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- PDB-4uoi: Unexpected structure for the N-terminal domain of Hepatitis C vir... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4uoi
タイトルUnexpected structure for the N-terminal domain of Hepatitis C virus envelope glycoprotein E1
要素GENOME POLYPROTEIN
キーワードVIRAL PROTEIN (ウイルスタンパク質)
機能・相同性
機能・相同性情報


host cell endoplasmic reticulum membrane / エンベロープ (ウイルス) / endoplasmic reticulum membrane / virion membrane
類似検索 - 分子機能
Hepatitis C virus envelope glycoprotein E1, chain C / Hepatitis C virus, Envelope glycoprotein E1 / Hepatitis C virus envelope glycoprotein E1 / Double Stranded RNA Binding Domain / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Envelope glycoprotein E1
類似検索 - 構成要素
生物種HEPATITIS C VIRUS (ウイルス)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 3.49 Å
データ登録者El Omari, K. / Iourin, O. / Kadlec, J. / Harlos, K. / Grimes, J.M. / Stuart, D.I.
引用
ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.D / 年: 2014
タイトル: Unexpected Structure for the N-Terminal Domain of Hepatitis C Virus Envelope Glycoprotein E1
著者: El Omari, K. / Iourin, O. / Kadlec, J. / Fearn, R. / Hall, D.R. / Harlos, K. / Grimes, J.M. / Stuart, D.I.
#1: ジャーナル: Nat.Commun. / 年: 2014
タイトル: Unexpected Structure for the N-Terminal Domain of Hepatitis C Virus Envelope Glycoprotein E1.
著者: El Omari, K. / Iourin, O. / Kadlec, J. / Sutton, G. / Harlos, K. / Grimes, J.M. / Stuart, D.I.
履歴
登録2014年6月4日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02014年8月20日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12014年10月1日Group: Database references / Other
改定 1.22015年3月4日Group: Database references
改定 1.32019年4月3日Group: Data collection / Derived calculations ...Data collection / Derived calculations / Other / Source and taxonomy
カテゴリ: entity_src_gen / pdbx_database_proc ...entity_src_gen / pdbx_database_proc / pdbx_database_status / struct_conn
Item: _entity_src_gen.pdbx_host_org_cell_line / _pdbx_database_status.recvd_author_approval / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag
改定 1.42020年7月29日Group: Data collection / Derived calculations ...Data collection / Derived calculations / Other / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / entity ...chem_comp / entity / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_database_status / pdbx_entity_nonpoly / struct_conn / struct_site / struct_site_gen
Item: _chem_comp.name / _chem_comp.type ..._chem_comp.name / _chem_comp.type / _entity.pdbx_description / _pdbx_database_status.status_code_sf / _pdbx_entity_nonpoly.name / _struct_conn.pdbx_role
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: GENOME POLYPROTEIN
B: GENOME POLYPROTEIN
C: GENOME POLYPROTEIN
D: GENOME POLYPROTEIN
E: GENOME POLYPROTEIN
F: GENOME POLYPROTEIN
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)59,91316
ポリマ－57,7006
非ポリマー2,21210
水0
1
A: GENOME POLYPROTEIN
C: GENOME POLYPROTEIN
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)19,6764
ポリマ－19,2332
非ポリマー4422
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2960 Å2
ΔGint-15.3 kcal/mol
Surface area8360 Å2
手法PISA
2
D: GENOME POLYPROTEIN
E: GENOME POLYPROTEIN
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)20,1186
ポリマ－19,2332
非ポリマー8854
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3970 Å2
ΔGint-11.3 kcal/mol
Surface area10600 Å2
手法PISA
3
B: GENOME POLYPROTEIN
ヘテロ分子

F: GENOME POLYPROTEIN
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)20,1186
ポリマ－19,2332
非ポリマー8854
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation3_545-y+1/2,x-1/2,z+1/41
Buried area4320 Å2
ΔGint-7.8 kcal/mol
Surface area11350 Å2
手法PISA
4
F: GENOME POLYPROTEIN
ヘテロ分子

B: GENOME POLYPROTEIN
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)20,1186
ポリマ－19,2332
非ポリマー8854
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation4_554y+1/2,-x+1/2,z-1/41
単位格子
Length a, b, c (Å)105.006, 105.006, 204.740
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number92
Space group name H-MP41212

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要素

#1: タンパク質
GENOME POLYPROTEIN / HCV E1


分子量: 9616.738 Da / 分子数: 6 / 断片: N-TERMINAL DOMAIN, RESIDUES 16-94 / 変異: YES / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) HEPATITIS C VIRUS (ウイルス) / 株: H77 / プラスミド: PHLSEC / 細胞株 (発現宿主): HEK293T / 発現宿主: HOMO SAPIENS (ヒト) / 参照: UniProt: H9XGD6
#2: 糖
ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-アセチル-β-D-グルコサミン / N-アセチルグルコサミン


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 10 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C8H15NO6
識別子タイププログラム
DGlcpNAcbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamineCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-GlcpNAcIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcNAcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 4.89 Å3/Da / 溶媒含有率: 75 % / 解説: NONE
結晶化pH: 4.8
詳細: 15% (WT/V) PEG 1500, 3.6% (WT/V) PEG 4000 AND 0.05 M SODIUM ACETATE PH 4.8

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I24 / 波長: 0.9686
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9686 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.5→50 Å / Num. obs: 15137 / % possible obs: 99.5 % / Observed criterion σ(I): 2.2 / 冗長度: 6.2 % / Biso Wilson estimate: 88.43 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.14 / Net I/σ(I): 17.6
反射 シェル解像度: 3.5→3.63 Å / 冗長度: 6.2 % / Rmerge(I) obs: 0.81 / Mean I/σ(I) obs: 2.2 / % possible all: 99.5

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
BUSTER2.11.4精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散
開始モデル: NONE

解像度: 3.49→31.29 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.9158 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.9182 / SU R Cruickshank DPI: 0.891 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / SU R Blow DPI: 0.972 / SU Rfree Blow DPI: 0.385 / SU Rfree Cruickshank DPI: 0.386
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2397 762 5.05 %RANDOM
Rwork0.213 ---
obs0.2144 15078 99.1 %-
原子変位パラメータBiso mean: 117.45 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--6.4586 Å20 Å20 Å2
2---6.4586 Å20 Å2
3---12.9172 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.925 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.49→31.29 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3072 0 140 0 3212
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数Restraint functionWeight
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d0.0083293HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg1.164515HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d1481SINUSOIDAL2
X-RAY DIFFRACTIONt_incorr_chiral_ct
X-RAY DIFFRACTIONt_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes69HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes495HARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_it3293HARMONIC20
X-RAY DIFFRACTIONt_nbd
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion2.98
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion3.03
X-RAY DIFFRACTIONt_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion460SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_sum_occupancies
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_distance
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact3559SEMIHARMONIC4
LS精密化 シェル解像度: 3.49→3.73 Å / Total num. of bins used: 8
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2148 125 4.8 %
Rwork0.2283 2479 -
all0.2276 2604 -
obs--99.1 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
110.0118-0.9478-5.17220.6239-0.14792.1947-0.0010.0179-0.2127-0.2280.05060.0327-0.16510.0294-0.0496-0.09180.2792-0.07430.0975-0.2566-0.022439.971810.1625-150.196
20.6899-0.29321.53832.45481.25954.50470.00240.0902-0.13010.25420.0524-0.0837-0.17920.2848-0.05480.023-0.13370.0217-0.046-0.0155-0.061858.296512.9128-128.416
37.2464-5.2921.31986.3565-1.42095.25830.02460.05670.1561-0.0689-0.03990.04850.00720.25880.0153-0.13110.17940.04660.1292-0.02130.010938.80718.1808-143.581
45.99032.23933.14973.17220.99771.0693-0.0424-0.0050.12570.21480.1788-0.0684-0.33070.2526-0.13630.07480.1485-0.304-0.0017-0.2599-0.021190.8562-6.2138-158.076
52.6722-1.5258-1.9133.46591.86062.1832-0.0106-0.2626-0.01530.27190.14920.07520.01760.0556-0.1387-0.03460.304-0.1197-0.031-0.12140.04379.6992-8.4191-151.701
60.8451.41460.91381.1999-1.80832.91960.0338-0.0476-0.0118-0.1154-0.05150.083-0.2728-0.08450.01770.08310.069-0.02370.0261-0.0708-0.084965.10532.4391-170.619
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1CHAIN A
2X-RAY DIFFRACTION2CHAIN B
3X-RAY DIFFRACTION3CHAIN C
4X-RAY DIFFRACTION4CHAIN D
5X-RAY DIFFRACTION5CHAIN E
6X-RAY DIFFRACTION6CHAIN F

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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