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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 4umi | ||||||
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タイトル | Crystal structure of the fiber head domain of the Atadenovirus snake adenovirus 1, native, F23 crystal form | ||||||
![]() | FIBER PROTEIN | ||||||
![]() | VIRAL PROTEIN | ||||||
機能・相同性 | Adenovirus fibre protein / Attachment protein shaft domain superfamily / viral capsid / cell adhesion / symbiont entry into host cell / host cell nucleus / virion attachment to host cell / Fiber protein![]() | ||||||
生物種 | ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Singh, A.K. / van Raaij, M.J. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Crystal structure of the fibre head domain of the Atadenovirus Snake Adenovirus 1. 著者: Singh, A.K. / Menendez-Conejero, R. / San Martin, C. / van Raaij, M.J. #1: ジャーナル: Acta Crystallogr. Sect. F Struct. Biol. Cryst. Commun. 年: 2013 タイトル: Crystallization of the C-terminal domain of the fibre protein from snake adenovirus 1, an atadenovirus. 著者: Singh, A.K. / Menendez-Conejero, R. / San Martin, C. / van Raaij, M.J. #2: ジャーナル: Arch.Virol. / 年: 1993 タイトル: Physicochemical Properties and Cytopathogenicity of an Adenovirus-Like Agent Isolated from Corn Snake (Elaphe Guttata). 著者: Juhasz, A. / Ahne, W. #3: ジャーナル: Virus Res. / 年: 2008 タイトル: Completion of the Genome Analysis of Snake Adenovirus Type 1, a Representative of the Reptilian Lineage within the Novel Genus Atadenovirus. 著者: Farkas, S.L. / Harrach, B. / Benko, M. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 62.1 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 45.9 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 425.1 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 425.5 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 8.2 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 11.3 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 | ![]()
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単位格子 |
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Components on special symmetry positions |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 22141.865 Da / 分子数: 1 / 断片: FIBER HEAD PLUS SHAFT DOMAIN, RESIDUES 171-339 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() 解説: SNAKE ADENOVIRUS 1 (SNADV1) WAS FIRST ISOLATED FROM THE CORN SNAKE ELAPHE GUTTATA, JUHASZ & AHNE, 1993, I.E. ADDITIONAL REFERENCE 2. 発現宿主: ![]() ![]() |
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#2: 水 | ChemComp-HOH / |
配列の詳細 | C-TERMINAL PART OF SEQUENCE IS DIFFERENT, WE THINK BECAUSE THE DATABASE IS WRONG |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 1.7 Å3/Da / 溶媒含有率: 27 % / 解説: NONE |
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結晶化 | pH: 7.5 詳細: 10 MM TRIS-HCL, 1.7 M AMMONIUM SULFATE, 0.085 M HEPES SODIUM SALT PH 7.5, 1.7%(V/V) POLYETHYLENE GLYCOL (PEG) 400, 15%(V/V) GLYCEROL |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K | |||||||||||||||
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() | |||||||||||||||
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2013年5月3日 詳細: KIRKPATRICK BAEZ BIMORPH MIRROR PAIR FOR HORIZONTAL AND VERTICAL FOCUSSING | |||||||||||||||
放射 | モノクロメーター: DOUBLE CRYSTAL SI(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray | |||||||||||||||
放射波長 | 波長: 0.9797 Å / 相対比: 1 | |||||||||||||||
Reflection twin |
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反射 | 解像度: 1.33→43 Å / Num. obs: 33985 / % possible obs: 99.5 % / 冗長度: 5.8 % / Biso Wilson estimate: 15.6 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.05 / Net I/σ(I): 18.5 | |||||||||||||||
反射 シェル | 解像度: 1.33→1.36 Å / 冗長度: 2.4 % / Rmerge(I) obs: 0.37 / Mean I/σ(I) obs: 2.2 / % possible all: 95.3 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: PDB ENTRY 4D0V CHAIN A 解像度: 1.33→42.96 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.983 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.979 / SU B: 0.717 / SU ML: 0.015 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.007 / ESU R Free: 0.007 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. U VALUES REFINED INDIVIDUALLY
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 21.225 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.33→42.96 Å
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拘束条件 |
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