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- PDB-4uqt: RRM-peptide structure in RES complex -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4uqt
タイトルRRM-peptide structure in RES complex
要素
  • PRE-MRNA-SPLICING FACTOR CWC26
  • U2 SNRNP COMPONENT IST3
キーワードTRANSLATION
機能・相同性
機能・相同性情報


maintenance of RNA location / RES complex / generation of catalytic spliceosome for first transesterification step / U2-type spliceosomal complex / U2-type prespliceosome assembly / U2 snRNP / precatalytic spliceosome / spliceosomal complex assembly / mRNA export from nucleus / spliceosomal complex ...maintenance of RNA location / RES complex / generation of catalytic spliceosome for first transesterification step / U2-type spliceosomal complex / U2-type prespliceosome assembly / U2 snRNP / precatalytic spliceosome / spliceosomal complex assembly / mRNA export from nucleus / spliceosomal complex / mRNA splicing, via spliceosome / RNA binding / nucleus / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Ist3-like, RNA recognition motif / : / Bud13 / : / Pre-mRNA-splicing factor of RES complex / RRM (RNA recognition motif) domain / RNA recognition motif / RNA recognition motif / Eukaryotic RNA Recognition Motif (RRM) profile. / RNA recognition motif domain ...Ist3-like, RNA recognition motif / : / Bud13 / : / Pre-mRNA-splicing factor of RES complex / RRM (RNA recognition motif) domain / RNA recognition motif / RNA recognition motif / Eukaryotic RNA Recognition Motif (RRM) profile. / RNA recognition motif domain / RNA-binding domain superfamily / Nucleotide-binding alpha-beta plait domain superfamily / Alpha-Beta Plaits / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
U2 snRNP component IST3 / Pre-mRNA-splicing factor CWC26
類似検索 - 構成要素
生物種SACCHAROMYCES CEREVISIAE (パン酵母)
手法溶液NMR / simulated annealing
データ登録者Tripsianes, K. / Friberg, A. / Barrandon, C. / Seraphin, B. / Sattler, M.
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2014
タイトル: A Novel Protein-Protein Interaction in the Res (Retention and Splicing) Complex.
著者: Tripsianes, K. / Friberg, A. / Barrandon, C. / Brooks, M. / Van Tilbeurgh, H. / Seraphin, B. / Sattler, M.
履歴
登録2014年6月25日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02014年9月3日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12014年9月10日Group: Atomic model / Database references / Other
改定 1.22014年10月22日Group: Database references
改定 1.32023年6月14日Group: Data collection / Database references / Other
カテゴリ: database_2 / pdbx_database_status ...database_2 / pdbx_database_status / pdbx_nmr_software / pdbx_nmr_spectrometer
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_cs / _pdbx_database_status.status_code_mr / _pdbx_database_status.status_code_nmr_data / _pdbx_nmr_software.name / _pdbx_nmr_spectrometer.model
改定 1.42024年6月19日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / Item: _database_2.pdbx_DOI

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: U2 SNRNP COMPONENT IST3
B: PRE-MRNA-SPLICING FACTOR CWC26


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)15,0712
ポリマ－15,0712
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PQS
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)20 / 200LOWEST ENERGY
代表モデルモデル #1

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要素

#1: タンパク質 U2 SNRNP COMPONENT IST3 / INCREASED SODIUM TOLERANCE PROTEIN 3 / U2 SNRNP PROTEIN SNU17 / SNU17P


分子量: 10538.707 Da / 分子数: 1 / 断片: RRM, RESIDUES 25-113 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) SACCHAROMYCES CEREVISIAE (パン酵母)
発現宿主: ESCHERICHIA COLI BL21(DE3) (大腸菌) / Variant (発現宿主): PLYSS 24D / 参照: UniProt: P40565
#2: タンパク質・ペプチド PRE-MRNA-SPLICING FACTOR CWC26 / BUD SITE SELECTION PROTEIN 13 / COMPLEXED WITH CEF1 PROTEIN 26 / SYNTHETIC LETHAL WITH CLF1 PROTEIN 7 / BUD13P


分子量: 4532.087 Da / 分子数: 1 / 断片: TRP-CONTAINING LIGAND, RESIDUES 222-256 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) SACCHAROMYCES CEREVISIAE (パン酵母)
発現宿主: ESCHERICHIA COLI BL21(DE3) (大腸菌) / Variant (発現宿主): PLYSS 24D / 参照: UniProt: P46947
配列の詳細FIRST FOUR RESIDUES OF THE PROTEIN SEQUENCE (GAMG) ARE COMING FROM THE TAG.

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDタイプ
11115N-EDITED 3D NOESY
12113C- EDITED 3D NOESY (ALIPHATICS)
13113C-EDITED 3D NOESY (AROMATICS)
14113C- EDITED 3D NOESY (ALIPHATICSS) F1 15N/13C FILTERED
NMR実験の詳細Text: THE STRUCTURE WAS DETERMINED USING TRIPLE-RESONANCE NMR SPECTROSCOPY ON STOICHIOMETRIC COMPLEX SAMPLES WHERE ONLY SNU17P OR BUD13P WAS 13C, 15N-LABELED

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試料調製

詳細内容: 93% WATER/7% D2O
試料状態イオン強度: 25 mM / pH: 6.3 / 圧: 1.0 atm / 温度: 298.0 K

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NMR測定

NMRスペクトロメータータイプ: Bruker AVANCE / 製造業者: Bruker / モデル: AVANCE / 磁場強度: 800 MHz

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解析

NMR software
名称バージョン開発者分類
CNSBRUNGER,ADAMS,CLORE,DELANO,GROS,GROSSE- KUNSTLEVE, JIANG,KUSZEWSKI,NILGES,PANNU,READ, RICE,SIMONSON, WARREN精密化
CcpNmr Analysis2.1構造決定
CYANA構造決定
CNS構造決定
TALOS構造決定
精密化手法: simulated annealing / ソフトェア番号: 1
詳細: REFINEMENT DETAILS CAN BE FOUND IN THE JRNL CITATION ABOVE.
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: LOWEST ENERGY / 計算したコンフォーマーの数: 200 / 登録したコンフォーマーの数: 20

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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