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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 4ugn | ||||||
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タイトル | Structure of Bacillus subtilis Nitric Oxide Synthase in complex with (S)-N-(3-(((Pyrrolidin-2-ylmethyl)amino)methyl)phenyl)thiophene-2- carboximidamide | ||||||
![]() | NITRIC OXIDE SYNTHASE OXYGENASE | ||||||
![]() | OXIDOREDUCTASE / INHIBITOR | ||||||
機能・相同性 | ![]() nitric-oxide synthase (flavodoxin) / nitric-oxide synthase activity / nitric oxide biosynthetic process / heme binding / metal ion binding 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Holden, J.K. / Poulos, T.L. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Inhibitor Bound Crystal Structures of Bacterial Nitric Oxide Synthase. 著者: Holden, J.K. / Dejam, D. / Lewis, M.C. / Huang, H. / Kang, S. / Jing, Q. / Xue, F. / Silverman, R.B. / Poulos, T.L. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 179 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 140.5 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 1.1 MB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 1.1 MB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 18.5 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 27.2 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 4ug5C ![]() 4ug6C ![]() 4ug7C ![]() 4ug8C ![]() 4ug9C ![]() 4ugaC ![]() 4ugbC ![]() 4ugcC ![]() 4ugdC ![]() 4ugeC ![]() 4ugfC ![]() 4uggC ![]() 4ughC ![]() 4ugiC ![]() 4ugjC ![]() 4ugkC ![]() 4uglC ![]() 4ugmC ![]() 4ugoC ![]() 4ugpC ![]() 4ugqC ![]() 4ugrC ![]() 4ugsC ![]() 4ugtC ![]() 4uguC ![]() 4ugvC ![]() 4ugwC ![]() 4ugxC ![]() 4ugyC ![]() 4d3tS C: 同じ文献を引用 ( S: 精密化の開始モデル |
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類似構造データ |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 | ![]()
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単位格子 |
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Components on special symmetry positions |
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要素
-タンパク質 , 1種, 1分子 A
#1: タンパク質 | 分子量: 41787.082 Da / 分子数: 1 / 変異: YES / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() ![]() |
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-非ポリマー , 6種, 290分子 ![](data/chem/img/HEM.gif)
![](data/chem/img/H4B.gif)
![](data/chem/img/CL.gif)
![](data/chem/img/H49.gif)
![](data/chem/img/GOL.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
![](data/chem/img/H4B.gif)
![](data/chem/img/CL.gif)
![](data/chem/img/H49.gif)
![](data/chem/img/GOL.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
#2: 化合物 | ChemComp-HEM / | ||
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#3: 化合物 | ChemComp-H4B / | ||
#4: 化合物 | ChemComp-CL / | ||
#5: 化合物 | ChemComp-H49 / ( | ||
#6: 化合物 | #7: 水 | ChemComp-HOH / | |
-詳細
配列の詳細 | E25A, E26A, E316A INTRODUCED |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.88 Å3/Da / 溶媒含有率: 57.33 % 解説: CC ONE HALF FOR FULL DATASET AT 0.998. CC ONE HALF FOR HIGH RESOLUTION AHELL AT 0.923 |
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結晶化 | 温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 詳細: 60 MM BIS-TRIS METHANE, 40 MM CITRIC ACID, 20% PEG3350, 1.9% 1-PROPANOL, PH 7.6, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, TEMPERATURE 298K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2013年1月19日 / 詳細: MIRRORS |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.999999 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.09→49.61 Å / Num. obs: 29306 / % possible obs: 99.7 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 3.8 % / Biso Wilson estimate: 22.33 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.06 / Net I/σ(I): 13.4 |
反射 シェル | 解像度: 2.09→2.14 Å / 冗長度: 3.8 % / Rmerge(I) obs: 0.23 / Mean I/σ(I) obs: 4.3 / % possible all: 99.9 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: PDB ENTRY 4D3T 解像度: 2.09→43.968 Å / SU ML: 0.17 / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 18.11 / 立体化学のターゲット値: ML
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.09→43.968 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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精密化 TLS | 手法: refined / Origin x: 5.7004 Å / Origin y: 19.8164 Å / Origin z: 22.9893 Å
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精密化 TLSグループ | Selection details: ALL |