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万見
- PDB-4ui1: Crystal structure of the human RGMC-BMP2 complex -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4ui1
タイトルCrystal structure of the human RGMC-BMP2 complex
要素
  • BONE MORPHOGENETIC PROTEIN 2
  • HEMOJUVELIN
キーワードSIGNALING PROTEIN / BONE MORPHOGENETIC PROTEIN PATHWAY / HEMOJUVELIN / MORPHOGEN / AXON GUIDANCE / CELL SURFACE RECEPTOR SIGNALING
機能・相同性
機能・相同性情報


cardiac atrium formation / cardiocyte differentiation / negative regulation of calcium-independent cell-cell adhesion / cardiac jelly development / negative regulation of aldosterone biosynthetic process / embryonic heart tube anterior/posterior pattern specification / atrioventricular canal morphogenesis / negative regulation of cortisol biosynthetic process / mesenchymal cell proliferation involved in ureteric bud development / negative regulation of steroid biosynthetic process ...cardiac atrium formation / cardiocyte differentiation / negative regulation of calcium-independent cell-cell adhesion / cardiac jelly development / negative regulation of aldosterone biosynthetic process / embryonic heart tube anterior/posterior pattern specification / atrioventricular canal morphogenesis / negative regulation of cortisol biosynthetic process / mesenchymal cell proliferation involved in ureteric bud development / negative regulation of steroid biosynthetic process / ameloblast differentiation / positive regulation of extracellular matrix constituent secretion / negative regulation of cardiac muscle cell differentiation / regulation of odontogenesis of dentin-containing tooth / endodermal-mesodermal cell signaling / corticotropin hormone secreting cell differentiation / negative regulation of insulin-like growth factor receptor signaling pathway / thyroid-stimulating hormone-secreting cell differentiation / mesenchyme development / aortic valve development / telencephalon regionalization / positive regulation of odontogenesis / BMP binding / positive regulation of phosphatase activity / positive regulation of cartilage development / proteoglycan metabolic process / heart induction / positive regulation of peroxisome proliferator activated receptor signaling pathway / Netrin-1 signaling / pericardium development / lung vasculature development / BMP receptor complex / co-receptor binding / transferrin receptor binding / telencephalon development / cardiac epithelial to mesenchymal transition / mesenchymal cell differentiation / BMP receptor binding / positive regulation of odontoblast differentiation / endocardial cushion formation / positive regulation of bone mineralization involved in bone maturation / phosphatase activator activity / Transcriptional regulation by RUNX2 / positive regulation of astrocyte differentiation / Signaling by BMP / cellular response to BMP stimulus / cardiac muscle cell differentiation / activin receptor signaling pathway / cardiac muscle tissue morphogenesis / plasma membrane protein complex / positive regulation of ossification / astrocyte differentiation / Molecules associated with elastic fibres / atrioventricular valve morphogenesis / positive regulation of p38MAPK cascade / endocardial cushion morphogenesis / branching involved in ureteric bud morphogenesis / negative regulation of fat cell differentiation / bone mineralization / positive regulation of osteoblast proliferation / odontogenesis of dentin-containing tooth / positive regulation of SMAD protein signal transduction / inner ear development / protein autoprocessing / cellular response to organic cyclic compound / negative regulation of BMP signaling pathway / negative regulation of cell cycle / positive regulation of Wnt signaling pathway / positive regulation of fat cell differentiation / epithelial to mesenchymal transition / cell fate commitment / chondrocyte differentiation / positive regulation of bone mineralization / BMP signaling pathway / positive regulation of osteoblast differentiation / coreceptor activity / side of membrane / positive regulation of epithelial to mesenchymal transition / Notch signaling pathway / positive regulation of neuron differentiation / protein serine/threonine kinase activator activity / osteoclast differentiation / negative regulation of MAP kinase activity / skeletal system development / cytokine activity / negative regulation of smooth muscle cell proliferation / animal organ morphogenesis / response to bacterium / negative regulation of transforming growth factor beta receptor signaling pathway / growth factor activity / protein destabilization / bone development / negative regulation of canonical Wnt signaling pathway / HFE-transferrin receptor complex / multicellular organismal-level iron ion homeostasis / positive regulation of DNA-binding transcription factor activity / positive regulation of miRNA transcription / osteoblast differentiation / Regulation of RUNX2 expression and activity / positive regulation of protein binding
類似検索 - 分子機能
Repulsive guidance molecule, C-terminal / Repulsive guidance molecule, N-terminal / Repulsive guidance molecule / Repulsive guidance molecule (RGM) C-terminus / Repulsive guidance molecule (RGM) N-terminus / : / TGF-beta, propeptide / TGF-beta propeptide / Transforming growth factor beta, conserved site / TGF-beta family signature. ...Repulsive guidance molecule, C-terminal / Repulsive guidance molecule, N-terminal / Repulsive guidance molecule / Repulsive guidance molecule (RGM) C-terminus / Repulsive guidance molecule (RGM) N-terminus / : / TGF-beta, propeptide / TGF-beta propeptide / Transforming growth factor beta, conserved site / TGF-beta family signature. / Transforming growth factor-beta-related / Transforming growth factor-beta (TGF-beta) family / Transforming growth factor-beta, C-terminal / Transforming growth factor beta like domain / TGF-beta family profile. / Cystine Knot Cytokines, subunit B / Cystine-knot cytokines / Cystine-knot cytokine / Ribbon / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
NITRATE ION / Bone morphogenetic protein 2 / Hemojuvelin
類似検索 - 構成要素
生物種HOMO SAPIENS (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.35 Å
データ登録者Healey, E.G. / Bishop, B. / Elegheert, J. / Bell, C.H. / Padilla-Parra, S. / Siebold, C.
引用ジャーナル: Nat.Struct.Mol.Biol. / 年: 2015
タイトル: Repulsive Guidance Molecule is a Structural Bridge between Neogenin and Bone Morphogenetic Protein.
著者: Healey, E.G. / Bishop, B. / Elegheert, J. / Bell, C.H. / Padilla-Parra, S. / Siebold, C.
履歴
登録2015年3月27日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02015年5月6日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12015年5月20日Group: Database references
改定 1.22015年6月17日Group: Database references

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: BONE MORPHOGENETIC PROTEIN 2
B: BONE MORPHOGENETIC PROTEIN 2
C: HEMOJUVELIN
D: HEMOJUVELIN
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)51,34115
ポリマ－50,7124
非ポリマー62911
水1,53185
1
A: BONE MORPHOGENETIC PROTEIN 2
D: HEMOJUVELIN
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)25,6137
ポリマ－25,3562
非ポリマー2575
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1670 Å2
ΔGint-21 kcal/mol
Surface area12050 Å2
手法PISA
2
B: BONE MORPHOGENETIC PROTEIN 2
C: HEMOJUVELIN
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)25,7288
ポリマ－25,3562
非ポリマー3726
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1910 Å2
ΔGint-12.8 kcal/mol
Surface area11430 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)69.040, 76.290, 81.700
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
非結晶学的対称性 (NCS)NCS oper:
IDCodeMatrixベクター
1given(-0.9217, -0.3868, 0.02956), (-0.3868, 0.9106, -0.1457), (0.02945, -0.1458, -0.9889)61.4, 14.35, 25.65
2given(-0.9318, -0.3579, 0.06109), (-0.3631, 0.9169, -0.166), (0.003403, -0.1769, -0.9842)60.56, 14.24, 26.83

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要素

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タンパク質 , 2種, 4分子 ABCD

#1: タンパク質 BONE MORPHOGENETIC PROTEIN 2 / BMP-2 / BONE MORPHOGENETIC PROTEIN 2A / BMP-2A / BMP2


分子量: 12923.854 Da / 分子数: 2
断片: C-TERMINAL DOMAIN SIGNALING DOMAIN, RESIDUES 283-396
由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) HOMO SAPIENS (ヒト) / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / Variant (発現宿主): ROSETTA PLYSS / 参照: UniProt: P12643
#2: タンパク質 HEMOJUVELIN / HEMOCHROMATOSIS TYPE 2 PROTEIN / RGM DOMAIN FAMILY MEMBER C / REPULSIVE GUIDANCE MOLECULE C / RGMC


分子量: 12432.020 Da / 分子数: 2 / 断片: N-TERMINAL DOMAIN, RESIDUES 35-145 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) HOMO SAPIENS (ヒト) / プラスミド: PHLSEC / 細胞株 (発現宿主): HEK293T / 発現宿主: HOMO SAPIENS (ヒト) / 参照: UniProt: Q6ZVN8

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非ポリマー , 4種, 96分子

#3: 化合物
ChemComp-NO3 / NITRATE ION


分子量: 62.005 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: NO3
#4: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#5: 化合物 ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 85 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

配列の詳細N-TERMINAL DOMAIN OF HUMAN RGMC WITH 3 ADDITIONAL N- TERMINAL RESIDUES (ETG) AND 9 ADDITIONAL C- ...N-TERMINAL DOMAIN OF HUMAN RGMC WITH 3 ADDITIONAL N- TERMINAL RESIDUES (ETG) AND 9 ADDITIONAL C-TERMINAL RESIDUES (GTKHHHHHH).

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.13 Å3/Da / 溶媒含有率: 42 % / 解説: NONE
結晶化pH: 7.5 / 詳細: 20% (W/V) PEG3350, 0.2 M AMMONIUM NITRATE, PH 7.5

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I03 / 波長: 0.97625
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97625 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.35→50 Å / Num. obs: 18558 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 5.7 % / Biso Wilson estimate: 40.32 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.14 / Net I/σ(I): 11.7
反射 シェル解像度: 2.35→2.45 Å / 冗長度: 5.1 % / Rmerge(I) obs: 0.79 / Mean I/σ(I) obs: 2 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
BUSTER2.11.2精密化
XDSデータ削減
SCALAデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.35→43.38 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.9191 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.8894 / SU R Cruickshank DPI: 0.286 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / SU R Blow DPI: 0.3 / SU Rfree Blow DPI: 0.224 / SU Rfree Cruickshank DPI: 0.222
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.238 918 5.06 %RANDOM
Rwork0.1865 ---
obs0.189 18135 97.64 %-
原子変位パラメータBiso mean: 54.76 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-9.8881 Å20 Å20 Å2
2---22.3994 Å20 Å2
3---12.5113 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.318 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.35→43.38 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2730 0 38 85 2853
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数Restraint functionWeight
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d0.012833HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg1.093841HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d1278SINUSOIDAL2
X-RAY DIFFRACTIONt_incorr_chiral_ct
X-RAY DIFFRACTIONt_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes60HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes416HARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_it2833HARMONIC20
X-RAY DIFFRACTIONt_nbd
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion3.12
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion3.03
X-RAY DIFFRACTIONt_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion363SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_sum_occupancies
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_distance
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact3312SEMIHARMONIC4
LS精密化 シェル解像度: 2.35→2.49 Å / Total num. of bins used: 9
Rfactor反射数%反射
Rfree0.245 131 4.99 %
Rwork0.2081 2495 -
all0.2099 2626 -
obs--97.64 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
12.20741.14811.7670.93291.92154.68590.1402-0.1420.13180.046-0.21120.1017-0.0362-0.48290.071-0.1024-0.049-0.02260.0695-0.0024-0.126121.59719.09519.0283
23.7510.42073.01030.23821.13145.1330.04020.17650.0067-0.07780.06090.0342-0.14310.2942-0.1011-0.0895-0.08920.00230.0457-0.0142-0.141938.182313.259615.8404
32.1187-0.4167-0.01874.1146-1.99996.5259-0.05460.31350.0272-0.2545-0.3459-0.3797-0.33750.29280.4005-0.1321-0.0179-0.05080.15460.0485-0.201828.579513.541-14.4657
43.9228-1.4456-0.6784.10831.06723.77330.113-0.77360.00690.2763-0.1990.04840.1434-0.33870.086-0.1935-0.14030.02790.3186-0.0978-0.271129.83519.04639.5613
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1{ A|293 - A|396 }
2X-RAY DIFFRACTION2{ B|292 - B|396 }
3X-RAY DIFFRACTION3{ C|35 - C|128 }
4X-RAY DIFFRACTION4{ D|36 - D|129 }

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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