTIDE

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実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶	マシュー密度: 2.55 Å³/Da / 溶媒含有率: 51.7 % / 解説: NONE
結晶化	手法: 蒸気拡散法 / pH: 8 詳細: VAPOUR DIFFUSION UNDER ANAEROBIC CONDITIONS (95% N2 / 5% H2), 50 MM TRIS-HCL PH 8.0, 15% PEG 3350, 0.2 M NAMALONATE, 2% BENZAMIDINE

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: BESSY / ビームライン: 14.1 / 波長: 0.9184
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2013年11月23日 / 詳細: MIRRORS
放射	モノクロメーター: SI-111 CRYSTAL / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9184 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.8→45.5 Å / Num. obs: 91944 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 13.8 % / B_iso Wilson estimate: 20.14 Å² / R_merge(I) obs: 0.15 / Net I/σ(I): 16
反射シェル	解像度: 1.8→1.86 Å / 冗長度: 12.3 % / R_merge(I) obs: 1.25 / Mean I/σ(I) obs: 1.93 / % possible all: 99.3

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(PHENIX.REFINE)	精密化
XDS		データ削減
XDS		データスケーリング
PHENIX		位相決定

精密化

構造決定の手法:

単波長異常分散
開始モデル: NONE

解像度: 1.798→45.548 Å / SU ML: 0.17 / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 16.09 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.1649	4598	5 %
R_work	0.1359	-	-
obs	0.1374	91941	99.92 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso mean: 26.4 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.798→45.548 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	7001	0	278	807	8086

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.008	7604
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.117	10401
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	13.166	2837
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.047	1090
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.005	1381

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.7979-1.8183	0.2616	149	0.2305	2819	X-RAY DIFFRACTION	98
1.8183-1.8397	0.2454	154	0.2121	2940	X-RAY DIFFRACTION	100
1.8397-1.8621	0.2263	152	0.2076	2876	X-RAY DIFFRACTION	100
1.8621-1.8857	0.2536	152	0.2	2884	X-RAY DIFFRACTION	100
1.8857-1.9105	0.2281	153	0.1936	2911	X-RAY DIFFRACTION	100
1.9105-1.9367	0.2395	154	0.1844	2935	X-RAY DIFFRACTION	100
1.9367-1.9644	0.2006	153	0.1713	2896	X-RAY DIFFRACTION	100
1.9644-1.9937	0.1905	156	0.1644	2962	X-RAY DIFFRACTION	100
1.9937-2.0248	0.2533	149	0.1627	2844	X-RAY DIFFRACTION	100
2.0248-2.058	0.189	156	0.1536	2960	X-RAY DIFFRACTION	100
2.058-2.0935	0.1958	152	0.1466	2890	X-RAY DIFFRACTION	100
2.0935-2.1316	0.1766	153	0.146	2906	X-RAY DIFFRACTION	100
2.1316-2.1726	0.1836	155	0.1371	2943	X-RAY DIFFRACTION	100
2.1726-2.2169	0.1803	151	0.1371	2860	X-RAY DIFFRACTION	100
2.2169-2.2651	0.1793	153	0.1394	2917	X-RAY DIFFRACTION	100
2.2651-2.3178	0.1592	154	0.1329	2921	X-RAY DIFFRACTION	100
2.3178-2.3758	0.2016	153	0.1321	2902	X-RAY DIFFRACTION	100
2.3758-2.44	0.1631	154	0.1328	2926	X-RAY DIFFRACTION	100
2.44-2.5118	0.1624	152	0.1338	2901	X-RAY DIFFRACTION	100
2.5118-2.5929	0.1793	154	0.1319	2919	X-RAY DIFFRACTION	100
2.5929-2.6855	0.1726	153	0.1344	2907	X-RAY DIFFRACTION	100
2.6855-2.793	0.1587	153	0.1333	2917	X-RAY DIFFRACTION	100
2.793-2.9201	0.1976	154	0.1394	2925	X-RAY DIFFRACTION	100
2.9201-3.0741	0.1637	155	0.1389	2929	X-RAY DIFFRACTION	100
3.0741-3.2666	0.1674	152	0.137	2896	X-RAY DIFFRACTION	100
3.2666-3.5187	0.1398	154	0.1318	2925	X-RAY DIFFRACTION	100
3.5187-3.8727	0.1331	155	0.1158	2942	X-RAY DIFFRACTION	100
3.8727-4.4327	0.113	152	0.1023	2902	X-RAY DIFFRACTION	100
4.4327-5.5831	0.1271	155	0.1102	2937	X-RAY DIFFRACTION	100
5.5831-45.563	0.1381	156	0.1231	2951	X-RAY DIFFRACTION	100

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.0334	0.0334	0.4241	0.8104	-0.4179	3.9471	0.062	-0.1578	0.0829	0.0468	0.0299	0.1251	-0.0237	-0.36	-0.0963	0.1258	-0.0135	-0.0109	0.122	-0.0483	0.1619	-16.0165	-16.6519	1.5786
2	0.5529	0.1584	0.0441	0.7412	0.1266	0.6522	-0.0382	0.0598	0.0425	-0.0817	0.0302	0.0487	-0.0332	-0.0753	0.0011	0.1716	-0.0086	-0.0305	0.1509	-0.011	0.1451	-10.1201	-23.7714	-16.033
3	0.7376	0.2659	0.0948	0.7011	0.1703	0.965	-0.0112	-0.0604	0.0618	0.0314	-0.0064	0.0688	-0.0494	-0.0858	0.0175	0.1505	0.0077	-0.0244	0.1411	-0.0143	0.134	-10.1095	-22.1785	-3.3469
4	0.4372	0.1177	-0.4756	0.3426	0.1908	1.4218	-0.0047	-0.1026	0.0843	0.0346	0.013	-0.0182	-0.2295	0.1007	0.0184	0.2025	-0.0137	-0.0359	0.136	-0.0288	0.1852	-2.331	-9.7737	-0.2662
5	0.4308	0.1088	-0.0114	0.9881	0.1803	0.6479	-0.0199	-0.0532	-0.0394	0.1516	0.0317	-0.0869	0.0616	0.0072	0.0094	0.1573	-0.0033	-0.0316	0.1208	-0.0135	0.1327	-1.5598	-24.1414	-1.3858
6	2.9463	1.0104	-0.0525	1.3259	0.0434	1.5046	-0.0743	0.0842	-0.1799	-0.0118	0.106	-0.2704	0.3285	0.1325	-0.0099	0.3197	0.0629	-0.0395	0.1126	-0.024	0.2198	6.9268	-57.4351	-20.3194
7	1.5386	0.2642	-0.6488	1.7567	0.7571	2.1207	-0.0017	-0.094	-0.0991	0.2243	-0.0313	0.1496	0.4577	-0.1699	0.0753	0.273	-0.0555	-0.0501	0.1511	0.008	0.1669	-14.5125	-53.37	-8.9289
8	0.6456	0.1098	0.1921	1.3285	0.2628	0.8838	-0.0296	0.0952	-0.0288	-0.1646	0.1117	-0.1822	0.0199	0.1091	-0.084	0.1954	-0.0123	0.0179	0.172	-0.0332	0.164	7.5242	-35.4945	-25.8375
9	2.0072	0.9003	-0.8588	1.2404	-0.0589	2.3349	-0.0936	0.163	-0.061	-0.1219	0.1156	-0.0935	0.1682	0.047	-0.0089	0.21	0.0342	-0.0249	0.0552	-0.0279	0.1741	2.6464	-46.3971	-25.5939
10	0.7711	0.333	-0.0101	1.3068	-0.0935	1.0786	0.0785	-0.1107	-0.1827	0.1375	0.0117	-0.3011	0.3436	0.2251	-0.0622	0.291	0.0537	-0.0799	0.1799	-0.0344	0.2457	9.5195	-51.9347	-12.0417
11	0.7078	0.0253	-0.1101	0.7945	0.032	0.5371	0.0511	-0.1049	-0.016	0.1855	0.0364	-0.1395	0.1409	0.1037	-0.1024	0.2358	0.0199	-0.0701	0.1362	-0.0165	0.1885	7.0222	-45.1923	-6.367

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	CHAIN 'A' AND (RESID 5 THROUGH 39 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	CHAIN 'A' AND (RESID 40 THROUGH 239 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	CHAIN 'A' AND (RESID 240 THROUGH 342 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	CHAIN 'A' AND (RESID 343 THROUGH 435 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	CHAIN 'A' AND (RESID 436 THROUGH 466 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	CHAIN 'B' AND (RESID 9 THROUGH 56 )
7	X-RAY DIFFRACTION	7	CHAIN 'B' AND (RESID 57 THROUGH 102 )
8	X-RAY DIFFRACTION	8	CHAIN 'B' AND (RESID 103 THROUGH 180 )
9	X-RAY DIFFRACTION	9	CHAIN 'B' AND (RESID 181 THROUGH 239 )
10	X-RAY DIFFRACTION	10	CHAIN 'B' AND (RESID 240 THROUGH 435 )
11	X-RAY DIFFRACTION	11	CHAIN 'B' AND (RESID 436 THROUGH 465 )

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

すべてのお知らせ

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
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関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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