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- PDB-4um8: Crystal structure of alpha V beta 6 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4um8
タイトルCrystal structure of alpha V beta 6
要素
  • INTEGRIN ALPHA-V
  • INTEGRIN BETA-6
キーワードIMMUNE SYSTEM / CELL SURFACE RECEPTOR
機能・相同性
機能・相同性情報


Langerhans cell differentiation / integrin alphav-beta8 complex / integrin alphav-beta6 complex / hard palate development / transforming growth factor beta production / negative regulation of entry of bacterium into host cell / integrin alphav-beta5 complex / opsonin binding / integrin alphav-beta1 complex / enamel mineralization ...Langerhans cell differentiation / integrin alphav-beta8 complex / integrin alphav-beta6 complex / hard palate development / transforming growth factor beta production / negative regulation of entry of bacterium into host cell / integrin alphav-beta5 complex / opsonin binding / integrin alphav-beta1 complex / enamel mineralization / Cross-presentation of particulate exogenous antigens (phagosomes) / extracellular matrix protein binding / bronchiole development / Laminin interactions / negative regulation of lipoprotein metabolic process / integrin alphav-beta3 complex / negative regulation of low-density lipoprotein receptor activity / alphav-beta3 integrin-PKCalpha complex / alphav-beta3 integrin-HMGB1 complex / regulation of phagocytosis / phospholipid homeostasis / negative regulation of lipid transport / Elastic fibre formation / alphav-beta3 integrin-IGF-1-IGF1R complex / transforming growth factor beta binding / entry into host cell by a symbiont-containing vacuole / surfactant homeostasis / positive regulation of small GTPase mediated signal transduction / filopodium membrane / extracellular matrix binding / apolipoprotein A-I-mediated signaling pathway / apoptotic cell clearance / wound healing, spreading of epidermal cells / heterotypic cell-cell adhesion / integrin complex / positive regulation of intracellular signal transduction / Molecules associated with elastic fibres / cell adhesion mediated by integrin / microvillus membrane / lung alveolus development / negative chemotaxis / Syndecan interactions / skin development / cell-substrate adhesion / endodermal cell differentiation / positive regulation of osteoblast proliferation / TGF-beta receptor signaling activates SMADs / PECAM1 interactions / lamellipodium membrane / fibronectin binding / negative regulation of macrophage derived foam cell differentiation / negative regulation of lipid storage / ECM proteoglycans / Integrin cell surface interactions / vasculogenesis / voltage-gated calcium channel activity / coreceptor activity / specific granule membrane / phagocytic vesicle / extrinsic apoptotic signaling pathway in absence of ligand / ERK1 and ERK2 cascade / positive regulation of cell adhesion / cell-matrix adhesion / substrate adhesion-dependent cell spreading / transforming growth factor beta receptor signaling pathway / Signal transduction by L1 / molecular function activator activity / integrin-mediated signaling pathway / negative regulation of extrinsic apoptotic signaling pathway / cellular response to ionizing radiation / protein kinase C binding / calcium ion transmembrane transport / wound healing / bone development / response to virus / cell morphogenesis / VEGFA-VEGFR2 Pathway / cell-cell adhesion / ruffle membrane / integrin binding / cell migration / cell junction / virus receptor activity / positive regulation of cytosolic calcium ion concentration / protease binding / angiogenesis / receptor complex / cell adhesion / positive regulation of cell migration / inflammatory response / immune response / symbiont entry into host cell / external side of plasma membrane / focal adhesion / centrosome / positive regulation of cell population proliferation / Neutrophil degranulation / cell surface / extracellular exosome / nucleoplasm
類似検索 - 分子機能
Integrin domains. Chain A, domain 2 / ligand-binding face of the semaphorins, domain 2 / ntegrin, alpha v. Chain A, domain 3 / Integrin alpha, N-terminal / ligand-binding face of the semaphorins, domain 2 / Integrin beta, epidermal growth factor-like domain 1 / Integrin beta epidermal growth factor like domain 1 / Integrin beta subunit, cytoplasmic domain / Integrin beta cytoplasmic domain / Integrin_b_cyt ...Integrin domains. Chain A, domain 2 / ligand-binding face of the semaphorins, domain 2 / ntegrin, alpha v. Chain A, domain 3 / Integrin alpha, N-terminal / ligand-binding face of the semaphorins, domain 2 / Integrin beta, epidermal growth factor-like domain 1 / Integrin beta epidermal growth factor like domain 1 / Integrin beta subunit, cytoplasmic domain / Integrin beta cytoplasmic domain / Integrin_b_cyt / : / Integrin alpha Ig-like domain 3 / Integrin beta tail domain / Integrin beta subunit, tail / Integrin beta tail domain superfamily / Integrin_B_tail / Integrin beta subunit, VWA domain / Integrin beta subunit / Integrin beta N-terminal / Integrin beta chain VWA domain / Integrin plexin domain / Integrins beta chain cysteine-rich domain signature. / Integrin beta subunits (N-terminal portion of extracellular region) / Integrin alpha cytoplasmic region / von Willebrand factor, type A domain / EGF-like domain, extracellular / EGF-like domain / Integrin alpha-2 / Integrin alpha Ig-like domain 1 / Integrin alpha chain / Integrin alpha beta-propellor / Integrin alpha chain, C-terminal cytoplasmic region, conserved site / : / Integrin alpha Ig-like domain 2 / Integrins alpha chain signature. / FG-GAP repeat profile. / Integrin alpha (beta-propellor repeats). / FG-GAP repeat / FG-GAP repeat / Integrin domain superfamily / Integrin alpha, N-terminal / PSI domain / domain found in Plexins, Semaphorins and Integrins / 7 Propeller / Methylamine Dehydrogenase; Chain H / von Willebrand factor A-like domain superfamily / EGF-like domain signature 2. / EGF-like domain signature 1. / Immunoglobulin-like / Sandwich / Rossmann fold / 2-Layer Sandwich / 3-Layer(aba) Sandwich / Mainly Beta / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
CACODYLATE ION / NICKEL (II) ION / Integrin alpha-V / Integrin beta-6
類似検索 - 構成要素
生物種HOMO SAPIENS (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.852 Å
データ登録者Dong, X. / Springer, T.A.
引用ジャーナル: Nat.Struct.Mol.Biol. / 年: 2014
タイトル: Structural Determinants of Integrin Beta-Subunit Specificity for Latent Tgf-Beta
著者: Dong, X. / Hudson, N.E. / Lu, C. / Springer, T.A.
履歴
登録2014年5月15日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02014年11月12日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12014年11月19日Group: Database references
改定 1.22014年12月17日Group: Database references
改定 2.02020年7月29日Group: Advisory / Atomic model ...Advisory / Atomic model / Data collection / Derived calculations / Other / Structure summary
カテゴリ: atom_site / chem_comp ...atom_site / chem_comp / database_PDB_caveat / entity / pdbx_branch_scheme / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_database_status / pdbx_entity_branch / pdbx_entity_branch_descriptor / pdbx_entity_branch_link / pdbx_entity_branch_list / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_struct_assembly_gen / pdbx_struct_conn_angle / pdbx_struct_special_symmetry / pdbx_validate_chiral / struct_asym / struct_conn / struct_site / struct_site_gen
Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.auth_comp_id / _atom_site.auth_seq_id / _atom_site.label_asym_id / _atom_site.label_atom_id / _atom_site.label_comp_id / _atom_site.label_entity_id / _atom_site.occupancy / _atom_site.type_symbol / _chem_comp.name / _chem_comp.type / _pdbx_database_status.status_code_sf / _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.value / _pdbx_struct_special_symmetry.label_asym_id / _pdbx_validate_chiral.auth_asym_id / _pdbx_validate_chiral.auth_seq_id / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.pdbx_role / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_symmetry
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 2.12024年1月10日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 2.22024年10月23日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: INTEGRIN ALPHA-V
B: INTEGRIN BETA-6
C: INTEGRIN ALPHA-V
D: INTEGRIN BETA-6
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)334,02341
ポリマ－322,2884
非ポリマー11,73537
水2,900161
1
A: INTEGRIN ALPHA-V
B: INTEGRIN BETA-6
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)166,76321
ポリマ－161,1442
非ポリマー5,61919
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area10240 Å2
ΔGint6.7 kcal/mol
Surface area45100 Å2
手法PISA
2
C: INTEGRIN ALPHA-V
D: INTEGRIN BETA-6
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)167,26020
ポリマ－161,1442
非ポリマー6,11618
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area11000 Å2
ΔGint41.3 kcal/mol
Surface area45660 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)184.450, 170.010, 102.390
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 98.68, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-1596-

SO4

21C-1595-

CL

-
要素

-
タンパク質 , 2種, 4分子 ACBD

#1: タンパク質 INTEGRIN ALPHA-V / VITRONECTIN RECEPTOR SUBUNIT ALPHA / INTEGRIN ALPHA V


分子量: 75125.062 Da / 分子数: 2 / 断片: HEADPIECE, RESIDUES 31-625 / 変異: YES / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) HOMO SAPIENS (ヒト) / プラスミド: PCDNA 3.1 AND ET10 / 細胞株 (発現宿主): HEK293S GNT I- CELL / 発現宿主: HOMO SAPIENS (ヒト) / 参照: UniProt: P06756
#2: タンパク質 INTEGRIN BETA-6 / INTEGRIN BETA 6


分子量: 86018.945 Da / 分子数: 2 / 変異: YES / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) HOMO SAPIENS (ヒト) / プラスミド: PCDNA 3.1 AND ET10 / 細胞株 (発現宿主): HEK293S GNT I- CELL / 発現宿主: HOMO SAPIENS (ヒト) / 参照: UniProt: P18564

-
糖 , 9種, 16分子

#3: 多糖 alpha-D-mannopyranose-(1-6)-beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1- ...alpha-D-mannopyranose-(1-6)-beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 748.682 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DManpa1-6DManpb1-4DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-Glycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/3,4,3/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O][a1122h-1b_1-5][a1122h-1a_1-5]/1-1-2-3/a4-b1_b4-c1_c6-d1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-Manp]{[(6+1)][a-D-Manp]{}}}}}LINUCSPDB-CARE
#4: 多糖 alpha-D-mannopyranose-(1-3)-alpha-D-mannopyranose-(1-6)-beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2- ...alpha-D-mannopyranose-(1-3)-alpha-D-mannopyranose-(1-6)-beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 910.823 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DManpa1-3DManpa1-6DManpb1-4DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-Glycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/3,5,4/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O][a1122h-1b_1-5][a1122h-1a_1-5]/1-1-2-3-3/a4-b1_b4-c1_c6-d1_d3-e1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-Manp]{[(6+1)][a-D-Manp]{[(3+1)][a-D-Manp]{}}}}}}LINUCSPDB-CARE
#5: 多糖 alpha-D-mannopyranose-(1-3)-alpha-D-mannopyranose-(1-6)-[alpha-D-mannopyranose-(1-3)]beta-D- ...alpha-D-mannopyranose-(1-3)-alpha-D-mannopyranose-(1-6)-[alpha-D-mannopyranose-(1-3)]beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 1072.964 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DManpa1-3DManpa1-6[DManpa1-3]DManpb1-4DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-Glycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/3,6,5/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O][a1122h-1b_1-5][a1122h-1a_1-5]/1-1-2-3-3-3/a4-b1_b4-c1_c3-d1_c6-e1_e3-f1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-Manp]{[(3+1)][a-D-Manp]{}[(6+1)][a-D-Manp]{[(3+1)][a-D-Manp]{}}}}}}LINUCSPDB-CARE
#6: 多糖 beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta- ...beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 586.542 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DManpb1-4DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-Glycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/2,3,2/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O][a1122h-1b_1-5]/1-1-2/a4-b1_b4-c1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-Manp]{}}}}LINUCSPDB-CARE
#7: 多糖 alpha-D-mannopyranose-(1-6)-alpha-D-mannopyranose-(1-6)-beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2- ...alpha-D-mannopyranose-(1-6)-alpha-D-mannopyranose-(1-6)-beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 910.823 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DManpa1-6DManpa1-6DManpb1-4DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-Glycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/3,5,4/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O][a1122h-1b_1-5][a1122h-1a_1-5]/1-1-2-3-3/a4-b1_b4-c1_c6-d1_d6-e1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-Manp]{[(6+1)][a-D-Manp]{[(6+1)][a-D-Manp]{}}}}}}LINUCSPDB-CARE
#8: 多糖 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 424.401 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-Glycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/1,2,1/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O]/1-1/a4-b1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{}}}LINUCSPDB-CARE
#9: 多糖 alpha-D-mannopyranose-(1-3)-beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1- ...alpha-D-mannopyranose-(1-3)-beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 748.682 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DManpa1-3DManpb1-4DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-Glycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/3,4,3/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O][a1122h-1b_1-5][a1122h-1a_1-5]/1-1-2-3/a4-b1_b4-c1_c3-d1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-Manp]{[(3+1)][a-D-Manp]{}}}}}LINUCSPDB-CARE
#10: 多糖 alpha-D-mannopyranose-(1-3)-[alpha-D-mannopyranose-(1-6)]alpha-D-mannopyranose-(1-6)-[alpha-D- ...alpha-D-mannopyranose-(1-3)-[alpha-D-mannopyranose-(1-6)]alpha-D-mannopyranose-(1-6)-[alpha-D-mannopyranose-(1-3)]beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 1235.105 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DManpa1-3[DManpa1-6]DManpa1-6[DManpa1-3]DManpb1-4DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-Glycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/3,7,6/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O][a1122h-1b_1-5][a1122h-1a_1-5]/1-1-2-3-3-3-3/a4-b1_b4-c1_c3-d1_c6-e1_e3-f1_e6-g1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-Manp]{[(3+1)][a-D-Manp]{}[(6+1)][a-D-Manp]{[(3+1)][a-D-Manp]{}[(6+1)][a-D-Manp]{}}}}}}LINUCSPDB-CARE
#17: 糖 ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE / N-アセチル-β-D-グルコサミン


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C8H15NO6
識別子タイププログラム
DGlcpNAcbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamineCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-GlcpNAcIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcNAcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0

-
非ポリマー , 7種, 182分子

#11: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#12: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#13: 化合物 ChemComp-NI / NICKEL (II) ION


分子量: 58.693 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ni
#14: 化合物
ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 10 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#15: 化合物 ChemComp-CAC / CACODYLATE ION / dimethylarsinate / ジメチルアルシン酸アニオン


分子量: 136.989 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6AsO2
#16: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#18: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 161 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

Has protein modificationY

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.6 Å3/Da / 溶媒含有率: 52 % / 解説: NONE
結晶化pH: 6 / 詳細: 15% PEG 4000, 0.1 M NACACODYLATE, PH 6.0

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 23-ID-D / 波長: 0.9796
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: CCD / 日付: 2012年7月15日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9796 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.85→50 Å / Num. obs: 69912 / % possible obs: 97.4 % / Observed criterion σ(I): 0.33 / 冗長度: 2.4 % / Biso Wilson estimate: 61.12 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.18 / Net I/σ(I): 4.8
反射 シェル解像度: 2.85→2.92 Å / 冗長度: 2.3 % / Mean I/σ(I) obs: 0.33 / % possible all: 91

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(PHENIX.REFINE)精密化
XDSデータ削減
XDSデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 4G1M

4g1m


解像度: 2.852→48.656 Å / SU ML: 0.58 / σ(F): 1.99 / 位相誤差: 34.21 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2808 1799 2.6 %
Rwork0.2384 --
obs0.2395 69912 96.38 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 1 Å2 / ksol: 1 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 86.6 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.852→48.656 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数15592 0 744 161 16497
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00416785
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.71822692
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d10.2056234
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0542666
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0022877
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.852-2.92910.4171190.41084244X-RAY DIFFRACTION78
2.9291-3.01530.4011410.37985331X-RAY DIFFRACTION99
3.0153-3.11260.34031400.34975392X-RAY DIFFRACTION99
3.1126-3.22390.35461410.32255347X-RAY DIFFRACTION99
3.2239-3.35290.35781410.30785359X-RAY DIFFRACTION99
3.3529-3.50550.33411400.28175345X-RAY DIFFRACTION99
3.5055-3.69020.34031420.25325377X-RAY DIFFRACTION99
3.6902-3.92130.32111460.23255349X-RAY DIFFRACTION99
3.9213-4.2240.24281370.20845333X-RAY DIFFRACTION98
4.224-4.64870.21281400.175346X-RAY DIFFRACTION98
4.6487-5.32070.2131410.17555271X-RAY DIFFRACTION97
5.3207-6.70070.25361400.21685262X-RAY DIFFRACTION96
6.7007-48.66290.24671310.20775157X-RAY DIFFRACTION93
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
12.22570.23-0.44672.1345-0.66023.2702-0.10010.07950.03430.06550.34720.3130.2218-0.6795-0.20530.3045-0.0140.01110.46470.07470.450513.066918.022217.2921
25.56933.2811-5.02083.7995-4.3315.5528-0.0838-0.26990.0088-0.1187-0.0981-0.2384-0.09210.57410.21150.5545-0.2191-0.06060.47720.03040.672122.236759.0107-14.2397
33.9486-0.71291.45018.6226-4.82667.63310.0943-0.28970.3649-0.3726-0.2213-0.56590.15420.72380.1140.5760.0550.03160.8089-0.22770.533960.337325.835413.6371
42.8374-0.2768-0.11482.0243-1.00019.3168-0.32660.6221.6333-2.1762-0.4624-1.4888-1.95421.40830.66261.8958-0.43540.0151.22870.27211.479358.386849.3388-8.3012
50.394-1.44880.13566.0045-0.57710.05580.34750.66951.0574-0.46720.2396-0.9848-0.0881.6196-0.66141.6525-0.37130.33411.5977-0.08082.083857.431252.26684.1545
62.13840.27880.34382.29480.25991.85520.0559-0.0714-0.10520.62670.4596-0.69950.05981.3027-0.28760.64010.171-0.25581.5768-0.40360.73163.19157.129776.6488
72.5753-0.85991.66414.88053.06744.4665-0.4711-0.93810.01570.28410.3542-0.22890.0133-0.37820.2120.62260.14430.18931.1603-0.07760.735265.5128-34.735644.5097
84.4743-2.1548-1.36458.66994.26536.43420.2678-0.4094-0.3111-0.342-0.26770.62780.1455-0.5154-0.0260.4819-0.06610.00020.53160.22030.618419.5002-2.02359.0583
91.9929-1.06881.91049.16141.77385.55390.11610.1937-1.1753-0.73510.4576-0.90650.78910.1634-0.6911.0730.16590.04730.7807-0.18871.433328.9503-25.125540.0853
102.23143.96280.72627.49372.13421.7950.22710.4287-2.26570.03331.68420.2829-0.9414-1.6517-1.85921.1221-0.1545-0.39841.59240.05621.891925.8374-28.778251.0723
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1CHAIN A AND RESSEQ 1:438
2X-RAY DIFFRACTION2CHAIN A AND RESSEQ 439:594
3X-RAY DIFFRACTION3CHAIN B AND (RESSEQ 57:108 OR RESSEQ 353:433)
4X-RAY DIFFRACTION4CHAIN B AND RESSEQ 1:56
5X-RAY DIFFRACTION5CHAIN B AND RESSEQ 434:472
6X-RAY DIFFRACTION6CHAIN C AND RESSEQ 1:438
7X-RAY DIFFRACTION7CHAIN C AND RESSEQ 439:594
8X-RAY DIFFRACTION8CHAIN D AND (RESSEQ 57:108 OR RESSEQ 353:433)
9X-RAY DIFFRACTION9CHAIN D AND RESSEQ 1:56
10X-RAY DIFFRACTION10CHAIN D AND RESSEQ 434:472

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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