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- PDB-4ug7: Structure of Bacillus subtilis Nitric Oxide Synthase in complex w... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4ug7
タイトルStructure of Bacillus subtilis Nitric Oxide Synthase in complex with 3,5-bis(2-(6-amino-4-methylpyridin-2-yl)ethyl)benzonitrile
要素NITRIC OXIDE SYNTHASE OXYGENASE
キーワードOXIDOREDUCTASE / NITRIC OXIDE SYNTHASE / INHIBITOR
機能・相同性
機能・相同性情報


nitric-oxide synthase (flavodoxin) / nitric-oxide synthase activity / nitric oxide biosynthetic process / heme binding / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Nitric oxide synthase, oxygenase subunit / Bovine Endothelial Nitric Oxide Synthase Heme Domain; Chain: A,domain 3 / Nitric Oxide Synthase; Chain A, domain 3 / Nitric Oxide Synthase; Chain A, domain 1 / Nitric Oxide Synthase; Chain A, domain 1 / Nitric Oxide Synthase;Heme Domain; Chain A, domain 2 / Nitric Oxide Synthase;Heme Domain;Chain A domain 2 / Nitric oxide synthase, domain 2 superfamily / Nitric oxide synthase, domain 1 superfamily / Nitric oxide synthase, domain 3 superfamily ...Nitric oxide synthase, oxygenase subunit / Bovine Endothelial Nitric Oxide Synthase Heme Domain; Chain: A,domain 3 / Nitric Oxide Synthase; Chain A, domain 3 / Nitric Oxide Synthase; Chain A, domain 1 / Nitric Oxide Synthase; Chain A, domain 1 / Nitric Oxide Synthase;Heme Domain; Chain A, domain 2 / Nitric Oxide Synthase;Heme Domain;Chain A domain 2 / Nitric oxide synthase, domain 2 superfamily / Nitric oxide synthase, domain 1 superfamily / Nitric oxide synthase, domain 3 superfamily / Nitric oxide synthase, N-terminal / Nitric oxide synthase, N-terminal domain superfamily / Nitric oxide synthase, oxygenase domain / Nitric oxide synthase (NOS) signature. / Alpha-Beta Complex / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-1EV / 5,6,7,8-TETRAHYDROBIOPTERIN / PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / Nitric oxide synthase oxygenase
類似検索 - 構成要素
生物種BACILLUS SUBTILIS (枯草菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.76 Å
データ登録者Holden, J.K. / Poulos, T.L.
引用ジャーナル: Biochemistry / 年: 2015
タイトル: Inhibitor Bound Crystal Structures of Bacterial Nitric Oxide Synthase.
著者: Holden, J.K. / Dejam, D. / Lewis, M.C. / Huang, H. / Kang, S. / Jing, Q. / Xue, F. / Silverman, R.B. / Poulos, T.L.
履歴
登録2015年3月22日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02015年6月24日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12015年7月22日Group: Database references
改定 1.22019年1月30日Group: Data collection / Experimental preparation / Other
カテゴリ: exptl_crystal_grow / pdbx_database_proc / pdbx_database_status
Item: _exptl_crystal_grow.method / _pdbx_database_status.recvd_author_approval
改定 1.32019年2月6日Group: Data collection / Experimental preparation / カテゴリ: exptl_crystal_grow / Item: _exptl_crystal_grow.temp
改定 1.42023年12月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: NITRIC OXIDE SYNTHASE OXYGENASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)43,3288
ポリマ－41,7871
非ポリマー1,5417
水5,224290
1
A: NITRIC OXIDE SYNTHASE OXYGENASE
ヘテロ分子

A: NITRIC OXIDE SYNTHASE OXYGENASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)86,65616
ポリマ－83,5742
非ポリマー3,08214
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_555-x,-y,z1
Buried area8090 Å2
ΔGint-87.2 kcal/mol
Surface area31250 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)80.444, 95.046, 62.947
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number18
Space group name H-MP21212
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-2269-

HOH

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要素

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タンパク質 , 1種, 1分子 A

#1: タンパク質 NITRIC OXIDE SYNTHASE OXYGENASE / NOSOXY-LIKE PROTEIN


分子量: 41787.082 Da / 分子数: 1 / 変異: YES / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) BACILLUS SUBTILIS (枯草菌) / 株: 168 / プラスミド: PET28A / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: O34453, EC: 1.14.13.165

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非ポリマー , 6種, 297分子

#2: 化合物 ChemComp-HEM / PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / HEME


分子量: 616.487 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C34H32FeN4O4
#3: 化合物 ChemComp-H4B / 5,6,7,8-TETRAHYDROBIOPTERIN / 6R-テトラヒドロビオプテリン


分子量: 241.247 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C9H15N5O3 / コメント: 神経伝達物質*YM
#4: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#5: 化合物 ChemComp-1EV / 3,5-bis[2-(6-amino-4-methylpyridin-2-yl)ethyl]benzonitrile / 3,5-ビス[2-(4-メチル-6-アミノ-2-ピリジニル)エチル]ベンゾニトリル


分子量: 371.478 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C23H25N5
#6: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#7: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 290 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.88 Å3/Da / 溶媒含有率: 57.28 % / 解説: NONE
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: 60 MM BIS-TRIS METHANE, 40 MM CITRIC ACID, 20% PEG3350, 1.9% 1-PROPANOL, PH 7.6, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, TEMPERATURE 298K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL9-2 / 波長: 1
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: CCD / 日付: 2011年12月4日 / 詳細: MIRRORS
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.76→49.57 Å / Num. obs: 48479 / % possible obs: 99.8 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 4.8 % / Biso Wilson estimate: 22.58 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.05 / Net I/σ(I): 20
反射 シェル解像度: 1.76→1.79 Å / 冗長度: 6.5 % / Rmerge(I) obs: 0.11 / Mean I/σ(I) obs: 6.5 / % possible all: 98.9

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(PHENIX.REFINE)精密化
MOSFLMデータ削減
Aimlessデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 4D3T

4d3t


解像度: 1.76→40.917 Å / SU ML: 0.16 / σ(F): 1.37 / 位相誤差: 17.91 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.1894 2487 5.1 %
Rwork0.1643 --
obs0.1655 48431 99.68 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.76→40.917 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2936 0 107 290 3333
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0083146
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.2834278
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d14.2011166
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.082439
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.005544
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.7596-1.79340.23321270.19022504X-RAY DIFFRACTION99
1.7934-1.830.20161450.17712502X-RAY DIFFRACTION100
1.83-1.86980.19721420.1692518X-RAY DIFFRACTION100
1.8698-1.91330.22061400.16662523X-RAY DIFFRACTION100
1.9133-1.96120.19111560.1582524X-RAY DIFFRACTION100
1.9612-2.01420.17891360.16212521X-RAY DIFFRACTION100
2.0142-2.07350.18341280.16122548X-RAY DIFFRACTION100
2.0735-2.14040.21411240.16492530X-RAY DIFFRACTION100
2.1404-2.21690.16981180.16452577X-RAY DIFFRACTION100
2.2169-2.30560.16571540.16392523X-RAY DIFFRACTION100
2.3056-2.41060.1931540.17312522X-RAY DIFFRACTION100
2.4106-2.53760.21721610.17412546X-RAY DIFFRACTION100
2.5376-2.69660.19861230.1642565X-RAY DIFFRACTION100
2.6966-2.90470.23331330.17562575X-RAY DIFFRACTION100
2.9047-3.1970.18411230.16952593X-RAY DIFFRACTION100
3.197-3.65930.19151320.16122607X-RAY DIFFRACTION99
3.6593-4.60930.16811480.14412579X-RAY DIFFRACTION99
4.6093-40.92760.18091430.17022687X-RAY DIFFRACTION97
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 5.4987 Å / Origin y: 20.0284 Å / Origin z: 22.5192 Å
111213212223313233
T0.1788 Å2-0.0095 Å20.0156 Å2-0.1659 Å2-0.013 Å2--0.133 Å2
L1.0694 °20.2717 °20.2293 °2-1.4355 °2-0.2632 °2--1.0694 °2
S-0.0589 Å °0.1666 Å °0.1023 Å °-0.2105 Å °0.0474 Å °-0.0207 Å °-0.1334 Å °0.0887 Å °0.0117 Å °
精密化 TLSグループSelection details: (CHAIN A AND RESSEQ 1:363)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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