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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 4ufq | ||||||
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タイトル | Structure of a novel Hyaluronidase (Hyal_Sk) from Streptomyces koganeiensis. | ||||||
要素 | Hyaluronidase | ||||||
キーワード | HYDROLASE | ||||||
機能・相同性 | Hyaluronidase, bacterial / Hyaluronidase protein (HylP) / hyalurononglucosaminidase activity / capsule polysaccharide biosynthetic process / Twin arginine translocation (Tat) signal profile. / Twin-arginine translocation pathway, signal sequence / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / Hyaluronidase 機能・相同性情報 | ||||||
生物種 | Streptomyces koganeiensis (バクテリア) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 1.45 Å | ||||||
データ登録者 | Gavira, J.A. / Messina, L. / Pernagallo, S. / Unciti-Broceta, J.D. / Conejero-Muriel, M. / Diaz-Mochon, J.J. / Vaccaro, S. / Caruso, S. / Musumeci, L. / Bisicchia, S. / Di Pasquale, R. | ||||||
引用 | ジャーナル: FEBS Lett. / 年: 2016 タイトル: Identification and Characterization of a Bacterial Hyaluronidase and its Production in Recombinant Form. 著者: Messina, L. / Gavira, J.A. / Pernagallo, S. / Unciti-Broceta, J.D. / Sanchez Martin, R.M. / Diaz-Mochon, J.J. / Vaccaro, S. / Conejero-Muriel, M. / Pineda-Molina, E. / Caruso, S. / Musumeci, ...著者: Messina, L. / Gavira, J.A. / Pernagallo, S. / Unciti-Broceta, J.D. / Sanchez Martin, R.M. / Diaz-Mochon, J.J. / Vaccaro, S. / Conejero-Muriel, M. / Pineda-Molina, E. / Caruso, S. / Musumeci, L. / Di Pasquale, R. / Pontillo, A. / Sincinelli, F. / Pavan, M. / Secchieri, C. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 4ufq.cif.gz | 251.7 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb4ufq.ent.gz | 219.2 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 4ufq.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/uf/4ufq ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/uf/4ufq | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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2 |
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単位格子 |
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Components on special symmetry positions |
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-要素
-タンパク質 , 1種, 2分子 AB
#1: タンパク質 | 分子量: 21745.770 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Streptomyces koganeiensis (バクテリア) プラスミド: PCR-TOPO-BLUNTII / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): TOP10 / 参照: UniProt: A0A0U2E2J7 |
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-非ポリマー , 6種, 435分子
#2: 化合物 | ChemComp-SO4 / #3: 化合物 | ChemComp-NA / #4: 化合物 | ChemComp-CL / | #5: 化合物 | ChemComp-PEG / #6: 化合物 | #7: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.4 Å3/Da / 溶媒含有率: 48.93 % / 解説: NONE |
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結晶化 | 詳細: COUNTERDIFFUSION; 30% V/V PEG8K, 0.2 M AMMONIUM SULPHATE |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K | |||||||||
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: ALBA / ビームライン: XALOC / 波長: 0.90753, 0.97942 | |||||||||
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2014年7月17日 / 詳細: MIRRORS | |||||||||
放射 | プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray | |||||||||
放射波長 |
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反射 | 解像度: 1.45→52.24 Å / Num. obs: 75047 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 19 % / Biso Wilson estimate: 15.6 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.09 / Net I/σ(I): 20.49 | |||||||||
反射 シェル | 解像度: 1.45→1.5 Å / 冗長度: 17 % / Rmerge(I) obs: 1 / Mean I/σ(I) obs: 2.2 / % possible all: 100 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 多波長異常分散 開始モデル: NONE 解像度: 1.45→52.244 Å / SU ML: 0.14 / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 16.07 / 立体化学のターゲット値: ML
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 27.9 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.45→52.244 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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精密化 TLS | 手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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精密化 TLSグループ |
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