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万見
- PDB-4uph: Crystal Structure of Phosphonate Monoester Hydrolase of Agrobacte... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4uph
タイトルCrystal Structure of Phosphonate Monoester Hydrolase of Agrobacterium radiobacter
要素SULFATASE (SULFURIC ESTER HYDROLASE) PROTEIN
キーワードHYDROLASE
機能・相同性
機能・相同性情報


sulfuric ester hydrolase activity / metal ion binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
N-sulphoglucosamine sulphohydrolase, C-terminal / Sulfatase, N-terminal / Sulfatase / Alkaline Phosphatase, subunit A / Alkaline Phosphatase, subunit A / Alkaline-phosphatase-like, core domain superfamily / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Sulfatase (Sulfuric ester hydrolase) protein
類似検索 - 構成要素
生物種AGROBACTERIUM RADIOBACTER K84 (根粒菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.5 Å
データ登録者Fischer, G. / Loo, B.v. / Hyvonen, M. / Hollfelder, F.
引用ジャーナル: J.Am.Chem.Soc. / 年: 2019
タイトル: Balancing Specificity and Promiscuity in Enzyme Evolution: Multidimensional Activity Transitions in the Alkaline Phosphatase Superfamily.
著者: van Loo, B. / Bayer, C.D. / Fischer, G. / Jonas, S. / Valkov, E. / Mohamed, M.F. / Vorobieva, A. / Dutruel, C. / Hyvonen, M. / Hollfelder, F.
履歴
登録2014年6月17日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02015年7月1日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12016年11月16日Group: Atomic model / Database references ...Atomic model / Database references / Derived calculations / Non-polymer description / Other
改定 1.22017年9月13日Group: Advisory / Data collection
カテゴリ: diffrn_detector / pdbx_validate_polymer_linkage
Item: _diffrn_detector.type
改定 1.32018年12月19日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 2.02019年1月30日Group: Atomic model / Data collection ...Atomic model / Data collection / Derived calculations / Experimental preparation
カテゴリ: atom_site / exptl_crystal_grow ...atom_site / exptl_crystal_grow / pdbx_struct_conn_angle / pdbx_validate_chiral / struct_conn
Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _exptl_crystal_grow.method / _exptl_crystal_grow.temp / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id
改定 3.02019年4月24日Group: Data collection / Derived calculations / Polymer sequence
カテゴリ: diffrn_source / entity_poly ...diffrn_source / entity_poly / pdbx_seq_map_depositor_info / struct_conn
Item: _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site / _entity_poly.pdbx_seq_one_letter_code_can ..._diffrn_source.pdbx_synchrotron_site / _entity_poly.pdbx_seq_one_letter_code_can / _pdbx_seq_map_depositor_info.one_letter_code / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag
改定 3.12019年5月8日Group: Data collection / Database references
カテゴリ: citation / citation_author / pdbx_database_proc
Item: _citation.journal_abbrev / _citation.journal_volume ..._citation.journal_abbrev / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.year / _citation_author.identifier_ORCID
改定 3.22019年7月10日Group: Data collection / カテゴリ: diffrn_source / Item: _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site
改定 3.32024年11月13日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / pdbx_struct_conn_angle / software / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _pdbx_entry_details.has_protein_modification / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _software.name / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: SULFATASE (SULFURIC ESTER HYDROLASE) PROTEIN
B: SULFATASE (SULFURIC ESTER HYDROLASE) PROTEIN
C: SULFATASE (SULFURIC ESTER HYDROLASE) PROTEIN
D: SULFATASE (SULFURIC ESTER HYDROLASE) PROTEIN
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)241,05912
ポリマ－240,8204
非ポリマー2398
水6,125340
1
A: SULFATASE (SULFURIC ESTER HYDROLASE) PROTEIN
C: SULFATASE (SULFURIC ESTER HYDROLASE) PROTEIN
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)120,5306
ポリマ－120,4102
非ポリマー1204
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5720 Å2
ΔGint-35.9 kcal/mol
Surface area35230 Å2
手法PISA
2
B: SULFATASE (SULFURIC ESTER HYDROLASE) PROTEIN
D: SULFATASE (SULFURIC ESTER HYDROLASE) PROTEIN
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)120,5306
ポリマ－120,4102
非ポリマー1204
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5760 Å2
ΔGint-37.8 kcal/mol
Surface area35350 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)232.690, 232.690, 112.050
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number92
Space group name H-MP41212

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要素

#1: タンパク質
SULFATASE (SULFURIC ESTER HYDROLASE) PROTEIN / ARPMH


分子量: 60205.113 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
詳細: CYSTEIN 94 TO FORMYLGLYCINE POSTTRANSLATIONAL MODIFICATION
由来: (組換発現) AGROBACTERIUM RADIOBACTER K84 (根粒菌)
プラスミド: PASK-IBA5PLUS / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: B9JE48
#2: 化合物
ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#3: 化合物
ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 340 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY
非ポリマーの詳細3,3-DIHYDROXY L-ALANINE (DDZ): POSTTRANSLATIONAL MODIFICATION OF CYSTEIN TO FORMYLGLYCINE

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.15 Å3/Da / 溶媒含有率: 61 % / 解説: NONE
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 7 / 詳細: 0.1M TRIS-HCL PH=7.0 10% PEG 8000 0.2M MGCL2

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I24 / 波長: 0.9788
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2012年9月22日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9788 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.5→58.17 Å / Num. obs: 106159 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 10.8 % / Biso Wilson estimate: 66.19 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.16 / Net I/σ(I): 9.8
反射 シェル解像度: 2.5→2.8 Å / 冗長度: 11.2 % / Rmerge(I) obs: 0.77 / Mean I/σ(I) obs: 3.1 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
BUSTER2.10.1精密化
autoPROCデータ削減
XDSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.5→58.17 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.9348 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.9181 / SU R Cruickshank DPI: 0.303 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / SU R Blow DPI: 0.295 / SU Rfree Blow DPI: 0.214 / SU Rfree Cruickshank DPI: 0.219
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2251 5295 4.99 %RANDOM
Rwork0.1959 ---
obs0.1974 106081 99.96 %-
原子変位パラメータBiso mean: 59.65 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-8.0763 Å20 Å20 Å2
2--8.0763 Å20 Å2
3----16.1525 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.5→58.17 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数15704 0 8 340 16052
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数Restraint functionWeight
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d0.0116180HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg1.0522064HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d5280SINUSOIDAL2
X-RAY DIFFRACTIONt_incorr_chiral_ct
X-RAY DIFFRACTIONt_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes368HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes2428HARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_it16180HARMONIC20
X-RAY DIFFRACTIONt_nbd3SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion3.07
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion17.86
X-RAY DIFFRACTIONt_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion2008SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_sum_occupancies
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_distance
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact18730SEMIHARMONIC4
LS精密化 シェル解像度: 2.5→2.56 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2904 391 5.05 %
Rwork0.2417 7352 -
all0.2441 7743 -
obs--99.96 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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