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- PDB-4udr: Crystal structure of the H467A mutant of 5-hydroxymethylfurfural ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4udr
タイトルCrystal structure of the H467A mutant of 5-hydroxymethylfurfural oxidase (HMFO)
要素GLUCOSE-METHANOL-CHOLINE OXIDOREDUCTASE
キーワードOXIDOREDUCTASE / ENZYME / OXIDASE / BIOCATALYSIS / PROTEIN ENGINEERING
機能・相同性
機能・相同性情報


5-(hydroxymethyl)furfural oxidase / 酸化還元酵素; 含硫化合物に対し酸化酵素として働く; 酸素が電子受容体 / oxidoreductase activity, acting on a sulfur group of donors, oxygen as acceptor / oxidoreductase activity, acting on the CH-OH group of donors, oxygen as acceptor / FAD binding
類似検索 - 分子機能
Cholesterol Oxidase; domain 2 - #40 / Cholesterol Oxidase; domain 2 / Glucose-methanol-choline oxidoreductase / Glucose-methanol-choline oxidoreductase, N-terminal / GMC oxidoreductase / Glucose-methanol-choline oxidoreductase, C-terminal / GMC oxidoreductase / FAD/NAD(P)-binding domain / FAD/NAD(P)-binding domain / 3-Layer(bba) Sandwich ...Cholesterol Oxidase; domain 2 - #40 / Cholesterol Oxidase; domain 2 / Glucose-methanol-choline oxidoreductase / Glucose-methanol-choline oxidoreductase, N-terminal / GMC oxidoreductase / Glucose-methanol-choline oxidoreductase, C-terminal / GMC oxidoreductase / FAD/NAD(P)-binding domain / FAD/NAD(P)-binding domain / 3-Layer(bba) Sandwich / FAD/NAD(P)-binding domain superfamily / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE / FORMIC ACID / 5-(hydroxymethyl)furfural oxidase
類似検索 - 構成要素
生物種METHYLOVORUS SP. MP688 (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / OTHER / 解像度: 1.6 Å
データ登録者Dijkman, W. / Binda, C. / Fraaije, M. / Mattevi, A.
引用ジャーナル: Acs Catalysis / 年: 2015
タイトル: Structure-Based Enzyme Tailoring of 5-Hydroxymethylfurfural Oxidase
著者: Dijkman, W.P. / Binda, C. / Fraaije, M.W. / Mattevi, A.
履歴
登録2014年12月11日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02015年3月18日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年5月8日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: GLUCOSE-METHANOL-CHOLINE OXIDOREDUCTASE
B: GLUCOSE-METHANOL-CHOLINE OXIDOREDUCTASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)115,6816
ポリマ－114,0182
非ポリマー1,6634
水15,259847
1
A: GLUCOSE-METHANOL-CHOLINE OXIDOREDUCTASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)57,8413
ポリマ－57,0091
非ポリマー8322
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: GLUCOSE-METHANOL-CHOLINE OXIDOREDUCTASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)57,8413
ポリマ－57,0091
非ポリマー8322
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)50.820, 122.500, 73.270
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 91.12, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
非結晶学的対称性 (NCS)NCS oper: (Code: given
Matrix: (0.9913, -0.111, 0.07014), (-0.1162, -0.9905, 0.07371), (0.06129, -0.08122, -0.9948)
ベクター: 1.4, 79.04, 109.3)

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要素

#1: タンパク質 GLUCOSE-METHANOL-CHOLINE OXIDOREDUCTASE / 5- HYDROXYMETHYLFURFURAL OXIDASE


分子量: 57009.047 Da / 分子数: 2 / 変異: YES / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) METHYLOVORUS SP. MP688 (バクテリア)
発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: E4QP00
#2: 化合物 ChemComp-FAD / FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE / FAD


分子量: 785.550 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C27H33N9O15P2 / コメント: FAD*YM
#3: 化合物 ChemComp-FMT / FORMIC ACID / ギ酸


分子量: 46.025 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: CH2O2
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 847 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2 Å3/Da / 溶媒含有率: 38.5 % / 解説: NONE
結晶化詳細: 22% W/V PEG3350, 200 MM MAGNESIUM FORMATE

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID23-1 / 波長: 1
検出器タイプ: DECTRIS PIXEL / 検出器: PIXEL / 日付: 2014年7月10日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.6→21 Å / Num. obs: 115432 / % possible obs: 98.2 % / 冗長度: 2.8 % / Rmerge(I) obs: 0.13 / Net I/σ(I): 4.8
反射 シェル解像度: 1.6→1.63 Å / 冗長度: 2.4 % / Rmerge(I) obs: 0.57 / Mean I/σ(I) obs: 1.5 / % possible all: 95.2

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0073精密化
MOSFLMデータ削減
Aimlessデータスケーリング
REFMAC位相決定
精密化構造決定の手法: OTHER
開始モデル: NONE

解像度: 1.6→73.26 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.953 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.927 / SU B: 2.56 / SU ML: 0.086 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.1 / ESU R Free: 0.102 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.21753 5538 4.8 %RANDOM
Rwork0.17568 ---
obs0.17768 109850 97.99 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å
原子変位パラメータBiso mean: 12.365 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.78 Å20 Å20.18 Å2
2---0.17 Å20 Å2
3----0.61 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.6→73.26 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数7966 0 112 847 8925
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0180.0198280
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.027822
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.9151.98111320
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.937317934
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.87451048
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg34.78222.921356
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg13.34151222
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg17.4441576
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1260.21254
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0110.0219480
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.021888
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.1271.0894198
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other1.1281.0894199
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.7341.635244
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.6941.2614082
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 1.6→1.642 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.281 429 -
Rwork0.266 7858 -
obs--94.71 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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