PDB-4ufc: Crystal structure of the GH95 enzyme BACOVA_03438

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4ufc

タイトル

Crystal structure of the GH95 enzyme BACOVA_03438

要素

GH95

キーワード

HYDROLASE / GLYCOSIDE HYDROLASE / XYLAN / ALPHA-L-GALACTOSIDASE / GUT MICROBIOTA

機能・相同性

機能・相同性情報

alpha-L-fucosidase activity / metal ion binding
類似検索 - 分子機能

生物種

BACTEROIDES OVATUS (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.81 Å

データ登録者

Rogowski, A. / Briggs, J.A. / Mortimer, J.C. / Tryfona, T. / Terrapon, N. / Lowe, E.C. / Basle, A. / Morland, C. / Day, A.M. / Zheng, H. ...

引用

ジャーナル: Nat.Commun. / 年: 2015
タイトル: Glycan Complexity Dictates Microbial Resource Allocation in the Large Intestine.
著者: Rogowski, A. / Briggs, J.A. / Mortimer, J.C. / Tryfona, T. / Terrapon, N. / Lowe, E.C. / Basle, A. / Morland, C. / Day, A.M. / Zheng, H. / Rogers, T.E. / Thompson, P. / Hawkins, A.R. / Yadav, ...

履歴

登録	2015年3月16日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2015年7月8日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2020年7月29日	Group: Data collection / Derived calculations ...Data collection / Derived calculations / Other / Structure summary カテゴリ: chem_comp / entity ...chem_comp / entity / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_database_status / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site / struct_site_gen Item: _chem_comp.name / _chem_comp.type ..._chem_comp.name / _chem_comp.type / _entity.pdbx_description / _pdbx_database_status.status_code_sf / _pdbx_entity_nonpoly.name / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id 解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 1.2	2023年12月20日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Refinement description / Structure summary カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4ufc.cif.gz	610.9 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4ufc.ent.gz	508.9 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4ufc.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	4ufc_validation.pdf.gz	468.6 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	4ufc_full_validation.pdf.gz	475 KB	表示
XML形式データ	4ufc_validation.xml.gz	51.1 KB	表示
CIF形式データ	4ufc_validation.cif.gz	70.3 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/uf/4ufc ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/uf/4ufc	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	2rdyS S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	5nbs-1 1zw5-1 4dwg-1 4n1z-1 4lw2-1 4dzw-1 4h5d-1 6b06-2 2opm-1 4dwb-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#74 - 2006年2月 α-アミラーゼ (alpha-Amylase) 類似性 (2) #133 - 2011年1月一酸化窒素合成酵素 (Nitric Oxide Synthase) 類似性 (1) #203 - 2016年11月アミノペプチダーゼ1とオートファジー (Aminopeptidase 1 and Autophagy) 類似性 (1) #75 - 2006年3月組織因子 (Tissue Factor) 類似性 (1) #90 - 2007年6月脂肪酸合成酵素 (Fatty Acid Synthase) 類似性 (1)

PDBのページ

PDBj /

wwPDB /

NCBI

「今月の分子」の関連する項目

#74 - 2006年2月
α-アミラーゼ (alpha-Amylase)
類似性 (2)
#133 - 2011年1月
一酸化窒素合成酵素 (Nitric Oxide Synthase)
類似性 (1)
#203 - 2016年11月
アミノペプチダーゼ1とオートファジー (Aminopeptidase 1 and Autophagy)
類似性 (1)
#75 - 2006年3月
組織因子 (Tissue Factor)
類似性 (1)
#90 - 2007年6月
脂肪酸合成酵素 (Fatty Acid Synthase)
類似性 (1)

登録構造単位

A: GH95

B: GH95

ヘテロ分子

184 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: GH95

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
91.9 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: GH95

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
91.9 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	53.692, 179.117, 205.181
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: タンパク質

GH95

分子量: 91545.281 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現)

BACTEROIDES OVATUS (バクテリア) / プラスミド: PET21A / 発現宿主:

ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: A7M011

#2: 化合物

ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン

分子量: 40.078 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca

#3: 糖

ChemComp-GIV / beta-L-galactopyranose / beta-L-galactose / L-galactose / galactose / β-L-ガラクトピラノ-ス

タイプ: L-saccharide, beta linking / 分子量: 180.156 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C₆H₁₂O₆

識別子	タイプ	プログラム
LGalpb	CONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOL	GMML 1.0
b-L-galactopyranose	COMMON NAME	GMML 1.0
b-L-Galp	IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOL	PDB-CARE 1.0
Gal	SNFG CARBOHYDRATE SYMBOL	GMML 1.0

#4: 化合物

ChemComp-CAC / CACODYLATE ION / dimethylarsinate / ジメチルアルシン酸アニオン

分子量: 136.989 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆AsO₂

-
実験

実験	手法: X線回折

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.61 Å³/Da / 溶媒含有率: 53 % / 解説: NONE
結晶化	詳細: 160 MM CALCIUM ACETATE 80 MM SODIUM CACODYLATE PH 6.5 14.4 % (W/V) POLYETHYLENE GLYCOL 8000 20% (V/V) GLYCEROL

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I02 / 波長: 0.9796
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2013年6月22日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9796 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.81→49.31 Å / Num. obs: 48329 / % possible obs: 97.6 % / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 7 % / R_merge(I) obs: 0.12 / Net I/σ(I): 10.8
反射シェル	解像度: 2.81→2.9 Å / 冗長度: 3 % / R_merge(I) obs: 0.48 / Mean I/σ(I) obs: 2 / % possible all: 74.5

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0073	精密化
XDS		データ削減
Aimless		データスケーリング
MOLREP		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 2RDY

2rdy

解像度: 2.81→134.93 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.942 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.911 / SU B: 31.68 / SU ML: 0.269 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R Free: 0.344 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES WITH TLS ADDED

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.22805	2439	5.1 %	RANDOM
R_work	0.18636	-	-	-
obs	0.18849	45776	97.42 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 43.117 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.55 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	-2.95 Å²	0 Å²
3-	-	-	3.49 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.81→134.93 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	12531	0	37	0	12568

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.01	0.019	12890
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.003	0.02	12025
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.399	1.938	17528
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.945	3	27633
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.523	5	1573
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	37.711	24.712	624
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	14.667	15	2111
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	16.262	15	58
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.08	0.2	1891
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.006	0.021	14785
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.003	0.02	3105
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.686	1.362	6298
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	0.686	1.362	6297
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.203	2.041	7869
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	0.859	1.413	6592
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

LS精密化シェル

解像度: 2.808→2.881 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.378	137	-
R_work	0.348	2249	-
obs	-	-	67.14 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.2736	0.3619	-0.3881	0.7107	-0.6016	1.2737	0.036	0.0781	0.1779	0.1254	0.0403	0.1577	-0.0854	0.055	-0.0762	0.0875	0.0232	0.0144	0.3261	0.0509	0.5439	18.931	204.641	13.745
2	0.3553	0.1562	-0.0966	1.3091	-0.7267	0.4522	-0.0241	0.08	0.0936	-0.0714	-0.0577	-0.1768	-0.0022	0.0485	0.0819	0.0462	0.022	0.0151	0.3672	0.0808	0.5063	33.064	209.808	-0.376
3	0.1648	0.2332	-0.1289	0.582	-0.2289	0.4643	-0.0336	0.0293	0.0236	0.0214	0.0147	0.0554	0.0527	0.0381	0.0189	0.1311	0.0412	0.0235	0.3227	0.0201	0.5302	18.692	183.471	14.007
4	1.0134	-1.1522	2.4631	1.803	-3.0541	6.1202	0.251	-0.1364	-0.2909	0.1159	0.2515	-0.0126	0.4207	-0.3739	-0.5025	0.5168	0.0675	-0.1115	0.0685	-0.0102	0.7961	29.123	161.277	8.649
5	1.8227	0.9233	-1.5966	1.6126	-0.3086	1.6894	-0.3453	0.0778	-0.2101	-0.0382	0.1902	0.0569	0.4452	0.0212	0.1552	0.197	0.0802	0.0153	0.2525	-0.0112	0.4366	18.987	164.312	6.984
6	0.2663	0.4779	-0.1112	1.8921	-0.0474	0.6095	-0.0029	-0.1621	0.0449	0.187	-0.1356	-0.0568	0.0625	0.0952	0.1385	0.0998	0.04	0.0369	0.3103	0.0177	0.4807	3.942	138.782	55.166
7	0.6462	0.3096	-0.3379	2.6621	0.0578	0.5058	-0.0199	-0.1849	0.0513	0.2349	-0.063	-0.4329	-0.0647	0.1324	0.0829	0.058	-0.0299	-0.1149	0.3622	0.0207	0.5216	20.495	152.955	61.111
8	0.2474	0.1286	-0.1428	0.6587	-0.1819	0.4389	-0.1185	-0.0232	0.0317	-0.126	-0.0514	-0.1155	0.1011	-0.0478	0.1699	0.1633	0.0208	0.1389	0.3131	0.034	0.5096	4.206	133.568	35.414
9	3.855	-1.7908	3.4854	1.4474	-0.9534	4.0317	0.2224	0.4257	-0.6409	0.0012	-0.0622	0.4554	0.5374	0.435	-0.1601	0.4386	0.0228	0.3744	0.2698	-0.1307	0.5347	13.555	127.498	13.012
10	1.3208	0.9348	-0.0488	1.5078	0.3332	0.9783	-0.2659	0.3642	-0.0264	-0.6979	0.0667	-0.1137	0.2468	-0.0697	0.1991	0.6296	0.0624	0.2499	0.1893	0.0506	0.2946	4.117	131.356	15.059

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	21 - 133
2	X-RAY DIFFRACTION	2	A	134 - 328
3	X-RAY DIFFRACTION	3	A	329 - 749
4	X-RAY DIFFRACTION	4	A	750 - 768
5	X-RAY DIFFRACTION	5	A	769 - 807
6	X-RAY DIFFRACTION	6	B	20 - 133
7	X-RAY DIFFRACTION	7	B	134 - 286
8	X-RAY DIFFRACTION	8	B	287 - 750
9	X-RAY DIFFRACTION	9	B	751 - 768
10	X-RAY DIFFRACTION	10	B	769 - 807

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

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解析

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

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万見 (Yorodumi)