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万見
- PDB-4ude: An oligomerization domain confers pioneer properties to the LEAFY... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4ude
タイトルAn oligomerization domain confers pioneer properties to the LEAFY master floral regulator
要素GINLFY PROTEIN
キーワードTRANSCRIPTION / SAM / OLIGOMERISATION
機能・相同性
機能・相同性情報


regulation of DNA-templated transcription / DNA binding / nucleus
類似検索 - 分子機能
Floricaula/leafy protein / Floricaula/Leafy protein, SAM domain / Floricaula/leafy, DNA-binding C-terminal domain / Floricaula/leafy, C-terminal domain superfamily / Floricaula / Leafy protein SAM domain / DNA Binding Domain (C-terminal) Leafy/Floricaula
類似検索 - ドメイン・相同性
Floricaula/leafy-like transcription factor
類似検索 - 構成要素
生物種GINKGO BILOBA (イチョウ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 2.25 Å
データ登録者Nanao, M.H. / Sayou, C. / Dumas, R. / Parcy, F.
引用ジャーナル: Nat.Commun. / 年: 2016
タイトル: A Sam Oligomerization Domain Shapes the Genomic Binding Landscape of the Leafy Transcription Factor
著者: Sayou, C. / Nanao, M.H. / Jamin, M. / Pose, D. / Thevenon, E. / Gregoire, L. / Tichtinsky, G. / Denay, G. / Ott, F. / Peirats Llobet, M. / Schmid, M. / Dumas, R. / Parcy, F.
履歴
登録2014年12月10日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02016年3月2日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12016年3月30日Group: Database references / Structure summary
改定 1.22016年5月4日Group: Database references
改定 1.32024年5月8日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: GINLFY PROTEIN
B: GINLFY PROTEIN
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)25,9045
ポリマ－25,5252
非ポリマー3783
水1,838102
1
A: GINLFY PROTEIN


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)12,7631
ポリマ－12,7631
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: GINLFY PROTEIN
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)13,1414
ポリマ－12,7631
非ポリマー3783
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)81.095, 81.095, 78.493
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number170
Space group name H-MP65
非結晶学的対称性 (NCS)NCS oper: (Code: given
Matrix: (0.8653, -0.5012, -0.0068), (0.5012, 0.865, -0.0124), (0.0122, 0.0073, 0.999)
ベクター: 0.05466, 0.1245, -6.94)

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要素

#1: タンパク質 GINLFY PROTEIN / LEAFY


分子量: 12762.703 Da / 分子数: 2 / 断片: RESIDUES 54-159 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) GINKGO BILOBA (イチョウ) / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q9LLY6
#2: 化合物 ChemComp-PG4 / TETRAETHYLENE GLYCOL


分子量: 194.226 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H18O5 / コメント: 沈殿剤*YM
#3: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL


分子量: 92.094 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 102 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
配列の詳細GENBANK AF108228.1

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.92 Å3/Da / 溶媒含有率: 57.86 % / 解説: NONE
結晶化詳細: 25 MM TRIS-HCL PH 8.8, 40 MM AMMONIUM SULFATE

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID23-2 / 波長: 0.8726
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: CCD / 日付: 2011年5月11日 / 詳細: KB MIRRORS
放射モノクロメーター: SI(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.8726 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.24→50 Å / Num. obs: 14004 / % possible obs: 99.3 % / Observed criterion σ(I): -1 / 冗長度: 4.1 % / Biso Wilson estimate: 44.2 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.07 / Net I/σ(I): 15.67
反射 シェル解像度: 2.24→2.38 Å / 冗長度: 4 % / Rmerge(I) obs: 0.51 / Mean I/σ(I) obs: 2.89 / % possible all: 99

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
BUSTER2.8.0精密化
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
SHELX位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散
開始モデル: NONE

解像度: 2.25→52.34 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.9456 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.9257 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2292 709 5.09 %RANDOM
Rwork0.1877 ---
obs0.1896 13917 --
原子変位パラメータBiso mean: 46.76 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--3.0645 Å20 Å20 Å2
2---3.0645 Å20 Å2
3---6.129 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.262 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.25→52.34 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1335 0 25 102 1462
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数Restraint functionWeight
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d0.011369HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg1.031827HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d532SINUSOIDAL2
X-RAY DIFFRACTIONt_incorr_chiral_ct
X-RAY DIFFRACTIONt_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes36HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes191HARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_it1369HARMONIC20
X-RAY DIFFRACTIONt_nbd
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion2.59
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion17.89
X-RAY DIFFRACTIONt_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion172SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_sum_occupancies
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_distance
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact1609SEMIHARMONIC4
LS精密化 シェル解像度: 2.25→2.43 Å / Total num. of bins used: 7
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2823 153 5.33 %
Rwork0.2268 2718 -
all0.2298 2871 -

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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