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- PDB-4un0: Crystal structure of the human CDK12-cyclinK complex -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4un0
タイトルCrystal structure of the human CDK12-cyclinK complex
要素
  • CYCLIN-DEPENDENT KINASE 12
  • CYCLIN-K
キーワードTRANSFERASE
機能・相同性
機能・相同性情報


cyclin K-CDK12 complex / cyclin K-CDK13 complex / nuclear cyclin-dependent protein kinase holoenzyme complex / regulation of MAP kinase activity / cyclin/CDK positive transcription elongation factor complex / host-mediated suppression of viral genome replication / negative regulation of intracellular estrogen receptor signaling pathway / negative regulation of stem cell differentiation / regulation of cyclin-dependent protein serine/threonine kinase activity / cyclin-dependent protein serine/threonine kinase activator activity ...cyclin K-CDK12 complex / cyclin K-CDK13 complex / nuclear cyclin-dependent protein kinase holoenzyme complex / regulation of MAP kinase activity / cyclin/CDK positive transcription elongation factor complex / host-mediated suppression of viral genome replication / negative regulation of intracellular estrogen receptor signaling pathway / negative regulation of stem cell differentiation / regulation of cyclin-dependent protein serine/threonine kinase activity / cyclin-dependent protein serine/threonine kinase activator activity / [RNA-polymerase]-subunit kinase / positive regulation of DNA-templated transcription, elongation / RNA polymerase II transcribes snRNA genes / HIV elongation arrest and recovery / Pausing and recovery of HIV elongation / cellular response to estrogen stimulus / regulation of signal transduction / cyclin-dependent kinase / cyclin-dependent protein serine/threonine kinase activity / Formation of HIV elongation complex in the absence of HIV Tat / RNA Polymerase II Transcription Elongation / negative regulation of MAPK cascade / Formation of RNA Pol II elongation complex / RNA Polymerase II Pre-transcription Events / RNA polymerase II CTD heptapeptide repeat kinase activity / RNA splicing / cyclin binding / SMAD2/SMAD3:SMAD4 heterotrimer regulates transcription / TP53 Regulates Transcription of DNA Repair Genes / positive regulation of transcription elongation by RNA polymerase II / mRNA processing / transcription by RNA polymerase II / protein kinase activity / nuclear speck / cell division / protein serine kinase activity / DNA damage response / protein kinase binding / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / nucleoplasm / ATP binding / nucleus
類似検索 - 分子機能
Cyclin-T2-like, C-terminal domain / Cyclin/Cyclin-like subunit Ssn8 / Cyclin, C-terminal domain / Cyclin_C / Cyclin-like / Cyclin A; domain 1 / Cyclin, N-terminal / Cyclin, N-terminal domain / Cyclin-like / domain present in cyclins, TFIIB and Retinoblastoma ...Cyclin-T2-like, C-terminal domain / Cyclin/Cyclin-like subunit Ssn8 / Cyclin, C-terminal domain / Cyclin_C / Cyclin-like / Cyclin A; domain 1 / Cyclin, N-terminal / Cyclin, N-terminal domain / Cyclin-like / domain present in cyclins, TFIIB and Retinoblastoma / Cyclin-like superfamily / : / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Transferase(Phosphotransferase) domain 1 / Transferase(Phosphotransferase); domain 1 / Serine/threonine-protein kinase, active site / Serine/Threonine protein kinases active-site signature. / Protein kinase domain / Serine/Threonine protein kinases, catalytic domain / Protein kinase, ATP binding site / Protein kinases ATP-binding region signature. / Protein kinase domain profile. / Protein kinase domain / Protein kinase-like domain superfamily / 2-Layer Sandwich / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Cyclin-K / Cyclin-dependent kinase 12
類似検索 - 構成要素
生物種HOMO SAPIENS (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.15 Å
データ登録者Dixon Clarke, S.E. / Elkins, J.M. / Pike, A.C.W. / Chaikuad, A. / Goubin, S. / Krojer, T. / Sorrell, F.J. / Nowak, R. / Williams, E. / Kopec, J. ...Dixon Clarke, S.E. / Elkins, J.M. / Pike, A.C.W. / Chaikuad, A. / Goubin, S. / Krojer, T. / Sorrell, F.J. / Nowak, R. / Williams, E. / Kopec, J. / Mahajan, R.P. / Burgess-Brown, N. / Carpenter, E.P. / Knapp, S. / von Delft, F. / Arrowsmith, C.H. / Edwards, A.M. / Bountra, C. / Bullock, A.
引用ジャーナル: Sci.Rep. / 年: 2015
タイトル: Structures of the Cdk12/Cyck Complex with AMP-Pnp Reveal a Flexible C-Terminal Kinase Extension Important for ATP Binding.
著者: Dixon-Clarke, S.E. / Elkins, J.M. / Cheng, S.G. / Morin, G.B. / Bullock, A.N.
履歴
登録2014年5月22日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
置き換え2014年6月4日ID: 4CJY
改定 1.02014年6月4日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12015年12月9日Group: Database references
改定 1.22024年1月10日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag
改定 1.32024年10月16日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: CYCLIN-K
B: CYCLIN-K
C: CYCLIN-DEPENDENT KINASE 12
D: CYCLIN-DEPENDENT KINASE 12


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)136,5264
ポリマ－136,5264
非ポリマー00
水00
1
A: CYCLIN-K
C: CYCLIN-DEPENDENT KINASE 12


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)68,2632
ポリマ－68,2632
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1950 Å2
ΔGint-9 kcal/mol
Surface area24110 Å2
手法PISA
2
B: CYCLIN-K
D: CYCLIN-DEPENDENT KINASE 12


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)68,2632
ポリマ－68,2632
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1400 Å2
ΔGint-8.1 kcal/mol
Surface area23330 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)49.580, 148.780, 92.150
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 94.22, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
非結晶学的対称性 (NCS)NCS oper:
IDCodeMatrixベクター
1given(0.49874, -0.48132, -0.72082), (-0.49815, -0.83974, 0.21605), (-0.70929, 0.25132, -0.65859)48.99984, -96.04948, 168.47206
2given(0.52625, -0.4852, -0.69831), (-0.49544, -0.84239, 0.21194), (-0.69108, 0.23444, -0.6837)46.46602, -95.12892, 171.76483

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要素

#1: タンパク質 CYCLIN-K / CCNK


分子量: 30443.148 Da / 分子数: 2 / 断片: CYCLIN K, RESIDUES 11-267 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) HOMO SAPIENS (ヒト) / プラスミド: PFB-LIC-BSE
発現宿主: SPODOPTERA FRUGIPERDA (ツマジロクサヨトウ)
参照: UniProt: O75909
#2: タンパク質 CYCLIN-DEPENDENT KINASE 12 / CDC2-RELATED KINASE / ARGININE/SERINE-RICH / CRKRS / CELL DIVISION CYCLE 2-RELATED PROTEIN KINASE 7 ...CDC2-RELATED KINASE / ARGININE/SERINE-RICH / CRKRS / CELL DIVISION CYCLE 2-RELATED PROTEIN KINASE 7 / CDC2-RELATED PROTEIN KINASE 7 / CELL DIVISION PROTEIN KINASE 12 / HCDK12 / CDK12


分子量: 37819.672 Da / 分子数: 2 / 断片: KINASE DOMAIN, RESIDUES 715-1038 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) HOMO SAPIENS (ヒト) / プラスミド: PFB-LIC-BSE
発現宿主: SPODOPTERA FRUGIPERDA (ツマジロクサヨトウ)
参照: UniProt: Q9NYV4, cyclin-dependent kinase
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.53 Å3/Da / 溶媒含有率: 51.34 % / 解説: NONE
結晶化pH: 6.5
詳細: 20% PEG3350, 10% ETGLY, 0.1M BISTRIS PROPANE PH6.5, 0.2M SODIUM NITRATE

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I24 / 波長: 0.9686
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2013年12月8日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9686 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.15→57.82 Å / Num. obs: 22936 / % possible obs: 99.4 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 4.3 % / Biso Wilson estimate: 61.62 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.19 / Net I/σ(I): 8.7
反射 シェル解像度: 3.15→3.37 Å / 冗長度: 4.2 % / Rmerge(I) obs: 0.87 / Mean I/σ(I) obs: 2 / % possible all: 99.3

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(PHENIX.REFINE)精密化
xia2データ削減
Aimlessデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRIES 2I53 AND 4BCG

2i53

4bcg


解像度: 3.15→57.821 Å / SU ML: 0.43 / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 27.52 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2711 1188 5.2 %
Rwork0.2154 --
obs0.2172 22903 99.21 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.15→57.821 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数8190 0 0 0 8190
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0028395
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.57911440
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d10.792910
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0241305
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0041445
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
3.1501-3.29340.35051690.32622702X-RAY DIFFRACTION99
3.2934-3.4670.31531360.27472688X-RAY DIFFRACTION99
3.467-3.68420.30851400.24722707X-RAY DIFFRACTION99
3.6842-3.96860.26211440.22692707X-RAY DIFFRACTION99
3.9686-4.36790.26941570.192705X-RAY DIFFRACTION99
4.3679-4.99960.23051470.18912737X-RAY DIFFRACTION99
4.9996-6.29770.29721480.21592728X-RAY DIFFRACTION100
6.2977-57.83060.22681470.17352741X-RAY DIFFRACTION99

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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