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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 4ugi | ||||||
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タイトル | Structure of Bacillus subtilis Nitric Oxide Synthase in complex with N1-(6-(2-(6-Amino-4-methylpyridin-2-yl)ethyl)pyridin-2-yl)-N1,N2- dimethylethane-1,2-diamine | ||||||
要素 | NITRIC OXIDE SYNTHASE OXYGENASE | ||||||
キーワード | OXIDOREDUCTASE / NITRIC OXIDE SYNTHASE / INHIBITOR | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 nitric-oxide synthase (flavodoxin) / nitric-oxide synthase activity / nitric oxide biosynthetic process / heme binding / metal ion binding 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | BACILLUS SUBTILIS (枯草菌) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.801 Å | ||||||
データ登録者 | Holden, J.K. / Poulos, T.L. | ||||||
引用 | ジャーナル: Biochemistry / 年: 2015 タイトル: Inhibitor Bound Crystal Structures of Bacterial Nitric Oxide Synthase. 著者: Holden, J.K. / Dejam, D. / Lewis, M.C. / Huang, H. / Kang, S. / Jing, Q. / Xue, F. / Silverman, R.B. / Poulos, T.L. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 4ugi.cif.gz | 182.2 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb4ugi.ent.gz | 143 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 4ugi.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ug/4ugi ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ug/4ugi | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
関連構造データ | 4ug5C 4ug6C 4ug7C 4ug8C 4ug9C 4ugaC 4ugbC 4ugcC 4ugdC 4ugeC 4ugfC 4uggC 4ughC 4ugjC 4ugkC 4uglC 4ugmC 4ugnC 4ugoC 4ugpC 4ugqC 4ugrC 4ugsC 4ugtC 4uguC 4ugvC 4ugwC 4ugxC 4ugyC 4d3tS C: 同じ文献を引用 (文献) S: 精密化の開始モデル |
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類似構造データ |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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Components on special symmetry positions |
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-要素
-タンパク質 , 1種, 1分子 A
#1: タンパク質 | 分子量: 41787.082 Da / 分子数: 1 / 変異: YES / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) BACILLUS SUBTILIS (枯草菌) / 株: 168 / プラスミド: PET28A / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: O34453, EC: 1.14.13.165 |
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-非ポリマー , 7種, 323分子
#2: 化合物 | ChemComp-HEM / | ||||
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#3: 化合物 | ChemComp-CL / | ||||
#4: 化合物 | ChemComp-SKO / | ||||
#5: 化合物 | ChemComp-IMD / | ||||
#6: 化合物 | #7: 化合物 | #8: 水 | ChemComp-HOH / | |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.88 Å3/Da / 溶媒含有率: 57.32 % 解説: CC ONE HALF FOR FULL DATASET AT 0.998. CC ONE HALF FOR HIGH RESOLUTION SHELL AT 0.669 |
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結晶化 | 温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 詳細: 60 MM BIS-TRIS METHANE, 40 MM CITRIC ACID, 20% PEG3350, 1.9% 1-PROPANOL, PH 7.6, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, TEMPERATURE 298K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL7-1 / 波長: 0.999999 |
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2014年2月21日 / 詳細: MIRRORS |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.999999 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.8→49.61 Å / Num. obs: 45386 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 5 % / Biso Wilson estimate: 24.45 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.08 / Net I/σ(I): 12.4 |
反射 シェル | 解像度: 1.8→1.84 Å / 冗長度: 3.7 % / Rmerge(I) obs: 0.69 / Mean I/σ(I) obs: 12.4 / % possible all: 99.3 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: PDB ENTRY 4D3T 解像度: 1.801→40.906 Å / SU ML: 0.2 / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 19.92 / 立体化学のターゲット値: ML
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.801→40.906 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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精密化 TLS | 手法: refined / Origin x: 5.6676 Å / Origin y: 19.8184 Å / Origin z: 23.0205 Å
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精密化 TLSグループ | Selection details: ALL |