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万見
- PDB-4udy: NCO- bound to cluster C of Ni,Fe-CO dehydrogenase at true-atomic ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4udy
タイトルNCO- bound to cluster C of Ni,Fe-CO dehydrogenase at true-atomic resolution
要素CARBON MONOXIDE DEHYDROGENASE 2
キーワードOXIDOREDUCTASE / NCO / NI / FE / CODH
機能・相同性
機能・相同性情報


anaerobic carbon monoxide dehydrogenase / anaerobic carbon-monoxide dehydrogenase activity / hydroxylamine reductase activity / nickel cation binding / generation of precursor metabolites and energy / peroxidase activity / response to hydrogen peroxide / 4 iron, 4 sulfur cluster binding / plasma membrane / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Substrate Binding Domain Of Dnak; Chain:A; Domain 2 - #30 / Rossmann fold - #2030 / Ni-containing CO dehydrogenase / CO dehydrogenase, alpha-bundle / Hydroxylamine reductase/Ni-containing CO dehydrogenase / Prismane/CO dehydrogenase family / Prismane-like, alpha/beta-sandwich / Prismane-like superfamily / Substrate Binding Domain Of Dnak; Chain:A; Domain 2 / Up-down Bundle ...Substrate Binding Domain Of Dnak; Chain:A; Domain 2 - #30 / Rossmann fold - #2030 / Ni-containing CO dehydrogenase / CO dehydrogenase, alpha-bundle / Hydroxylamine reductase/Ni-containing CO dehydrogenase / Prismane/CO dehydrogenase family / Prismane-like, alpha/beta-sandwich / Prismane-like superfamily / Substrate Binding Domain Of Dnak; Chain:A; Domain 2 / Up-down Bundle / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
cyanic acid / : / FE2/S2 (INORGANIC) CLUSTER / IRON/SULFUR CLUSTER / FE(3)-NI(1)-S(4) CLUSTER / Carbon monoxide dehydrogenase 2
類似検索 - 構成要素
生物種CARBOXYDOTHERMUS HYDROGENOFORMANS (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.09 Å
データ登録者Fesseler, J. / Jeoung, J.-H. / Dobbek, H.
引用ジャーナル: Angew.Chem.Int.Ed.Engl. / 年: 2015
タイトル: How the [Nife4 S4 ] Cluster of Co Dehydrogenase Activates Co2 and Nco(.)
著者: Fesseler, J. / Jeoung, J.H. / Dobbek, H.
履歴
登録2014年12月12日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02015年5月13日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12015年5月27日Group: Atomic model
改定 1.22015年7月29日Group: Database references
改定 1.32017年7月5日Group: Refinement description / カテゴリ: software / Item: _software.name / _software.version
改定 1.42019年5月22日Group: Data collection / Refinement description / カテゴリ: refine / Item: _refine.pdbx_ls_cross_valid_method
改定 1.52024年5月8日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_ptnr2_label_alt_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
X: CARBON MONOXIDE DEHYDROGENASE 2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)67,9736
ポリマ－66,9921
非ポリマー9815
水13,655758
1
X: CARBON MONOXIDE DEHYDROGENASE 2
ヘテロ分子

X: CARBON MONOXIDE DEHYDROGENASE 2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)135,94712
ポリマ－133,9852
非ポリマー1,96210
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_656-x+1,y,-z+11
Buried area9820 Å2
ΔGint-202.1 kcal/mol
Surface area37790 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)112.183, 75.008, 71.149
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 111.22, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11X-2094-

HOH

21X-2347-

HOH

31X-2402-

HOH

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要素

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タンパク質 , 1種, 1分子 X

#1: タンパク質 CARBON MONOXIDE DEHYDROGENASE 2 / CODH 2 / NI / FE-CO DEHYDROGENASE


分子量: 66992.477 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) CARBOXYDOTHERMUS HYDROGENOFORMANS (バクテリア)
発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌)
参照: UniProt: Q9F8A8, carbon-monoxide dehydrogenase (acceptor)

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非ポリマー , 6種, 763分子

#2: 化合物 ChemComp-SF4 / IRON/SULFUR CLUSTER


分子量: 351.640 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Fe4S4
#3: 化合物 ChemComp-FES / FE2/S2 (INORGANIC) CLUSTER


分子量: 175.820 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Fe2S2
#4: 化合物 ChemComp-WCC / FE(3)-NI(1)-S(4) CLUSTER / C CLUSTER CUBANE


分子量: 354.488 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Fe3NiS4
#5: 化合物 ChemComp-FE2 / FE (II) ION


分子量: 55.845 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Fe
#6: 化合物 ChemComp-0NM / cyanic acid / シアン酸


分子量: 43.025 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: CHNO
#7: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 758 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.08 Å3/Da / 溶媒含有率: 40.94 % / 解説: NONE
結晶化pH: 8 / 詳細: pH 8.0

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: BESSY / ビームライン: 14.2 / 波長: 0.91841
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: CCD / 日付: 2013年6月12日 / 詳細: MIRRORS
放射モノクロメーター: SI-111 CRYSTAL / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.91841 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.09→40.8 Å / Num. obs: 223489 / % possible obs: 98 % / 冗長度: 3.69 % / Rmerge(I) obs: 0.06 / Net I/σ(I): 12.8
反射 シェル解像度: 1.09→1.13 Å / 冗長度: 3.47 % / Rmerge(I) obs: 0.77 / % possible all: 94.6

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
SHELXL14精密化
XSCALEデータ削減
XSCALEデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.09→33.16 Å / Num. parameters: 50098 / Num. restraintsaints: 62069 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: ENGH AND HUBER
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.1648 11175 5.26 %RANDOM
all0.1363 212314 --
obs0.1363 -98.02 %-
Refine analyzeNum. disordered residues: 28 / Occupancy sum hydrogen: 4750 / Occupancy sum non hydrogen: 5408.3
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.09→33.16 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4654 0 24 758 5436
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONs_bond_d0.0148
X-RAY DIFFRACTIONs_angle_d0.0314
X-RAY DIFFRACTIONs_similar_dist0
X-RAY DIFFRACTIONs_from_restr_planes0.0049
X-RAY DIFFRACTIONs_zero_chiral_vol0.0788
X-RAY DIFFRACTIONs_non_zero_chiral_vol0.0853
X-RAY DIFFRACTIONs_anti_bump_dis_restr0.1195
X-RAY DIFFRACTIONs_rigid_bond_adp_cmpnt0
X-RAY DIFFRACTIONs_similar_adp_cmpnt0.0454
X-RAY DIFFRACTIONs_approx_iso_adps0.1478

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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