ジャーナル: Elife / 年: 2014 タイトル: Assembly principles of a unique cage formed by hexameric and decameric E. coli proteins. 著者: Hélène Malet / Kaiyin Liu / Majida El Bakkouri / Sze Wah Samuel Chan / Gregory Effantin / Maria Bacia / Walid A Houry / Irina Gutsche / 要旨: A 3.3 MDa macromolecular cage between two Escherichia coli proteins with seemingly incompatible symmetries-the hexameric AAA+ ATPase RavA and the decameric inducible lysine decarboxylase LdcI-is ...A 3.3 MDa macromolecular cage between two Escherichia coli proteins with seemingly incompatible symmetries-the hexameric AAA+ ATPase RavA and the decameric inducible lysine decarboxylase LdcI-is reconstructed by cryo-electron microscopy to 11 Å resolution. Combined with a 7.5 Å resolution reconstruction of the minimal complex between LdcI and the LdcI-binding domain of RavA, and the previously solved crystal structures of the individual components, this work enables to build a reliable pseudoatomic model of this unusual architecture and to identify conformational rearrangements and specific elements essential for complex formation. The design of the cage created via lateral interactions between five RavA rings is unique for the diverse AAA+ ATPase superfamily.
モード: BRIGHT FIELD / 倍率(公称値): 59000 X / 倍率(補正後): 59000 X / 最大 デフォーカス(公称値): 3300 nm / 最小 デフォーカス(公称値): 1300 nm / Cs: 2 mm
試料ホルダ
温度: 91 K / 傾斜角・最大: 0 ° / 傾斜角・最小: -0.1 °
撮影
電子線照射量: 20 e/Å2 / フィルム・検出器のモデル: KODAK SO-163 FILM
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解析
EMソフトウェア
ID
名称
バージョン
カテゴリ
詳細
1
CTFFIND
3
CTF補正
2
Flex-EM
モデルフィッティング
3
EMAN
粒子像選択
BOXER
4
FPM
3次元再構成
5
IMOD
3次元再構成
6
PEET
3次元再構成
7
SPIDER
3次元再構成
CTF補正
詳細: PHASE FLIPPING
対称性
点対称性: D5 (2回x5回 2面回転対称)
3次元再構成
解像度: 11 Å / 粒子像の数: 21265 / ピクセルサイズ(公称値): 2.37 Å / ピクセルサイズ(実測値): 2.37 Å 詳細: SUBMISSION BASED ON EXPERIMENTAL DATA FROM EMDB EMD-2679. (DEPOSITION ID: 12571). 対称性のタイプ: POINT
原子モデル構築
プロトコル: FLEXIBLE FIT / 空間: REAL / Target criteria: ENERGY,CROSS-CORRELATION / 詳細: METHOD--FLEX-EM REFINEMENT PROTOCOL--X-RAY